На претензии современной исторической науке, выдвинутые в статье Уварова, откликнулись профессиональные историки. Для краткости приведу лишь точку зрения П. Н. Кудрявцева, выраженную в статьях «О достоверности истории» и «О современных задачах истории». Кудрявцев признавал, что развитие историографии за последние полтора столетия привело к «построению истории на ее новых, широких основаниях». Увеличение количества источников, исторического материала способствовало расширению «исторической почвы» и преобразованию истории в науку. Однако научность историографии предполагает не только разработку новых источников, но и «доискивание смысла». Полученные исторической наукой «истины» или «смыслы» являются общенаучным достоянием также, как и «истины» естествознания. Как и всякая наука, история доискивается постоянных законов. Единство научного знания позволяет истории привлекать сведения и методы, разработанные в других науках, что придает историческому знанию большую объективность. Однако все же истины истории имеют и отличия от истин естествознания. Истины истории достоверны, т.е., согласно Кудрявцеву, достигаются путем «обсуждения». Конвенциональность истины усиливается институциональностью исторического знания, которое не столько дается, сколько задается. Факты или историческая данность запечатлены в источниках, материальных или духовных. Общее стремление людей к истине позволяет доверять этим источникам. Это первый шаг к установлению достоверности истории. Дальше в дело вступает методология истории, выявляющая путем анализа основные, «делающие эпоху» события; подвергающая критической проверке выявленные анализом данные; и, наконец, синтезирующая факты в новой «органической связи». В результате Кудрявцев указывал на конкретные задачи, стоящие перед историей как наукой: освоение памятников древности, «проверка их вновь собственными наблюдениями» и «объяснение их на основе позже открытых памятников». С выводами Кудрявцева мог бы согласиться и Морозов, за исключением одного положения. Согласно Морозову, человек равно может стремиться как к истине, так и к ее намеренному искажению. История наполнена такими искусственными заблуждениями. Кудрявцев сомневался в универсальности «географического определения» истории, полагая, что большее значение, чем природа, на ход исторического развития имеет культура. Морозов, напротив, готов был абсолютизировать значение естественных факторов и методов естествознания в истории, что совпадало с программой позитивизма.
В это же время позитивизм в России тесно переплетался с традицией русского радикализма, в частности народничества. И позитивизм, и радикализм в России были одной из форм проявления русского западничества. Радикалистская установка позитивизма состояла в отрицании всей прежней философской традиции. Позитивизм сводил философию на уровень мировоззрения, т. е. на до-теоретический уровень, отказывая философии в возможности самостоятельного постижения бытия. Социальный радикализм народников, к которым принадлежал и Морозов, ставил своей задачей не только ниспровержение существующего общественного строя, своеобразный отказ от исторической традиции, но и от старой идеологии. Импульс деидеологизации был распространен Морозовым на историю. Позитивистская интерпретация истории в философии народничества была представлена социологическим учением П. Л. Лаврова. Но Морозов идет дальше, его понимание истории сближается с теми процедурами «заподозривания», которые были предложены К. Марксом и З. Фрейдом. Сложные исторические события он сводил к данным астрономии и метеорологии, что позволяет попросту отвергать несоответствующие им исторические факты. Речь здесь идет о выявлении мистификаций в истории, о поисках ответов на вопросы: Кому выгодна та или иная интерпретация истории? Чьи интересы отражает традиционная историография? Какие силы скрываются за так называемыми «фактами истории»?
В результате Морозов приходит к идее тотальной фальсифицированности истории. Факты устраняются или как несоответствующие астрономическим вычислениям, или отождествляются с другими фактами, или отвергается сам источник, повествующий о факте. История утрачивает фактографическую базу. Она рассматривается как область предрассудков, а не истины. Смысл и истина принадлежат современности, настоящему времени. Критика предрассудков приводит к сокращению исторической ретроспективы. Просвещенческая установка на борьбу с предрассудками пересекается с принципами механико-детерминистского мировоззрения, согласно которому, зная конечное число параметров, можно вычислить любое состояние системы. Такую возможность, полагает Морозов, для истории дает астрономия.
