В 1926 году Любищев переехал в Самару.
В Самаре он был назначен профессором кафедры зоологии Сельскохозяйственного института. Он успешно провел несколько работ, связанных с проблемами сельского хозяйства, много занимался прикладными работами. «Занятия прикладной энтомологией, – вспоминал позже Любищев, – мне были небесполезны и для моих чисто научных занятий. При работе с пилильщиком и изозомой я довольно хорошо практически овладел приемами математической статистики, а это уже привело впоследствии к углубленному знакомству с теми методами, которые я сейчас намерен применять в области систематики насекомых. Если я успею выполнить свои главнейшие планы, то придется сказать, что мое отвлечение в область прикладной энтомологии не было ошибкой…»
В 1930 году Любищев переехал в Ленинград, где начал работать во Всесоюзном институте защиты растений.
«Главной причиной переезда для отца, – писала Е. А. Равдель, – была надежда на то, что освобождение от преподавательской деятельности увеличит время на работу как по прикладной энтомологии, так и по общим проблемам биологии. Именно в этом он и ошибся: научной работой в Ленинграде ему пришлось заниматься мало.
Незадолго до переселения в Ленинград (в начале мая 1930 года) отец ездил на IV Съезд зоологов в Киев. Там были поставлены доклады по общебиологическим вопросам, в том числе (по предложению И. И. Шмальгаузена) доклад отца: «О логических основаниях современных направлений в биологии». Отец писал: «Мой доклад носил общий характер и был дальнейшим развитием доклада на III Съезде „Понятие номогенеза“. Номогенез, конечно, не является отрицанием морганизма, но ограничивает его, и поэтому на IV Съезде тогдашние защитники морганизма были в числе моих противников». Прения по докладу вызвали большое оживление; многие участники Съезда защищали в то время чистый морганизм. Среди них были М. Л. Левин, С. Г. Левит, Б. М. и М. М. Завадовские, А. С. Серебровский, И. И. Презент, И. М. Поляков, Е. А. Финкельштейн, М. М. Местергази. Против этой группы выступило значительное число зоологов, «не объединенных какой-либо общей идеей». Их позицию особенно ярко выразил палеонтолог Д. Н. Соболев. Имея в виду постоянные ссылки «морганистов» на классиков марксизма, он убедительно показал неправомерность прикрытия постулатов морганизма цитатами из работ Маркса и Энгельса. Ю. А. Филипченко произнес в защиту свободы научных убеждений блестящую речь, вызвавшую наибольшее количество аплодисментов».
Плановой работой Любищева в Институте защиты растений было определение экономического значения вредителей – злаковых мух, другими словами, в Ленинграде он продолжил работы, начатые еще в Самаре. Любищев побывал в Белоруссии, в Крыму, в Нижнем Поволжье, в Закавказье, в Узбекистане; тогда же он познакомился с американским биологом Ч. Блиссом, работы которого оказались ему близки своим математическим подходом.
К сожалению, условия работы в институте складывались сложно для Любищева.
Хотя в 1935 году ему было присуждена степень доктора сельскохозяйственных наук без защиты диссертации, И. А. Зеленухин, директор института, относился к ученому подозрительно и всячески противился внедрению в научные исследования института математических методов. Дело дошло до того, что в 1937 году на одном из Ученых советов против Любищева выдвинули политическое обвинение – в намеренном преуменьшении им экономического значения вредителей.
«…Ученый совет, – вспоминала Е. А. Равдель, – решил ходатайствовать перед ВАК о лишении отца докторской степени, а Зеленухин уволил его „за невыполнение плана работ“. Однако еще до этого И. И. Шмальгаузен пригласил отца на должность заведующего Отделом экологии Института зоологии украинской Академии наук и к тому времени отец уже был зачислен на работу в Киеве. Безработица ему не угрожала, но, как написано им в дневнике того времени, чувствовал он себя неважно.
Надо сказать, что ВАК (Высшая аттестационная комиссия) подтвердила свое прежнее решение о присуждении отцу докторской степени. Многие из знавших его считают, что именно тогда наиболее ярко проявились его особенности ученого и человека – стойкость в убеждениях, сила воли и антипатия к компромиссам. Позиция отца в оценке значения вредителей злаковых растений была подтверждена в послевоенных работах крупных специалистов биологов».
1938 году Любищев переехал в Киев.
В Институте биологии Академии наук УССР он совмещал теоретические исследования с практической работой в Отделе защиты растений Украинского института плодоводства.
