Возглавляя Всероссийскую кафедру, святитель Иона прежде всего позаботился об улучшении отношений между Москвой и Литовским княжеством.
Благодаря этому ему удалось присоединить к Москве юго-западные епархии. Святитель Иона положил большие усилия на благоустройство возвращенных епархий и на искоренение в них униатства. Он призывал к миру и прекращению междоусобия, объяснял вред ярости и гнева, учил покаянию и послушанию.
Особенно заботился святитель Иона о духовно-нравственном совершенствовании своей паствы. В учительных грамотах он назидал помнить о спасении души, быть милосердными, добросовестно относиться к своим гражданским обязанностям. Святитель Иона строго требовал соблюдения христианских заповедей от священнослужителей. Указывая на величие священнического сана, он призывал клириков к достойному прохождению пастырского служения. Особое старание проявлял святитель Иона в выборе достойных кандидатов на архиерейские кафедры.
Большое внимание уделял он монашеским обителям, заботился об их нуждах, о строгом соблюдении иноческих правил. И при своем высоком сане он по-прежнему не оставлял личных монашеских подвигов. Проявляя попечение о храмах Божиих, святитель обновил и благолепно украсил первопрестольный Успенский собор в Московском Кремле. Он придал особую торжественность богослужениям, увеличив число чтецов и певцов. В 1450 году, по благословению святителя Ионы, были воздвигнуты каменные митрополичьи палаты.
Живя во заповедям Божиим и строго соблюдая монашеские обеты, святитель Иона получил от Господа дар чудотворений и прозорливости. По его молитвам исцелялись болящие различными недугами.
В 1451 году татары неожиданно подступили к Москве, сожгли окрестности и готовились к нападению на город. Митрополит Иона с клиром совершал крестный ход по стенам города, со слезами моля Бога о спасении града и людей. Увидев престарелого монаха Антония, инока Чудова монастыря, который отличался добродетельной жизнью, святитель Иона сказал: «Сын и брат мой Антоний! Помолись милостивому Богу и Пречистой Богородице об избавлении города и всех православных христиан». Смиренный Антоний ответил: «Великий святитель! Благодарим Бога и Пречистую Его Матерь, услышала Она молитвы твои и умолила Сына Своего, город и все православные христиане будут спасены по твоим молитвам. Враги будут скоро побеждены, только мне одному суждено от Господа быть убитому врагами». Едва старец сказал это, как вражеская стрела пронзила его.
Предсказание старца Антония сбылось: 2 июля, в праздник Положения ризы Пресвятой Богородицы, в рядах татар произошло смятение и они в неведомом страхе и ужасе обратились в бегство. В память избавления Москвы от нашествия ногайского хана Мазовши святитель Иона в том же году соорудил храм в честь праздника Положения ризы Пресвятой Богородицы.
Святитель Иона отошел ко Господу в глубокой старости 31 марта 1461 года, в два часа дня во вторник Страстной седмицы. За несколько дней до того он предузнал от Господа время своей блаженной кончины. Святитель был погребен в соборном храме, за левым клиросом.
27 мая 1472 года при перестройке Успенского собора совершилось обретение нетленных мощей святителя Ионы. По молитвам угодника Божия происходили исцеления. Житие святителя и два канона (один — на обретение мощей) написаны иеромонахом Пахомием Сербом, Логофетом († после 1484 г.). Общецерковное празднование памяти святителя Ионы установлено на Московском Соборе 1547 года, при митрополите Московском Макарии (1542–1563). В 1596 году патриарх Иов установил празднование святителю Ионе в Соборе других Московских святителей 5/18 октября.
Тропарь, глас 4
От юности твоея весь сам себе Господеви возложив, в молитвах, и трудех, и в постех образ быв добродетели, отонудуже видев Бог твое благое произволение, архиерея тя и пастыря Церкви Своей устрояет. Темже и по преставлении честное тело твое цело и нетленно соблюдеся, Ионо святителю, моли Христа Бога, да спасет души наша.
Ин тропарь, глас 3
Ярем Господень измлада восприим, и Того стопам невозвратным желанием последовал еси, и освященного подвига достиже святительства паству приим и чудес от Бога дары прият, с верою приходящим к раце мощей твоих подаеши различным недугом исцеление неоскудно, отче наш Ионо, святителю Христов, моли Христа Бога даровати нам велию милость.
Ин тропарь, глас 3
Божественною благодатию просветився и по смерти показуя светлость жития твоего, источаеши мирови благоухания, притекающим к раце мощей твоих, и народи московстии наставляеши ко свету богоразумия, Ионо, отче наш, моли Христа Бога даровати нам велию милость.