Морозов продолжает тот пересмотр оснований исторического знания, который начался в европейской и русской науке еще на рубеже XVIII-XIX вв. В России это было связано с преодолением летописной традиции, зависимость от которой ощутима еще у В. Н. Татищева. Становление исторической науки привело к разработке трех разделов исторического знания: источниковедения, методологии истории и исторического повествования. Историческое исследование начинается с установления фактов, т.е. реальных оснований истории, продолжается на уровне исторической реконструкции и завершается историческим повествованием. Однако само понятие «исторический факт» двусмысленно. С одной стороны, факт предполагает некое «положение дел», фрагмент реальности, с другой — факт истории недоступен непосредственному наблюдению; его необходимо восстанавливать, риторически реконструировать. Иными словами, исторический факт — это аргументированно воспроизведенная реальность. Исторические факты, конечно же, основа истории, но эта почва вымощена аргументами. Аргументы могут быть разными, но сами факты должны оставаться как некое подлежащее, иначе история рассыпается. У нас есть только наши аргументы и «фрагменты» реальности (материальные и духовные источники). Исторические факты поэтому очень уязвимы. Достаточно поменять доводы, и реальность истории начинает трансформироваться, но, несмотря на искажения, удерживается благодаря источникам. Для того чтобы опрокинуть реальность истории, необходимо опровергнуть сами источники, а через них отметить и факты. Как последовательный нигилист, Морозов наносит удар по «сделанности» фактов как идеологической конструкции и тем самым ничтожит факты и уничтожает историю.
«Нигилизм» точнее всего характеризует то направление, к которому примыкал Морозов. Совестливое и беспокойное поколение разночинной интеллигенции, не видящее способов улучшения мира исходя из самого этого мира и окрещенное «нигилистами», отличалось неверием в Россию и ее исторические силы. Отторгнутые от народа, выпавшие из народа, нигилисты являли тип сознания, утратившего ценностные ориентиры, безбытный тип интеллигента, которым овладела страсть к разрушению. Для нигилистического сознания действительным признается только сущее, доступное чувственному восприятию и отрицающее любые авторитеты и традиции. В этом значении Морозов также использовал термин «реализм». М. Хайдеггер следующим образом отмечал специфику нигилизма: «Нигилизм есть тот исторический процесс, в ходе которого „сверхчувуственное“ в его господствующей высоте становится шатким и ничтожным, так что само сущее теряет свои ценность и смысл. Нигилизм есть сама история сущего, когда медленно, но неудержимо выходит на свет смерть христианского Бога». Полнее всего нигилизм выразился в жизни того поколения, к которому принадлежал Морозов. Появление термина «нигилизм» в России, как известно, связывают с романом И. С. Тургенева «Отцы и дети». Однако его распространение обязано, в том числе, и одному из ближайших друзей и соратников Морозова по террористической борьбе — С. М. Степняку-Кравчинскому, написавшему роман «Андрей Кожухов, или Карьера нигилиста». Логика рассуждений Морозова следует логике нигилизма, раскрытой еще А.И. Герценом: «Нигилизм — это логика без структуры, это наука без догматов, это безусловная покорность опыту и безропотное принятие всех последствий, какие бы они ни были, если они вытекают из наблюдения, требуются разумом. Нигилизм не превращает что-нибудь в ничего, а раскрывает, что ничего, принимаемое за что-нибудь, — оптический обман». Мир, с точки зрения нигилистического сознания, теряет единство твари в творце, утрачивает истину прошлого (наши знания больше не соответствуют реальности), а осмысленную цель жизни заменяет эволюцией Вселенной. Расшатывание исторической идентичности, дезориентация в прошлом — результат отрицания религии и опровержение клерикальных основ историографии. Отвечая на критику Н. М. Никольского, Морозов писал по этому поводу: «Падение клерикализма в XX веке неизбежно приведет и к падению созданной им ортодоксальной древней истории. Новая история останется, конечно, как была, а средневековая сильно обогатится за счет обломков псевдо-древней и осветится ими, как нечто закономерное, возможное для теоретической обработки».