Жестокие гонения начались и по отношению к тем христианским учениям, которые не соглашались с учением господствующей в империи Православной церкви. Все они были объявлены еретиками. В основном это были несторианцы и монофизиты. Единственным местом в Восточно-Римской (Византийской) империи, где еще продолжала функционировать философская школа, была Эдесса. Даже после победы Христианства традиции этой школы некоторое время поддерживались христианами-несторианцами.
В условиях жесточайших гонений, неоплатоники, перипатетики и представители других философских школ были вынуждены эмигрировать в Иран, где правящая династия Сасанидов создала благоприятные условия для их деятельности. Таким образом, во многих городах Ирана возникли различные научные и философские школы, которые сохранили и развивали традиции древней античной мысли. В V-VI веках были известны такие школы (академии), как Нисибинская и Гундишапурская. Здесь также развивались такие науки, как математика, астрономия, медицина, география. В большинстве случаев хранителями традиций античной философии и науки выступали христиане-несториане. Они стали переводить многие известные им уцелевшие, после погромов в Византии, труды с греческого на сирийский и персидский языки.
После завоевания Ближнего Востока и Ирана мусульманами, философские и научные традиции школ продолжали развиваться. В отличие от деятелей средневекового Христианства, мусульманские правители не подвергали преследованиям философов. Более того, мусульманское общество того времени бурно развивалось и значительно опередило в развитии европейские страны. В этих условиях, интерес к античному мировоззрению стал повышаться. Мусульманские мыслители стали знакомиться с древним философским наследием и применять его положения и методы в своих трудах. Многие положения исламской религии в то время также нуждались в переосмыслении, в рациональных доводах. Дело в том, что после становления Ислама мировой религией, мусульмане стали сталкиваться с новыми проблемами доктринального и правового характера, которые невозможно было решить лишь апелляциями к Корану и хадисам. Необходимы были новые методы решения этих проблем. Необходимо было также классифицировать положения религии, решать вопросы апологетического характера. Все эти проблемы стали решаться, в том числе благодаря знанию основ философии и применению ее методов в мусульманских науках (См. Калам).
Таким образом, мусульмане не только заимствовали традиции и методы античной, иранской, индийской философии, но и значительно развили их. По этой причине философию того периода, которая развивалась в мусульманских странах, стали называть мусульманской философией. Мусульманские философы не отрицали положений исламской религии и свои рассуждения строили, в том числе и на основе ее положений. Однако в отличие от религиозных наук, философские методы были основаны не на авторитете Священного Писания, а на доводах разума. По этой причине калам и другие религиозные дисциплины назывались улюм ан-наклия (опирающимися на авторитет Корана и Сунны), а философия и другие науки относились к категории улюм аль-аклия (опирающиеся на доводы разума).
После мусульманского завоевания и бурного развития Халифата началась великая эра переводов различных философских и научных сочинений с греческого, сирийского и других языков на арабский. Особенно бурно проходил этот процесс в Багдаде, который в то время был столицей Аббасидского Халифата и являлся основным мировым культурным центром. При халифе аль-Мамуне (198/814-218/834) там был учрежден «Дом мудрости» (Байт аль-Хикма), где работали многие мыслители, философы и переводчики. Все эти процессы привели к тому, что в мусульманском мире стали хорошо известны все основные философские сочинения античных мыслителей - Платона, Аристотеля, неоплатоников и многих других. Свидетельством того, насколько хорошо было известно философское наследие в средневековом мусульманском мире, свидетельствует книга аш-Шахрастани (ум. в 548/1153) «Книга о религиях и сектах», где он подробно описал не только историю и основы учения мусульманских сект, но и воззрения различных философов и философских школ, и даже вероучения других религий. Однако некоторые сочинения античных авторов были известны в мусульманском мире только посредством поздних комментариев, которые были написаны позднее. Например, известный труд «Теология Аристотеля» на самом деле в основном состоял из фрагментов «Эннеад» Плотина. Лишь небольшая часть этой книги представляла собой отдельные цитаты из работ самого Аристотеля.