Кондак, глас 8
Яко от младенства Господеви поработив себе, мудре, постом и бдением тело твое удручая, темже сосуд чист и дом Духу Пресвятому явился еси, сего ради и Церкви своей тебе архиерея и пастыря устрояет, юже добре упас, ко Господу отходиши, Егоже возлюбил еси. Тем молим тя: поминай нас, верою чтущих святую память твою, да вси зовем ти: радуйся, отче Ионо, святителю всечестный.
Ин кондак, глас 8
Желанием духовным постническое житие совершив и святительства паству приим, чистоты ради телесныя и тело твое Владыка Христос соблюде нетленно, и Петру чудотворцу наследника тя содела, и того нраву последовал еси, и учителя тя Христос Своему стаду дарова, идеже лежат целебныя мощи твоя, благоухают, яко от кадила благовонна, и подают исцеления немощным, верою приходящим, святителю Ионо, моли Христа Бога непрестанно о всех нас.
В той же день совершается память святителя Симеона, архиепископа Новгородского.
Житие преподобномучеников Григория и Кассиана Авнежских (память 15/28 июня)
Когда преподобный Стефан (память 14/27 июля), постриженник Киево-Печерской Лавры, устроил свою обитель Махрищскую, недалеко от того места жил землевладелец Григорий, человек грамотный и начитанный. Он часто посещал преподобного Стефана, слушал его беседы, присматривался к образу жизни старца и, наконец, видя в нем истинного раба Божия, пожертвовал ему земли и все свое имение на устроение обители и сам постригся в ней.
Преподобный Стефан полюбил Григория как родного сына, приблизил его к себе и немало радовался успехам его в духовной жизни. По просьбе святого игумена Суздальский епископ Алексий рукоположил Григория во пресвитера. Но не на Махре, близ его родины, а в другой далекой стороне Промысл готовил Григорию место для подвигов.
Братья Юрковские, жившие недалеко от монастыря, опасаясь, что земли, которыми они владели, отданы будут преподобному Стефану, пользовавшемуся благоволением великого князя и известностью в Москве, подняли на преподобного самое злостное гонение и грозились убить, если он не уйдет из их стороны. Всегда кроткий и смиренный Стефан, давая место гневу, поручил свою обитель заведованию старца Илии и ночью, взявши с собою одного только ученика своего Григория, вышел из монастыря. Странники пошли в неведомую для них страну искать себе места для водворения. Преподобному Стефану уже не первый раз приводилось странствовать и бегать злобы людской. А блаженный Григорий, всецело преданный своему наставнику, готов был идти за ним хоть на край света. Переходя из пустыни в пустыню, из дебри в дебрь и углубляясь все далее и далее к северу, странники дошли до глухих лесов и топких болот вологодских. Они остановились недалеко от реки Сухоны, на речке Авнеге. Здесь в 1370 году у потока, называвшегося Юрьевым, они срубили небольшую церковь во имя Святой Троицы, а вскоре затем и другую — во имя великомученика Георгия, себе же построили около них келлии. Мало-помалу стали приходить к ним люди, искавшие иноческой жизни, и таким образом с благословения Ростовского владыки устроился монастырь. Скорому его устройству много способствовал своими щедрыми подаяниями местный богатый землевладелец Константин Дмитриевич. Он не жалел своего богатства на украшение храмов, созданных пустынниками, на приобретение всего необходимого для братии и на заведение общежития. Сам Константин любил посещать старцев пустынников, слушать их назидательные духовные беседы. И чем ближе знакомился с ними, тем более прилеплялся к ним. Наконец, он решился оставить мир и просил у преподобного Стефана пострижения. Блаженный старец, провидя в нем доброго инока, исполнил благочестивое желание Константина и, назвавши его при пострижении Кассианом, поручил руководству ученика своего Григория. Новый инок во всем подражал своему руководителю. Оба они много радовали преподобного Стефана и служили примером для братии.
Вследствие стройного порядка, заведенного преподобным Стефаном, отеческой его заботливости и мудрого управления Авнежская обитель скоро пришла в цветущее состояние, сделалась любимым местом богомолья для окрестных жителей, слава о ней распространилась далеко и дошла до Москвы. Великий князь Димитрий Иоаннович, услышав, что знакомый ему старец Стефан устроил себе пустыню в Вологодских пределах, послал ему книги и другие пожертвования для обители, но самому преподобному велел явиться в Москву и затем возвратиться в обитель Махрищскую. Ученики преподобного, как громом, поражены были этой вестью, много пролили слез о предстоявшей им разлуке с учителем, не хотели расставаться с ним и отпускать его от себя, но не смели противиться воле державного. Оставляя Авнегу, преподобный Стефан назначил вместо себя настоятелем любимого ученика своего иеромонаха Григория, а исправление келарской должности поручил иноку Кассиану, заповедав им заботиться о братии и ни в чем не изменять заведенного им в обители порядка. Новые начальники монастыря свято исполняли завет своего учителя. К несчастью скоро разразился над ней страшный удар, повергший обитель на долгое время в запустение.