В 1941 году, в самом начале войны, ученый был эвакуирован в Среднюю Азию – в город Пржевальск. Там в местном Педагогическом институте он заведовал кафедрой зоологии. В 1943 году Любищева пригласили в столицу Киргизской ССР – город Фрунзе. Во Фрунзе он заведовал эколого-энтомологическим отделом Киргизского филиала Академии наук СССР и возглавлял кафедру зоологии Киргизского сельскохозяйственного института. Одновременно в течение четырех лет он был председателем Государственной аттестационной комиссии на трех факультетах сельскохозяйственного института – биологическом, физико-математическом и географическом.
К сожалению, прямота Любищева, его любовь к полемике, опять создали для него некоторые проблемы. Он считал, что прогресс науки состоит не в накоплении окончательно установленных истин, а в последовательной и постоянной смене постулатов, понятий, теорий. «Поэтому не на основе фактов строятся теории, как думают представители так называемой индуктивной науки, – говорил он, – а всегда на основе теории факты укладываются в систему». Из-за склонности Любищева к полемике он часто оставался непонятым. Обиженные Любищевым коллеги награждали ученого отнюдь не безобидными ярлыками – антидарвинист, виталист, идеалист.
Идеалистом Любищев, конечно, не был.
Просто он отрицал механистические воззрения на природу и не принимал никаких источников познания, кроме реального человеческого разума.
«Всякое исследование, – писал он, – должно стремиться к тому, чтобы удовлетворить следующим трем требованиям: 1. Оно должно быть целеустремленным, т. е. иметь перед собой определенную, подлежащую решению задачу; 2. Оно должно быть эффективным, т. е. полученные выводы должны быть достаточно надежны, для того чтобы обладать принудительной силой, и мера надежности должна быть известна; 3. Наконец, оно должно быть экономным, т. е. должно быть осуществлено с минимальной затратой сил и средств».
В 1950 году Любищев переехал в Ульяновск. Здесь ему предложили кафедру зоологии в Педагогическом институте. В Ульяновске он прожил двадцать с лишним лет.
«Выйдя на пенсию (1955) – вспоминала дочь ученого, – отец продолжил исследования по теоретической биологии, начало которым было положено в ранней юности – он ведь поставил перед собой задачу создать естественную систему организмов. Накопленный материал ждал обработки. Отец составил план, разделенный на пятилетия. Эти планы сохранились в его дневниках. Он должен был обработать весь материал и создать стройную систему естественных форм. Отец начал и полагал, что успеет закончить книгу „Линии Платона и Демокрита в развитии культуры“. Сначала он замышлял эту работу как предисловие к книге по систематике организмов, в которой он собирался выразить также и свои философские взгляды на развитие жизни. В ходе работы оказалось, что именно противопоставление идейных линий Платона и Демокрита в истории культуры создает нужный угол зрения для надлежащей постановки и решения вопросов, наиболее сильно волновавших его в науке. Отец настолько сильно увлекся рассмотрением линий Демокрита и Платона, что отложил все, считавшееся в его плане основным.
Вообще жизнь отца в пенсионный период шла относительно спокойно, научная продуктивность в это время была, по-видимому, самой высокой: он был свободен от официальной деятельности. Еще перед концом войны он твердо решил, что в Ленинград не вернется. Нам, своим детям, он много раз говорил и раньше о своем неприятии ленинградского и московского образа жизни и стиля работы, связанных с поездками по городу на большие расстояния, суетой больших городов, многочисленными заседаниями и сверхобилием ежедневных текущих дел. Он понимал, конечно, что в Москве и в Ленинграде концентрировались главные культурные силы, но свое стремление покинуть город, в котором он родился, вырос, учился, где сложились основы его духовной жизни, направления творчества, он обосновывал тем, что ему будет гораздо спокойнее и лучше жить в маленьком городе, работать там большую часть года, а в большие центральные города лишь наезжать, чтобы участвовать в конференциях, съездах, работать в библиотеках и музеях. Все, что от него зависело в этом отношении, он выполнил: каждый год приезжал в Москву и Ленинград, где нередко имел возможность выступать с докладами и сообщениями. В последние годы у него завязались новые творческие связи, особенно с представителями молодого поколения ученых. Большей частью это были физики и математики, именно они проявляли особенный интерес к работам и идеям отца. В Академгородке Новосибирска он также встретил молодых ученых, с интересом и сочувствием слушавших его выступления. Среди них были люди той же специальности, что и отец, – биологи, в том числе и энтомологи, но немало было и представителей точных наук. В Ленинграде он делал доклады на биоматематическом семинаре факультета прикладной математики университета, на семинаре в Институте цитологии АН СССР, во Всесоюзном энтомологическом обществе. Несколько раз он выступал и в различных научных обществах Москвы. Его доклады неизменно встречали живой интерес у слушателей, который подчас переходил в те или иные формы длительного научного общения».