С этих пор на обеих сторонах Днепра происходили долго смуты. На правой народ ненавидел поляков и склонялся к подданству царю; старшина и полковники колебались; молодой гетман не в состоянии был ладить с подчиненными; наконец, чувствуя и сознавая свою неспособность, он созвал казаков на раду под Корсуном и объявил, что не в силах управлять казаками, что Бог ему не дал отцовского счастья, и он поэтому хочет удалиться от мира: 6 января 1663 года он постригся. Вместо него получил гетманство, путем интриг и подкупа, Павел Тетеря, бывший при Хмельницком переяславским полковником, двоедушный эгоист, думавший только о своей наживе, прежде в Москве выставлявший свою верность царю, а теперь ставший сторонником поляков, потому что увидел силу на их стороне. Он женился на дочери Хмельницкого, Стефаниде, вдове Данила Выговского. Этот брак дал ему значение и вместе с тем большие денежные средства.
На левой стороне Днепра Сомко добивался гетманства. Золотаренко хотел его достать себе. Друг на друга писали они в Москву доносы, и в Москве не знали, кому верить. У Золотаренка явился тогда ловкий и сильный помощник. Протопоп Максим Филимонов много раз уже писал в Москву донесения о малороссийских делах и приобрел у бояр доверие; наконец, лично прибыл в Москву и так умел подделаться к боярину Ртищеву, что, принявши монашество, был посвящен, при содействии этого боярина, в сан епископа мстиславского и оршинского, под именем Мефодия, и даже назначен был блюстителем митрополичьего престола, несмотря на то, что тогда еще жив был митрополит Дионисий Балабан. Московское правительство не хотело признавать Дионисия в его сане за то, что Дионисий, в сане митрополита киевского, не хотел принимать благословение от московского патриарха.
Вслед за тем в Малороссии явился третий искатель гетманства: то был Иван Мартынович Брюховецкий, некогда бывший слугою у Хмельницкого и сделавшийся кошевым атаманом в Запорожской Сечи. Он приобрел большую любовь запорожцев и получил новый, еще небывалый, чин кошевого гетмана. Этот ловкий и пронырливый человек избрал самые удачные пути для достижения первенства. С одной стороны, он писал в Москву самые униженные письма и подавал надежду, что если он сделается гетманом, то подчинит Малороссию теснее московской власти; вместе с тем он расположил к себе и Мефодия. С другой стороны, Брюховецкий показывал себя сторонником простых бедных казаков и посполитого народа. Ему была вполне сподручна такая роль, потому что Запорожье, после смерти Пушкаря, сделалось притоном тех, которые, не будучи записанными в казацкий реестр, хотели быть казаками. Его запорожские агенты рассеялись по Малороссии, настраивали народ в его пользу, уверяли, что с его гетманством настанет всеобщее казачество, возбуждали чернь против значных. У народа возникло стремление грабить богатых и значных: их достояние считали плодом обдирательства народа. Явилось требование, чтобы нового гетмана выбрали на так называемой "черной раде", т. е. на такой, где бы участвовала вся громада народа. Мефодий, прежде друживший с Золотаренком, открыто перешел на сторону Брюховецкого и старался за него перед московскими боярами. Тогда Золотаренко, видя, что ему не быть гетманом, примирился с Сомком и начал, заодно с другими полковниками, стараться о том, чтобы на предстоящей раде был выбран Сомко. Но было уже поздно. Примирение это не помогло партии значных. Мефодий усиленно действовал в Москве за Брюховецкого, представлял Сомка и Золотаренка тайными сторонниками поляков и уверял, что если выберут Сомка, то последует измена. Притом же сам Сомко не полюбился Москве, потому что постоянно жаловался на обиды, причиняемые великорусскими ратными людьми малоруссам, и вообще перед царскими посланцами держал себя вольным человеком. Московское правительство решило собрать всенародную или черную раду и утвердить гетманом того, кого на ней выберут. С этой целью отправлен был в Малороссию князь Великогагин.
