Окружение царя-освободителя стало меняться. Роль III Отделения с.е.и.в. канцелярии, несмотря на гласность и европеизацию страны, освобожденной от крепостного права, не только не ослабла, но с 1866 г., после покушения и казни Каракозова, усилилась. Вновь назначенный главноуправляющий III Отделением и шеф жандармов Шувалов приобрел решающее влияние в «верхах» и лично на Александра II. Недостаток воли, свойственный Александру II вообще, в эти годы особенно заметен. Вплоть до отставки в 1874 г., Шувалов сосредоточивал непомерную власть и могущество, играя роль, близкую временщику. А. Ф. Кони считал правление Шувалова «властительством над судьбами русской внутренней политики и над душою напуганного покушением Каракозова Государя». Смена лиц коснулась многих ключевых постов. Министром народного просвещения назначен обер-прокурор Священного Синода Д. А. Толстой, поборник реакции, откровенный противник либеральных преобразований своего предшественника Головнина. Два других назначения в том же роде: министром юстиции стал К. И. Пален вместо либерального Замятнина, министром внутренних дел А. Е. Тимашев, поддержанные Шуваловым. Д. А. Милютин не раз был готов выйти в отставку, теряя надежду противостоять всесилию Шувалова. Так называемые «новеллы» к реформам 60-х гг. вносили реакционные коррективы в недавно принятые законодательные акты. Административная власть повсеместно усилилась, контроль за земским самоуправлением, за печатным словом ужесточился, начальная школа подчинена прямому надзору министерских чиновников, независимые судьи подвергались давлению администрации.
Но и в этой изменившейся обстановке возврата к охранительным принципам в правительственной политике Александр II все же продолжал реформы, хотя и вяло, инертно, без прежней напористости и воодушевления. В 1870 г. было принято законодательство о городском самоуправлении (в отрыве от земского на шесть лет). Подготовка военных реформ растянулась до 1874 г., когда наконец был сделан решительный шаг к модернизации армии — принят закон о всеобщей воинской повинности. Толчком к решению Александра II дать согласие на важнейшую из военных реформ послужили внешнеполитические события — франко-прусская война 1870 г., продемонстрировавшая преимущества современной организации и современного оснащения армии. Александр II и правительство постепенно, но совершенно очевидно утрачивали инициативу в проведении крупномасштабных преобразований, начатых отменой крепостного права. И вместе с тем усиливались репрессивные меры борьбы не только с революционным, но и с либеральным общественным движением. Д. А. Милютин, сохранявший пост военного министра в течение 20 лет (1861 -1881 гг.), прекрасно знавший Александра II и правительственную политику, говорил о годах, последовавших после 1866 г.: «…в последние 14 лет застоя и реакции все строгости полицейские не только не подавили крамолу, но, напротив того, создали массу недовольных, среди которых злонамеренные люди набирают своих новобранцев». Он говорил об этом на совещании министров у Александра II 21 апреля 1881 г., где решался вопрос о дальнейшей политике и программе действий правительства. «Я доказывал, — передает он далее в своем дневнике, — что недоконченность начатых реформ и отсутствие общего плана привели к тому, что по всем частям государственного организма ощущается полный хаос». Это мнение разделяли многие деятели реформ, их сторонники и даже оппоненты. И что еще важнее, сам ход исторических событий, неопровержимые факты подтверждают справедливость наблюдений современников.
Внимание Александра II в этот период его царствования было сосредоточено не столько на законодательной деятельности, сколько на решении имперских задач — приобретении новых территорий, особенно в Средней Азии, урегулирование пограничных проблем, на европейской политике и пересмотре условий тягостного для России Парижского мира.
