После войны Грейг продолжал преобразования. В 1829–1830 годах были введены в строй в Николаеве мортонов эллинг, эллинг для кораблей и эллинг для фрегатов, открыто уездное училище. Однако с 1830 года адмирал оказался в трудном положении. Морской историк Е. И. Аренс отмечал:
«Последние годы службы почтенного адмирала Алексея Самуиловича Грейга на юге были сильно омрачены доносами и наветами подпольных клеветников, вымещавших на нем свои неудачи в разного рода нечистоплотных аферах или личные неудовольствия. Грейг вышел из этой грязи безупречно чистым, каким он действительно всегда и был, но жизнь его уже была отравлена».
Вероятно, и недостаточно жесткая позиция Грейга в подавлении Севастопольского восстания побудила Николая I искать ему смену на посту главного командира. 14 августа 1830 года по высочайшему повелению Грейг прибыл в Санкт-Петербург и получил денежную награду в 50 тысяч рублей.
Назначенный председателем Комитета по улучшению флота при Главном морском штабе, Грейг руководил его заседаниями в Санкт-Петербурге с 24 октября 1830-го по 23 мая 1831 года, оставаясь одновременно главным командиром Черноморского флота Комитет рассматривал многочисленные предложения по совершенствованию различных отраслей морской службы известных моряков (М. П. Лазарева, А. И. Казарского, И. Ф. Крузенштерна, А. П. Авинова, инспектора корпуса корабельных инженеров генерал-лейтенанта Брюн Сен-Катерин и других). На 53 заседаниях были рассмотрены 356 вопросов. Немало предложений самого Грейга, опробованных на Черном море, было рекомендовано внедрить во всем флоте. Не зря комитет называли комитетом Грейга.
В числе предложений были одобрены: введение мортоновых эллингов; усовершенствование иолов Балтийского флота; применение формул для расчета числа команды, веса якорей, толщин якорных канатов, размеров стоячего такелажа; введение правил составления чертежей кораблей с указанием тактико-технических элементов («стихий») по примеру корабля «Париж»; замена в технической документации расплывчатого по тем временам понятия «вместимость» точным расчетным понятием «водоизмещение»; применение войлочных прокладок под обшивкой; замена смоленого такелажа «белым»; лужение железного крепления; отмена каменного балласта; использование машин Боннета для очистки воздуха; сооружение прочных и жестких поперечных переборок; уменьшение толщин и веса снастей; замена на нижних батареях коротких пушек длинными; установка усовершенствованных пушек («по чертежам Черноморского флота»); проведение экспериментов с единорогами по стрельбе бомбами и брандскугелями, введение усовершенствованных прицелов.
Только в августе 1831 года Грейг смог вернуться на Черное море. Здесь у него возникали трения с другими флагманами. По предложению адмирала, 17 февраля 1832 года начальником штаба Черноморского флота был назначен контр-адмирал М. П. Лазарев, однако дела задержали его на Балтике до весны. Летом Лазарев с Грейгом осмотрели восточное побережье Черного моря. Адмирал предоставил предложения о создании Кавказской береговой линии, которую пришлось сооружать уже его преемнику. Лазарев получил представление о сильных и слабых сторонах флота и Севастополя как главной базы. Грейг неоднократно разговаривал с начальником штаба, и тому показалось, что адмирала обуяло равнодушие к службе, вызванное слабой поддержкой Императора и ссорой с Меншиковым.
В октябре 1832 года началась переписка между Грейгом и Меншиковым о подготовке намеченной на следующую кампанию экспедиции в Босфор. На запрос начальника морского штаба Грейг ответил, что можно вооружить 11 кораблей, 7 фрегатов, и указал, что именно необходимо заготовить для вооружения всего флота. Император торопил, чтобы флот был готов и мог выйти в море по первому требованию. Успех египетского паши в боях с турками грозил падением власти султана в Константинополе. Посему следовало отправить суда еще зимой. Меншиков сообщал, что Император, по слабости здоровья Грейга, поручил отправить в море эскадру под флагом Лазарева, но только в том случае, если главный командир сочтет нужным остаться на берегу. Последнее было написано вследствие того, что главный командир 7 ноября сообщал Меншикову, что по состоянию здоровья не может возглавить эскадру.
