При открытии в 1884 году Шамординской обители отец Исаакий был назначен ее благочинным. В 1885 году он был возведен в сан архимандрита.
Преподобный Исаакий был истинным последователем той традиции старчества, которая отличала уклад Оптиной пустыни от других монастырей России, — строгого послушания всей братии своим старцам-духовникам, независимо от сана и иерархического звания. Вся его жизнь стала достойным продолжением духовного подвига, начатого еще его предшественником, преподобным отцом Моисеем, и другими великими Оптинскими старцами. Узнав собственным опытом пользу старчества, отец Исаакий, как личным примером, так и словом и понуждением старался поддерживать благое насаждение своего предшественника, и труды его в этом отношении не были бесплодны. Мир и согласие, царствовавшие в обители, свидетельствовали о благотворном влиянии, которое имело старчество среди ее сынов, насаждая в них добродетели любви и послушания. Уже будучи игуменом и даже архимандритом, преподобный не совершал без благословения своего старца никаких монастырских дел и учил этому братию. "Отцы и братия! Нужно ходить к старцу для очищения совести", — часто повторял он. Так, благоговейно, почти до умаления себя, стоял он со всеми в очереди к своему духовнику преподобному Амвросию и беседовал с ним, стоя на коленях, как простой послушник.
Преподобный Исаакий внимательно следил за тем, как братия ходит к старцу на откровение помыслов. Если кто-то редко посещал старца или совсем не ходил к нему, то отец настоятель уже не ценил и природной способности монаха к возложенному на него послушанию, но относился к нему холодно, считая нравственное преуспеяние инока невозможным без откровения помыслов старцу и беспрекословного повиновения его советам, а потому и цель отречения от мира в этом случае невыполнимой. Всячески заботился отец Исаакий о сохранении мира между братией, враждующим сам делал вразумления, склоняя их к примирению; иногда же с некоторым огорчением говаривал: "Ах, братцы! Пожалуйста, кончите миром". Но в случае упорства со стороны спорящих посылал их к старцу Амвросию. Благодаря такому воззрению настоятеля на старчество преподобный Амвросий имел полную возможность влиять на духовное устроение братии и поддерживать его на той же высоте, на которой оно стояло при его предшественниках.
Впрочем, возлагая на старца Амвросия духовное окормление братии, преподобный Исаакий и сам не оставлял возможности руководствовать их к добродетельной жизни и с этой целью при каждом удобном случае обращался к ним с приличными наставлениями. Наставления эти были просты, тем не менее назидательны и действенны, потому что были плодом его жизненного опыта и происходили от любящего сердца и искреннего желания добра духовным своим чадам. "Ну вот, брат, я тебя предупреждаю, а там сам смотри, чтобы мне за тебя не отвечать перед Богом", — нередко говаривал он, глубоко сознавая тяжкую ответственность настоятеля перед судом Божиим за каждого брата, оставленного им без вразумления. Поэтому, если в ком-либо замечалось ослабление усердия к иноческим подвигам, отец Исаакий призывал его к себе, напоминал ему об иноческих обязанностях и той цели, ради которой каждый из них оставил мирскую жизнь, а равно обеты, данные им при пострижении, и возбуждал в нем усердие к дальнейшему прохождению принятого на себя подвига.
Особенное внимание обращал преподобный Исаакий на неопустительное посещение братией храма Божия. Если замечал, что некоторые из них начинают редко ходить к службам Божиим, то на трапезе обращался с увещанием ко всей братии: "Отцы святые! Забываете церковь. Надо знать, для чего мы пришли в обитель. Ведь мы должны за это пред Богом отвечать. Прошу всех вас не забывать храма Божия". Наблюдение за тщательным хождением братии к службам церковным отец Исаакий вменял себе в особенную обязанность и с этой целью никогда почти не занимал настоятельского места, а становился у дверей для надзора за входящими и выходящими иноками, делая в свое время приличное внушение тем, в ком замечал леность к слушанию Божественных служб до конца. Если брат не вразумлялся словесным внушением настоятеля, последний прибегал уже к какому-либо наказанию, обычно лишая его месячной порции чая и сахара. Возгревая же ревность братии к общественной молитве, отец Исаакий говорил: "За это вас Царица Небесная не оставит и пошлет Свою милость", причем собственным исправным посещением церковных служб сам первый подавал всем добрый пример.
