За 60 дней Цезарь завладел всей Италией. Так как у него недоставало кораблей, чтобы тотчас же преследовать Помпея, то он приказал построить флот и отправился в Рим. Здесь он успокоил народное собрание и сенат, позаботился о подвозе хлеба и обещал раздать гражданам деньги. Трибун JI. Метелл запретил ему открыть священную казну, сберегавшуюся на случай крайней нужды и оставленную консулами в Риме, и сам, надеясь на неприкосновенность своего сана, стал в дверях храма. Цезарь пригрозил ему смертью, добавив, что ему не так трудно сделать это, как сказать. Прогнав трибуна, Цезарь велел выломать двери и взял из казны 26 тыс. слитков золота и 40 млн. сестерций. В половине апреля он поспешил в Испанию; он говорил, что хочет сначала разбить войско без полководца, а затем пойти на полководца без войска. В Испании, при Илерде, он принудил сдаться войско Помпея, 5 легионов и много вспомогательных отрядов, под начальством легатов Афрания и Петрея, и овладел Испанией; затем, в начале зимы, переправился через Адриатическое море, сражался некоторое время с Помпеем в окрестностях Диррахиума, причем много раз терпел поражение, и, спасаясь от преследования Помпея, поспешными переходами двинулся в Фессалию. Друзья Помпея советовали ему возвратиться в оставленную Цезарем Италию, снова овладеть всем Западом (в то время как Цезарь мог остаться под наблюдением флота в Греции) и затем снова отправиться против неприятеля на Восток. Но Помпей отверг этот план; он надеялся, что будет в состоянии теперь же закончить войну и не хотел оставлять без помощи своего отчима Метелла Сципиона, который, прибыв из Сирии, стоял с двумя легионами в Фессалии. Потому он двинулся в Фессалию, чего Цезарь и хотел, и там 9 августа 48 г., в Фарсальской долине, произошла борьба за господство в государстве.
В битве при Фарсале Цезарь имел 82 когорты – несколько более 22 тыс. человек и около 1 тыс. галльских и германских всадников; у Помпея же было в два раза с лишком больше войска. Оптиматы в лагере Помпея были так уверены в своей победе, что заранее спорили об имуществе неприятеля и совещались о том, как наказать его. Они уже делили между собой консульство и другие почетные должности на целый год вперед и настаивали на том, чтобы Помпей, рассчитывавший одолеть измором неприятеля, дал сражение и покончил дело. Помпей против воли согласился и построил войска в боевой порядок. Узнав о готовящемся наступлении противника, Цезарь воскликнул: «День, ожидаемый нами, настал; теперь мы будем сражаться уже с людьми, а не с голодом и лишениями!» и приказал развернуть боевое знамя. С громким радостным криком солдаты бросились к оружию, и каждый отряд охотно и без шума занял свое место в строю. Помпей принял начальство над правым крылом, где против него стоял Антоний, в центре командовал отчим Помпея против Домиция Кальвина, на левом крыле – Домиций Меднобородый, которого Цезарь при Корсиниуме взял в плен, но потом отпустил. Помпей на крайнем левом фланге выставил всю свою конницу, 7 тыс. человек, в числе которых было много знатных юношей; эта конница должна была напасть на Цезаря и рассеять его десятый легион, который всегда считался храбрейшим и при котором в сражениях находился обыкновенно сам Цезарь. Когда Цезарь заметил намерение Помпея, он выставил за десятым легионом шесть резервных когорт таким образом, что неприятель не мог их заметить, и приказал им при приближении всадников броситься на них и бить их дротиками. «Эти нежные и красивые оруженосцы, – сказал он, – слишком заботясь о своих физиономиях, не устоят и дрогнут при виде железа, направленного им прямо в глаза». В то время когда Цезарь отдавал эти приказания, Помпей верхом на лошади осматривал стоявшие в боевом порядке войска и заметил, что солдаты Цезаря, старые и привыкшие к бою галльские воины, спокойно ожидали момента атаки, между тем как большая часть его собственного войска, неопытного в военном деле, двигалась туда и сюда в постоянном беспокойстве и беспорядке. Так как он опасался, что боевая линия при начале сражения может быть разорвана, то он приказал, чтобы передовая линия, сомкнувшись в тесные ряды и не уклоняясь, ожидала неприятеля – мера, которую Цезарь порицает в своем сочинении о гражданской войне, говоря, что быстрое нападение, как звук трубы, придает солдатам храбрость, а спокойное стояние на месте при приближении неприятеля уменьшает ее. Цезарь повел свои легионы в атаку; на середине промежутка, отделявшего его от неприятеля, он на некоторое время остановился и затем, видя, что ряды Помпея все еще не двигаются с места, приказал своим быстро двинуться на них. К. Крастин, еще в прошлом году бывший первым центурионом десятого легиона и теперь снова вступивший в него, воскликнул, что он живым или мертвым заслужит благодарность своего полководца, бросился вперед и вместе с другими 120 воинами врубился в неприятельские ряды. Когда он был убит, схватка на этом плане сделалась всеобщей. Тогда вся конница Помпея в сопровождении множества стрелков из лука и пращников бросилась на конницу Цезаря, которая в порядке отступила перед натиском этой массы, затем всадники Помпея атаковали пехоту Цезаря на правом крыле, желая окружить ее. Вдруг шесть когорт, до сих пор скрывавшихся, двинулись на эту конницу, направив свои копья на всадников. Всадники в страхе побежали на самые высокие холмы. Шесть когорт уничтожили большую часть легких войск, которые не могли так скоро бежать, и затем бросились на левое крыло Помпея, которому еще раньше пришлось защищаться против десятого легиона. Когда же Цезарь ввел в дело свежие войска своего третьего отряда, тогда левое крыло Помпея обратилось в дикое бегство. Этим решилось все сражение, так как вслед за тем обратились в бегство и центр и правое крыло Помпея, сражавшиеся до тех пор с переменным успехом.
