Состав и организация партизанских формирований, несмотря на их разнообразие, имели много сходного (см. схему ). Основной тактической единицей являлся отряд, насчитывавший в начале войны обычно несколько десятков чел., а позже — до 200 и более бойцов. В ходе войны многие отряды объединялись в соединения (бригады) численностью от нескольких сот до нескольких тыс. чел. В вооружении преобладало лёгкое оружие (автоматы, ручные пулемёты, винтовки, карабины, гранаты), но многие отряды и соединения располагали миномётами и станковыми пулемётами, а некоторые — артиллерией. Все лица, вступавшие в партизанские формирования, принимали партизанскую присягу; в отрядах устанавливалась строгая воинская дисциплина.
В зависимости от конкретных условий существовали различные формы организации партизанских сил: мелкие и крупные формирования, региональные (местные) и нерегиональные. Региональные отряды и соединения постоянно базировались в одном районе и несли ответственность за защиту его населения и борьбу с оккупантами в данном районе. Нерегиональные соединения и отряды выполняли задания в различных районах, совершая продолжительные рейды, и являлись по существу подвижными резервами, маневрируя которыми, руководящие органы П. д. сосредоточивали усилия на главных направлениях для нанесения мощных ударов по тылам врага.
На формы организации партизанских сил и способы их действий влияли физико-географические условия. Обширные леса, болота, горы являлись основными районами базирования партизанских сил. Здесь возникли партизанские края и зоны, где могли широко применяться различные способы борьбы, в том числе открытые бои с противником. В степных же районах крупные соединения успешно действовали лишь в ходе рейдов. Находившиеся здесь постоянно небольшие отряды и группы обычно избегали открытых столкновений с врагом и наносили ему ущерб главным образом диверсиями.
В ряде районов Прибалтики, Молдавии, южной части Западной Украины, которые только в 1939—40 вошли в состав СССР, гитлеровцам удалось через буржуазных националистов распространить своё влияние на некоторые слои населения. Поэтому крупные партизанские формирования не могли длительно базироваться в одном районе и действовали главным образом рейдами. Существовавшие здесь небольшие партизанские отряды и подпольные организации вели главным образом диверсионно-разведывательные действия и политическую работу. В Карелии, где подавляющая часть населения была эвакуирована на В. или вывезена на принудительные работы в Финляндию, партизаны вели борьбу путём рейдов, базируясь на территории, занятой советскими войсками.
Общее стратегическое руководство вооруженной борьбой партизанских сил осуществляла Ставка Верховного Главнокомандования, которая определяла основные задачи партизан на каждом этапе войны и в отдельных стратегических операциях и организовывала стратегическое взаимодействие партизан с Советской Армией. Непосредственное стратегическое руководство боевой деятельностью партизан осуществлял Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД; начальник штаба П. К. Пономаренко ) при Ставке, созданный 30 мая 1942 и существовавший до начала 1944. Центральному штабу были подчинены в оперативном отношении республиканские и областные штабы П. д., которые возглавляли секретари или члены ЦК компартий республик, крайкомов и обкомов: на Украине — Т. А. Строкач, в Белоруссии — П. З. Калинин, в Литве — А. Ю. Снечкус, в Латвии — А. К. Спрогис, в Эстонии — Н. Г. Каротамм, в Карелии — С. Я. Вершинин, в Ленинградской области — М. Н. Никитин, в Орловской области — А. П. Матвеев, в Смоленской области — Д. М. Попов, в Ставропольском крае — М. А. Суслов, в Крымской АССР — В. С. Булатов и др. Штабы П. д. подчинялись также Военным советам соответствующих фронтов. В тех случаях, когда на территории республики или области действовало несколько фронтов, при их Военных советах создавались представительства или оперативные группы республиканских и областных штабов П. д., которые, осуществляя руководство боевой деятельностью партизан в полосе данного фронта, подчинялись соответствующему штабу П. д. и Военному совету фронта. Укрепление руководства П. д. шло по линии улучшения связи партизан с «Большой землёй», совершенствования форм оперативного и стратегического руководства, улучшения планирования боевой деятельности. Если летом 1942 лишь около 30% партизанских отрядов, состоявших на учёте штабов П. д., имели радиосвязь с «Большой землёй» (из них 1 /2 за счёт соседей), то в ноябре 1943 почти 94% отрядов поддерживали радиосвязь с органами руководства П. д., в том числе около 1 2 имели свои радиостанции. Создание штабов П. д. с чёткими функциями и улучшение связи с «Большой землёй» придавали П. д. всё более организованный характер, обеспечивали большую согласованность действий партизанских сил и способствовали улучшению их взаимодействия с войсками.
