Привилегированный слой составляли знатные уроженцы метрополии, им доставались высшие посты в аппарате управления, армии и церкви. Участники Конкисты лишь на первых порах пользовались значительным авторитетом и влиянием. Среди них насчитывалось не так много дворян, как принято думать. Большинство испанских первопроходцев, мечтавших о гербах и титулах, получили за заслуги домовладение и небольшие земельные участки. Тем из завоевателей, кто получил энкомьенды и/или преимущественное право занимать и передавать по наследству муниципальные должности, приходилось отстаивать дарованные привилегии. Попытка короны ликвидировать институт энкомьенды путем введения так называемых Новых Законов Индий вызвала в колониях бурю возмущения. В Мексике и Центральной Америке напряжение нарастало до тех пор, пока монархия не пошла на уступки, в Перу конкистадоры подняли восстание и были готовы провозгласить своим королем Г. Писарро. Во второй половине века, когда из-за демографического спада экономическое значение энкомьенды снизилось, борьба за распределение и перераспределение общин постепенно прекратилась.
Немногочисленной, но влиятельной группой в Испанской Америке были лица, получившие образование: писцы-нотариусы, медики, священники. Материальное положение служителей Церкви и чиновников существенно варьировалось в зависимости от ранга, сана или чина. Но не все переселенцы из Европы сумели достичь успеха и разбогатеть. Ремесленникам в годы Конкисты при остром дефиците товаров удавалось добиться привилегий, но позже их социальный статус стал снижаться. Кто-то был вынужден довольствоваться малым или ни с чем вернуться на родину. К концу XVI в. многими ремеслами занимались уже не столько «белые», сколько метисы, мулаты и негры.
Креольские кланы часто были богаче уроженцев метрополии. Они владели энкомьендами, земельными угодьями, мастерскими и лавками, стадами скота и другим имуществом. В их руках сосредоточивались бразды правления на местах, контроль над внутренней торговлей, иными сферами жизнедеятельности. Но доступ к высшим должностям был для них закрыт, что вызывало напряжение внутри «белого» меньшинства Испанской Америки.
В сложной ситуации оказалось метисное население, численность которого неуклонно возрастала, а правовой статус не был определен. В основном лица смешанного происхождения попадали в услужение, занимались ремеслами и мелкой торговлей, иногда становились солдатами, чиновниками или служителями Церкви на низших должностях. Ниже всех в иерархии оказались негры-рабы. Труд африканцев использовался на плантациях и рудниках, в портах и на строительстве, немало чернокожих невольников было занято в услужении.
Корона проявляла заинтересованность в превращении индейцев-общинников в податное сословие, поэтому в середине XVI в. было запрещено обращать аборигенов в рабство. За общинами закреплялись земельные участки, что позволило взимать подушную подать и требовать выполнения трудовых повинностей. Тяжелой обязанностью для коренных жителей являлась транспортировка грузов (переноска, реже перевозка). В ряде областей Перу и Новой Испании труд общинников широко использовался на рудниках.
Метрополии и колонии: проблемы управления и административное устройство. Удаленность заокеанских владений, неоднородность их населения, сепаратистские устремления колонистов, изменения в политической ситуации на Пиренейском полуострове и иные факторы влияли на систему управления колониями. Ее формирование растянулось на десятилетия, причем подходы к решению проблемы неоднократно менялись.
Как показал печальный пример генуэзца Христофора Колумба, назначенного вице-королем, но высланного первопоселенцами в метрополию, игнорировать мнение колонистов при создании административного аппарата в заокеанских владениях было невозможно. В то же время и механическое воспроизведение традиционных институтов власти в новых условиях не давало желаемого эффекта. Испанская корона колебалась, передавая властные полномочия от одних должностных лиц и управленческих структур другим.
При Католических королях решение проблем управления колониями было возложено на Хуана Родригеса де Фонсеку, которого сменила хунта в составе двух человек, переросшая затем в Совет (1524). Входившие в него должностные лица, назначавшиеся и смещавшиеся королем, осуществляли высшую законодательную, исполнительную и судебную власть в Новом Свете. Состав совета и его полномочия постепенно расширялись.
В первые десятилетия XVI в. влиятельными фигурами в системе колониального управления оказались аделантадо, старшие алькальды и губернаторы — обычно ими становились организаторы заокеанских экспедиций, которые реально контролировали ситуацию на местах. Традиционно аделантадо считался главой военной и политической власти в пограничных районах. Старшему алькальду могла быть вверена судебная власть на какой-то обширной территории (алькальдия майор). Губернатору повиновалась провинция. Сферы компетенции перечисленных должностных лиц были четко обозначены, но они размывались в капитуляциях (договорах), заключенных между короной и конкистадорами. Однако по мере «умиротворения» покоренных земель влияние участников Конкисты падало.
