С января 2006 года — председатель правительственной комиссии по пресечению незаконного оборота наркотиков в Чеченской Республике. С 9 февраля 2006 года — секретарь регионального отделения партии «Россия». В марте 2006 Президент Чечни Алханов подписал указ о назначении Рамзана Кадырова премьер-министром республики. февраля 2007 после снятия с должности Алу Алханова назначен указом Президента РФ временно исполняющим обязанности президента Чечни.
1 марта 2007 года кандидатуру Кадырова на рассмотрение парламента Чечни предложил президент России, сообщив об этом Кадырову на встрече в Огарёво.
2 марта 2007 года парламент Чеченской республики выразил одобрение занятие Кадыровым должности президента (его кандидатуру поддержали 56 из 58 депутатов обеих палат чеченского парламента).
5 апреля 2007 года в Гудермесе прошла церемония инаугурации Рамзана Кадырова в должности президента Чеченской республики, на которой присутствовали бывший премьер Чечни Абрамов, главы нескольких регионов Южного федерального округа, глава Республики Абхазия Багапш.
В октябре 2007 года Кадыров возглавил региональный список "Единая Россия" в Чеченской Республике на выборах в Государственную Думу РФ пятого созыва. Впоследствии он отказался от депутатского мандата.
В январе 2006 г. "по ходатайству авторитетных учёных", за то, что при нём в Чечне "преодолеваются негативные явления, которые имели место в связи с деятельностью незаконных вооруженных формирований", Р. Кадырову присвоено звание почётного члена наук (РАЕН).
В июне 2006 г. стал кандидатом экономических наук, защитив диссертацию на тему "Оптимальное управление договорными отношениями между основными участниками строительного производства" в Махачкалинском институте бизнеса и права.
?? июля 2006 г. избран почётным академиком Академии наук Чеченской Республики.
В 2006 г. присвоено звание почётного профессора академии.
В мае 2007 года Рамзан Кадыров возглавил антитеррористическую комиссию республики. Он подписал указ о мерах противодействия терроризму на территории Чеченской республики. По мнению Кадырова, мировые державы должны стремиться к более тесной координации действий по борьбе с терроризмом. В 2007 году он выразил надежду, что британские власти выдадут российскому правосудию Бориса Березовского, которого Кадыров обвиняет в финансировании террористов. Кадыров негативно относится к действиям сепаратистов: "Они не люди, эти боевики, убивающие стариков и разбивающие головы младенцев об стены. Они думают, что попадут в рай, но Аллах не с ними. Аллах с нами. И мы победим".
Рамзан Кадыров также ведёт переговоры с боевиками, предлагая им перейти на сторону российских властей. По словам Кадырова, ему удалось убедить 40 боевиков из личной охраны Масхадова и 170 боевиков из отряда Руслана Гелаева добровольно сложить оружие. Большинство сдавшихся зачислялись в службу безопасности президента Чеченской Республики. По мнению правозащитников, операции, осуществляемые силами подчиняющихся Кадырову вооруженных формирований сопровождаются серьезными нарушениями прав человека. По тем же данным, "мирное население Чечни этой группы ("кадыровцев") боится больше всего — даже больше, чем федеральных служащих"; сами же формирования кадыровцев состоят в значительной степени из лиц, совершивших в межвоенный период в Чечне уголовные и экономические преступления.
По данным Антитеррористической комиссии Чеченской Республики, возглавляемой Рамзаном Кадыровым, в результате действий силовых и властных структур федерального центра и ЧР в 2007 году количество терактов на территории Чечни уменьшилось более, чем в 3 раза. Если в 2005 году было совершено 111 терактов, то в 2006 году — 74. По данным Комиссии, с момента её образования (апрель 2007), спецподразделениями МВД по Чечне и ФСБ по Чечне были нейтрализованы 12 полевых командиров и 60 боевиков, задержаны 444 участника незаконных вооруженных формирований и их пособника, ликвидировано 283 базы, 452 тайника с оружием и боеприпасами.
Согласно заявлению Анны Политковской, сделанному незадолго до смерти, Кадыров для организации пиара использует похищения ни в чем неповинных людей, в том числе и в упомянутом "бою с Авдорхановым в Аллерое": "Сейчас на моем рабочем столе две фотографии. Я веду расследование. Это люди, которые были похищены кадыровцами по совершенно непонятной причине. Их не стало просто для того, чтобы организовать пиар <…>.Я хочу сказать, что вот эти похищенные, чьи фотографии у меня на рабочем столе (один из них русский, другой — чеченец) были представлены так, будто бы это боевики, с которыми кадыровцы вели бой у селения Алерой. Это известная история, которая ходила по нашим телеэкранам, по радио и газетным страницам. Когда Кадыров на фоне поверженных боевиков раздавал интервью перед телекамерами государственных и прочих каналов, а на самом деле всех этих людей собрали, похитили и убили".
