В 1631 году скончался митрополит Иов Борецкий. Место его занял Исаия Копинский, бывший в то время архиепископом смоленским и черниговским. Посланные за границу молодые люди стали возвращаться на родину, но тут записанные в братство православные духовные, дворяне и казацкие старшины с гетманом Петрижицким от лица всего войска запорожского обратились к Петру Могиле с просьбою не заводить особого училища в братстве, а обратить свои пожертвования на существовавшее уже братское училище на Подоле. Просьба эта была вполне разумна: не следовало разрывать сил, полезнее было соединять их. Могила согласился. В декабре 1631 года члены братства составили акт, в котором Петр Могила назывался старшим братом, блюстителем и пожизненным опекуном киевского братства. В марте 1632 года гетман Петрижицкий от лица полковников и всего войска запорожского, обещал в случае нужды защищать оружием церковь, монастырь, школы и богадельню братства; а киевские дворяне, в лице выбранных из среды своей старост, обещали заботиться о содержании училища.
В апреле 1632 года скончался король Сигизмунд III. По польским обычаям, по смерти короля, собирался сначала сейм, называемый "конвокационным", на котором делался обзор предыдущего царствования и подавались разные мнения об улучшении порядка; потом собирался сейм "элекцийный" уже для избрания нового короля. Остатки православного дворянства сплотились тогда около Петра Могилы с целью истребовать законным путем от Речи Посполитой возвращения прав и безопасности православной церкви. Главными дейсгвующими лицами с православной стороны в это время были: Адам Кисель, Лаврентий Древинский и Воронич. При их содействии, митрополит Исаия и все духовенство уполномочили exaть на сейм Петра Могилу. Православные требовали уничтожения всяких актов и привилегий, запрещавших православным строить церкви и допускавших вести против них процессы по религиозным делам с наложением секвестрации на их имения, домогались возвращения православным всех запечатанных церквей, всех епархий, требовали безусловного права заводить коллегии, типографии, возвращения отобранных униатами церковных имений и строгого наказания тем, которые будут наносить оскорбления и насилия православным людям. Вместе с просьбою дворян и духовных подали на сейм просьбу казаки в более резких выражениях, чем дворяне и духовные. "В царствование покойного короля, писали они, - мы терпели неслыханные оскорбления... Униаты отстранили от городских должностей добродетельных мещан нашей веры и засмутили сельский народ; дети остаются некрещеными, взрослые сожительствуют без брачного обряда, умирающие отходят на тот свет без причащения. Пусть уния будет уничтожена; тогда мы со всем русским народом будем полагать живот за целость любезного отечества. Если, сохрани Боже, и далее не будет иначе, мы должны будем искать других мер удовлетворения". Такой резкий тон сильно раздражил панов, которые вовсе не хотели давать казакам права вмешиваться в государственные дела. "Они называют себя членами тела Речи Посполитой, говорили паны, - но они такие члены, как ногти и волосы, которые обрезывают". Но голос шляхетства не мог быть оставлен без внимания. При посредстве королевича Владислава составлен был мемориал, в котором предполагалось отдать православным киевскую митрополию, кроме Софийского собора и Выдубицкого монастыря и всех митрополичьих имений, предоставить им сверх того Львовское епископство, Печерский и Жидичевский монастыри с их имениями, дать по нескольку церквей в некоторых городах, дозволять братствам распоряжаться школами, мещанам занимать городские должности и пр. Дальнейшее решение дела о свободе православного исповедания отложено было до "элекцийного" сейма. Но и на элекцийном сейме казацкие послы вновь появились с резкими требованиями. По поводу этих домогательств начались сильные и горячие прения о вере между панами. Ревностные католики не хотели утверждать даже того мемориала, на который согласился "конвокационный" сейм. Кисель и Древинский пространно и сильно защищали права греческой религии. Православные не были довольны самым мемориалом и хотели еще более широкого. Петр Могила был душою их совещаний и, наконец, вместе с православными дворянами, он лично обратился к новоизбранному королю Владиславу. Так как Польша в это время находилась в неприязненных отношениях с Москвою, то Владислав понимал, что расположение казаков и русского народа было чрезвычайно важно для короля и всей Польши; да и вообще Владислав был сторонник свободы совести. Он дал православным "диплом", которым предоставлял им более прав и выгод, чем те, какие были написаны в мемориале, составленном на конвокационном сейме. Предоставлена была полная свобода переходить как из православия в унию, так и из унии в православие. Митрополит киевский мог по-прежнему посвящаться от константинопольского патриарха. Отдавалась православным немедленно луцкая епархия; а перемышльскую положено отдать после смерти тогдашнего униатского епископа; учреждалась новая епархия во Мстиславле; снимались всякие запрещения, стеснения, запрещалось делать оскорбления православным людям. Православные дворяне, бывшие на сейме, тогда же порешили удалить от митрополии Исаию Копинского, как человека уже престарелого и болезненного, и избрали вместе с бывшими там духовными в митрополиты Петра Могилу. Король утвердил этот выбор и дал Петру Могиле привилегию на преобразование киевского братского училища в коллегию. Посланный в Константинополь ректор киевских школ, Исаия Трофимович, испросил для Петра Могилы патриаршее благословение, и тогда волошский епископ во Львове рукоположил Петра Могилу в митрополиты 8.
