Японцы заранее подготовили контрудар и надеялись, заманив силы Спрюэнса в западню, уничтожить его авианосцы. Этот план составил командующий военно-морскими силами адмирал Кога, но в конце марта 1944 года он погиб в авиационной катастрофе. Его преемник адмирал Тоеда принял план контрудара с некоторыми изменениями. Тоеда ставил целью заманить американские авианосные силы в воды восточнее Филиппин и там взять их в клещи между мощным авианосным соединением Озавы и авиацией, действующей с баз на подмандатных островах.
Американская армада, предназначенная для вторжения на Марианские острова, вышла с Маршалловых островов 9 июня; высадка на Сайпан намечалась на 15 июня. Два дня спустя авианосцы Митшера начали интенсивную бомбардировку намеченных для высадки островов, а к 13 июня американские линкоры вели сильный огонь по Сайпану и Тиниану. В то же время адмирал Тоеда приказал начать операцию «А-Го» — давно запланированный японский контрудар. Из-за этого, как уже упоминалось, пришлось отказаться от попыток усилить войска на острове Биак и удержать Новую Гвинею.
Американские десантные силы включали три дивизии морской пехоты в первом эшелоне и пехотную дивизию в резерве при непосредственной поддержке соединения кораблей в составе 12 авианосцев, 5 линкоров и 11 крейсеров. Проведение операции обеспечивали силы 5-го флота адмирала Спрюэнса в составе 7 линкоров, 21 крейсера и 69 эсминцев, а также 4 группы авианосцев адмирала Митшера (15 авианосцев и 956 самолетов). Переброска морем около 130 тыс. солдат на Марианские острова с Гавайев и Гуадалканал была хорошо организована и прошла успешно.
Утром 15 июня первая волна морских пехотинцев высадилась на острове Сайпан под прикрытием мощного огня корабельной артиллерии, кораблей артиллерийской поддержки десанта и ракетоносных самолетов. 8 тыс. морских пехотинцев высадились за 20 минут, что свидетельствовало о высоком уровне подготовки. С наступлением темноты общее число войск на берегу достигло 20 тыс. человек, однако они смогли продвинуться лишь на незначительную глубину, поскольку японцы удерживали командные высоты и ожесточенно контратаковали.
Более отдаленную, но весьма серьезную угрозу десанту создавал японский флот, линкоры и авианосцы которого направлялись в Филиппинское море. Получив донесение о передвижении этого флота, Спрюэнс отменил намечавшуюся высадку на Гуам и высадил на остров Сайпан свою резервную 27-ю дивизию, чтобы ускорить захват этого ключевого острова. Транспорты он приказал отвести в безопасные воды. 5-й флот сосредоточился примерно в 180 милях от острова Тиниан.
Такая оборонительная позиция оказалась разумной. До этого момента план, который наметил адмирал Тоеда, казалось, осуществляется успешно, хотя авианосная авиация Митшера уничтожила японские военно-воздушные силы на Марианских островах. 19 июня с 8.30 с авианосцев Озавы четыре раза подряд поднимались в воздух самолеты, но их вовремя обнаруживали американские радиолокационные станции. и сотни истребителей поднимались им навстречу. Одновременно бомбардировщики с авианосцев Митшера атаковали японские авиационные базы на островах. Эта битва в воздухе фактически вылилась в массовое избиение японской авиации и получила название «великий марианский разгором». Американские летчики имели подавляющее превосходство над менее опытными японцами, которые потеряли 218 самолетов, а сбили только 29 американских самолетов. В это же время американские подводные лодки торпедировали и потопили два японских тяжелых авианосца «Секаку» и «Тайхо», на которых базировалось много самолетов.
Озава, полагая, что его самолеты приземлились на Гуаме, остался в районе боевых действий; на следующий день его корабли были обнаружены американскими разведывательными самолетами. Адмирал Митшер нанес удар силами 216 самолетов, которые потопили один тяжелый авианосец (повреждения были нанесены еще двум авианосцам, а также двум легким крейсерам, линкору и тяжелому крейсеру) и уничтожили 65 японских самолетов. Американцы потеряли в бою только 20 самолетов. Еще 80 самолетов погибло или потерпело аварию во время длительного ночного полета на обратном пути к авианосцам. Правда, многие экипажи были спасены, когда корабли Озавы покинули поле боя и направились к острову Окинава, из группы островов Рюкю, к югу от Японии.
