Увеличенная боевая нагрузка МиГ-23МЛД позволила им освоить новые "профессии", в том числе и минирование с воздуха, широко использовашееся для блокирования базовых районов и путей передвижения моджахедов, особенно в приграничной полосе. На МиГ-23МЛД подвешивались 2-4 универсальных контейнера малогабаритных грузов (КМГ-У), из которых мины и небольшие осколочные бомбы разбрасывались с высот 600-1000 м на скоростях 900-1200 км/ч. МиГ-23МЛД мог нести и более мощные, чем МиГ-21, блоки неуправляемых ракет Б-8. Нашли применение и многозамковые держатели МБД2-67у, с которыми истребители могли нести по 10 "соток".
Боевой опыт дорого обходился летчикам. 27 декабря 1985 года на аэродром не вернулся старший штурман 655-го полка А. Левченко, атаковавший цели вблизи Джабаль-Уссарадж. В ущелье он наткнулся на очередь замаскированной зенитки. Ведомый ясно видел разрывы, поразившие кабину и борт самолета командира, который, не выйдя из пикирования, врезался в огневую точку. В апреле 1987 года огнем с земли был подбит Миг-23МЛД командира 190-го полка Л. Фурсы, летчик пытался тянуть его домой, но был вынужден катапультироваться над горами.
С появлением у противника ПЗРК опасность для авиации многократно возросла. Поначалу летчиков выручала неопытность моджахедов - бывали случаи, когда стрелки забывали подключить источники питания (у наиболее властных командиров промахнувшийся при этом лишался головы), - но освоение нового оружия проходило быстро. Компактный и простой в обращении ПЗРК позволял душманам организовывать засады на маршрутах полетов и вблизи аэродромов. Чтобы обезопасить самолеты на взлете и посадке, когда скорость и высота недостаточны для выполнения противоракетного маневра, было организовано вертолетное патрулирование в радиусе 3-4 км вокруг аэродрома. Отличить стрелка со "Стингером" от мирного крестьянина с воздуха почти невозможно и, несмотря на действовавший с 1981 года приказ, категорически запрещавший атаки неопознанных целей, огонь на поражение открывали по любому подозрительному, появлявшемуся в "запретной зоне". Прочесывание окрестностей не прекращали и ночью, ведя поиск с помощью САБ и приборов ночного видения. Ради уменьшения опасности, летчикам пришлось освоить почти акробатические приемы. Так, "набор высоты с большими градиентами" позволял выйти на безопасный эшелон, оставаясь под прикрытием круживших вертолетов. Сразу после отрыва самолет ложился в крутую восходящую спираль с креном и тангажом до 30Ь и в таком положении "ввинчивался" в небо. Посадка выполнялась без обычной "коробочки" вокруг аэродрома и требовала ювелирного расчета, особенно при возвращении с задания группы. Выйдя на аэродром, группа распускалась, доворачивая на посадочный курс и начиная снижение с безопасных 3500 м. Для торможения выпускали закрылки, щитки и шасси и один за другим неслись вниз в крутом снижении, быстро теряя высоту с предельно короткими интервалами между машинами. Глиссада при этом сжималась до предела - над ближним приводом проходили на 600 м, убирая обороты двигателя до "малого газа". Выравнивание летчики выполняли уже над краем ВПП и, не останавливаясь после пробега, освобождали полосу для садившихся следом машин, шедших в нескольких сотнях метров. Посадка эскадрильи занимала считанные минуты. Сторонние наблюдатели замирали от этого впечатляющего зрелища, а в кабинах МиГов беспрерывно надрывалась сигнализация, предупреждавшая о приближении критических режимов полета. Ценой снижения боевых потерь при таких посадках стала возросшая аварийность - из-за сложности маневра и большой посадочной скорости самолеты нередко не вписывались в створ полосы, вылетали за ее пределы, "разувались" на пробеге и получали повреждения. Только осенью-зимой 1987 года на посадке "подломали" три истребителя 168-го ИАП, один из которых замполит полка М. Провоторов "приложил" о землю до начала ВПП, снеся о ее порог ПТБ и ракеты, а два других сошлись, догнав друг друга на полосе, причем консолью соседа с одного сшибло фонарь и разрубило форкиль.
В конце 1986 года у моджахедов появились новые американские ПЗРК "Стингер", позволявшие поражать цели на высоте до 3500 м. Их массовое применение (а по американским данным, в Афганистан попали около 1000 "Стингеров") заставило серьезно изменить тактику. В борьбе с ПВО уничтожить все "отдельно стоящие цели" - стрелков с ПЗРК - было нереально, и решением проблемы стало нанесение ударов с больших высот. Истребители практически перестали применять ракетное и пушечное вооружение (при возросших дистанциях стрельбы огонь становился неточным из-за большого рассеивания снарядов) и почти полностью перешли на бомбы, выгодно отличавшиеся большой мощностью и простотой применения.
