На несколько месяцев казни и бесчинства опричников в Москве прекратились, затем все пошло по-прежнему.
Митрополит в беседах с глазу на глаз и прилюдно увещевал царя остановить беззаконные и жестокие расправы, ходатайствовал за опальных. Об одной из таких увещевательных речей сохранился рассказ современника.
Однажды, в воскресный день, во время обедни, в Успенский собор явился царь в сопровождении множества опричников и бояр. Все они были одеты в шутовскую одежду, имитирующую монашескую: в черные ризы, на головах высокие шлыки. Иван Грозный подошел к Филиппу и остановился возле него, ожидая благословения. Но митрополит стоял, смотря на образ Спасителя, будто не заметил царя. Тогда кто-то из бояр сказал: "Владыко, это же государь! Благослови его".
Филипп посмотрел на царя и проговорил:
- В сем виде, в сем одеянии странном не узнаю царя православного, не узнаю и в делах царства... О государь! мы здесь приносим жертвы бескровные Богу, а за алтарем льется невинная кровь христианская. С тех пор как солнце сияет на небе, не видано, не слыхано, чтобы цари благочестивые возмущали собственную державу столь ужасно! В самых неверных, языческих царствах есть закон и правда, есть милосердие к людям, а в России нет их! Достояние и жизнь граждан не имеют защиты. Везде грабежи, везде убийства. И совершаются именем царским! Ты высок на троне, но есть Всевышний - Судия наш и твой. Как предстанешь на суд Его? Обагренный кровию невинных, оглушаемый воплем их муки, ибо самые камни под ногами твоими вопиют о мести?! Государь, вещаю яко пастырь душ.
Царь в гневе закричал на него:
- Филипп, ужели думаешь переменить волю нашу? Не лучше ли быть тебе одних с нами мыслей?
- Боюся Бога единого, - отвечал митрополит. - Где же вера моя, если буду молчать?
Иван Грозный ударил жезлом о каменный пол и сказал, как рассказывает современник, "голосом страшным":
- Чернец! доселе я излишне щадил вас, мятежников, отныне буду таким, каковым вы меня нарицаете! - И с этими словами вышел из собора.
Народ московский, который наполнял храм, все это видел и слышал.
Лишенный возможности говорить с царем, Филипп посылал Ивану Грозному письма-грамоты, в которых уговаривал его опомниться. Письма митрополита не сохранились. Царь в гневе говорил о них, что это пустые, ничего не значащие бумажки, а чтобы унизить автора, называл их "филькиными грамотами" - и уничтожал. Но Филипп продолжал посылать свои грамоты царю.
В конце концов Иван Грозный обвинил Филиппа в "измене", в чем он обычно обвинял свои жертвы, и повелел произвести следствие о "злых умыслах" митрополита. Монахи Соловецкого монастыря под пытками дали требуемые от них клеветнические показания на своего игумена.
8 ноября 1568 года митрополит Филипп служил в Успенском соборе Божественную литургию. Вдруг в собор толпой ворвались опричники. Ими предводительствовал молодой боярин любимец царя Алексей Басманов, который развернул свиток, и удивленный народ услышал, что митрополит лишен сана. Опричники сорвали с Филиппа митрополичье облачение, погнали из храма метлами, на улице посадили в простые дровни (что было для митрополита большим унижением), отвезли в Богоявленский монастырь и заперли в темницу. Царь казнил нескольких родственников митрополита, голову одного из казненных принесли ему в тюрьму. Затем Филипп был увезен из Москвы в дальний тверской монастырь Отрочь, а год спустя Иван Грозный послал туда Малюту Скуратова, и царский опричник собственноручно задушил Филиппа.
Еще при жизни Филипп был окружен любовью и почитанием народным. Его слова тайно передавали из уст в уста. Рассказывали о таком чуде: Иван Грозный повелел затравить митрополита медведем, и однажды вечером к нему в темницу запустили лютого зверя, которого до того нарочно морили голодом. Но когда на следующий день тюремщики открыли дверь, то увидели Филиппа, стоящего на молитве и лежащего тихо в углу медведя.
Царь Федор Иоаннович - сын и наследник Ивана Грозного в отличие от отца славился благочестием - приказал перенести останки святителя из места заключения и казни - Отроча монастыря в Соловецкий монастырь, где он игуменствовал, и похоронить его там "с честию".
Вскоре проявилась чудотворная сила мощей митрополита-мученика: они давали больным исцеление от болезней. В 1648 году митрополит Филипп был причислен к лику святых.
