Остается неизвестным, в какой степени с согласия Бориса убийцы совершили это дело: был ли им дан положительный намек, или же, быть может, они сами поняли, что если ловко обделают это дело, то Борис сумеет их наградить, не сказавши, за что он награждает. Им не удалось получить награды; Борис только облагодетельствовал их семейства.
Вскоре после смерти царевича, 23 мая, на праздник Троицы, во время отсутствия царя, уехавшего в Сергиев монастырь, вспыхнул в Москве пожар, обративший в пепел значительную часть Белого города. Борис тотчас начал раздавать пособие погоревшим и за собственный счет отстраивал целые улицы. Несмотря на такую щедрость, в народе ходили слухи, что пожар произведен был людьми Годунова, по его приказанию, для того, чтобы отвлечь внимание столицы от совершенного убийства. Годунов, со своей стороны, обвинял в поджигательстве людей Нагих.
Менее чем два месяца спустя, столица испытала новую тревогу. Крымский хан Казы-Гирей долго обманывал Москву, уверял, что будет посылать татар на Литву, а на Москву не пошлет, и вдруг неожиданно бросился с громадною силою в русские пределы. Тогда ожидали разрыва со Швецией и сосредотачивали военные силы на севере. Хан так скоро очутился на Оке, что русские думали только о защите столицы. Осторожный Борис не взял на себя главного начальства над войском, оборонявшим Москву, а поручил его князю Федору Мстиславскому, сам же занял после него второе место. 4-го июля хан подошел к селу Коломенскому; русские стояли в обозе. Татары побились с русскими и потеряли несколько мурз. Хан ввечеру приблизился к селу Воробьеву и смотрел с вершины горы на Москву. Годунов приказал без умолку палить из пушек, а русские пленники сказали хану, что в Москве стреляют от радости, потому что туда пришли новые силы из Новгорода и других мест, и готовы на другой день утром ударить на хана. Хан немедленно бежал со всеми своими силами. Мстиславский и Годунов погнались за неприятелем, разбили его отставшие полчища близ Тулы, но хана не могли нагнать. Он ускакал в простой телеге в Бакчисарай, растерявши по дороге множество своих воинов.
Хотя Годунов, ожидая хана, сдал главное начальство Мстиславскому, но этот последний получил от имени царя выговор за то, что в своем донесении не упомянул имени Бориса. Вся честь победы должна была приписываться Борису: об этом велено было рассказывать и на чужих землях. Борис принял тогда титул "слуги", который, по тогдашнему придворному обычаю, давался за важные победы. В память спасения Москвы заложен был монастырь, названный Донским, от имени иконы Богородицы, находившейся с Димитрием на Куликовом поле; она же была и с Годуновым при защите Москвы от Казы-Гирея.
Тогда, - говорит современное повествование, - писатели сплетали безмерные, несказанные похвалы правлению Бориса, желая угодить ему и расположить к себе. Люди хоть и видели, что все это ложь, но не смели не только ничего сделать, но даже чего-нибудь помыслить против Годунова. Он отнял у всех власть и всех держал в страхе. В Алексине начали ходить толки, что Борис сам навел хана, чтобы отвлечь русских от убийства Димитрия. Годунов тотчас приказал разыскать злословивших его, предавать пыткам, заключать в темницы, резать языки, но действовал так, как будто бы все это шло не от него. Случится, - говорит то же повествование, - что кого-нибудь надобно казнить, тогда писали: "Приговорили князь Федор Мстиславский с товарищи", а если кого-нибудь жаловали или прощали, то писали: "Пожаловал царь по прошению Бориса Федоровича".
В следующем, 1592 году, у царя Федора родилась дочь Феодосия. Борис показывал вид радости, именем царя выпускал из темниц узников, раздавал милостыню духовенству, но никто не верил его искренности, и когда через несколько месяцев маленькая царевна умерла, в народе пошли толки, что Борис отправил ее на тот свет.
