Новая война с Речью Посполитой, начавшаяся в 1654 г., оказалась неимоверно трудной и принесла колоссальные потери. Русские войска, в которых присутствовал сам царь Алексей Михайлович, сначала действовали успешно: они заняли почти всю Белоруссию и часть Литвы с г. Вильно. Сопротивление русским было слабым, поскольку в это же самое время Польша вела войну со Швецией и находилась на грани полного поражения. Однако Россию обеспокоили успехи шведов. Было решено начать войну со Швецией, а с Речью Посполитой заключить перемирие, которое предусматривало, что после смерти Яна Казимира королем Речи Посполитой будет избран Алексей Михайлович или его сын Алексей. Но война России со Швецией пошла неудачно и была завершена в 1661 г. Кардисским миром, который повторял условия Столбовского мирного договора 1617 г. Берега Финского залива оставались за Швецией.
А война с Польшей продолжалась. Казаки, игравшие в этой войне важную роль, раскололись на два лагеря — промосковский и пропольский. Один гетман сменял другого и почти все они отворачивались от Москвы, созывали новые рады и переходили на сторону Речи Посполитой. Преемник Богдана Хмельницкого гетман Иван Выговский в 1658 г. в союзе с крымскими татарами и польской армией нанес тяжелейшее поражение русскому войску.
Истощив свои силы тяжелой 13-летней войной, Россия и Речь Посполитая в 1667 г. заключили Андрусовское перемирие. Его условия расценивались как дипломатическая удача А.Л. Ордина-Нащокина, ведшего эти переговоры. Россия отказывалась от Белоруссии, но возвращала Смоленскую землю, Чернигово-Северские земли, Левобережную Украину и Киев с окрестностями на правом берегу Днепра. В 1686 г. с Речью Посполитой был торжественно заключен «вечный мир», подтверждавший условия Андрусовского перемирия. В этот период России удалось добиться и церковных изменений. Киевская митрополия была выведена из подчинения Константинопольского патриарха и стала частью Московской церкви. Что касается административного управления, то Левобережная Украина сохранила определенную автономию. Территории Речи Посполитой, занятые русскими войсками, управлялись непосредственно из Москвы. Земли, с которых польскую администрацию изгнали казачьи армии, оформились в Гетманат. Здесь установилось двойное управление: назначаемый из Москвы воевода и гетман. Несомненно, между ними существовали трения.
Многовековая борьба России с крымскими ханами-вассалами Османской империи в последней четверти века привела к первой в истории России непосредственной войне с Турцией. По Андрусовскому перемирию 1667 г. Правобережье Днепра осталось за Речью Посполитой. Но в южной части этих земель, Запорожье, реальная власть находилась в руках казачества во главе с гетманом П. Дорошенко. Он был противником и Польши, и России, и принял подданство Турции. Столицей его была крепость Чигирин. Русские войска заняли Чигирин, принудили Дорошенко принести присягу царю и отказаться от гетманства, но его действия позволили Османской империи предъявить претензии на Украину. В 1677 г. турецкое и крымское войско осадило Чигирин. На помощь осажденным двинулась большая русско-казацкая армия во главе с боярином князем Г.Г. Ромодановским и гетманом Левобережной Украины И. Самойловичем. Турки отступили. Но уже на следующий год они овладели Чигирином. Гарнизон города в порядке отошел, и военные действия почти прекратились. В 1681 г. в г. Бахчисарае Россия и Турция заключили перемирие на 20 лет. Земли между Днепром и Бугом признавались нейтральными и не подлежали заселению ни со стороны России, ни со стороны Турции. Однако после заключения «вечного мира» России с Польшей война с Турцией возобновилась и продолжалась с 1686 по 1700 г.