К тому времени боевые потери японской армии составили около 480 самолетов — свыше трех четвертей их общего количества, причем большинство экипажей погибло. Потеря такого большого числа самолетов и авианосцев причинила серьезный ущерб. Правда, к осени эти потери были в основном возмещены. Гораздо хуже обстояло дело с потерями в летном составе, которые нельзя было возместить. Это означало, что в ближайшее время японский флот будет испытывать серьезные затруднения и ему придется рассчитывать главным образом на свое более традиционное вооружение.
Таким образом, сражение на Филиппинском море обернулось серьезным поражением для японцев. Американский военно-морской историк адмирал Морисон считает его даже более важным, чем последующее сражение в заливе Лейте в октябре. Теперь путь на Филиппины был открыт и успех боев на Марианских островах обеспечен.
После боев на море и в воздухе исход боев на Марианских островах не вызывал сомнений, хотя японцы продолжали оказывать упорное сопротивление на суше. Три американские дивизии, высаженные в южной части Сайпана, неуклонно продвигались на север при мощной поддержке авиации и флота. К 25 июня они захватили командную высоту — гору Типотчау. 6 июля два высших японских командира на Сайпане — адмирал Нагумо (бывший командующий авианосными силами) и генерал Сайто совершили самоубийство, «чтобы вдохновить войска в последнем бою». На следующий день 3 тыс. оставшихся в живых солдат и офицеров совершили фактическо то же самое, предприняв убийственную атаку на позиции американцев. В боях за Марианские острова японцы потеряли свыше 26 тыс. человек, тогда как потери американцев составили 3500 убитыми и 13 тыс. ранеными и больными.
23 июля две дивизии морской пехоты были переброшены с острова Сайпан на остров Тиниан и овладели им в течение недели, но для окончательной очистки территории от противника потребовалось времени больше. За три дня до высадки на остров Тиниан силы, предназначавшиеся для вторжения на Гуам и отозванные после того, как возникла угроза вмешательства флота Озавы, вернулись для выполнения своей задачи и были усилены еще одной дивизией. Японцы оказывали упорное сопротивление, которому способствовала сложная система оборонительных сооружений в пещерах, но к 12 августа остров все-таки был полностью занят американскими войсками.
Потеря Марианских островов и предшествовавшее этому тяжелое поражение на море значительно ухудшили положение Японии, хотя гордость японцев все еще мешала им взглянуть в лицо фактам. Весьма примечательно, впрочем, что за этими драматическими событиями 18 июля последовала отставка генерала Тодзио.
Через четыре дня был сформирован кабинет генерала Койсо, который поставил себе задачу создать лучшую систему обороны. Хотя кампания в Китае все еще продолжалась, главной заботой стала оборона Филиппин: японцы понимали, что сокращение объема поставок нефтепродуктов из Ост-Индии ухудшит положение вооруженных сил Японии в целом.
Даже при настоящем положении Япония испытывала огромные трудности из-за нехватки нефти. Важнейшим стратегическим фактором, создавшим такое положение, были действия американских подводных лодок, которые топили японские танкеры. Значительное уменьшение запасов нефти вызвало сокращение программы подготовки летного состава авиации. Это привело также к необходимости держать японский флот в Сингапуре, ближе к источника снабжения, и, когда он вышел для выполнения боевой задачи, у него не было достаточных запасов топлива, чтобы вернуться назад.
На этом этапе войны вооруженные силы Соединенных Штатов вполне могли обойти Филиппины и сделать следующий «скачок» на Формозу или на острова Иводзима и Окинава. Именно на этом настаивали адмирал флота Кинг и некоторые другие военно-морские начальники. Однако политические соображения и стремление Макартура с триумфом вернуться на Филиппины взяли верх над доводами в пользу обхода этих больших островов.
Было признано необходимым до вторжения на Филиппины захватить несколько небольших объектов. Первоначально планировалось захватить острова Моротай, вблизи острова Хальмахера (западнее Новой Гвинеи), острова Палау, острова Яп и Талауд, острова Минданао, а также построить передовые авиационные и военно-морские базы для обеспечения главного удара на Филиппины. Командующий 3-м флотом (этот флот назывался 5-м, когда находился в подчинении Спрюэнса) адмирал Хэлси установил, что оборона филиппинского побережья очень слаба, и предложил отменить промежуточные этапы операции. Однако это предложение не было принято, поскольку боевые действия уже фактически начались и их успех рассматривался как дополнительная гарантия общего успеха.