В первые же дни была образована литовская полиция безопасности, начальником которой стал бывший литовский полицейский Денаускас, а также 40 бывших служащих литовской полиции, большинство из которых было выпущено из тюрем. Сходным образом была создана литовская полиция в Вильнюсе и Шяуляе. В местах проживания польского населения была создана польская вспомогательная полиция, но из-за вражды между поляками и литовцами последние могли производить аресты только под немецкой охраной. Вскоре польскую полицию распустили.
После того как Литва была полностью оккупирована, разрозненные повстанческие группы были реорганизованы в 24 стрелковых (из них 1 кавалерийский) батальона самообороны (впоследствии переведены в разряд «Шуцманшафтбатальонов»), численностью 500–600 человек каждый. Батальоны имели в своем составе немецкие группы связи из офицера и 5–6 унтер-офицеров. Вооружение этих подразделений было советского или германского производства. Общая численность военнослужащих этих формирований достигала 13 тыс., из них 250 были офицерами. В районе Каунаса все литовские полицейские группы были объединены в батальон «Каунас» в составе 7 рот. Вместе с немецкими частями он вел борьбу против партизан.
Эти организационные мероприятия не были согласованы с А. Гитлером, до конца войны не желавшем слышать ни о каких воинских соединениях из числа уроженцев Прибалтики. В 1946 г. на судебном процессе над немецкими преступниками в Риге один из подсудимых, обергруппенфюрер СС, генерал полиции Еккельн, показал: «… Гитлер был настроен крайне недоброжелательно по отношению к населению «Остланда». Вначале он был решительно против призыва в армию населения этих областей и использования их на фронте. Это проявилось особенно резко… в его ответе на предложение «латвийского самоуправления» о создании 1–2 армейских корпусов, который был передан мне через имперского руководителя СС: «Фюрер не желает никаких воинских соединений из Прибалтики для использования их на фронте, так как после войны это привело бы к политическим требованиям с их стороны. Кроме этого для этих целей нет оружия. Однако следует формировать возможно большее количество охранных батальонов для несения службы на оккупированной русской территории»».
Багальоны принимали участие в карательных акциях на территории Литвы, Белоруссии и Украины.
Гнусно прославленный 2-й литовский шумабатальон под командованием майора Антанаса Импулявичюса был организован в 1941 г. в г. Каунасе и дислоцировался в его пригороде — Шенцах. 6 октября 1941 г. в 5 часов утра батальон в составе 23 офицеров и 464 рядовых отбыл из Каунаса в Белоруссию в район Минска, Борисова и Слуцка для борьбы с советскими партизанами. С прибытием в Минск батальон перешел в подчинение 11-го полицейского резервного батальона майора Лехтгаллера. В марте 1942 г. батальон выбыл в Польшу, и его личный состав использовался в качестве охраны концлагеря Майданек. В апреле 1942 г. батальон был официально расформирован, его личный состав распределен по охранным частям СС в районе Люблина, лагерям военнопленных, часть батальонцев поступила на курсы подготовки охранников концлагерей в Травниках. Впоследствии примерно 350 человек принимали участие в ликвидации Варшавского гетто.
Белорусский историк М. Литвин утверждает, что в феврале-марте 1943 г. 2-й литовский батальон участвовал в проведении крупной антипартизанской акции «Зимнее волшебство» на границе Латвии и Беларуси, взаимодействуя с несколькими латышскими и 50-м украинским шуцманшафтбатальонами. По окончании операции литовцы и украинцы возвратились в Вильнюс.
Из Белоруссии приходила в Литву информация о том, чем занимается батальон: «2-му батальону вспомогательной полиции было поручено расстреливать привезенных из Белоруссии и Польши евреев, русских, коммунистов и военнопленных Красной Армии. По полученным сведениям они уже расстреляли свыше 46 тысяч человек и повесили свыше 10 человек. Все эти экзекуции фильмируются, а особенно массовым путем фильмовалось вешание, фильмовались только литовские подразделения — немцы в это время отступают в сторону…».
Дневник действий батальона в Белоруссии также рассказывает о том, чем занимались литовские вояки:
«14.10.1941 г. — произведена облава против евреев, коммунистов и враждебных Германии элементов в м. Смиловичи. Уничтожено 1300 человек.
15-16.10.1941 г. — производилось усмирение в окрестностях Логойска. В Логойске расстреляно 6 партизан и 1 коммунист. В Плещеницах — 52 еврея и 2 партизана, в Сухой Горе — один человек, скрывавший у себя боеприпасы. В это время две роты литовской охранной полиции под командованием немецкого офицера произвели облаву в лагере для гражданских арестованных в Минске. Ликвидировано 625 коммунистов.
