К середине 1859 г. восстание было в основном подавлено. 1 ноября 1858 г. в Индии был обнародован манифест королевы Виктории, объявивший о переходе управления Индией к английской короне и о ликвидации Ост-Индской компании. Королева обещала прощение всем феодалам, примкнувшим к восстанию, исключая тех, кто непосредственно участвовал в убийстве англичан, а также заявляла, что новая власть будет уважать владельческие права индийских феодалов.
После введения Акта об управлении Индией Ост-Индская компания потеряла свое значение, хотя и просуществовала еще до 1873 г. как чисто коммерческая организация.
После отстранения от власти Ост-Индской компании ее вооруженные силы (европейские и сипайские) были обращены в войска королевской службы. Старая сипайская армия фактически прекратила свое существование. В бенгальских войсках из 128 тысяч сипаев 120 тысяч примкнули к восстанию 1857—1859 гг. При реорганизации армии было прежде всего значительно увеличено число англичан. Если до восстания один английский солдат приходился на пять сипаев, то после него это соотношение было повышено до одного к трем. Артиллерийские и технические части комплектовались теперь только из англичан. В сипайских частях было также увеличено число английских офицеров и унтер-офицеров. Наконец, был изменен национальный и кастовый состав сипайских войск. Браманов перестали брать. Вербовка жителей Бенгала и Ауда была прекращена. Сикхи и мусульманские племена Пенджаба, а также воинственные обитатели Непала (гурки) составляли большинство вновь навербованных солдат англо-индийской армии. В большинстве случаев треть полка теперь состояла из мусульман, треть — из индусов, треть — из сикхов, причем и те, и другие, и третьи, принадлежа к различным индийским народностям, исповедовали разные религии и говорили на разных языках. Широко используя национальные и религиозные деления и набирая сипаев из наиболее отсталых племен и народностей Индии (исключение составляли сикхи), англичане надеялись предотвратить повторение событий 1857—1859 гг.
Спор о «крыше мира»
Демаркация западного участка северной границы Афганистана была закончена русско-английским соглашением, подписанным 10 (22) июля 1887 г. в Петербурге. Но восточный участок северной границы Афганистана был по-прежнему не определен. Тут Афганистан граничил с Памиром, который окружавшие его племена именовали «крышей Мира». Разумеется, граница была условной, и никто никогда не занимался ее демаркацией.
Высокогорный район Памира с его суровым климатом сам по себе никогда не интересовал завоевателей. В долинах Памира проживало около 2,5 тысячи таджиков и около 18 тысяч каракиргизов. И те и другие были мусульманами, но таджики относились к шиитам, а киргизы — к суннитам.
К концу XIX века Памир приобретает важное стратегическое значение, поскольку через его перевалы можно было попасть в Кашгарию, Афганистан и Индию.
Впервые русские генералы поднимают вопрос о присоединении Памира в 1876 г. в связи с окончательным покорением Кокандского ханства, в число владений которого формально входил и Памир. Однако в связи с началом Русско-турецкой войны решение этой проблемы было отложено.
С начала 80-х годов XIX века англичане под видом научных экспедиций стали посылать на Памир своих эмиссаров и разведчиков. В свою очередь, Военное ведомство в 1888 г. отправило туда свою экспедицию под командованием капитана Громбчевского. Примеру англичан последовали и китайцы, выставив свои посты в долинах озер Рангкуль и Яшилькуль. Но вскоре туда прибыли войска афганского эмира, оттеснившие китайцев к Рангкулю. В 1890 г. в Кашгар из Индии прибыла английская миссия, официально для учреждения в этом городе консульства, а неофициально для переговоров с китайскими властями о разделе Памира.
Русское правительство не могло допустить, чтобы этот стратегический район был поделен между Англией и Китаем, и приняло решение немедленно занять Памир. Для этого в Маргилане был сформирован специальный отряд, состоявший из охотников (добровольцев) из 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркменских линейных батальонов и 24-х казаков из 6-го Оренбургского полка. Всего в отряде было 8 офицеров и 114 рядовых под командованием полковника Ионова.
Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу.
От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.
После этого Ионов с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и через перевал Болрогиль вернулся обратно в долину Вахандарьи к селению Сархад. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Хзаргош в долину реки Аличур, соединился с пехотой у озера Яшилькуль, откуда и двинулся в обратный путь, в город Ош.
Отряд во время своего движения убедился, что население колеблется относительно своего подданства, и поэтому действовал тут как на территории, бесспорно принадлежащей России — расставлял пограничные знаки, утверждал беков и т.д. Но после ухода русского отряда китайцы и афганцы опять начали хозяйничать в долинах рек Оксу и Аличур, что вынудило туркестанскую администрацию опять отправить в 1892 г. на Памир отряд под началом полковника Ионова.
Отряд был значительно увеличен. В его составе имелось четыре пехотные роты добровольцев, три сотни казаков из 6-го Оренбургского полка, двухорудийный взвод Туркестанской конно-горной батареи и команда саперов.
2 июня 1892 г. отряд Ионова выступил из Маргилана и 17 июня прибыл к озеру Рангкуль, где находился китайский отряд, бежавший при приближении русских войск. 27 июня отряд встал биваком на берегу реки Мургаб (Оксу) около слияния ее с рекой Акбайтал вблизи урочища Шаджан. Здесь Ионов получил сведения о нахождении афганского поста у впадения реки Аличур в озеро Яшилькуль и о готовящемся нападении китайской конницы на русский отряд в случае его движения к озеру.
Ионов решил действовать, он сам выступил против афганцев, а капитана Скерского выслал против китайцев. Скерский выбил китайцев из укрепления Ак-Таш в верховьях реки Оксу, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша около озера Яшилькуль в долине реки Аличур.
25 июля Ионов двинулся в обратный путь на Мургаб (Оксу). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление и выслал капитана Скерского с полусотней казаков для рекогносцировки отдаленных районов Памира, где снова появились китайцы.
25 августа Ионов отправился обратно в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 человек пехоты и 40 казаков) капитана Кузнецова. Кузнецов успокоил китайцев относительно неприкосновенности их территории и наладил с ними дружеские отношения.
Зима 1892/93 г. прошла спокойно. Весной 1893 г. афганцы начали стягивать войска к границам Бухары и производить рекогносцировки в Шигнане и Рушане, собирая с местного населения незаконную подать. Для прекращения произвола афганцев в этот район был послан штабс-капитан Ванновский с двумя офицерами и десятью нижними чинами. Афганцы бежали при появлении команды Ванновского.
В начале 1894 г. на Памир были отправлены подкрепления под командой уже знакомого нам полковника Ионова. В мае 1894 г. Ионов получил сведения о появлении вооруженных афганцев в Шигнане и Рушане и немедленно отправил туда два отряда: подполковника Юденича — по реке Гунт и капитана Скерского — по реке Шахдаре, до впадения обеих рек в Пяндж. В ту же сторону был выслан казачий разъезд капитана Александровича.
Шахдаринский отряд (12 человек пехоты, 20 казаков, 2 орудия) 22 июля прибыл к границе Шигнана, где был радостно встречен местным населением во главе с сыном правителя, присоединившимся к отряду. Однако, подойдя к крепости Рош-Кала 28 июля, отряд был встречен огнем. 31 июля Скерский направил к крепости два отряда, и афганцы покинули Рош-Кала и отошли на 12 верст от бивака русских.
