У Су-25 лейтенанта П. Голубцова ракетой наполовину оторвало хвост, но двигатели продолжали работать. Тормоза отказали, и после посадки самолет выкатился за полосу на минное поле, где летчику пришлось дожидаться саперов, чтобы выбраться. У другого самолета взрывом вырвало почти четверть крыла. На самолете капитана М. Бурака ракета снесла под корень почти весь киль, и летчику с большим трудом удалось приземлиться, управляя по курсу с помощью элеронов. Летчики рассказывали и о сильных взрывах в фюзеляже через несколько минут после гашения пожара в мотоотсеках. Взрывались не баки - заполнявшая их губка гасила ударную волну и останавливала пламя, но керосин продолжал хлестать из перебитых трубопроводов, заливая раскаленный двигатель.
Главный конструктор самолета В.П. Бабак несколько раз сам вылетал в ДРА, а один из изувеченных Су-25 с развороченным двигателем и следами пожара доставили в ОКБ. В большинстве случаев ракеты взрывались снизу-сбоку двигателей, разрушившиеся турбина и компрессор шли вразнос и летевшие во все стороны лопатки рубили все на своем пути хуже осколков. Чтобы изолировать поврежденный двигатель, защитить фюзеляжные отсеки и топливную арматуру от пожара, с самолета с серийным 09077 по бокам мотоотсеков между шпангоутами 18-21 и 21-25 установили стальные 5-мм экранирующие плиты и защитные маты из стеклоткани. Титановые тяги управления двигателем заменили на жаропрочные стальные, изменили прокладки топливных трубопроводов, укрыв их за экранами, а для предупреждения взрывов при утечках ввели автоматическую отсечку топлива при включении пожарной системы, защитив ею и хвостовую часть фюзеляжа с электрооборудованием и проводкой управления. Для обдува двигательного отсека и охлаждения сопел на мотогондолах установили воздухозаборники. В комплексе доработок смонтировали бронешторки фонаря, защищавшие голову летчика от опасного в ущельях огня с боков и сверху, и дополнительную бронеплиту, прикрывшую АСО - бывали случаи, когда автоматы отстрела выбивало осколками, и самолет оказывался беззащитным. Общая масса защиты Су-25 достигала 1100 кг, составив 11.5% массы конструкции. Штурмовики с повышенной боевой живучестью ("Су-25ПБЖ") стали поступать в Афганистан в августе 1987 года.
Для снижения риска поражения с конца 1986 года летчикам запретили опускаться ниже 4500 м, но этот приказ противоречил самому стилю работы штурмовиков и часто ими нарушался. А.В. Руцкой, согласно характеристике, - "сильный летчик и волевой командир", имел два взыскания за нарушение ограничения, а его Су-25 нес 39 пробоин. Для меньшей уязвимости на взлете и посадке штурмовики стали использовать маневр - нисходящую крутую спираль и снижение по короткой глиссаде, применяя для резкого снижения воздушные тормоза и почти парашютируя на полосу. Уход на второй круг считался уже серьезной ошибкой - в окрестной "зеленке" могли поджидать вражеские стрелки. 21 января 1987 года вылетевший из Баграма Су-25 старшего лейтенанта К. Павлюкова был сбит "Стингером" из засады. Летчик катапультировался, но в наступивших сумерках поисковые вертолеты не смогли его отыскать. Раненый пилот принял бой на земле, и израсходовав все патроны, подорвал себя гранатой.
Значительная часть повреждений боевых машин приходилась на грубые посадки из-за сложности маневра и большой скорости захода, требовавших повышенного внимания от возвращавшихся из боя измотанных несколькими вылетами летчиков. Редкий месяц обходился без аварий: штурмовики садились с минимальным остатком топлива, без выпуска закрылков и воздушных тормозов, задевали друг друга, не успевая вовремя отвернуть с полосы, теряли колеса и сносили шасси. Известно и немало случаев складывания передней стойки шасси при слишком жестком касании ВПП. Летом 1988 года летчик "захромавшего" Су-25 удержал самолет на пробеге настолько умело, что стесал о бетон лишь выступавший надульник пушки, не тронув обшивки, и уже на другой день снова летал. Сожженные на посадке тормоза и разлетевшиеся пневматики были будничным делом и в иной день случались по несколько раз. 27 октября 1988 года в Баграме севший до полосы Су-25 снес о ее бетонный порог все три стойки шасси, в облаке искр пронесся на брюхе и остановился, стесав фюзеляж по самую бронекабину. Летчик, не получивший даже ушибов, выбрался из останков штурмовика и отправился "сдаваться" в штаб.