Большое внимание уделялось систематическому снабжению партизан оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, медикаментами и др., эвакуации авиацией тяжелораненых и больных на «Большую землю». В 1943 только Авиацией дальнего действия и Гражданским воздушным флотом было совершено свыше 12 тыс. самолётовылетов в тыл врага (половина из них — с посадкой на партизанские аэродромы и площадки).
Размаху П. д. способствовала огромная политическая работа среди населения оккупированных районов, которую проводили партизаны и подпольщики под руководством партийных органов. Население оказывало партизанам помощь продовольствием, одеждой и обувью, укрывало их и предупреждало об опасности. Советские патриоты вели разведку, являлись связными и проводниками, пополняли партизанские отряды. Партия мобилизовывала население оккупированных территорий на саботаж всех политических, экономических и военных мероприятий противника. Советские люди срывали планы обеспечения германской промышленности рабочей силой из оккупированных районов, уклонялись от мобилизации на оборонительные работы. Работавшие на предприятиях и транспорте задерживали выпуск и снижали качество продукции, затягивали сроки формирования поездов, ремонта паровозов и вагонов, нарушали связь. Советские патриоты прятали различное имущество, машины, скот, продовольствие, саботировали уборку и обмолот хлебов. Срыв фашистских планов по использованию людских и материальных ресурсов оккупированных районов и превращению в пустыню советской территории во время отхода немецко-фашистских войск — одна из важнейших заслуг партизан и подпольщиков.
Большое внимание в партийно-политической работе среди партизан уделялось воспитанию и обучению личного состава, укреплению дисциплины, освоению тактики партизанской борьбы. За годы войны в партизанских школах и учебных пунктах в тылу страны было подготовлено около 30 тыс. командиров и специалистов. Тысячи специалистов готовились в тылу врага на «лесных курсах».
Высокая насыщенность немецко-фашистских армий боевой техникой и их большая манёвренность затрудняли для партизан ведение открытых боев. Это вызвало развитие средств, дававших возможность выводить из строя объекты противника, не вступая в столкновение с ним. Возникли разнообразные способы и формы партизанской борьбы, в том числе особое значение приобрели диверсионные действия.
При определении основного объекта боевой деятельности партизан партия учитывала большое значение транспортных средств и коммуникаций в войне. Огромная протяжённость путей сообщения и трудности их охраны давали возможность партизанам нарушать работу ж.-д., водного и автомобильного транспорта врага. Коммуникации, особенно железные дороги, стали основным объектом боевой деятельности партизан, которая по своему размаху приобрела стратегическое значение. Впервые в истории войн партизаны провели по единому замыслу ряд крупных операций по выводу из строя вражеских ж.-д. коммуникаций на большой территории, которые были тесно связаны по времени и объектам с действиями Советских Вооруженных Сил (операции 1943 «Рельсовая война» и «Концерт» ) и снизили пропускную способность железных дорог на 35—40%. Это срывало планы противника по накоплению материальных средств и сосредоточению войск, серьёзно затрудняло проведение перегруппировок.
Враг был вынужден отвлекать на охрану ж.-д. коммуникаций, протяжённость которых на оккупированной территории СССР составляла 37 тыс. км, крупные силы. Как показал опыт войны, для организации даже слабой охраны железных дорог на каждые 100 км необходим 1 батальон, для сильной охраны — 1 полк, а иногда (например, летом 1943 в Ленинградской области) гитлеровцы были вынуждены ввиду активных действий партизан выделять для охраны каждых 100 км железных дорог до 2 полков.