Борис, однако, делал свое дело и приобретал себе всеми мерами сторонников. Уже он заручился расположением духовенства. Тарханы, уничтоженные соборным приговором, оставались в прежней силе и постоянно давались новые. Духовенство видело, что Борис защищает его материальные выгоды; нужно было Борису также расположить к себе служилых людей. И вот Борис издал закон, уничтожавший Юрьев день - право перехода крестьян с земли одного владельца на землю другого. Все крестьяне обязаны были навсегда оставаться в повиновении своим помещикам и вотчинникам. Этим законом Борис до чрезвычайности угождал всей массе незнатных землевладельцев, обязанных службою и постоянно нуждавшихся в рабочих руках для достижения средств благосостояния и для исправности на службе. Надобно заметить, что к этому располагало еще и следующее обстоятельство. С открытием Сибири, с занятием земель на юге Московского государства последовало движение народа на новоселье. Пустели целые посады и волости. Один англичанин, проехавший от Вологды до Ярославля, видел по дороге до пятидесяти деревень, оставленных жителями. Если не поставить пределов такому движению, то предстояла опасность, что средина государства лишится большей части своего населения, а оставшиеся не в состоянии будут нести налогов и придут в нищету. Притом же льготы, предоставленные имениям монастырским и владычным, естественно приманивали туда крестьян от служилых землевладельцев. Борис нуждался в опоре со стороны духовенства и потому не решался огорчить его действительным отнятием у него привилегий, но, с другой стороны, он нуждался также в расположении служилого сословия. Борис прибегнул к уничтожению крестьянского перехода, мере, которая, удовлетворяя выгодам служилого сословия, вместе с тем казалась выгодною для государства. Что касается до бояр, владевших большими вотчинами, то мера эта не представляла для них на первых порах особенных выгод, так как они имели возможность давать крестьянам большие льготы и тем приманивать их к себе.
Но мера эта не по душе была народу, и с этих пор, вместо законно переходивших от владельца к владельцу крестьян, явились беглые, и число их усиливалось с каждым годом. Владельцы преследовали их, искали на них суда, заводили тяжбы, требовали возвращения крестьян; а те из крестьян, которые были поудалее, бежали в казаки или же умножали собою разбойничьи шайки. Сам Борис, стараясь удержать народонаселение в средине государства, нуждался, однако, и в расширении его на окраинах. Нашествие крымского хана убеждало его в необходимости умножать число городов на юге и населять ратными людьми. Таким образом, в конце 1593 года, Борис построил крепости вниз по реке Осколу: Белгород, Оскол, Валуйки. Хан Казы-Гирей, испытавши неудачу под Москвой, в 1594 году заключил мир и дал шертную грамоту, обещаясь не беспокоить русских пределов, но этот мир был куплен: русские заплатили 10000 рублей и одарили хана тканями и мехами, - такой мир был непрочен, потому что крымцы дружили до тех пор, пока брали подарки, а переставши получать, считали разорительные набеги лучшим средством заставить платить им снова. Чтобы обуздать крымского хана, Борис отправлял посольство в Константинополь, просил султана запрещать татарам беспокоить русские пределы, уверял, что русский государь питает любовь к султану и не слушает советов императора, папы, короля польского и короля испанского и персидского шаха, которые убеждают его идти войною на Турцию; но турецкий визирь с гордостью отвечал московскому послу, что Турция никого не боится, а если московский государь желает дружбы султана, то пусть отдаст ему Астрахань и Казань, отступится от грузинского царя, который есть подданный султана, пусть, сверх того, сведет с Дона казаков. В Турции очень хорошо понимали лживость уверений в дружбе. Действительно, московское правительство называло перед турками казаков разбойниками, однако посылало к казакам воинские снаряды и готово было пользоваться их услугами против мусульман. С императором велись несколько лет сношения: главным предметом были переговоры насчет предполагаемой войны с турками. Сношения эти ничем не кончились, кроме подарков с обеих сторон, довольно значительных, так что однажды со стороны русских было послано на воинские издержки мехов на 44000 рублей. Столько же бесплодны были сношения с персидским шахом Аббасом; толковали о том, что следует русским сообща с персиянами воевать против турок, но ни те, ни другие ничего не предпринимали. Также мало имели значения два посольства папы Климента VIII, дважды отправлявшего в Москву своего легата Комулея с целью убедить московского царя действовать против турок, а вместе с тем поговорить и о соединении церквей. Более искренни со стороны Бориса были сношения с Англией, в особенности, когда не стало дьяка Андрея Щелкалова: хотя последний был всегда во всем заодно с Борисом, но по отношению к англичанам не питал того расположения, какое оказывал к ним Годунов. Замечательно, что Елизавета до того дорожила добрым расположением к себе московского правительства, даровавшего купцам такие выгоды, что подвергла запрещению книгу Флетчера о русском государстве, где представлен в черном виде государственный строй и сам Борис является не в выгодном свете.