В 1652 году по представлению митрополита Новгородского (будущего патриарха Никона) царь Алексей Михайлович распорядился перевезти святые мощи митрополита Филиппа в Москву, полагая, что поскольку Филипп не был отрешен от Московской митрополичьей кафедры, то и должен быть там, где его паства.
Подобно тому как византийский император Феодосий, в V в., посылая за мощами Иоанна Златоуста, изгнанного из Константинополя и умершего на чужбине, чтобы перевезти их в Константинополь, написал молитвенное послание к святому, царь Алексей Михайлович так же вручил Никону, назначенному сопровождать мощи, свое послание, обращенное к Филиппу.
"Молю тебя и желаю пришествия твоего сюда... - говорилось в послании, - ибо вследствии того изгнания и до сего времени царствующий град лишается твоей святительской паствы... Оправдался Евангельский глагол, за который ты пострадал: "Всяко царство, раздельшееся на ся, не станет" и нет более теперь у нас прекословящего твоим глаголам".
Встречу мощей 3 июля 1652 года за Москвой на Троицкой дороге возле села Напрудного царь Алексей Михайлович описал в письме к боярину Оболенскому: "Бог даровал нам, великому Государю, великое солнце. Как древле царю Феодосию возвратил Он мощи пресветлого Иоанна Златоуста, так и нам благоволил возвратить мощи целителя... Филиппа митрополита Московского. Мы, великий Государь, с богомольцем нашим Никоном митрополитом Новгородским, со всем священным Собором, с боярами и во всеми православными, даже до грудного младенца, встретили его у Напрудного и приняли на свои главы с великой честью. Лишь только приняли его, подал он исцеление бесноватой немой: она стала говорить и выздоровела".
Мощи митрополита Филиппа были пронесены по Москве до Кремля и поставлены в Успенском соборе. Там продолжались чудеса исцеления, о чем пишет Алексей Михайлович в том же письме: "Когда принесли на пожарище к Лобному месту, там исцелил девицу при посланниках Литвы... На площади у Грановитой палаты исцелен слепой. В соборе на самой средине стоял он десять дней, и во все дни с утра до вечера был звон, как в Пасхальную неделю. Не менее как два, три человека в сутки, а то пять, шесть, семь человек получали исцеления".
На Троицкой дороге, на месте встречи святых мощей царем, был установлен памятный знак - большой, выше человеческого роста, дубовый восьмиконечный крест с надписью, рассказывающей о событии, в память которого он установлен. Приметный, возвышавшийся у дороги, видный издалека крест и дал новое название окружающей местности - "У Креста". Когда появилась Мещанская слобода, местные жители определяли свой адрес: "в Мещанской у Креста", в ХVIII веке вернулись к прежнему, дослободскому, названию.
Крест стоял за нынешним Капельским переулком, где теперь находится дом 71.
В ХVIII веке над Крестом была сооружена часовня, в XIX веке перестроена в ампирном стиле, и в таком виде существовала до сноса в 1936 году. Сам крест перенесен в церковь Знамения в Переяславской слободе.
В царствование Алексея Михайловича в память перенесения в Москву мощей митрополита Филиппа был построен однопрестольный деревянный храм также на Троицкой дороге, но ближе к городу. В 1686 году обветшавшая деревянная церковь была заменена каменной, и в ней появился придел Алексия человека Божия - небесного покровителя царя Алексея Михайловича.
В середине ХVIII века по желанию и на средства прихожан началась перестройка храма, которая затянулась на тридцать лет. В 1777 году был принят проект крупнейшего тогдашнего московского архитектора Матвея Федоровича Казакова, строительство закончено в 1788 году. Новая церковь Филиппа митрополита Московского, поднявшись своим куполом в виде классической беседки, сквозь колонны которой просвечивало небо, над одно- и двухэтажными домиками Мещанских улиц, стала украшением района, который приобрел в ней одну из главных своих достопримечательностей.
В настоящее время храм поставлен на государственную охрану как выдающийся памятник архитектуры.
"Здание церкви Филиппа митрополита, - пишет современный историк архитектуры, - является одной из вершин русской архитектуры второй половины XVIII века. В нем отражены принципы раннего московского классицизма, для которого характерна прежде всего монументальность пропорций и строгая ордерность, выраженная не только в комбинациях форм, но и в самой структуре здания".
После революции служба в храме продолжалась до 1939 года, потом его заняли несколько учреждений: архив, лаборатория и мастерская.