Развитие философской мысли в мусульманском мире шло параллельно с развитием наук. Во многих городах функционировали различные кружки, в которых собирались ученые, велось преподавание в школах и университетах. Процесс научного развития не противоречил положениям исламской религии и даже поощрялся ею. Первоначально научная деятельность началась с комментариев к сочинениям античных авторов. Изучались и комментировались также индийские, древнеперсидские и др. трактаты. Однако затем, мусульманские ученые значительно дополнили и развили эти науки. Благодаря их деятельности был сделан значительный качественный рывок в сторону прогресса всего человечества, так как научная деятельность мусульманских ученых позднее была переведена на европейские языки и дала толчок для развития науки и философии в Европе.
В средневековых мусульманских странах развивались все науки. Большие достижения были достигнуты в математике. Например, среднеазиатский ученый аль-Хорезми (III/IX век) является основателем алгебры. Он ввел позиционную систему счисления (арабские цифры), которая используется по сегодняшний день. Также Аль-Хорезми и его последователи разработали методику проведения арифметическим путем различных сложных математических операций, таких, как извлечение квадратного корня. Европейцы называли аль-Хорезми Алгоризмусом. От этого слова был образован термин «алгоритм».
Открытия в математической области были также сделаны Ибн аль-Хайсамом (Альгазен) и ан-Найризи. Усилиями мусульманских ученых были заложены также основы тригонометрии, которая была связана с открытиями в области астрономии. Так, астроном аль-Баттани, благодаря применению тригонометрических функций, проводил более точные астрономические наблюдения, чем Птолемей.
В области физики серьезные труды были написаны Ибн аль-Хайсамом (965-1039). Его в Европе называли Альгазеном. Он сделал открытия в области законов отражения и преломления света, а также дал точное строение глаза.
Медицина в мусульманских странах была самой передовой в мире. Фундаментальные работы в этой области были написаны Ибн Синой, Абу Бакром ар-Рази, Хали Аббасом и многими другими.
Фундаментальные работы были написаны также в области биологии, химии, минералогии.
В условиях бурного развития мусульманского мира развивалась и философия. Условия для ее развития были благоприятные, так как в целом свободомыслие и вольнодумство в мусульманских странах не запрещалось и не преследовалось, как в странах христианской Европы.
Первым мусульманским философом принято считать Абу Йусуфа Йакуба ибн Исхака аль-Кинди (800-879), который развил свою деятельность в период торжества мутазилизма в Аббасидском Халифате. Аль-Кинди был приближенным халифа аль-Мамуна. Однако после того как начались гонения на мутазилитов, они коснулись и его. Аль-Кинди назвали «философом арабов». Он работал в переводческом центре Байт аль-Хикма и был инициатором перевода на арабский язык «Теологии Аристотеля», которая в основном содержала работы Плотина.
Аль-Кинди связывал философию с естественнонаучными предметами. Его философские размышления были основаны на блестящем знании различных наук. Он был автором более чем 200 различных работ по астрономии, математике, философии, химии. Однако большая часть этих сочинений не дошла до нашего времени. Его философия во многом основывалась на методах и идеях Аристотеля и Плотина. Будучи глубоко верующим человеком, аль-Кинди с философских позиций размышлял о сущности окружающего мира и необходимости существования Аллаха. Используя аристотелевскую терминологию, он говорил об Аллахе, как о «действующей и целевой причине всего сущего». Аллах в его философии в состоянии дать внеопытное знание особым людям - пророкам. Пророки, вдохновленные Божественным знанием обладают знанием того, о чем не смогут узнать даже самые выдающиеся философы. Например, пророк Мухаммад говорил обо всем в таких простых, но в то же время полных выражениях. Этого не сумел бы сделать ни один мудрец, не вдохновленный особым знанием от Аллаха. По этой причине Коран стоит выше всякой человеческой логики и является в своем роде вершиной любой философии.