В 1535 г. было образовано вице-королевство Новая Испания. До 80-х годов XVI в. в его состав входили территории, в настоящее время принадлежащие Мексике (исключая штат Чьяпас) и США (штаты Флорида, Аризона, Калифорния, Невада, Нью-Мексико, Техас, Юта, часть Колорадо и Вайоминга, а также некоторые земли в бассейне реки Миссисипи), Антильские о-ва и Северное побережье Южной Америки до устья Амазонки. С 1583 г. в состав вице-королевства были включены Филиппинские острова. Прочие испанские владения в Южной Америке и Панама в 1542 г. были объединены в вице-королевство Перу.
Непосредственно королю и Совету по делам Индий подчинялись генерал-капитанства: Санто-Доминго, включавшее владения в Вест-Индии, и Гватемала, объединявшее Чьяпас и территории современных государств Центральной Америки кроме Панамы.
По мере стабилизации колониальной системы власть сосредоточивалась в руках назначаемых монархом на определенный срок вице-королей и генерал-капитанов, которым подчинялись чиновники среднего звена. Перечисленные посты занимали уроженцы метрополии, часто аристократы, которых ничто кроме служебного долга с колониями не связывало.
В качестве консультативного органа, а также высшей судебной инстанции в колониях создавались состоявшие из 3-15 судей-оидоров коллегии (аудиенсии): Санто-Доминго (1511), Мехико (1528), Панама (1538), Лима (1543), Гватемала (1548), Гвадалахара (1548), Санта-Фе-де-Богота (1549), Ла-Плата-де-лос-Чаркас (1559), Кито (1563), Сантьяго (1565) и Чили (1563–1573). Границы аудиенсий и местоположение их резиденций изменялись. В пределах аудиенсий выделялись административно-судебные округа (коррехимьенто), причем испанским структурам подчинялись индейские коррехимьенто.
В колониях правовое положение человека зависело от того, принадлежит ли он к «республике испанцев» или к «республике индейцев». Принадлежность к «республике испанцев» означала свободу от подушной подати и право на участие в деятельности муниципальных советов, называемых кабильдо или аюнтамьенто. Полноправные горожане-домовладельцы, внесенные в официальные списки, могли занимать муниципальные должности, пользоваться выделенными городу землями, определять цены на местные товары и услуги, им были доступны различные виды хозяйственной деятельности. Домовладельцам приходилось нести бремя расходов на общие нужды, иногда выделять «подопечных» индейцев для участия в общественных работах, а также поддерживать в надлежащем состоянии оружие, верховых лошадей, чтобы участвовать в обороне города и в иных военных мероприятиях.
В индейской среде важным звеном в системе управления была община, которая считалась коллективным собственником земли и несла круговую поруку за выполнение возложенных на нее обязательств, в том числе за выплату подушной подати (трибуто). Жизнью общинников руководил передававший власть по наследству старейшина (касик, курака), который распределял земельные участки, занимался организацией общественных работ, отвечал за сбор налогов, судил соотечественников за мелкие преступления, опираясь на обычное право. Деятельность касиков контролировали особые чиновники.
В целом испанская система колониального управления отличалась жесткой централизацией, бюрократизмом, мелочной регламентацией. Несмотря на ее внешнюю стройность, функции властных органов перекрещивались, что порождало конфликты. Расходы на содержание аппарата были велики.
Устройство заокеанских владений Португалии было иным. В начале XVI в. создавались фактории, обеспечивавшие товарообмен с аборигенами. Посылаемые короной флотилии следили за тем, чтобы на побережье не закреплялись представители конкурирующих держав. В 1534–1536 гг. прибрежная зона Бразилии была разделена на 15 частей (капитаний), переданных в наследственное владение 12 дворянам. Им предстояло наладить оборону территорий и обеспечить их заселение и экономическое освоение. Поскольку не все капитаны справились с поставленными задачами, с 1548 г. по распоряжению короля начала формироваться система централизованного управления колониями. Бразды правления вручались генерал-губернаторам, которые осуществляли полномочия, опираясь на относительно немногочисленный бюрократический аппарат и небольшие воинские контингенты. После 1580 г., когда Португалия оказалась под властью Филиппа И, Бразилия фактически попала под испанский контроль.