Теперь уже киевляне и их ученики должны были ожидать, что ученые греки не только подорвут их вес и значение в Москве, но и постараются представить неправославным их воспитание, опиравшееся более на латинских книгах, чем на греческих. Уже один из западнорусских пришельцев, Бялободский, написавший сочинение о безразличии церквей, в присутствии обоих царей Ивана и Петра, держал диспут с Лихудами и потерпел поражение. Вслед за тем Сильвестр Медведев, ненавидевший приезжих греков за то, что ему через них не удалось быть начальником Академии, вздумал обвинить Лихудов в неправославии. Были у Сильвестра друзья и сообщники и между ними окольничий Шакловитый, находившийся в милости у царевны Софии. Медведев написал книгу под названием "Манна"; в ней доказывалось, что в таинстве евхаристии хлеб и вино претворяются в тело и кровь в момент произнесения священником слов Христа: "Приимите и ядите..." Лихуды отвечали на это сочинение опровержением, которое названо "Акось, или врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым". В этом сочинении, написанном с большою ученостью, Лихуды доказывали, что, по учению православной церкви, одного произнесения Христовых слов недостаточно для такого великого действия, и Св. Дары прилагаются в момент последующего затем призывания Св. Духа и произнесения слов: "Преложи я Духом Твоим Святым". После этих двух сочинений открылась жаркая полемика по поводу вышеозначенного вопроса. Медведев и его сторонники пустили в ход сочинение киевского игумена Феодосия Сафоновича: "Выклад о церкви святой", и от себя написали "Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов", а монах Евфимий. бывший ученик Славинецкого, приставший к Лихудам, разразился против Медведева ругательным сочинением под названием "Неистовное Брехание". Затем Лихуды написали "Мечец Духовный", сочинение, в котором изложили в форме диалогов свой спор, происходивший во Львове с иезуитом Руткою, о всех различиях между православною и римско-католическою церквами. Толки о времени пресуществления из монашеских келий перешли в мирские дома и даже на улицу. Люди, мало понимавшие суть богословских тонкостей, увлекались этим вопросом; торгаши, ремесленники и даже женщины стали спорить о времени пресуществления. Церкви грозил новый раскол. Патриарх Иоаким принял сторону Лихудов. Нужно было заставить малороссийских духовных заявить со своей стороны голос в пользу Лихудов. Иоаким отнесся с этим к киевскому митрополиту Гедеону и к Лазарю Барановичу. Малороссийские архиереи были этим вопросом поставлены в весьма неловкое положение: в киевской коллегии давно уже учили о пресуществлении так, как писал Медведев; в "Лифосе" Петра Могилы изложено то же учение. Гедеон и Лазарь сперва было уклонялись от прямого ответа, но патриарх пригрозил им собором и приговором четырех прочих вселенских патриархов. Тогда оба архипастыря дали ответ в смысле учения, проповедуемого Лихудами.
Заручившись таким заявлением, патриарх Иоаким созвал собор. В это время началось дело Шакловитого, повлекшее за собою падение Софии. Медведев также запутан в это дело. Он бежал с намерением укрыться в Польше, но был схвачен на пути, привезен в Москву, принес перед собором покаяние и, отрекшись от своих мнений, сам переименовал свою книгу вместо "Манна" - "Обмана". В январе 1690 года Медведева сослали в Троицкий монастырь, но через год, по доносу одного из соучастников казненного уже Шакловитого, он обвинен был в соумышлении с Шакловитым и, после страшных пыток огнем, обезглавлен 11 февраля 1691 года.
Патриарх Иоаким, осудивши Медведева и киевское учение о пресуществлении, велел составить от своего имени книгу, под названием "Остен". Книга эта написана Евфимием. В ней изложена вся история происходившего спора. В добавление к ней патриарх иерусалимский Досифей прислал собрание свидетельств, доказывающих справедливость учения Лихудов. Киевская партия потерпела жестокое поражение. Московский собор признал неправославными не только сочинения Медведева, но и писания Симеона Полоцкого, Галятовского, Радивиловского, Барановича, Транквиллиона, Петра Могилы и др. О Требнике Петра Могилы сказано, что эта книга преисполнена латинского зломудренного учения и вообще о всех сочинениях малорусских ученых замечено, "что их книги новотворенные и сами с собою не согласуются, и хотя многие из них названы сладостными именами, но все, даже и лучшие, заключают в себе душе-тлительную отраву латинского зломудрия и новшества". В Москве утвердилось было мнение, что приходящие из Малороссии и Белоруссии ученые заражены латинскою ересью, что, путешествуя за границею и довершая там свое образование, они усваивают иноземные понятия и обычаи, что не следует слушать их и ездить к ним учиться. Говорили, что "вместо благословенного еллино-славянского учения, они преподают латинское учение, от которого ничего доброго нельзя надеяться, кроме противности и рати на святую церковь. В давние времена в Малороссии процветало восточное благочестие, как и у нас великороссиян, оно благодатию Божиею, яко солнце, сияет, а когда вошли туда злохитрые иезуиты и принесли туда учение латинское, что сталось? Куда девались тамошние князья великие, православные: Острожские, Чарторийские, Четвертинские и иные?"