На 1866 г. приходится пик развития дружественных отношений между Россией и США и решение о продаже Русской Америки. Решение, в котором выразилась давняя идея о континентальном, а не морском будущем России (отказ от приобретения далеких заморских территорий обозначился еще в 1818 г., когда Александр I и К. В. Нессельроде отклонили предложение о принятии в русское подданство Гавайских островов). Личная позиция Александра II в вопросе продажи Аляски и всемерном укреплении отношений с США была определенной и не являлась неожиданностью. Еще во время кровопролитной гражданской войны между северными и южными штатами посылка русских эскадр в Америку под командованием контр-адмирала С. С. Лесовского и их пребывание в Нью-Йорке, Филадельфии, Бостоне в 1863— 1864 гг. превратилась в демонстрацию открытой поддержки Россией Федерального Союза. И хотя непосредственная цель экспедиции заключалась в организации крейсерства в случае возможной войны Англии и Франции против России в связи с польским восстанием 1863 г. (что было известно американскому президенту Линкольну и государственному секретарю Сьюарду), тем не менее заинтересованность двух великих держав в сближении была несомненна. В связи с покушением Каракозова на Александра II правительство США не ограничилось обычной в таких случаях дипломатической процедурой, но конгресс единогласно принял особую резолюцию, и для торжественного ее вручения императору было отправлено в Россию чрезвычайное посольство во главе с заместителем морского министра Г. В. Фоксом. Когда Александру II было об этом доложено, он распорядился «принять с русским радушием» посланников «заокеанической» державы. Известный исследователь русско-американских отношений Н. Н. Болховитинов считает, что «миссия Фокса, ставшая кульминацией русско-американского сближения, во многом способствовала распространению мнения о существовании естественного союза между Россией и Соединенными Штатами» и «именно это обстоятельство… окажет существенное, если не решающее, влияние при обсуждении вопроса о продаже русских владений в Америке». Это не снимает вопроса о других причинах, в том числе финансовых (хотя 7,2 млн. долларов не могли быть решающим подспорьем для бюджета России). Главной, стратегической задачей русского правительства в этой акции было соображение об устранении очага возможных противоречий в будущем и укреплении фактического союза двух великих держав.
Спустя несколько лет был решен другой важный вопрос пограничного размежевания, на этот раз с Японией. После успешных мирных договоренностей с Китаем и присоединения к России Уссурийского края (Пекинский договор 2 ноября 1860 г.) значение Сахалина для дальневосточных территорий империи возросло. Однако вопрос о принадлежности Южного Сахалина был камнем преткновения в затянувшихся переговорах с Японией. Наконец 25 апреля 1875 г. в Петербурге был заключен русско-японский договор об обмене северных островов Курильской гряды, принадлежащих России, на Южный Сахалин.
Во второй половине 60— 70-х гг. Александр II придавал большое значение завоеванию Средней Азии, где интересы России сталкивались с Англией. Продвижение в этом регионе, развитие экономических связей с другими странами Востока, в представлении значительной части правящих кругов России и общества, давали возможность восстановить пошатнувшийся военно-политический престиж России и создать предпосылки для нажима на основного соперника — Великобританию. Особенно энергичную позицию занимало военное министерство, администрация на окраинах: наместник Кавказа, генерал-губернаторы Оренбургского края, Западной Сибири, более сдержанную — Министерство иностранных дел, опасавшееся международных осложнений, Министерство финансов, оберегавшее бюджет. Александр II с неизменным интересом и вниманием относился к этой сфере государственной деятельности и, разделяя в целом идею продвижения в Среднюю Азию, вместе с тем удерживал слишком горячие головы от неосмотрительных или поспешных действий или даже от химерических планов похода на Индию — оплот колониальных владений Англии.
Благоприятный для России исход Кавказской войны актуализировал среднеазиатскую проблему в имперской политике Александра II, и с середины 60-х гг. началось систематическое продвижение войск в этом регионе. В 1864 г. взяты, с согласия правительства, Туркестан и Чимкент, в 1865 г. — по собственной инициативе генерала М. Г. Черняева — Ташкент, о чем Валуев записал в своем дневнике 20 июля 1865 г.: «Ташкент взят ген. Черняевым. Никто не знает почему и для чего… Есть нечто эротическое во всем, что у нас делается на отдаленной периферии Империи». И хотя военный министр Д. Милютин в письме от 1 ноября 1866 г. к оренбургскому генерал-губернатору сообщал, что «царь не желает никаких новых завоеваний», но назначение вскоре в Среднюю Азию генерала К. П. Кауфмана, близкого к Александру II и военному министру, с самыми широкими полномочиями, предвещало осуществление энергичной и активной политики самодержавия. Действительно, в конце 1867 г. была оформлена организация Туркестанского края во главе с генерал-губернатором Кауфманом. В письме к Д. Милютину от 18 ноября 1867 г он утверждал, что временно необходимо приостановить наступление, чтобы заняться устройством управления края, но затем необходимо дальше двигаться против бухарского эмира. «Совершенно одобряю», — откликнулся на это своей пометой Александр II.