11 июня 1677 года боярин Иван Богданович Милославский, призвавши Матвеева с сыном в съезжую избу, объявил ему, что царь приказал лишить его боярства, отписать все поместья и вотчины к дворцовым селам, отпустить на волю всех его людей и людей его сына и сослать Артамона Сергеевича, вместе с сыном, в Пустозерск. Вслед за тем отправлены были в ссылку двое братьев царицы Натальи Кирилловны, Иван и Афанасий Нарышкины. Первого обвинили в том, что он говорил человеку, по фамилии Орлу, такие двусмысленные речи: "Ты Орел старый, а молодой Орел на заводи летает: убей его из пищали, так увидишь милость царицы Натальи Кирилловны". Эти слова были объяснены так, будто они относились к царю. Нарышкина присудили бить кнутом, жечь огнем, рвать клещами и казнить смертью, но царь заменил это наказание вечною ссылкою в Ряжск.
В первые годы своего царствования Федор Алексеевич находился в руках бояр, врагов Матвеева. Наталья Кирилловна с сыном жила в удалении в селе Преображенском и находилась постоянно под страхом и в загоне. В церковных делах самовольно управлял всем патриарх Иоаким, и царь не в силах был воспрепятствовать ему притеснять низложенного Никона и отправить в ссылку царского духовника Савинова. Патриарх Иоаким заметил, что этот близкий к особе царя человек настраивает молодого государя против патриарха, созвал собор, обвинил Савинова в безнравственных поступках, и Савинов был сослан в Кожеезерский монастырь; царь должен был покориться.
Политика Москвы в первых годах Федорова царствования обращалась главным образом на малороссийские дела, которые впутали Московское государство в неприязненные отношения к Турции. Чигиринские походы, страх, внушаемый ожиданием нападения хана в 1679 г., требовали напряженных мер, отзывавшихся тягостно на народе. Целые три года все вотчины были обложены особым налогом по полтине со двора на военные издержки; служилые люди не только сами должны были быть готовы на службу, но их родственники и свойственники, а с каждых двадцати пяти дворов их имений они должны были поставлять по одному конному человеку. На юго-востоке происходили столкновения с кочевыми народами. Еще с начала царствования Алексея Михайловича, калмыки, под начальством своих тайшей, то делали набеги на русские области, то отдавались под власть русского государя и помогали России против крымских татар. В 1677 году вспыхнула ссора между калмыками и донскими казаками; правительство приняло сторону калмыков и запрещало казакам беспокоить их; тогда главный калмыцкий тайша, или хан, Аюка, с другими подначальными ему тайшами под Астраханью дал русскому царю шертную грамоту, по которой обещался от имени всех калмыков находиться навсегда в подданстве московского государя и воевать против его недругов. Но такие договоры не могли иметь надолго силы: донские казаки не слушали правительства и нападали на калмыков, отговариваясь тем, что калмыки первые нападали на казачьи городки, брали в плен людей, угоняли скот. Калмыки, со своей стороны, представляли, что мир нарушен казаками, царскими людьми, а потому и шерть, данная царю, уже потеряла силу, и отказывались служить царю. Аюка стал переговариваться и дружить с крымским ханом, а его подчиненные нападали на русские поселения. Пределы Западной Сибири беспокоили башкиры, а далее, около Томска, делали набеги киргизы. В Восточной Сибири возмутились якуты и тунгусы, платившие ясак, выведенные из терпения грабительствами и насилиями воевод и служилых людей, но были укрощены.
Во внутренних делах сначала происходило мало нового 1, подтверждались или расширялись распоряжения предыдущего царствования 2. В народе не утихало волнение, возбужденное расколом, напротив, все более и более принимало широкий размер и мрачный характер. Фанатики заводили пустыни, завлекали туда толпы народа, поучали его не ходить в церковь, не креститься тремя перстами, толковали, что приближаются последние времена, наступает царство Антихриста, скоро затем мир сей постигнет конец, и теперь благочестивым христианам ничего не остается, как отрекаться от всех прелестей мира и добровольно идти на страдание за истинную веру. Такие пустыни появлялись во многих местах на севере, на Дону, но особенно в Сибири. Воеводы посылали разгонять их, но фанатики сами сжигались, не допуская к себе гонителей, и в этом случае оправдывали себя примером мучеников, особенно Св. Манефы, которая сожглась, чтоб не поклониться идолам 3.