18.10.1941 г. — произведена облава в лагере арестованных гражданских лиц в Минске и ликвидировано 1150 коммунистов.
21.10.1941 г. — облава в Койданове. Ликвидировано 1000 евреев и коммунистов…»
Один из непосредственных участников расправ Антанас Гецевичюс осел после войны в шотландском Эдинбурге. На вопрос журналиста об участии в казнях сказал: «Нет, наш батальон нес лишь внешнюю охрану при экзекуциях, а убивали гестаповцы». Другой батальонец Юозас Книримас опровергает слова своего коллеги по ремеслу:
«…1941 г. осенью, точной даты не помню, мне пришлось участвовать при повешении советских партизан в Минске… Командир батальона Импулявичюс повел батальон в центр Минска к тюрьме. Подойдя к тюрьме, командир через Гецевичюса переговорил с немецкими офицерами, так как Гецевичюс знал немецкий язык. После этого Гецевичюс передал командирам рот, чтобы они выстроили солдат по кругу на площади возле тюрьмы Гецевичюс назначил солдат, которые будут вешать. Среди них были: Варнас, Шимонис и я, КнитримасВепраускас и Ненис. Мы должны были накинуть петли на обреченных. Насколько помню, в городском саду повесили четверых— трех мужчин и одну женщину. Петли накидывали Шимонис и Варнас. В городском саду вешали в двух местах по два человека. В одном месте обреченный упал, так как развязалась веревка. Я поднял этого мужчину и поддержал, пока Варнас прикрепил веревку… Перед казнью давали пить всем. Водку выдавал Гецевичюс, который, видимо, получал ее для этих целей. Кроме этого других арестованных вешали в других местах г. Минска, но кто вешал, я не видел, только знаю, что солдаты нашего батальона. От Гецевичюса я узнал, что были повешены советские партизаны. Выло казнено более 8 человек. Казнью руководил Гецевичюс, командира роты Кямзуры во время казни я не видел…»
В 1962 г. правительство СССР потребовало от правительства США выдачи командира батальона А. Импулявичюса. Во времена «холодной войны» из США выдачи не производились. В том же 1962 г. на вильнюсском процессе было установлено, что в 1941 г. в Каунасе, Запишкисе, Йонаве было убито несколько тысяч человек, в Минске — много мирного населения и около 9 тыс. советских военнопленных, в Дупоре — 618 граждан, в Рудепске — 188 человек, в Смиловичах — 1300, в Слуцке — около 5 тыс. Верховным Судом Литовской ССР Импулявичюс был осужден заочно к смертной казни.
Слуцкая расправа производилась литовцами так, что немецкий комиссар Слуцка сообщал своему руководству о вопиющем произволе литовцев:
«В 8 часов утра 27 октября 1941 г. из Каунаса (Литва) прибыл старший лейтенант, который представился как адъютант командира 12-го литовского полицейского батальона безопасности. Он сообщил, что их батальон получил задание в течение двух дней ликвидировать все еврейское население города. Батальон, состоящий из четырех рот, приступил к исполнению данного приказа немедленно по его прибытии… Я попросил его отложить начало акции на день, но он категорически мне отказал в этом, мотивируя свой отказ тем, что обязан проводить такие же акции и в других городах, а на Слуцк ему отведено только два дня. В течение этого времени Слуцк должен быть полностью очищен от евреев… Где только находили евреев, они задерживали их, сажали на грузовики, увозили за город и расстреливали. Ввиду того, что все специалисты евреи были ими ликвидированы, предприятия города полностью прекратили работу. Со всех сторон посыпались жалобы… Я должен с сожалением признать, что их действия граничили с садизмом. Весь город выглядел ужасающе. С неописуемой жестокостью литовцы из данного полицейского батальона выгоняли из домов евреев. По всему городу слышались выстрелы. На некоторых улицах появились горы трупов расстрелянных евреев. Перед убийствами их жестоко избивали чем только могли — палками, резиновыми шлангами, прикладами, не щадя ни женщин, ни даже детей. О еврейской акции не могло больше быть и речи, это было похоже на настоящие акты вандализма. Я со своими сотрудниками все время находился в городе и старался спасти то, что еще можно было спасать. Были случаи, что я с револьвером в руках выгонял этих литовцев с предприятий. Подчиненные мне жандармы выполня/ги мои распоряжения, но они должны были поступать очень осторожно, ибо улицы города простреливались.