Рада назначена была в июне, в Нежине. Брюховецкий, через своих запорожцев, нагнал туда огромные толпы черного народа, шедшего с ненавистью к богатым и значным и с надеждою их грабить. Мефодий находился неотлучно при царском посланнике. Московское войско, состоявшее главным образом из иноземцев, прибыло также на раду. 17 июня, на восходе солнца, открылась рада чтением царской грамоты. Не успел князь Великогагин окончить чтения, как поднялось смятение: одни провозглашали гетманом Сомка, другие Брюховецкого. Дело дошло до драки. Тогда московский полковник, немец Страсбург, разогнал дерущихся, пустивши в них ручные гранаты. За Брюховецкого было большинство. Сомко убежал. Народ бросился на возы старшин и значных казаков и ограбил их. Сомко и другие полковники и старшины, числом до пятидесяти человек, спаслись от народной злобы тем, что прибегли к помощи князя Вели-когагина, и московский боярин отправил их под стражею в нежинский замок.
На другой день князь Великогагин утвердил Брюховецкого гетманом. Три дня, с ведома Брюховецкого, продолжались насилия, безобразное пьянство, грабежи. Худо приходилось всякому, кто только носил красный кармазинный жупан; многие только тем и спаслись, что оделись в сермяги. По истечении трех льготных дней, Брюховецкий приказал прекратить бесчинства, но они еще долго проявлялись по разным местам.
С утверждением Брюховецкого в гетманском достоинстве, все старшины и полковники были новые, поставленные из запорожцев; каждому полковнику дана была особая стража. На Украине настало господство людей прежде бедных, ничтожных: теперь они вдруг сделались господами и, упоенные непривычным достоинством, не знали меры своим прихотям и самоуправству. Народ, обольщенный мечтою казацкого равенства, был жестоко обманут; те, которые кричали против значных и богатых, сделавшись сами значными и богатыми, налегли на громаду народа еще с большею тягостью, чем прежние значные.
Новый гетман представил правительству своих низверженных противников царскими изменниками. Их приказано судить войсковым судом. Но судьями были враги подсудимых.
18 сентября, в Борзне, отрубили голову Сомку, Золотаренку и еще нескольким человекам; других отправили в оковах в Москву, а оттуда в Сибирь. Это были первые малоруссы, сосланные в Сибирь.
С этих пор в Малороссии сделалось распадение на два гетманства, продолжавшееся до падения казачества на правой стороне Днепра. Оно временно отразилось и на церковном строе. Дионисий Балабан умер в Чигирине, где была столица гетманства правой стороны Днепра; на место его был избран Иосиф Нелюбович-Тукальский, епископ Могилевский. Московское правительство не признавало его, продолжало именовать блюстителем митрополии Мефодия и хлопотало о возведении последнего в сан митрополита, но константинопольский патриарх не соглашался на это.
Успехи поляков в войне с Московским государством побудили короля Яна-Казимира сделать покушение на подчинение себе и Украины левого берега Днепра. В январе 1664 года он двинулся через Днепр. С ним должны были идти и казаки под начальством своего гетмана Тетери, и союзные татары. Города сдавались на левой стороне. Только местечко Салтыкова Девица оборонялось отчаянно, и все жители были истреблены. Король дошел до Глухова, стоял под ним пять недель и не мог взять его. Здесь в польском лагере был расстрелян, по подозрению в измене, казацкий полковник Иван Богун, один из храбрейших сподвижников Богдана Хмельницкого. Между тем запорожцы, под начальством Сирка и Сулемы, бывшие в тылу короля, начали отбирать казацкие города на правой стороне Днепра. Это побудило короля удалиться на правый берег Днепра.
Польский полководец Чарнецкий разбил Сулему, а польский полковник Маховский схватил бывшего гетмана Выговского, носившего звание киевского воеводы, и расстрелял его, по наущению Тетери, обвинявшего Выговского в намерении передаться Москве. По всему видно, что Выговский действительно был в соумышлении с Сирком: раздраженный против Москвы, страшась от ней порабощения для Малороссии, он примирился с поляками в надежде дать своей родине независимость и свободу в том виде, в каком она была доступна его понятиям, но был жестоко обманут; собственное возвышение не удовлетворяло его; и вот он еще раз отважился на восстание и преждевременно погиб, не успевши ничего сделать.
Не ограничиваясь этим, Тетеря обвинил в измене митрополита Иосифа Тукальского и своего шурина Юрия Хмельницкого, носившего в пострижении имя Гедеона. Король приказал отправить обоих в Мариенбургскую крепость, где они просидели два года.
Брюховецкий по уходе короля сам перешел за Днепр, взял Канев, Черкасы, но потом отступил назад, а Чарнецкий опять принудил к повиновению отпавшие от Польши города и местечки, вошел в Субботово и выбросил из могилы кости Богдана Хмельницкого. Вскоре сам Чарнецкий был опасно ранен в одной стычке и сошел с поля действия.