Назначение Петра Могилы митрополитом в Киеве произвело чрезвычайный восторг. Ученики братского училища сочиняли ему гимны и панегирики. "Если бы ты вздумал, - говорилось в приветствии ему, - отправиться от Киева до Вильно и до пределов русских и литовских, с какою радостью встретили бы тебя те, которыми наполнены суды, темницы и подземелья за непорочную веру восточную?" Типографщики поднесли напечатанную ими стихотворную брошюру под названием "Евфония веселобремячая", а киевские мещане, заодно с казаками и православными духовными, в порыве восторга бросились отнимать у униатов древнюю святыню русскую - Софийский собор. Униатский митрополит Иосиф Вильямин Руцкий жил не в Киеве, а в Вильне. Софийский собор стоял пустой; богослужение в нем не отправлялось; а ключи находились у шляхтича Корсака. Место, где находится Софийский собор, было тогда за городом и отделялось от жилой части Старого города валом. Близ него расположена была небольшая софийская слободка. Там жил Корсак, страж покинутого храма. Киевляне, под предводительством Баляски, Веремиенка и слесаря Быковца, толпою в пятьсот человек бросились на дом Корсака. Пан был в отлучке; в доме оставалась его мать, у которой были в то время гости. Киевляне потребовали ключей от собора. Пани Корсакова не дала ключей. Тогда киевляне объявили, что сами найдут ключи, бросились к собору, отбили колодки, которыми запирался собор, выломали двери, отколотили тех, которые хотели помешать им, забрали ризницу и утварь и отвезли в лавру к митрополиту. Затем толпа вновь вернулась в дом Корсака и начала выгонять из дому пани Корсакову и ее родных, сидевших с доминиканами, которых она нарочно позвала, чтоб они впоследствии на суде могли быть свидетелями. Толпа ругала пани Корсакову, прицеливалась ружьями в форточку окна и кричала: "Выволочемо ее на двор и расстреляймо!" На другой день киевляне вывели пани Корсакову и ее родных из дому и обязали слобожан повиноваться православному митрополиту. Вместе с церковью Св. Софии киевляне тогда же овладели деревянною церковью Св. Николая, на месте Десятинной, и древними стенами церкви Св. Василия, построенной Св. Владимиром на Перуновом холме.
Первым делом митрополита было привести церковь Св. Софии в благолепный вид и освятить ее для богослужения; он называл ее "единственным украшением православного народа, главою и матерью всех церквей". Петр Могила старался восстановить древнюю святыню Киева и вместе с тем оживить в народе воспоминание древности. Таким образом, он возобновил церковь Св. Василия; из развалин Десятинной церкви состроил новую каменную церковь, причем, во время производства работ, нашел в земле гроб Св. Владимира и поставил голову его в Печерском монастыре для поклонения, возобновил также древнюю церковь Спаса на Берестове. С особенною любовью относился он к Софийскому собору 9, хотя жил постоянно в Печерской лавре, оставаясь ее архимандритом.
Петр Могила обратил внимание на то, что в церковных богослужебных книгах, бывших в употреблении в южной и западной Руси, вкрались неправильности и разноречия. Они были в то время тем неуместнее, что противники православия указывали на это обстоятельство, как на слабую сторону, и утверждали, что в православном богослужении нет единообразия: в одной книге попадаются об одном и том же предмете совсем иные выражения, чем в другой, и каждый священник может употреблять тот или другой способ. Этим противники силились доказать, что церковь, не имея единого главы, не в силах удержать правильности в своих богослужебных книгах, а тем самым указывали на необходимость подчинения единому главе в образе папы. Могила постановил, чтобы вперед богослужебные книги не выходили в печать без пересмотра и сличения с греческими подлинниками и без его благословения; сам он лично трудился над их пересмотром. В 1629 году Петр Могила издал "Служебник", одобренный на киевском соборе митрополитом Иовом Борецким и южнорусскими епископами. Этот "Служебник" отличался от прежних тем, что в нем приложено догматическое и обрядовое объяснение литургии, написанное одним из учеников Могилы, Тарасием Земкою. Таким образом, русские священнослужители получили впервые единообразное руководство для совершения литургии, а вместе с тем могли понимать то, что совершали. Через десять лет, в 1639 году, Могила, уже будучи митрополитом, издал вторым изданием свой "Служебник", значительно умноженный ектениями и молитвами, сочиненными на разные случаи жизни.