По мнению российского политолога Маркова, Рамзан Кадыров пользуется непререкаемым авторитетом у населения Чечни. По мнению российского специалиста-востоковеда Малашенко, Рамзан Кадыров не пользуется в Чечне даже той долей популярности, которую имел его отец: Части общества не нравился Ахмад Кадыров, но он начал набирать популярность. Рамзана же ненавидели и сейчас ненавидят многие чеченцы. Они считают, что он гангстер. По мнению неоднократно бывавшего в Чечне журналиста «Свобода» Андрея Бабицкого: Кадыров действительно пользуется симпатиями определенной части граждан Чечни. Правда, трудно понять, какую основу имеет под собой эта популярность. Во-первых, Кадырова смертельно боятся. Боятся как человека, которого не останавливала смерть многих людей, в том числе во время первой чеченской войны на стороне мятежников. Кадыров действительно показал, что он талантливый диктатор, человек, который посредством психического и физического давления на население в фантастические сроки умудряется восстанавливать республику, причем весьма успешно. Но, помимо искреннего восхищения Кадыровым, особенно среди молодежи, где на него в последнее время большая мода, создалась еще и ситуация, когда люди просто боятся говорить, что они не согласны с его методами
В 2007 году Кадыров был награждён орденом "Золотая звезда — Честь и Достоинство" и званием "Заслуженный защитник прав человека" Международного комитета защиты прав человека. По словам помощника председателя Международного комитета защиты прав человека Александра Сапронова, Кадыров награждён за "личный вклад в дело защиты прав человека". Ряд международных и российских правозащитных организаций возлагают на него ответственность за похищения, пытки и бессудные убийства. Эти обвинения не подкреплены судебными решениями.
С другой стороны, Кадыров обвинялся рядом организаций в причастности к похищению граждан. Рамзана Кадырова неоднократно обвиняли в причастности к похищению мирных жителей, на что он отвечал угрозами. В частности, Кадыров обещал подать в суд на журналистку Политковскую, обвинявшую его в изнасилованиях и похищениях, что, однако, не было сделано. В частности, по данным ряда источников, Кадыровым сразу после убийства его отца были похищены и заключены в его личной тюрьме в селе Хоси-Юрт (Центорой) родственники чеченского террориста Умарова: 70-летний отец, жена, 6-месячный сын и сестра. В январе 2004 г. британская газета «Гардиан» утверждала, что Р. Кадыров лично пытает и избивает заключенных. Газета описала историю работника бензоколонки по имени Арби, задержанного службой безопасности Кадырова.
После трех дней избиений в подвале дома в селе Хоси-Юрт в камеру вошел Рамзан. "Я никогда раньше не видел Рамзана, только по телевизору", — рассказал Арби корреспонденту Guardia№. Арестанты стояли в ряд, и сын президента Чечни спросил: "Вы знаете, кто я?". Арби уважительно ответил «да», после чего был избит. "Рамзан бил меня по голове и ногой в пах. Они сломали мне нос", — сказал он. Пресс-секретарь администрации Кадырова Вахаев заявил тогда, что Рамзан никогда не участвует в избиениях и пытках. Как заявил Пономарев от имени российских правозащитников, в настоящее время именно спецназ Кадырова является главным виновником гибели мирных жителей и похищений в Чечне (боевики, по его мнению, менее активны). Руководитель Московской хельсинкской группы Алексеева заявила: Я знаю, что Кадыров не только проводит политику похищений людей, которые бесследно исчезают, или которых потом находят мертвыми со следами пыток, или оказываются в заключении по сфабрикованным обвинениям, я знаю, что он сам принимал участие и в пытках, и в убийствах…
В совместном заявлении российских правозащитников Кадыров обвиняется, кроме нарушений прав человека, в создании тоталитарного режима. По утверждению "Хьюман Райтс Вотч", в рамках российской политики «чеченизации» конфликта все более заметная роль отводилась силовым структурам Чеченской Республики, подконтрольным Рамзану. В 2004–2005 гг. они постепенно заняли место федеральных сил в качестве главных фигурантов насильственных исчезновений. «Кадыровцы» располагают собственными тюрьмами, которые находятся вне юрисдикции каких-либо профильных государственных структур, и где содержатся под стражей сотни людей, зачастую подвергающихся недозволенному обращению. Республиканские силовые структуры также несут ответственность за практику принуждения лидеров боевиков к сдаче с помощью захвата в заложники их родственников.