Противник в этой борьбе не оставался в долгу, проявляя изобретательность и изощренность. Весной 1987 года в грузе одного из караванов помимо оружия и боеприпасов обнаружили кислородные баллоны и маски - с их помощью моджахеды Ахмад Шаха (кстати, инженера по образованию) собирались поднять "потолок" своих зенитных средств, устраивая засады на вершинах горных пиков.
С больших высот обнаружить противника стало нелегко. Целеуказанием занимались пилоты с солидным боевым стажем, хорошо знавшие местность. Обычно для выполнения этих задач привлекались МиГ-23, на большой скорости выходившие к объекту атаки и обозначавшие его осветительными или дымовыми бомбами. Султан дыма становился ориентиром для пилотов основной группы, наносивших удар с безопасной высоты. Как вспоминал майор М. Огерь, "в феврале 1988 года мы вылетели эскадрильей поддержать блокированных на окраине кишлака у Гардеза десантников. Кишлак оказался большим, дувалы сплошь занимали долину, и где внизу идет бой, не то что разобрать где свои и чужие, - мы никак не могли. Ведущий Толя Язон хотел было "отметиться" бомбой прямо по кишлаку, чтобы снизу подсказали, в какой стороне от разрыва наши залегли. Но тут кого-то осенило, и по радио прокричали, что между ними и "духами" горит автобус. Полосу гари от коптивших покрышек увидели, прикинули что к чему и аккуратно положили бомбы, стеной разрывов накрыв "духов".
Истребители принимали участие в массированных налетах, которыми сопровождалось уничтожение опорных пунктов моджахедов. В феврале апреле 1986 года в ходе операции по разгрому "Волчьей ямы" - базы Джавара под Хостом, имевшей три линии обороны, 49 складов с оружием, свои учебный центр и патронный завод, истребители действовали в составе смешанных авиагрупп, в которых на задание уходили 8-16 Су-17, 12-18 МиГ-23 и 12-18 Су-25. На разгромленной базе были уничтожены 252 огневые позиции и более 2000 оборонявшихся. Успех однако был далеко не полным - почти все запасы с базы противник успел вывезти, а с отходом войск вновь занял Джавару.
Инциденты, начавшиеся на границе с Пакистаном, прибавили работы истребителям. Исламабад уже не ограничивался обучением и снабжением афганской оппозиции, а пакистанская армия сама начала втягиваться в войну, оказывая моджахедам поддержку, прежде всего в борьбе с авиацией - самым грозным противником.
Не ограничиваясь охраной воздушного пространства, пакистанские летчики со своей стороны атаковали ракетами появлявшиеся вблизи границы советские и афганские самолеты (досягаемости "Сайдвиндеров" для этого хватало). Зная, что советские летчики связаны приказом не входить в десятикилометровую приграничную зону и не пускать ракеты в сторону границы, избегая "провокаций", пакистанцы чувствовали свою безнаказанность и все чаще стали залетать на территорию Афганистана. И тут уже они не могли не встретиться с МиГами.
Для прикрытия ударных групп выделялась пара или звено МиГ-23МЛД, патрулировавшие воздушное пространство в районе налета. Их вооружение составляли две ракеты средней дальности Р-24Р/Т и 2-4 ракеты ближнего боя Р-60. Для увеличения продолжительности полета под фюзеляж подвешивали дополнительный бак емкостью 800 литров. При нанесении массированных ударов, проводившихся силами нескольких полков с аэродромов ТуркВО (их приходилось встречать у границы и сопровождать к месту атаки), МиГ-23 несли еще два бака под крылом.
Поиск противника истребители вели самостоятельно с помощью бортового радиолокационного прицела "Сапфир-23МЛ" с дальностью обнаружения целей 70 км и теплопеленгатора ТП-23М. Обходиться без традиционного для ИА наведения с земли заставляло отсутствие в ДРА единой сети РЛС и пунктов управления, контролирующих воздушное пространство, а окруженные горами аэродромные РЛС имели небольшой радиус действия. Авиацию, работавшую в северных провинциях ДРА, прикрывали МиГ-21бис и МиГ-23 из Кокаиды и Мары. В 1988 году эпизодически сопровождение осуществляли МиГ-29, осваивавшиеся летчиками САВО (иногда "по старой памяти" на новых МиГах проводили учебное бомбометание по знакомым целям "за речкой").
Истребители охраняли также вертолетные десанты и вели патрулирование границ. Кроме того, на каждом аэродроме выделялось вооруженное ракетами дежурное звено МиГ-23МЛД. Его летчики не оставались без работы - они поднимались в воздух для усиления истребительного прикрытия при появлении у границы пакистанских самолетов и были "на подхвате" при разного рода внеплановых ситуациях. Во время визита Э. Шеварднадзе в Кабул в январе 1989 года в небе над городом кружили дежурные МиГи из Баграма, а для защиты министерского Ту-154 от "Стингеров" от самой границы "тропили дорогу" САБами. Прикрывая перелет, истребители в эту ночь сделали 12 вылетов, а больше всех потрудился В. Магдалюк, приземлявшийся только затем, чтобы сменить самолет на заправленный и снаряженный.