Когда Помпей по поднявшейся пыли узнал, что его конница, на сильном натиске которой он основывал свою уверенность в победе, была отбита, то он с тяжелым, горестным чувством повернул свою лошадь к лагерю, куда последовала за ним часть его войска. Без слов, как окаменелый, сидел он в своей палатке, когда в полдень солдаты Цезаря, не удовлетворившегося половинной победой, начали штурмовать лагерь. Помпей, пробудившись от своего оцепенения, поспешно переменил платье и, сев на лошадь, бежал с немногими другими по направлению к Лариссе, Солдаты Цезаря с удивлением увидели, что в лагере Помпея все палатки увенчаны миртовыми ветвями и украшены разноцветными коврами; кругом стояли сосуды, полные вина, на столах – кубки; неприятель, очевидно, сделал все приготовления к победе. Утомленные победители надеялись, что им можно будет расположиться на месте врагов и воспользоваться их праздником; но торжествовать было еще рано, следовало еще окружить окопами возвышение, на котором находилась большая часть рассеянного неприятельского войска. На следующее утро осажденные, испытывая недостаток в воде, спустились на равнину и сложили оружие. Цезарь в этой битве, по его собственным показаниям, потерял только 200 солдат и 30 центурионов; другие определяли его потерю в 1 200 человек. Из воинов Помпея пало до 15 тыс., более 24 тыс. сдались. Победитель обошелся с ними весьма мягко. Еще на поле битвы он приказывал воинам щадить граждан; после битвы он отпустил попавших в его руки сенаторов и всадников, не причинив им никакого вреда, а пленных солдат включил в свои войска.
Звезда Помпея потухла. Оставив свое рассеянное войско, он бежал через Лариссу в Темпейскую долину. Здесь, умирая от жажды, он бросился на землю и напился из реки Пенея; затем снова встал и побежал через долину к морскому берегу. Проведя остаток ночи в рыбачьей хижине, он поехал в лодке вдоль берега по морю, пока не встретил римское торговое судно, которое перевезло его на остров Лесбос. Его сопровождали только немногие, в том числе и царь Дейотар; Фавоний, бывший претор, услуживал ему во время этого переезда, как раб своему господину, так как Помпей, прежде чем взойти на корабль, отпустил своих рабов. На Лесбосе находилась жена Помпея, Корнелия, со своим младшим сыном; он отослал ее сюда раньше, заботясь о ее безопасности. Так как он не решился пристать к Митидене, то послал к Корнелии вестника, который пригласил ее к нему на корабль. Несчастная женщина грезила о победах своего мужа, а теперь он являлся к ней беглецом, неуверенным даже в своей жизни. Когда вестник более слезами, чем словами познакомил ее с несчастной судьбой ее мужа, она упала на землю и долго лежала без слов и без движения. Снова придя в себя, она поспешила отправиться из города на берег моря. Там, жалуясь на себя и на несчастный жребий своего мужа, она бросилась в объятия вышедшего ей навстречу Помпея. Он утешал ее, указывая на будущее, которое при новом счастливом повороте судьбы может возвратить им все ими утраченное. Взяв жену и друзей своих на корабль, он отправился на юг, к азиатскому берегу, не зная, куда ему ехать. В Атгаде, в Памфилии, он нашел несколько трирем из Киликии, вокруг него стали собираться солдаты, и он снова увидел себя окруженным 60 сенаторами. Он мог надеяться найти себе еще где-нибудь убежище, где бы ему можно было собрать своих друзей и войско для продолжения борьбы. Когда он со своими друзьями совещался на Кипре, куда направиться, митиленец Феофан указал на Египет, где царствовал тогда молодой птоломеец Дионис, отец которого, Птоломей Авдет, был обязан своим престолом Помпею. Это предложение было принято, и Помпей со своей женой направился в море, другие последовали за ним на военных и торговых судах. Молодой царь вел войну со своей сестрой Клеопатрой и в это время находился в Пелузиуме; туда направился Помпей, выслав одного из своих вперед, чтобы возвестить Птоломея о своем прибытии и просить его о приеме. Но в это время вместо малолетнего царя в Египте управляли камергер Потин, ритор Теодот и полководец Ахилл. Они стали советоваться между собою, как поступить с Помпеем. Они не осмеливались высказаться ни за, ни против него и, наконец, решили убить его. «В таком случае, – заключил Теодот, – будет доставлено удовольствие Цезарю, да и Помпея нечего уже будет бояться, потому, что мертвый не укусит», – прибавил он с усмешкой.