Страшные дни… Богоявленский монастырь помнит их немало. Все тяжкие испытания, все грозные удары времени монастырь встречал и превозмогал достойно. В годы Смутного времени, например, иноки его явили пример, достойный благодарной памяти потомков, пример верности вере своей православной и Отечеству.
В конце декабря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, но не покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. Одиннадцать его иноков приняли мученическую смерть.
О том, насколько известным и значительным был Богоявленский монастырь в России того времени, говорит хотя бы тот факт, что при избрании на царство Михаила Фёдоровича Романова в феврале 1613 года на Московском Земском соборе присутствовал и подписался под избирательной грамотой в числе других выборных и настоятель этого монастыря игумен Арсений.
XVII век для Богоявленского монастыря стал временем каменного строительства. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила — инокиня Марфа, его отец — патриарх Филарет и другие патриархи московские и всея Руси…
В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя Св. Иоанна Богослова, которую освятил сам патриарх Гермоген — будущий священномученик.
В начале того же столетия к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трёхсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского — в нижнем её ярусе — и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы — над святыми вратами обители.
Особенно украсился монастырь при игумене Герасиме. С 1542 по 1672 год, без какого-либо перерыва, возводил он, одно из другим, каменные здания. В первые шесть лет этого тридцатилетнего срока монастырь был обнесён каменной стеной семиметровой высоты. Монастырь приобрёл вид крепости. Шесть башен возвышались над стеной: четыре — угловые и две — надвратные.
В 1672 году Богоявленский собор был расписан «на иждивение» боярина Петра Михайловича Салтыкова. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни иконы Богоматери Смоленской, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 года, после чего и началось её особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 году алтайским миссионером, архимандритом этой святой обители Макарием Глухарёвым, на средства костромского гражданина Ф. М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленской часовней».
В XVIII веке и в первой половине XIX века Богоявленский монастырь переживал пору своего упадка. Новое строительство в нём почти не велось. Лишь в 1752–1760 годах на средства генеральши Екатерины Михайловны Салтыковой в монастыре была выстроена церковь во имя Святителя Христова Николая — над гробом супруга её Михаила Петровича Салтыкова. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 года сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 года. В 1814 году в монастырь была переведена Духовная семинария.
Пожар, истребивший в сентябре 1847 года почти половину Костромы, не пощадил и Богоявленский монастырь, превратив его в развалины. О восстановлении монастыря в те годы не могло быть и речи: город, посещённый столь страшной бедой, не имел возможности оказать опустошённому и разрушенному пожаром монастырю хоть какую-то помощь. Монастырь был закрыт. Городские власти в течение 16 лет продавали кирпич разбираемых его развалин для строительства частных зданий, щебень же отдавали бесплатно — для мощения улиц. Были разобраны таким образом Сретенская и Трёхсвятительская церкви, паперти Богоявленского собора, звонница, почти все жилые и хозяйственные постройки, часть стен. К 1864 году монастырь перестал существовать. Богоявленский собор не был разобран, поскольку император Николай Павлович повелел сохранить его как памятник древности. Скорее всего, остался бы он со временем и памятником самому исчезнувшему монастырю, если бы не Божия воля, явленная через игумению Марию, в 1863 году вступившую в управление женским Анастасииным Крестовоздвиженским монастырём. В том году подала она прошение о передаче ей бывшего Богоявленского монастыря под условием его восстановления.
Начинается новая страница истории древней костромской обители. Монастырь становится девичьим. Изменилось и его название: к прежнему добавилось слово Анастасиин. Воистину символическое добавление. «Анастасия» — с древнегреческого означает «воскресение». Именно воскрешённым, а не просто обновившимся становится монастырь, и воскресение это связано с новым его расцветом.
Начав трудный подвиг возрождения монастыря, игуменья Мария фактически отстроила его заново. Прежде всего она позаботилась о расширении Богоявленского собора. К нему были сделаны три новые пристройки — с западной, южной и северной сторон, сам же древний собор был превращён в алтарь. Просторный, обновлённый, с большим вкусом украшенный, собор был торжественно освящён 28 декабря 1869 года. Позднее его новые стены были расписаны и внутри и снаружи. Обновлена была усыпальница под алтарём, устроена каменная галерея, соединившая собор со святыми вратами под колокольней. В 1867 году в усыпальнице была устроена небольшая церковь во имя св. великомученика Никиты и Преподобного Сергия Радонежского. Возрождён был и Никольский храм.
