У одного из учеников преподобного болел глаз. Больной, сильно страдая, усиленно искал лекаря. Святой же дал ему свои четки и приказал тысячу раз произнести молитву Иисусову. Но понуждаемый сильными страданиями, больной едва исполнил половину приказанного числа. Произнеся пятьсот раз молитву и заметив исцеление своего глаза, инок от радости с поспешностью пошел к преподобному, чтобы сообщить ему о своем выздоровлении. Но прозорливый старец опять повелел ученику возвратиться к себе для окончания заповеданного числа молитв.
Благочестивые миряне поведали преподобному и сидевшим в его келии братьям об оставлении архимандритства тогдашним архимандритом подмосковного Симонова монастыря. При этой вести начался разговор о том, кто будет Симоновским архимандритом: один назвал такого-то, другой — иного. Святой же, взглянув на своего очень юного новопостриженного ученика по имени Вассиана, родного брата преподобного Иосифа (своего будущего жизнеописателя), и, указав на него, с улыбкой сказал: «Этот — Симоновский архимандрит». В этих словах святого обнаружилось его прозрение в более отдаленное будущее. Спустя много лет Вассиан, действительно был архимандритом Симоновского монастыря.
Раз преподобный попросил у одного князя половить рыбу три дня на одном месте Оки с тем, чтобы все пойманное пошло в пользу монастыря. Отправляя одного из служителей на эту ловитву, подвижник повелел дать ему пять гривен денег для покупки сосудов, чтобы в них посолить рыбу, пойманную в назначенный срок. Служитель не брал столько денег, не надеясь и одного малого сосуда наполнить рыбой. Преподобный прозорливыми очами посмотрел на него и велел делать, что ему приказано. Тогда посланный пошел и в три дня поймал 730 больших рыб. Столько не поймали рыболовы князя и во все лето. Предвидя чудесную ловитву, святой и повелел купить так много сосудов.
Один юноша, став иноком, подвергся искусительному действию диавола. Исконный враг людей являлся ему в разных образах: то в образе неизвестного зверя или черного пса, а иногда в то время, когда инок сидел в келлии, подобно медведю, он ходил кругом келлии и ударял по ее стенам. Старец повелел юному иноку прочесть при нем Псалтирь. Как только юноша исполнил приказание святого, бесовские мечтания совершенно исчезли и он освободился от страшных призраков.
Святая жизнь преподобного Пафнутия, его благорассудительность и опытность во всяком деле, Божием и человеческом, сделали то, что не только иноки, но и многие миряне выбирали его духовным отцом себе. К нему, как к искусному врачу, шли знатные и простолюдины, богатые и бедные, добродетельные и грешные, и все получали полезные советы и должные епитимии. В приеме приходящих у святого не было никакого лицеприятия. Не боясь сильных и не щадя гордых, подвижник был очень ласков со смиренными.
Преподобный Иосиф Волоколамский пишет о своем учителе преподобном Пафнутии, что когда нужно, он был милостив и снисходителен, но подчас бывал суров и гневен, если это требовалось. Духовные дети преподобного почитали его и боялись. Георгий Васильевич, князь Дмитровский, рассказывал, что, когда он шел на исповедь к преподобному, у него подгибались колена. Зато духовные дети, выбрав преподобного отцом своим, не разрывали с ним общения и за гробом. Один раз, задремав на пороге церкви перед заутреней, преподобный видел во сне, будто открылись врата обители и вошло множество народа со свечами, направлявшегося к церкви, а в середине был князь Георгий Васильевич. Придя к церкви, князь поклонился ей, потом духовному отцу. Преподобный спросил его: «Сын и князь, ты уже преставился?» — «Да, честный отче!» — «Каково же тебе там ныне?» — спрашивает преподобный. — «Твоими святыми молитвами Бог дал мне добро. Особенно же потому, что когда я шел под Алексин на безбожных агарян, покаялся у тебя во всех грехах». В это время начали звонить к заутрене и преподобный пробудился.
Преподобный был очень милостив и нищелюбив. Проповедуя милосердие словом, подвижник осуществлял эту добродетель на деле. В Боровской стране случился сильный голод, и преподобный усердно питал в обители своей голодающих, приходивших из окрестных сел. Так собиралось ежедневно до тысячи человек, даже более, и милосердный подвижник истощил все запасы монастыря. На следующий год Господь послал умножение плодов земных.
Преподобный Пафнутий жил до глубокой старости — до 83 лет, из которых 63 года он провел в иноческих подвигах. Отрекшемуся от всех утех земных, живущему лишь для Бога и для вечности преподобному оставалось только освободиться от всего временного и перейти к тому вечному, уготованному Богом для любящих Его, чего око не виде и ухо не слыша и на сердце человеку не взыдоша.