Заботясь о нравственном преуспеянии братии, преподобный настоятель не любил отпускать кого-либо из стен обители даже на богомолье, особенно на долгий срок, считая для монаха пребывание в миру столь вредным, что он не может уже вернуться в обитель с прежним духовным устроением.
В трудные минуты отец Исаакий умел и утешить скорбящую душу:
"Какие у нас скорби? — говорил он. — У нас не скорби, а скорбишки. Вот в миру так скорби: жена, дети, обо всем забота; а у нас что? Полно Бога гневить, надо только благодарить Его; живем на всем готовом".
Став настоятелем, отец Исаакий не давал и себе ни в чем послабления, так же усердно нес свои монашеские подвиги. Не отразилось его настоятельство и на простоте его характера. Так, однажды совершалось в обители погребение. Братия собрались вокруг могилы, дабы отдать последний долг усопшему — с молитвой об упокоении души его посыпать земли на гроб почившего. Отец Исаакий не поспел вовремя прийти к могиле брата и потому тщетно старался проникнуть туда сквозь густую толпу братии. Когда же он, взяв одного из них за рукав, хотел с его помощью подняться на насыпанную при могиле землю, последний, не заметив настоятеля, сильно оттолкнул его руку, так что тот чуть было не упал. Отец Исаакий, нисколько не смутившись, отошел в сторону и стал смиренно ждать своей очереди. Когда стоявшие вблизи лица удивились его смиренному поступку, некоторые из братии заметили: "Да мы никогда не видали, чтобы он за подобные поступки когда-либо с кого взыскивал; по делам он наш начальник, а так держит себя, как брат".
В последние годы жизни преподобного настоятеля многие скорби выпали на его долю. Особенно тяжело пережил он отъезд старца Амвросия в Шамординскую общину. После его отбытия доходы монастыря стали резко сокращаться, так что отец настоятель по необходимости стал входить в долги, которых к концу его жизни накопилось тысяч до десяти. В разговорах с некоторыми отец Исаакий высказывался так:
"Двадцать девять лет провел я настоятелем при старце и скорбей не видел, теперь же, должно быть, угодно Господу посетить меня, грешного, скорбями".
К тому же и здоровье его начало заметно слабеть, и он келейно принял пострижение в схиму. Вскоре скончался преподобный Амвросий, и на отца Исаакия последовали тайные доносы о его неспособности управлять обителью. И хотя братия единодушно встала на защиту своего настоятеля, силы его уже угасали. Умирал он тихо, окруженный плачущими своими чадами, которым преподал последнее наставление:
"Любите Бога и ближних, любите Церковь Божию, в службе церковной, в молитве ищите благ не земных, а небесных; здесь, в этой святой обители, где вы положили начало иноческой жизни, и оканчивайте дни свои".
В июне 1894 года началась у него предсмертная болезнь дизентерия, не раз посещавшая его и прежде, которая истощила все его старческие силы. 20 августа последовал удар, после которого старец уже не мог говорить, но пребывал в сознании и причастился Святых Таин.
Преподобный Исаакий I почил о Господе 22 августа /4 сентября 1894 года.
Всечестные мощи преподобного старца Исаакия I были обретены 31 января /13 февраля 1995 года при восстановительных работах в храме Казанской иконы Божией Матери. По благословению священноархимандрита Оптиной пустыни, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, в половине третьего того же дня сии святые мощи были благоговейно подняты и, по совершении литии наместником обители священноархимандритом Венедиктом (Пеньковым) с сослужащими, были перенесены в Введенский собор, где с того времени не прекращалось чтение Псалтири и совершались литии. На 3-й день после праздника Сретения Господня началось приуготовление всечестных мощей старца к их переоблачению.
Дивным смотрением Божиим накануне дня памяти святого великомученика Феодора Стратилата, которому вместе с великомучеником Георгием посвящен тот придел Казанского храма, где покоились мощи старца, перед полиелейной службой великомученику, вечером 7/20 февраля, приехал Преосвященный Стефан, епископ Пинский и Лунинецкий (впоследствии — архиепископ). Незадолго до этого владыка Стефан (Корзун) так же неожиданно был в Оптиной у всечестных мощей старцев Моисея и Антония после их обретения. После полиелея святому Феодору Стратилату владыка Стефан отслужил заупокойную литию. Невольно вспомнились слова епископа Калужского Виталия при отпевании преподобного старца Амвросия в 1891 году: "Теперь я вижу, что это старец пригласил меня на отпевание… Этот старец так велик, что его непременно должен был отпеть епископ".