Через несколько дней прибыла инструкция A. C. Меншикова от 24 ноября 1832 года, в которой была выражена воля Императора приложить старания к вооружению пяти кораблей, четырех фрегатов, нескольких мелких судов и отправить их под командованием Лазарева в Босфор по первому требованию статского советника А. П. Бутенева, посланника в Константинополе. Эскадре следовало защищать турецкую столицу от египетских войск, для чего занять такое положение в проливах, чтобы не допустить египетский флот к Константинополю, а армии не позволить переправиться в Европейскую Турцию. Адмирал отвечал:
«Милостивый государь князь Александр Сергеевич.
С чувством глубочайшего благоволения прочитал я в письме вашей светлости слова Всемилостивейшего снисхождения Его Императорского Величества к слабому моему здоровью, и к крайнему сожалению должен уведомить вас, милостивый государь, что ненадежность состояния оного принуждает меня воспользоваться таковым монаршим снисхождением в представлении другому принять начальство над изготовляемым ныне в кампанию флотом.
Посему, назначая к командованию им контр-адмирала Лазарева, я по крайней мере утешаюсь мыслью, что при настоящем случае служба ничего не потеряет, имея начальником флота адмирала, коего известные до сего опытность, усердие и деятельность ручаются за отличные действия его по возлагаемым на него вновь обязанностям».
10 января главный командир дал Лазареву предписание:
«Вследствие высочайшей Государя Императора воли предлагаю в. пр-ву с получением сего вывести состоящую под начальством вашим эскадру на рейд и содержать оную в таком положении, дабы она по первому повелению могла отправиться в море, производя нижним чинам в числе положенной им морской провизии вместо солонины и сухарей свежее мясо и печеный хлеб».
2 февраля 1833 года первая из трех эскадр под флагом контр-адмирала Лазарева оставила Севастополь и направилась в Константинополь. Успешно выполнив задачу, после заключения Ункияр-Искелесийского договора между Турцией и Россией русские корабли вернулись к своим портам. Вскоре после возвращения Лазарева, доказавшего умение командовать эскадрой, 2 августа 1833 года Император назначил Грейга членом Государственного совета, а Лазарева — временно исполняющим его должность. 31 декабря Лазарева утвердили в должности главного командира Черноморского флота и портов и военного губернатора Николаева и Севастополя.
Еще до нового назначения Грейг оказал стране огромную услугу. В конце июля 1833 года морской министр направил ему на рассмотрение проект соединения всей морской части флота в Севастополе. Адмирал ответил, что проект основан «на ошибочных соображениях сочинителя с упущением из вида самых важных обстоятельств, со вредом государству сопряженных… а потому проект этот в существе своем ничего не обещает, кроме величайших и невознаградимых пожертвований многолетними издержками и попечением правительства, разорением одного из лучших городов в Новороссийском крае с большей частью его жителей, необычных и даже отяготительных для казны расходов на возведение того в Севастополе, что в Николаеве уже существует, на тот только конец, дабы в будущем навсегда увеличить государственный расход и что всего важнее подвергнуть опасности разорения господствующий ныне на Черном море флот наш, со всеми имеющимися теперь способами к возобновлению и поддержанию оного, одним из неотразимых ударов сильного и предприимчивого неприятеля.
Впрочем, как соединение всех частей черноморского управления и верфи в Севастополе будет сопровождено теми же выгодами и невыгодами, какое имело бы подобное соединение главного управления Балтийского флота со всеми оного частями и кораблестроением в Ревеле, то из сего ваше высокопревосходительство заключит, как об удобстве и пользе, так и о благоразумии оного».
Такое образное объяснение, разъясняющее ситуацию людям, мало знакомым с условиями Черного моря, сыграло свою роль: главное управление Черноморского флота осталось в Николаеве. Как известно, в годы Крымской войны Черноморский флот погиб в осажденном Севастополе, однако сохранилась та кораблестроительная база, которая позволила его со временем восстановить.
Оставляя Николаев, в приказе 7 октября A. C. Грейг обратился с благодарностью ко всем чинам флота и обещал при необходимости свою помощь. Действительно, он не раз являлся ходатаем по делам черноморцев, которые обращались к нему. На прощальном обеде жители Николаева вручили Грейгу адрес, в котором перечислили заслуги адмирала в развитии города и в ярких выражениях высказали свою благодарность. При отъезде многие николаевцы собрались у дома адмирала и проводили его до заставы.