Господь открыл святому старцу за целую седмицу день его блаженной кончины, и подвижник готовился встретить ее мирно и непостыдно. Все эти дни при святом находился ученик его Иннокентий, который оставил описание последних дней жизни своего святого учителя.
Это происходило весной 1477 года, вскоре после праздника Святой Пасхи, бывшего в тот год 6 апреля.
В четверг третьей недели по Пасхе (24 апреля), после утрени святой вышел с Иннокентием к пруду, который сам выкопал. Заметили они, что сквозь запруду протекает вода. Преподобный учил Иннокентия, как преградить путь воде; потом вернулся в обитель ввиду наступившего времени святой литургии. При уходе старца ученик просил его прийти на работу после обеденного часа. В ответ на это святой сказал: «Невозможно мне прийти, потому что я имею иное, более нужное и неотложное дело». После литургии святой старец трапезовал с братией, потом послал за Иннокентием и приказал ему идти к пруду. Иннокентий пошел в келлию святого и, увидевши своего наставника седящим на одре, напомнил ему о работе. «У меня есть другая нужда, которой ты не знаешь; сущий соуз разрешитися хощет», — ответил святой. Иннокентий был так смущен словами старца, что, выйдя с тремя братиями на работу, ничего не мог сделать. Вернувшись в монастырь, ученик нашел подвижника опять сидящим на одре. Старец приказал передать князю Михаилу Андреевичу, чтобы он не приходил в обитель, потому что приспело иное дело. В этот день святой не ходил в церковь ни на вечернее, ни на послевечернее правила, но велел Иннокентию совершить их в своей келлии. Братия подошли к келлии преподобного, чтобы узнать, почему он не явился на богослужение. Но подвижник никому не позволил войти к себе и просил всех собраться на следующее утро. Отпуская от себя ученика, подвижник сказал ему: «В такой же четверг я освобожусь от своей немощи». Всю ночь святой провел в молитве.
Утром в пятницу 25 апреля братия монастыря приходили к преподобному прощаться и получить от него благословение. Иноков в монастыре было тогда 95 человек, и все до одного собрались к болящему подвижнику, даже немощные и слепые. Простившись с братией, преподобный пошел к литургии, поддерживаемый своими учениками.
У святого старца был многолетний обычай — поститься перед приобщением Святых Таин и проводить в молчании целую седмицу. Молитвой готовился преподобный к приобщению великой святыни и лишь только начало светать, повелел преподобному Иосифу прочесть правило ко Причащению. Приобщившись Животворящих Христовых Таин в храме за Божественной литургией в воскресенье 27 апреля, святой старец приведен был в келлию.
«Братия, сами собой сохраняйте чин церковный и строй монастыря. Не переменяйте сроков церковной молитвы. Священников почитайте, как и я, и не лишайте их платы, чтобы не оскудела Божественная служба, ибо от нее зависит успех во всем. Не затворяйте трапезы своей от странника, заботьтесь о милостыне, просящего не отпустите ни с чем. Трудитесь в рукоделиях; но удаляйтесь от мирских бесед; заботливо храните посты и праздники и имейте милосердие и смирение, и Господь воздаст сторицею в сем веке, а в будущем дарует Жизнь Вечную.
Мне, братия, кто приказывал монастырь сей основать? Сама Пречистая Царица изволила. Она возлюбила это место прославления имени Своего, воздвигла храм Свой, собрала братию и меня, нищего, много времени питала и покоила вместе с братией. И теперь, когда я, смертный человек, смотрю в гроб и не могу помочь себе, Сама Царица Небесная может устроить полезное Своей обители, как Она начала это. Вы знаете сами: не княжеской властью, не богатством сильных, не золотом и не серебром воздвигалась эта обитель, но изволением Божиим и волею Пречистой Его Матери. На Нее возлагаю всю надежду. Своею милостью Она покроет меня на мытарствах от насилия мрачных и лукавых духов, а в день праведного суда избавит вечной муки и причтет к избранным. Если же я получу благодать, то не промолчу молиться о вас ко Господу. И сами вы будьте поэтому усердны: живите чисто, не только так, как жили при мне, но и еще лучше; содевайте спасение со страхом и трепетом, чтобы ради ваших добрых дел я почивал мирно, чтобы вселились добре пришедшие сюда после меня. Да обретете вы покой по кончине своей. Пусть каждый пребывает в том звании, в котором призван. Не возвышайтесь паче меры, это не полезно вам, но и душевредно. Не возноситесь над немощными братьями ни мыслью, ни делом, но долготерпите о них, как о членах своих. Ей, чада, спешите делать добро».