В 1679 году царь Федор Алексеевич, уже достигший семнадцатилетнего возраста, приблизил к себе двух любимцев: Ивана Максимовича Языкова и Алексея Тимофеевича Лихачева. Это были люди ловкие, способные и, сколько можно заключить по известным нам событиям, добросовестные. Языков был назначен постельничьим. Молодой царь, воспитанный Симеоном Полоцким, был любознателен, посещал типографию и типографскую школу, любил читать и поддавался мысли своего учителя Симеона образовать высшее училище в Москве. Мало-помалу становится заметнее усиление правительственной деятельности. Издан ряд распоряжений, прекращавших злоупотребления и запутанность в делах по владению вотчинами и поместьями. Так, напр., вошло в обычай, что владелец вотчины продавал или передавал другому - родственнику или же чужому по крови, после себя свое имение, с условием, чтобы тот содержал его вдову и детей или родственников - обыкновенно лиц женского пола, напр. дочерей или племянниц; получивший вотчину обязан был выдавать замуж таких девиц как бы родных сестер своих. Но такие условия не исполнялись, и по этому поводу состоялся закон отбирать такие вотчины, если владелец не исполнит условия, на котором получил вотчину, - и отдавать их прямым обойденным наследникам. Бывали еще такие злоупотребления: мужья насилиями и побоями принуждали жен своих продавать и закладывать их собственные вотчины, полученные в приданое при выходе замуж. Постановлено было не записывать в поместном приказе, как делалось до того времени, таких актов, которые совершались мужьями от имени жен без их добровольного согласия. Ограждены были также вдовы и дочери, получавшие после мужьев и отцов прожиточные имения, которые у них нередко отнимали наследники. В это время вообще заметно желание, чтобы вотчины не выходили из рода владельцев, и потому запрещалось впредь отдавать по духовным вотчины прямых наследников, а также и дарить их в чужие руки. Самые поместья подчинялись тому же родовому началу: было постановлено, чтобы выморочные поместья давались только родственникам, хотя бы и дальним, прежних владельцев. Родственник имел право законно искать возвращения себе поместьев, поступивших в чужой род. Таким образом поместное право почти исчезало и переходило в вотчинное. Сын считал себя вправе просить правительство дать ему поместье или какую-нибудь награду, следовавшую его отцу за службу, если отец не успел ее получить.
В ноябре того же 1679 года уничтожилось некогда важное звание губных старост и целовальников. Повсеместно велено было сломать губные избы, и все уголовные дела передавались ведению воевод; вместе с тем уничтожались разные мелкие подати на содержание губных изб, тюрем, сторожей, палачей, издержка на бумагу, чернила, дрова и пр. Тогда же были уничтожены особые сыщики, присылаемые из Москвы по уголовным делам, сборщики, также приезжавшие из Москвы, горододельцы и приказчики разных наименований: ямские, пушкарские, засечные, осадные, у житниц головы и пр. Все их обязанности сосредоточивались в руках воевод. Правительство, вероятно, имело целью упростить управление и избавить народ от содержания многих должностных лиц.
В марте 1680 года предпринято было межевание вотчиных и помещичьих земель - важное предприятие, которое вызывалось желанием прекратить споры по поводу рубежей, доходившие очень часто до драк между крестьянами споривших сторон, а иногда и до смертоубийства. Всем помещикам и вотчинникам предписано объявить о числе имеющихся у них крестьянских дворов. Относительно самих крестьян не было сделано важных изменений в законодательстве, но из дел того времени видно, что крестьяне почти уже окончательно сравнялись с холопами по своему положению, хотя все-таки юридически отличались от последних тем, что в крестьяне поступали по судной, а в холопы по кабальной записи. Тем не менее, владелец не только брал своих крестьян в дворовые, но даже бывали случаи, когда продавал вотчинных крестьян без земли.
Летом 1680 года царь Федор Алексеевич увидел на крестном ходе девицу, которая ему понравилась. Он поручил Языкову узнать: кто она, и Языков сообщил ему, что она дочь Семена Федоровича Грушецкого, по имени Агафья. Царь, не нарушая дедовских обычаев, приказал созвать толпу девиц и выбрал из них Агафью. Боярин Милославский пытался расстроить этот брак, чернил царскую невесту, но не достиг цели и сам потерял влияние при дворе. 18 июля 1680 года царь сочетался с нею браком. Новая царица была незнатного рода и, как говорят, по происхождению полька. При дворе московском стали входить польские обычаи, начали носить кунтуши, стричь волосы по-польски и учиться польскому языку. Сам царь, воспитанный Симеоном Ситияновичем, знал по-польски и читал польские книги. Языков после царского брака получил сан окольничьего, а Лихачев заступил его место в звании постельничьего. Кроме того, приблизился к царю и молодой князь Василий Васильевич Голицын, впоследствии игравший важнейшую роль в Московском государстве.
