В 1911 году из-за болезни старец перешел в специальный келейный дом, где не было сырости. Там он продолжал принимать народ.
Большое значение старец Анатолий придавал Таинству Елеосвящения, которое регулярно совершал во Владимирской церкви.
В 1914 году при посещении монастыря Великой княгиней инокиней Елисаветой Феодоровной исповедь у будущей преподобномученицы принимал отец Анатолий и имел с ней продолжительную беседу. Почитателем старца Анатолия был известный московский "старец в миру" святой праведный протоиерей Алексий Мечев. "Мы с ним одного духа", — говорил отец Алексий.
Среди тех, кто пользовался духовными советами преподобного Анатолия, были: архиепископ Серафим (Соболев), митрополит Трифон (Туркестанов), священник Николай Загоровский. По благословению отца Анатолия принял в 1917 году священный сан известный духовный писатель протоиерей Валентин Свенцицкий, исповеднически закончивший свою жизнь в ссылке. В 1905 году у старца Анатолия искал разрешения важных вопросов христианской жизни отец Павел Флоренский.
Старец Анатолий находился в глубокой духовной связи со старцем Нектарием. Они часто посылали друг к другу приходивших к ним людей для благословения и наставления. "Всегда смиренный и никогда не унывающий" — в народе его ласково называли Анатолием-утешителем, а еще — "вторым Серафимом". И действительно, та же любовь, радостный и светлый лик, всего несколько мудрых слов, простой подарок, а главное — совершенно особая атмосфера, царившая вокруг старца, оказавшись в которой человек чувствовал себя как бы "побывавшим под благодатным дождем".
В присутствии старца Анатолия душа верующего ощущала особый свет, легкость и переживала "возвращение к самому себе", точнее — к тому лучшему, что именуется образом Божиим в человеке. Исчезал налет житейской мути, заживали раны, оставленные страданиями и обидами, недоумением и унынием; восстанавливались силы и "все, что было прекрасного в твоей жизни". Сердце сорадовалось отблеску рая: "свежести полевых цветов, солнцу, юности и жизнерадостности" — таковы были впечатления от духовного облика отца Анатолия.
С юных лет впитав дух оптинского подвижничества — духовного бодрствования, делания Иисусовой молитвы, строгого аскетизма, старец Анатолий стяжал великую простоту сердца, ласковое отношение к братии и народу. Всех посетителей более всего поражала не знавшая границ любвеобильность батюшки, воспринимавшаяся как настоящее чудо. "Когда я в первый раз увидела батюшку, я не могла удержаться, чтобы не сказать ему громко: "Батюшка, да какой же вы светлый!"" — вспоминала раба Божия Мария Михайловна. "Отличительной чертой этого поистине Божьего человека, — писал В. Быков, — служит его изумительное любовное отношение к людям. И глядя на него, невольно хочется воскликнуть: "Какое это великое вместилище любви!". Вечно приветливый, постоянно ласковый, изумительно сердечный, готовый, кажется, всего себя, всю свою душу, всю свою жизнь отдать тому, кто приходит к нему с той или другой нуждой, с той или другой скорбью. Очень многим, не исключая и меня, при взгляде на этого любвеобильного человека кажется, что он представляет собой живое олицетворение саровского подвижника. Та же любовность, та же сердечность, то же внимание: со страдающим — страдающий, с больным — больной, с ищущим — ищущий, с нуждающимся — нуждающийся. Не только я, но и многие уверяют, что нигде не встречали более сродняющейся и сближающейся с людьми души, как душа этого великого подвижника". Тот же писатель вспоминал о старце: "Каждый его поступок, каждое движение, каждый его шаг — все как будто говорит само собою о непреодолимом желании его чем-нибудь утешить человека, что-нибудь доставить ему большое, приятное. Если так можно выразиться, у этого старца в Оптиной пустыни преизбыточествует по отношению ко всем одинаковое чувство какой-то материнской любви".
Старец Анатолий встречал каждого, даже незнакомого, человека как родного. Для него не было чужих — каждый для старца был ближним, каждая встреча для старца была уникальна и неповторима. Посетители вспоминают о трепете и волнении великого старца при общении даже с молодыми людьми. Старец старался никого не отпустить без какого-нибудь гостинца. Его щедрость просто обескураживала.
