Сначала поляки приняли русское посольство очень любезно, но потом стали требовать, чтобы послы от себя приказали смольнянам сдать город Смоленск королю. Споры об этом были продолжительны, Филарет с товарищами доказывал, что это противно заключенному уже договору с Жолкевским, а более всего напирал на то, что посольство не имеет права поступать так без совета с патриархом и со всею русскою землею. Никакие принуждения и угрозы поляков не заставили посольство исполнить волю короля: Филарет более всего утверждал своих товарищей быть стойкими. Поляки хитро предлагали дозволить пустить хотя небольшое количество своих воинов в Смоленск. "Если мы, - говорил Филарет своим товарищам, - пустим хотя одного королевского человека в Смоленск, то нам Смоленска не видать более. Пусть лучше король возьмет Смоленск силою против договора и крестного целования, а мы слабостью своею не отдадим Смоленска". Поляки перестали совещаться с послами и в глазах их делали приступы к Смоленску. В феврале 1611 года паны, получив от бояр грамоту, в которой послам приказывалось сдать Смоленск и присягать на имя короля вместе с сыном, показали ее послам. "Эта грамота написана без патриаршего согласия, - сказал Филарет, - хотя бы мне смерть принять, я без патриаршей грамоты о крестном целовании на королевское имя никакими мерами ничего не буду делать". Паны стали им грозить, что их отправят в Вильну, и опять прекратили совещание с послами.
Когда поляки, стоя под Смоленском, узнали, что русская земля ополчается под знаменем Ляпунова, они вообразили себе, что все это делается с ведома послов, и 26 марта канцлер Лев Сапега сказал им: "Мы знаем ваши коварства, неприличные званию послов. Вы нарушили народное право, пренебрегли указом московских бояр, от которых посланы, поджигали народ к неповиновению и мятежу, возбуждали ненависть к королю, отклоняли Шеина от сдачи Смоленска, обнадеживая его помощью от Ляпунова. Вы отправитесь в Польшу 1. Их посадили под стражу. После того, когда зашла речь о сожжении Москвы, их призвали снова и объявили о том, что сталось со столицею, Филарет сказал: "Мы сами не знаем, что мы такое и что нам теперь делать. Нас отправила вся русская земля и, во-первых, патриарх. Теперь патриарх, наш начальный человек, под стражею, а Московского государства люди пришли под Москву и бьются с королевскими людьми. Одно средство - отойдите от Смоленска и утвердите договор, с которым мы приехали; тогда мы напишем подмосковному войску, чтобы оно разошлось".
Их опять оставили под стражею. Между тем случилось такое событие: Иван Никитич Салтыков, ревностный угодник Сигизмунда и испытавший за то строгие упреки от Филарета, получивши от Сигизмунда поручение не допускать к соединению с Ляпуновым ополчение, составившееся в Дорогобуже, раскаялся в своей измене, объявил себя явно сторонником восстания и написал смольнянам увещание не сдаваться. Это еще более озлобило поляков. 12 апреля Лев Сапега призвал Филарета и угрожающим тоном потребовал от него, чтобы он немедленно написал от себя московскому войску об отступлении от столицы, а к Шеину в Смоленск о сдаче города.
Филарет отвечал: "Я все согласен перетерпеть, а этого не сделаю, пока не утвердите всего, что вам подано в договоре". "Ну так вы завтра поедете в Польшу", - сказал Сапега. На другой день, 13 апреля, послов отправили водою в Польшу, все их имущество ограбили, а слуг перебили. Послов сопровождали польские жолнеры с заряженными ружьями, как военнопленных. Когда они плыли мимо имения Жолкевского, коронный гетман, внутренне уважавший их за твердость, послал спросить их о здоровье.
С этих пор надолго прекратилась свободная деятельность Филарета. Его взял к себе в дом Лев Сапега. По избрании Михаила земский собор хотел обойти поляков и, умолчавши об избрании нового царя, в марте 1613 года предлагал размен пленных, надеясь освободить царского родителя. Но это не удалось. По восшествии на престол Михаила, отправлен был послом в Варшаву Желябужский и повез Филарету грамоту от сына.
"Вы не хорошо сделали, - сказал Филарет Желябужскому, - меня послали от всего государства послом просить Владислава, а сына моего государем выбрали. Могли бы выбрать и другого, кроме моего сына. За это вы передо мною неправы, что сделали так без моего ведома". Посол сказал ему:
"Царственное дело ничем не останавливается, хотя бы и ты был у нас, так и тебе нельзя было бы переменить этого. На то воля Божия. Сын твой сам не хотел этого". Тогда Филарет, обратившись к Сапеге, сказал:
"Вот, говорят, сын мой очутился государем не по моему хотению, да и как было это сделать моему сыну? Он остался после меня молод, всего шестнадцати лет!"
Поляки ни за что не соглашались сноситься с новоизбранным царем Михаилом. Московское правительство отправило еще в Польшу князя Воротынского, но и тот не мог устроить примирения.
Пропустивши удобное время, Сигизмунд в 1617 году решился отпустить сына Владислава, достигшего уже двадцатидвухлетнего возраста, добывать оружием престол, на который его избрали уже семь лет тому назад. Владислав успел взять Дорогобуж и Вязьму, воеводы этих городов передались ему. В следующем 1618 году Владислав пригласил идти на Московское государство 20 000 днепровских казаков под начальством гетмана Сагайдачного. Казаки удачно овладели многими украинными городами; королевич шел на Москву от Смоленска, и 20 сентября 1618 года оба войска, и польское, и казацкое, стояли уже под Москвою.