Количество потерянных в Афганистане Су-25 обычно оценивается в 23 машины (из общего числа 118 самолетов), которых лишились ВВС. Однако это число требует уточнения. Установить действительные причины гибели того или иного самолета не всегда представлялось возможным - обломки машин в большинстве случаев оставались лежать далеко в горах, и часто приходилось полагаться лишь на эмоциональные доклады летчика и его коллег. Если авария происходила по вине летчика, это грозило ему, как минимум, отстранением от летной работы, а разбрасываться кадрами в боевой обстановке не приходилось, и повреждения старались провести по графе "боевые". То же касалось аварий, происшедших из-за конструктивно-производственных недостатков. Доказать вину промышленности было нелегко - требовалось составление акта расследования происшествия, а осмотреть разбившуюся машину и толком изучить отказавшие агрегаты оказывалось зачастую невозможно. Случай с капитаном А. Дьяковым был, скорее, исключением - его машину удалось вывезти с места падения, хотя поначалу причиной потери сочли гибель летчика в воздухе, и в остатках кабины нашли даже дыру от осколка (пробитую, как оказалось, разрывом одной из гранат, с помощью которых спешно вели демонтаж для эвакуации обломков на базу). Лишь изучение пленок бортового самописца, зафиксировавшего вставшие на упоры элероны при нараставшем крене и скольжении, позволило установить истинную причину.
Когда бесперспективность затянувшейся войны стала очевидной, новый командующий 40-й армией Б.В. Громов в предвидении скорого вывода войск поставил задачу для сокращения потерь свести к минимуму боевую активность наземных войск, по возможности воздерживаясь от наступательных операций и занимаясь охраной узловых участков, дорог и аэродромов. Для авиации это означало прибавление работы - без ее помощи многие гарнизоны, со всех сторон окруженные противником, уже не могли бы продержаться. Так, в провинции Баглан подвергавшийся постоянным атакам советский десантный батальон удерживал участок всего в три квадратных километра на пересечении дорог (при этом считалось, что провинция "частично контролируется оппозицией"). Чтобы уменьшить потери, "грачи" стали шире использоваться для ночных ударов. При этом почти полностью исключалось воздействие ПВО и появлялась реальная возможность уничтожать по наводке большие группы противника, располагавшегося на ночлег в крепостях и кишлаках (нужно ли говорить, какая участь ожидала само селение - Руцкой так оценивал ситуацию: "А черт их разберет, свой кишлак или чужой, сверху все они одинаковы"). Ориентироваться штурмовикам помогали Су-17, подсвечивавшие местность САБами. В одном из ночных рейдов командир штурмовой эскадрильи заметил внизу огни и тут же накрыл их бомбами. Вернувшись, он сообщил о "душманских кострах" и повел в указанный район всю эскадрилью, нанесшую два БШУ "пятисотками" и РБК. Десантники, посланные утром оценить результаты ночной штурмовки, увидели лишь изрытые бомбами склоны и дотлевавший кустарник, подожженный САБами. В другой раз пилот Су-25, не сумевший отыскать в темноте цель, сбросил бомбы наугад, не рискуя садиться с опасным грузом. Вскоре в часть пришли поздравления молодцу-летчику, удачно накрывшему целую банду в несколько десятков человек, ночевавшую в этом месте.
С началом вывода войск и уходом гарнизона из Кандагара штурмовики передислоцировались в Шинданд и Баграм. Еще одна эскадрилья базировалась в Кабульском аэропорту. К задачам Су-25 прибавились боевое охранение уходивших колонн и регулярное нанесение предупредительных ударов вдоль дорог по данным разведки, вдоль трассы от Кабула к советской границе сосредоточились до 12 тысяч боевиков и более 5 тысяч подтянулись к дороге Шинданд-Кушка (в среднем, 20 человек на каждый километр пути). С сентября 1988 года штурмовики из Шинданда почти каждый день работали и в районе Кандагара, где под непрерывными обстрелами продолжал держать оборону аэродрома советский батальон. Передышка у десантников наступала только с появлением в небе Су-25. Под их прикрытием транспортными самолетами с "большой земли" доставляли боеприпасы, еду, увозили убитых и раненых. Обстрелы, ставшие обычным делом (только на Кабул в 1988 году обрушились 635 ракет), не обошли и штурмовиков. Июньской ночью в Кандагаре ракета попала в только что полученный с завода Су-25, под крылом которого висели восемь С-24. Потушить его оказалось невозможно - в огне взорвался боекомплект, сработало и улетело кресло, разлетались ловушки, с шипением уходили в темноту ракеты, полосуя металлический настил стоянки стабилизаторами. При очередном артналете на Кабульский аэропорт 23 июня 1988 года на стоянках сгорели 8 Су-25 и еще две машины получили серьезные повреждения. Всего за последний год войны от ПВО моджахедов, обстрелов аэродромов и в летных происшествиях штурмовики потеряли 11 самолетов. Последний сбили ракетой над поселком Пагман вблизи Кабула, 7 января 1989 года, его пилот, капитан Горденко, погиб. Всего за афганскую войну не вернулись из боя 12 летчиков-штурмовиков.
