По результатам экспедиции на Алтай был издан ряд работ. Книга «По Алтаю» (1897) была удостоена медали Русского географического общества, «Катунь и ее истоки» — медали имени Пржевальского (РГО) и Высочайшего подарка из кабинета Его Императорского Величества.
Описание путешествий дается в красочной и увлекательной форме, о чем можно судить по приведенным ниже цитатам: «Когда мы спустились к нашему кедру, солнце уже скрылось, в долинах сгустился синий мрак, лес почернел, потускнел луг, потемнела бездонная глубина неба, и только на снежных вершинах еще играл розовый отлив заката» (с. 55). Или описание на Катунском хребте: «Раздробленная вода отражается вверх и как бы на момент замирает в воздухе, отливаясь в фантастические фигуры с прозрачными тающими крыльями и разметавшимися волосами. Замрут они на мгновение и быстрым порывом воздуха уносятся и тают на глазах; за ними новые, еще и еще, и нет конца этой сказочной мчащейся процессии мечущихся белых призраков под звуки оглушительной симфонии, где грохот, плеск и журчание сливаются в неведомую подавляющую музыку. Внимание приковано до самозабвения, и нет сил встать и уйти от очаровывающего наваждения, стремительного бега и мгновений смерти мгновенных созданий» (с. 106).
Книга «Пути по Русскому Алтаю» (1912‑1926) — ценный и подробный путеводитель для туристов, непревзойденный до сих пор по точности описания маршрутов.
Наряду с книгами В. В. Сапожников написал 95 географических очерков, научных и популярных статей для сборников и журналов.
Книги В. В. Сапожникова — это не только увлекательный дневник путешествий. В них содержится много ценных ботанических и географических сведений, представляющих значительный интерес для познания генезиса флоры и растительности высокогорий Южной Сибири, географических особенностей Алтая.
Кроме Алтая, В. В. Сапожников посетил многие другие районы Сибири. Поездка в Западные Саяны совместно с известным энтомологом и инженером А. А. Мейнгардом отражена в его дневнике «В Усинский край» (1904). Особый интерес для исследования представляло Семиречье как связующее звено между Сибирью с севера и Туркестаном с юга. Маршрут экспедиции 1902 г. охватил 2000 верст караванного пути и занял 5 месяцев. В результате двух экспедиций в Семиречье (1902, 1904) собрано много нового материала по оледенению Семиреченского хребта. Была определена высота одной из величайших вершин Тянь-Шаня — Хан-Тенгри (6900 м), сделаны фотографии этой вершины, а также ряда других вершин Сарызжадского хребта. Одна из вершин была названа именем В. В. Сапожникова.
В 1904 г. были обследованы Саур с Тарбагатаем, пройдена северная граница Джунгарского Алатау, где открыто много ледников, а также Заилийский Алатау, Центральный Туркестан и Закаспийская область.
Результаты этих путешествий изложены в книге «Очерки Семиречья» (1904, 1907). Большую ценность представляют оригинальные карты, составленные М. Фридрихсоном по данным инструментальных съемок В. В. Сапожникова, изданные в Германии.
В 1905‑1909 гг. В. В. Сапожников посетил Западную Монголию, прошел большую часть высоких перевалов Монгольского Алтая, многие из которых не были описаны ранее. По сообщению В. В. Сапожникова, в Монгольском Алтае не было известно ни одного ледника, и он с первых же шагов вступил в такой мощный мир ледников, что был надолго прикован к новой для него стране. В. В. Сапожниковым был открыт крупнейший центр оледенения — Табын-Богдо-Ола (Пять священных вершин) с большим числом крупных ледников и общей площадью современного оледенения 150 кв. км. Как и в Русском Алтае, признаки древнего оледенения оказались здесь значительными: древние ледники достигали до 100 км длины. В истоках реки Цаган-Гол были обнаружены впервые десять ледников (Потанина, Гране, Крылова и др.). Всего, как пишет автор, ему «посчастливилось открыть 40 ледников, из которых некоторые достигали 12–19 верст длины». По линии маршрутов были расширены представления о речных системах и во многом перерисованы карты, собраны богатые коллекции по флоре, фауне и петрографии.
За совокупность работ и, главным образом, за книгу «Монгольский Алтай в истоках Иртыша и Кобдо» (1911) В. В. Сапожников был удостоен большой Золотой медали П. П. Семенова-Тян-Шанского.
В книге дано описание маршрутов в форме дневника, а также систематическое описание Монгольского Алтая (орография, описание горного узла Табын-Богдо-Ола, главного водораздела, ледников, речных бассейнов, приведен основательный очерк растительности Монгольского Алтая, о чем упоминалось выше).
Во время путешествий В. В. Сапожниковым были сделаны уникальные многочисленные фотографии, несмотря на громоздкость фотоаппаратуры в то время — 10000 фотопластинок и 1000 диапозитивов.
Наряду с исследовательской работой В. В. Сапожников был загружен учебной и административной работой. Более 30 лет он возглавлял кафедру ботаники Томского государственного университета, заведовал Ботаническим садом и Ботаническим кабинетом. На фоне постоянной педагогической работы в университете, технологическом институте, на высших женских курсах, в средних учебных заведениях (от учительского института до рабфака включительно), на фоне непрерывной, никому не видимой работы в кабинете, за подготовкой к экспедициям, обработкой привезенных материалов, дневниками, картами, растениями, рукописями, корректурой, диапозитивами, подготовкой к курсовым и публичным лекциям — на этом будничном фоне повседневной жизни как‑то забывается значимость В. В. Сапожникова как общественного деятеля, организатора науки в Сибири. Он принимал активное участие в работе общества естествоиспытателей и врачей при Томском университете, сыгравшем очень большую роль по изучению природных ресурсов Сибири. Избирался заместителем, а позднее председателем этого общества и оставался им с 1910 года до конца жизни. Он организовал общество изучения Сибири, первых сибирских Высших женских курсов в 1910 году, на которых он был директором. С 1906 по 1909 год он ректор Томского университета, в 1917 году его повторно избирают ректором. С 1912 года им, совместно с П. Н. Крыловым, организованы «ботанические чаи», которые плавно трансформировались в 1917 году в Томское отделение Русского ботанического общества. Был деканом организованного им физико-математического факультета.
Стремясь ознакомить широкие круги слушателей с результатами своих путешествий, он неоднократно делал доклады в Русском географическом обществе, в Томском университете, в Горном обществе, на съездах естествоиспытателей и врачей, Ботанического общества, которые всегда проходили с большим успехом. Обладая природным даром оратора, часто выступал с публичными лекциями, всегда красочными и увлекательными, с показом диапозитивов, которые лектор, несмотря на большую занятость, раскрашивал сам, достигая исключительной точности в передаче оттенков.