Через несколько времени сила Лихудов поколебалась. Патриарх иерусалимский, Досифей, прежде благоволивший к ним, не получивши от них требуемой суммы в пользу Гроба Господня, в 1693 году написал к обоим царям и к патриарху Адриану, заступившему место умершего Иоакима, что Лихуды обманщики, тайные латинники, что они, получивши от патриарха благословение на обучение греческому языку, учат латинскому и, вместо богословских наук, "забавляются" физикою и философиею; доносил на них, что они фальшиво называют себя князьями, что на самом деле они люди незнатного происхождения, убогие, ремесленные и пр. Справедливость патриаршего донесения поддерживали проживавшие тогда в Москве греки, завидовавшие Лихудам. По этим наветам Лихуды, в 1694 году, были удалены от заведывания Академией и от преподавания.
Вместо них стали управлять Академией двое из их учеников 31, а в 1699 году назначен был первый "ректор" Академии Палладий Роговский. Лихуды оставались несколько лет в Москве и учили латинскому и итальянскому языкам. Царь Петр нашел, что они могут быть ему полезными, назначил им жалованье и приказал родителям отдавать Лихудам детей для обучения итальянскому языку, но греки не оставили их в покое: они вооружили против них патриарха Адриана и обвиняли их уже в политических преступлениях. Адриан донес царю, что Лихуды пересылают в Константинополь сведения о Московском государстве. Враги Лихудов добились таки, что, в 1701 году, они были удалены в Ипатиевский костромской монастырь.
Удаление Лихудов из Академии ободрило киевскую партию. В числе переселившихся в Москву малороссов был некто Гавриил Домецкий. Он был архимандритом Симонова монастыря и составил для своей обители устав под названием "Киновион, или изображение иноческого жития". Устав этот соблазнял строгих великорусских ревнителей древнего аскетизма. В этом уставе монахам вменялись в обязанность опрятность и чистота; больным и недужным монахам позволялось вкушать какую угодно пищу, хотя бы даже и в пост, потому что для нездорового человека не должно быть поста, да и самый пост, по уставу Домецкого, должен состоять более в количестве, чем в качестве принимаемой пищи и питья, а потому братии подавалось вино, пиво, мед, только не крепкие и в умеренном количестве. Трапеза братии полагалась здоровая и вкусная; признавались необходимым даже для иноков развлечения, только приличные и не безнравственные. Такая снисходительность не мешала Домецкому вооружаться против пьянства, о чем от него осталась даже проповедь. "Что это за монашество, - говорили про этот устав великороссияне, - когда в монастыре ставят ушаты с пивом и медом, а монахи между собою в шахарду играют. Латинские штуки! Польский закон!"
На соборе, поразившем анафемою Медведева, во время общего гонения на киевлян, Домецкий лишился звания архимандрита, но в 1694 году новгородский митрополит Иов пригласил его в Новгород и дал в управление Юрьевский монастырь. Тогда Домецкий попытался выступить на защиту своих земляков и написал опровержение против книги "Остен". "Можно ли давать такое название книге, - выражался он. - Остен значит кол прободающий, как будто церковь может так сурово поступать! Неприлично обращаться к архиереям неведомо от кого и говорить словно к малым детям: бей! коли! Несправедлив "Остен" к ученым киевским: они первые и лучшие защитники православной церкви. Патриарх Никон хорошо сознавал это, когда вызывал их из Киева, и все делал при их помощи". Затем Домецкий снова доказывал, что латинская церковь всегда была согласна с греческою по вопросу о пресуществлении и подтверждал свою мысль свидетельством многих отцов церкви, особенно Златоуста.