Положение царя Михаила было опасное. Русские начинали склоняться к Владиславу. К счастью, московское войско храбро отбило приступ к столице с большим уроном для поляков. Приближалось холодное время. Стоять под Москвою было трудно, тем более, что запорожцы не терпели продолжительных осад и могли разойтись; покушение на Троицкий монастырь также не удалось полякам. Все это побудило Владислава вступить в переговоры.
В трех верстах от Троицы, в селе Деулине, после нескольких съездов, заключили перемирие на 14 лет и 6 месяцев. По этому перемирию положено было с обеих сторон разменяться пленными. Однако дело о пленных затянулось до июня. Поляки жаловались, что русские, и особенно князь Пожарский, неволею обратили многих пленных в холопов, а многих, выпустивши из тюрьмы, отпустили в мороз чуть не нагих и босых. Бояре клялись, что этого никогда не бывало. Спор дошел было до того, что поляки, по условию привезши Филарета и прочих пленных к речке Поляновке, с целью возвратить русским, хотели отправить их назад. Чтобы избавить царского отца из плена, бояре должны были согласиться на требование поляков сыскивать и возвращать своих соотечественников, которые не были сданы в числе пленных.
14 июня Филарет прибыл в Москву. Царь встретил его за городом при бесчисленном множестве народа и поклонился ему в ноги, а Филарет поклонился в ноги царю, и оба лежали на земле, проливая слезы. В то время в Москве гостил патриарх иерусалимский Феофан. По царскому прошению он посвятил 24 июня Филарета в сан московского патриарха.
До сих пор царь Михаил, человек очень кроткого характера, мягкосердечный, был только по имени самодержцем. Окружавшие его бояре дозволяли себе своевольства. Все управление государством зависело от них. Но Филарет, человек с твердым характером, тотчас захватил в свои руки власть и имел большое влияние не только на духовные, но и на светские дела. Без его воли ничего не делалось. Иностранные послы являлись к нему, как к государю. Сам он, как и сын, носил титул великого государя. В его личности было что-то повелительное, царственный сын боялся его и ничего не смел делать без его воли и благословения. Бояре и все думные и близкие к царю люди находились у него в повиновении; правдивый и милостивый с покорными, он был грозен для тех, кто решался идти против него, и тотчас отправлял в ссылку строптивых. Во всей патриаршей епархии, которая обнимала большую часть Московского государства, кроме Казани и Новгорода, все монастыри со всеми их имениями отданы были его управлению, исключая уголовных дел. Все важные указы царя писались, не иначе как с совета отца его. Одним из первых дел периода власти Филарета в области светского управления было собрание земской думы, которая должна была представить полное изображение разоренного состояния государства, сообщить меры, "чем Московскому государству полниться, и устроить Московское государство так, чтобы пришли все в достоинство", а государь при содействии отца своего обещал "промышлять, чтобы во всем поправить и как лучше". Тогда, по настоянию Филарета, были посланы в те города Московского государства, которые уцелели от разорения, писцы, а в разоренные города "дозорщики", привести в известность состояние государства и возвратить разбежавшихся посадских и волостных людей на прежние места жительства, чтобы они правильно платили государству подати. В духовном управлении Филарет был строг, старался водворить благочиние как в богослужении, так и в образе жизни духовенства, преследовал кулачные бои и разные народные игры, отличавшиеся непристойностью, наказывал как безнравственность, так и вольнодумство. Образчиком случаев первого рода может служить дело об одном боярском сыне, Нехорошке Семичеве, которого патриарх за развратную жизнь приказал сослать на Белое море, в Корельский монастырь, держать скованного в хлебне, велеть ему сеять муку и выгребать золу из печи, а кормить одним хлебом, и то половиною того, что дается каждому брату. В таком положении несчастный узник должен был находиться до смерти. Как пример второго рода можно привести суд Филарета над князем Иваном Хворостининым. Этот князь был одним из приближенных названого Димитрия и, следуя его примеру, вольнодумствовал относительно религиозных предметов: говорил, что все равно образа, что римские, что греческие, не хранил постов, читал еретические книги. Василий Шуйский сослал его в Иосифов монастырь. Михаил воротил его, но Хворостинин дошел еще до большего вольнодумства: говорил, что молиться не для чего, что воскресенье мертвых ложь, смеялся над угодниками Божьими, бил своих слуг за то, что ходят в церковь, пил вино и ел мясо на страстной неделе, не захотел идти на Пасху к царю, замышлял уйти из отечества и уже начал с этою целью продавать свои вотчины. "Для меня, - говорил он, - нет людей в Москве, не с кем слова сказать, народ глуп, буду просить у царя отпустить меня в Рим, или в Литву, или куда-нибудь". Пока царствовал один Михаил, Хворостинину все сходило с рук. Но Филарет скоро принялся за него. У Хворостинина нашли сатирическое стихотворение, в котором он смеялся над благочестием москвичей: "Они кланяются иконам только по подписи, а образ неподписанный у них и не образ". Между прочим, он выразился: "Московские люди сеют всю землю рожью, а живут все ложью". За все это Филарет приказал сослать Хворостинина в Кириллов монастырь, держать его безвыходно в келье, давать читать только церковные книги и заставлять молиться. Это было в 1623 году. Хворостинин просидел там девять лет и был отпущен в 1632 г., когда дал обещание и клятву соблюдать уставы греческой церкви и не читать никаких еретических книг.