Колонизация
В XVII в. продолжалось освоение русскими Сибири — огромной малозаселенной территории, на которой проживали различные северные народности (ханты и манси, ненцы и сибирские татары, эвенки и якуты, буряты и чукчи, ительмены и др.). В глубь Сибири ехали по собственной инициативе ватаги «охочих людей» и посланные воеводами отряды с уже обжитых мест. Эти отряды осваивали берега рек Енисея, Ангары, Лены. Братский острог на Ангаре и Якутский острог на Лене (1632 г.) стали форпостами дальнейшего движения на восток. В 1639 г. отряд казаков во главе с И. Москвитиным вышел к Охотскому морю. В 1643 г. отряд В. Пояркова, отправившись из Якутска, добрался до Амура и, преодолев неимоверные трудности, спустился по нему к Охотскому морю. Лишь малая часть отряда вернулась в Якутск. В 1649 г. из того же Якутска отправился отряд «охочих людей» под начальством Е. Хабарова, который достиг Амура и основал на нем несколько острожков. В 1648 г. отряд С. Дежнева вышел в море из устья Колымы. Судно Дежнева обогнуло мыс, представлявший собою северо-восточную оконечность Азии; впоследствии он был назван мысом Дежнева. Землепроходцы не столько хотели открыть новые земли, сколько найти новые племена, подчинить их российскому самодержцу и обложить налогом (ясаком). Поэтому встречи с местным населением не отличались миролюбием. Вслед за землепроходцами шли крестьяне. В первую очередь подальше от властей стремились уйти староверы. В лесостепной зоне Сибири появилась пашня. Сибирь не знала крепостного права, и здесь не возникло поместных земель, но тут царили суровые климатические условия и необжитая природа. Освоение Сибири было приостановлено на время войн с Речью Посполитой за Украину и Белоруссию. У правительства не хватало средств вести борьбу на два фронта. Средства от продажи сибирских мехов шли на военные расходы.
Освоение Сибири Российским государством
Церковный раскол
Одним из самых глубоких социокультурных потрясений в стране стал церковный раскол. В начале 50-х годов XVII в. в Москве среди высшего духовенства сложился кружок «ревнителей благочестия», члены которого желали устранения различных церковных непорядков и унификации богослужения на всей огромной территории страны. Первый шаг в этом направлении уже был сделан: Церковный собор 1651 г. под нажимом царя ввел единогласное церковное пение. Теперь необходимо было определить, чему следовать в церковных преобразованиях: собственной русской традиции или чужой. Этот выбор делался в условиях уже наметившегося в конце 40-х годов XVII в. внутрицерковного конфликта, обусловленного борьбой патриарха Иосифа с усиливающимися украинскими и греческими заимствованиями, инициированными царским окружением. По смерти в 1652 г. Иосифа и кремлевское духовенство, и царь Алексей Михайлович возжелали, чтобы его место занял новгородский митрополит Никон: характер и воззрения Никона, казалось, принадлежали человеку, способному возглавить задуманную царем и его духовником церковно-обрядовую реформу. Однако Никон согласился стать патриархом только после долгих уговоров царя и с условием отсутствия каких-либо ограничений своей патриаршей власти. А такие ограничения создавал Монастырский приказ. Никон имел большое влияние на молодого царя, считавшего патриарха ближайшим другом и помощником. Во время отъездов из Москвы Алексей Михайлович оставлял управление не в руках боярской комиссии, как это было принято ранее, а на попечение Никона. Ему дозволялось именоваться не только патриархом, но и «государем всея Руси». Заняв такое неординарное положение во власти, Никон стал им злоупотреблять, захватывать чужие земли для своих монастырей, унижать бояр, сурово расправляться с духовенством. Его занимала не столько реформа, сколько утверждение сильной патриаршей власти, образцом для которой служила власть папы римского.
В 1653 г. Никон приступил к осуществлению реформы, которую предполагал проводить с ориентацией на греческие образцы как наиболее древние. На деле же он воспроизводил современные ему греческие образцы и копировал украинскую реформу Петра Могилы. Преобразования Церкви имели внешнеполитический подтекст: новая роль России и Русской церкви на мировой арене. Рассчитывая присоединить Киевскую митрополию, русские власти мыслили создание единой Церкви. Это требовало сходства церковной практики между Киевом и Москвой, в то время как они должны были ориентироваться на греческую традицию. Безусловно, патриарху Никону оказывались нужны не различия, а единообразие с Киевской митрополией, которая должна войти в состав Московской патриархии. Он всячески развивал идеи православного универсализма.
Однако многие соратники Никона, будучи не против реформы как таковой, предпочитали иное ее развитие — с опорой на древнерусские, а не на греческие и украинские церковные традиции. В результате реформы традиционное русское двоеперстное освящение себя крестом был заменено троеперстным, написание «Исус» переменено на «Иисус», возглас «аллилуйя!» провозглашался трижды, а не дважды. Были введены иные слова и обороты речи в молитвы, псалмы и Символ веры, произведены некоторые изменения в порядке богослужения. Исправление богослужебных книг проводилось справщиками на Печатном дворе по греческим и украинским книгам. Церковный собор 1656 г. принял решение об издании исправленных Требника и Служебника — важнейших для каждого священника богослужебных книг.