Раба Божия Евдокия Гавриловна вспоминала о влиянии последних Оптинских старцев на народ: "Вы хотите знать, как отражалось на нас влияние старцев? При них мы умилялись, были покорны, добры, кротки, а уехав отсюда, опять падали и снова ехали сюда, чтобы снова подкрепиться их любовью". А те, кто сподобился быть духовным чадом старца, считали это высшим духовным счастьем: "Шестнадцать лет жила под руководством незабвенного батюшки Анатолия, — свидетельствовала одна из его духовных дочерей, — шестнадцать лет сплошной духовной радости. Слава Богу, давшему испытать мне неземную радость, здесь, еще на земле видеть небесного Ангела".
Образ старца вселял веру, что именно такими праведниками стоит и держится земля Русская и ради них Господь не попустит Отечеству нашему погибнуть до конца.
Старец Анатолий запечатлел в себе тот дух радования, о котором учил апостол Павел: Всегда радуйтесь (1 Фес. 5, 16), и которым отличался преподобный Амвросий Оптинский. Пасхальная радость светилась во всем облике батюшки Анатолия, вызывая в памяти образ преподобного Серафима Саровского, о чем свидетельствуют многие очевидцы.
Протоиерей отец Сергий Четвериков видел старца Анатолия несколько раз:
"Отец Анатолий и по своему внешнему согбенному виду, и по своей манере выходить к народу в черной полумантии, и по своему стремительному радостно-любовному и смиренному обращению с людьми напоминал преподобного Серафима Саровского. В нем ясно чувствовались дух и сила первых великих Оптинских старцев".
Об исповеди у старца рассказывали так:
"Долго будет памятна для нас эта исповедь. Добрый, одухотворенный старичок, казалось, хотел отдать нам часть своей святости, своей доброты, чистоту своего сердца, вложить в нас свою горячую любовь к людям, когда шептал свои молитвы. Только мать молится так сильно, так горячо за свое дитя, как молился с нами и за нас отец Анатолий. Даже неверующего не могла не тронуть эта одушевленная непоколебимой верой детски-чистая молитва, нас же она умиляла до глубины души, укрепляла. Спокойные и облегченные мы ожидали Святого Причастия".
На исповеди старец Анатолий не оставлял на душе кающегося даже самых малых грехов и не разрешал (то есть не читал разрешительную молитву), если видел нераскаянным даже малый помысл.
В исповеди монашеской братии главное место занимало откровение помыслов: "Сосредоточенно, благоговейно подходили монахи один за другим к старцу. Они становились на колени, беря благословение, обменивались с ним в этот момент несколькими короткими фразами. Некоторые проходили быстро, другие немного задерживались. Чувствовалось, что старец действовал с отеческой любовью и властью. Иногда он употреблял внешние приемы. Например, ударял по лбу склоненного пред ним монаха, вероятно, отгоняя навязчивые приражения помыслов. Все отходили успокоенные, умиротворенные, утешенные. И это совершалось два раза в день: утром и вечером. Поистине, "житие" в Оптиной было беспечальное и действительно все монахи были ласково-умиленные, радостные или сосредоточенно-углубленные. Нужно видеть своими глазами результат откровения помыслов, чтобы понять его значение", — писал И. М. Концевич.
Преподобный Анатолий стяжал и дар исцелений, который действовал как по его молитвам, так и от его одежды.
Но исцеляя многих болящих, сам старец страдал тяжкими болезнями. От молитвенных бдений и стояний у отца Анатолия развилась болезнь ног, отчего они были в ранах. От многих земных поклонов старец страдал грыжей, поэтому он в последние годы вынужден был принимать исповедь, сидя на маленькой скамеечке.
Дар прозорливости, который стал заметен в старце еще в пору его диаконства, с годами испытали на себе практически все духовные чада преподобного.
Духовное руководство старец Анатолий основывал на свободной воле человека: его старческий совет не лишал человека свободы выбора. Благословение старца не было приказом, но призывом и указанием. Духовничество его отличалось особой кротостью и мягкостью. Советы и благословения он зачастую давал не сразу, а после некоторых расспросов, давая возможность духовным чадам самим уразуметь волю Божию о себе. Обычно перед принятием важного решения старец благословлял прежде высказать свое желание в молитве к Господу.
Старец всегда радовался, когда видел, как духовные чада понуждают себя к исполнению послушания: "Ну, спаси тебя Господи за то, что послушалась меня", — обратился он как-то к своей духовной дочери.