После пожара 1847 года чудотворная икона Смоленской Божией Матери вновь дивным образом сохранилась без повреждения, хотя сама Смоленская церковь и выгорела дотла. После этого почитание сей святыни ещё более усилилось. Вскоре же после пожара Смоленскую церковь начали восстанавливать. Возобновлена она была на средства Платона Васильевича Голубкова, уроженца Костромы. Богослужения в ней постоянно совершались и в годы полного упадка монастыря.
Трудами и заботами игуменьи Марии была восстановлена почти полностью местами разрушенная монастырская стена. Западная башня над святыми вратами была перестроена в звонницу.
Над юго-западными въездными вратами во время пожара уцелела часть стены с древним изображением лика Св. Николая, чудесно уцелели фонарь и верёвка, на которой фонарь висел перед образом. Когда хотели приступить к разборке этих врат, каменщик, поднявшийся наверх, неожиданно упал и сильно ушибся. После, на исповеди, он поведал священнику, что был сброшен какой-то неведомой силой. Разборка врат была приостановлена, образ св. Николая с тех пор стал почитаться особо. В 1871 году к уцелевшему остатку стены с изображением лика св. Николая была пристроена деревянная часовня. Она осталась невредимой при следующем страшном пожаре, посетившем Кострому в 1887 году, а в 1892 году была заменена каменной, более просторной.
Во время пожара 1887 года вновь остался невредимым в полностью выгоревшем храме чудотворный образ Смоленской Божией Матери. Храм этот также был значительно перестроен в 1892 году.
В восстанавливаемом игуменьей Марией монастыре были возведены три жилых корпуса для сестёр и настоятельский корпус, а также — двухэтажный, с подвалом — Трапезный корпус, в котором, помимо трапезной палаты, разместились хозяйственные помещения, живописная и швейная мастерские. Несколько позже к западной стене Смоленской церкви были пристроены два корпуса — казначейский и больничный. В подвале больничного корпуса устроили резервуар, в который поступала самотёком речная вода Суды для потребностей монастыря.
Все вновь построенные здания были отмечены печатью высокого архитектурного вкуса. Одновременно производился ремонт старых зданий и велось строительство новых в Анастасиином Крестовоздвиженском монастыре, находившемся на территории Костромского кремля. Монастырь этот игуменья Мария предназначила для учебно-благотворительных целей, переместив большую часть инокинь в Богоявленско-Анастасиин монастырь. Прежде всего она устроила здесь училище для девочек, из которых в нём готовили сельских учительниц.
В 1873 году в Анастасиином Крестовоздвиженском монастыре была устроена первая лечебница для народа, а в его училище стали готовить ещё и сестёр милосердия. Позднее были организованы такие же лечебницы для сельского населения в трёх вотчинах обители, где крестьяне до того не имели никакой врачебной помощи. Сёстры милосердия — воспитанницы монастыря — участвовали в борьбе с эпидемиями, лечили больных и раненых во время войн. Деятельность народных лечебниц и курсов сестёр милосердия принесла монастырю заслуженную известность и получила высокую оценку государства. Был издан указ об открытии подобных лечебниц и курсов при других девичьих и женских обителях страны.
После революции Богоявленско-Анастасиин монастырь был закрыт. Казалось, что — навсегда… Началось великое его разорение. Богоявленский собор, Смоленская церковь и звонница были отданы под хранилища архива. Костромской государственный архив располагался в соборе до пожара, случившегося, как уже говорилось, 16 августа 1982 года. В огне того пожара погибли дивные фрески собора, исполненные знаменитыми костромскими изографами Гурием Никитиным и Силой Савиным, расписавшими Успенский собор Московского Кремля, Ильинскую церковь в Ярославле, Троицкий собор в Ипатьевском монастыре и другие храмы древних и славных городов русских.
