Внимание многих наблюдателей и прессы вызвало назначение губернатора Пермской области Юрия Трутнева главой Министерства природных ресурсов Российской Федерации. Уже по структуре этого министерства нетрудно судить о его полномочиях и ответственности. В состав министерства вошли Федеральная служба по надзору в сфере экологии и природопользования и федеральные агентства водных ресурсов, лесного хозяйства и недропользования. «Я наведу порядок с природными ресурсами», — заявил Юрий Трутнев почти сразу после вступления в новую должность.
По образованию Ю. Трутнев горный инженер, он вышел из семьи нефтяников и сам поработал несколько лет помощником бурильщика и оператором по добыче нефти и газа. В 1990–1994 годах он занимался частным бизнесом, но вскоре был избран депутатом Пермского Законодательного собрания, а затем и мэром города Перми. В декабре 2000 года Ю. Трутнев избран губернатором Пермской области и быстро стал в своей области популярным человеком, проявив немалые организаторские способности и ораторские дарования.
Министерство промышленности и энергетики Российской Федерации возглавил Виктор Христенко, человек в правительстве не новый. Как руководитель или чиновник В. Христенко начинал в Челябинской области, где окончил политехнический институт по специальности «инженер-экономист». Он учился затем в Московском институте управления, а также в Академии народного хозяйства при Правительстве РФ. Дипломированный экономист и управленец, В. Христенко накопил немалый опыт в разных структурах власти в Челябинске и в Челябинской области. В Москву В. Христенко приглашен в 1997 году на должность заместителя министра финансов РФ. При Сергее Кириенко он стал одним из вице-премьеров. При Е. Примакове Христенко вернулся в Министерство финансов, но в кабинетах С. Степашина и В. Путина он опять занял пост вице-премьера и сохранил его в кабинете М. Касьянова.
В подчинении у В. Христенко оказались Федеральная служба по точному надзору и Федеральное агентство по атомной энергии, Федеральное космическое агентство, Федеральное агентство по промышленности, Федеральное агентство по энергетике и Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству. Технологический надзор и техническое регулирование, а также метрология также оказались в ведении В. Христенко. По общему объему проблем в экономике это было самое крупное из министерств.
Министерство сельского хозяйства РФ было поручено возглавить Алексею Гордееву. А. Гордеев занял пост министра сельского хозяйства и продовольствия еще в 1999 году. Теперь в состав этого министерства вошли не только Федеральное агентство по сельскому хозяйству, но и Федеральное агентство по рыболовству, а также Федеральная служба по ветеринарному и санитарному надзору.
По образованию А. Гордеев инженер железнодорожного транспорта. Однако еще с 1981 года он работал на самых разных должностях в управлении сельским хозяйством, пройдя путь от заместителя директора большого подмосковного агропромышленного комплекса «Москва» до заместителя министра сельского хозяйства.
В Указе от 9 марта 2004 года говорилось о создании в составе правительства нового объединенного Министерства транспорта и связи РФ. Однако уже через несколько недель стало ясно, что такое объединение связи и транспорта под одной крышей ошибочно. Без больших споров было восстановлено прежнее Министерство связи РФ, а его руководство поручено Леониду Рейману, который уже занимал пост министра связи с 1999 года, а в 1994–1999 годах работал первым заместителем генерального директора АО «Петербургская телефонная сеть». Рейман — один из «питерцев», которые пришли в правительство вместе с В. Путиным. На пост министра транспорта РФ назначен новый в правительстве человек — профессиональный военный и одновременно крупный менеджер Игорь Левитин. Это офицер железнодорожных войск, который окончил в свое время не только училище военных железнодорожников, но и Высшую военную академию тыла и транспорта. И. Левитин работал в 1970 — 1990-е годы на многих железных дорогах, несколько лет был военным комендантом одного из участков на БАМе. В 1998–2004 годах он занимал пост заместителя генерального директора АО «Северстальтранс». Он специалист по военным и грузовым перевозкам, а также кандидат политических наук.
Пост министра финансов РФ сохранил Алексей Кудрин, который лишился при этом статуса вице-премьера. Алексея Кудрина считают не только членом команды Владимира Путина, но и одним из лидеров «питерских либералов». Он окончил еще в 1983 году экономический факультет ЛГУ, несколько позже — аспирантуру Института экономики АН. Он кандидат экономических наук. Еще в самом конце 1980-х годов А. Кудрин вошел в образованную А. Чубайсом группу разработчиков Ленинградской зоны свободного предпринимательства. Этот проект стал одним из наиболее любимых проектов Анатолия Собчака, но его удалось воплотить в жизнь лишь в очень малой части. В ленинградском правительстве, а потом и в мэрии Санкт-Петербурга А. Кудрин последовательно занимал посты в руководстве Комитета по управлению зоной свободного предпринимательства, Комитета по экономическому развитию и инвестициям, Финансового комитета, начальника Главного финансового управления мэрии, первого заместителя мэра города по экономике и финансам. Все эти годы главным авторитетом для Кудрина оставался даже не Анатолий Собчак, а Анатолий Чубайс, и Кудрин в 1990-е годы выказал себя одним из наиболее верных последователей либерализма по Чубайсу. Алексей Кудрин не преуспел в Санкт-Петербурге, так же как Чубайс не преуспел в Москве. После поражения на выборах А. Собчака Кудрин остался не у дел, и А. Чубайс, занимавший тогда пост руководителя администрации президента, пригласил его в свой аппарат на пост начальника Главного контрольного управления Президента РФ. Когда А. Чубайса назначили в 1997 году министром финансов, А. Кудрин стал его первым заместителем. В сообществе российских экономистов мало кто считает А. Кудрина сильным экономистом. Финансовые проблемы он знает хорошо, но он скорее аппаратчик, чем экономист. Кудрин не продуцирует новых идей и концепций, это не лидер, а исполнитель. Он не проявил особых административных талантов. Финансовая ситуация в России в последние годы была очень хорошей, но не благодаря работе Министерства финансов. Нельзя не отметить, что, хотя статус А. Кудрина снизился, объем полномочий у него возрос. В состав Министерства финансов вошли не только Федеральная служба финансово-бюджетного надзора и Федеральная служба по финансовому мониторингу, а также Федеральное казначейство, но и Федеральная служба страхового надзора, а также Федеральная налоговая служба, которая составляла в прежнем составе кабинета отдельное и очень влиятельное министерство.