Но являлись секты, которые не строили церквей и часовен. По поводу появления скопческой ереси в половине 1772 года императрица дала полковнику Волкову любопытный указ: «Слух носится, будто бы в Орловском уезде оказался новый род некоторой ереси и будто бы действительно в орловское духовное правление привелено уже несколько человек из крестьян разных помещиков, в той ереси найденных. В таковых случаях ничего нужнее не бывает, как, с одной стороны, утушение в самом начале подобных безрассудных глупостей, а с другой – сохранение и безопасность множества людей от прицепок и забираний в каком ни есть нижнем судебном месте, паче же от всяких иногда невинным людям быть могущих привязок и притеснений. В рассуждении сего повелели мы вас отправить в город Орел, где имеете наперед у тамошнего воеводы и в духовном правлении наведаться, действительно ли состоит там таковое дело и где оно производится. Если найдете, что подобное следствие начато, то имеете истребовать к себе сие дело и всех людей, кои доныне приведены; получая же о всем полное сведение, должны вы обще с тамошним воеводою и его товарищем изыскать прежде всего, кто сей вредной ереси зачинщик и кто ее над другими в действо производил; буде доныне сии люди не сысканы, то велите их сыскать немедленно. Всех же в сем деле участвующих вины разделить на три класса: 1) начинщик или начинщики и те, кои других изуродовали; 2) те, кои, быв уговорены, других на то приводили; 3) тех простяков, кои, быв уговорены, слепо повиновались безумству наставников; о тех же, кои по сю пору не забраны, стараться и вам должно, узнав их имена и жилища, без крайней надобности их не забирать, а единственно дать знать под рукою их начальникам, чтоб за ними имели бденное смотрение, дабы воздержаны были от всяких иногда неистовств. По окончании следствия с первыми имеете поступить как с возмутителями общего покоя, т. е. высечь кнутом в тех жилищах, где они проповеди свои производили и где более людей уговаривали, и потом сошлите их в Нерчинск вечно; вторых велите высечь батожьем и сошлите в фортификационную работу в Ригу, а третьих разошлите на прежние их жилища. Мы за нужное находим здесь прибавить, чтобы вы при следствии поступили для изыскания правды без всякого истязания и самым кротчайшим образом, и что если найдете, что забраны невинные люди, то старайтесь оных наискорее отпустить безвредно в их жилища; чем же скорее и без дальной огласки сие дело исследовано и окончено будет, тем по существу сего рода дел полезнее быть может, ибо, чем менее к нему от правительства окажется уважения, тем менее утвердится безумство таковое в несмысленных умах и, следовательно, тем скорее исчезнет привлеченная к нему мысль людская. Не меньше же находим мы за нужное вам прибавить, чтобы вы сие дело трактовали как обыкновенное гражданское, а отнюдь не инако и для того и в разделении вин вам стараться, чтобы наказаны были гражданские преступления».
Несмотря на это объявление скопчества как дела гражданского, а не церковного, церковь должна была заняться им, когда жены двенадцати оскопленных крестьян, возвращенных помещику, подали просьбу о позволении вступить им во второй брак. Синод решил, что эти женщины как ни в чем не виновные имеют право отвергнуть от себя супругов, которые браком возгнушались и тем уничтожили благословение церкви, данное им на супружество. Позволив женам скопцов вступать в новый брак, относительно самих скопцов Синод постановил: семь лет не допускать их до св. причащения, кроме смертного случая, а исповедоваться им дважды в год.
В 1769 году несколько раскольнических учителей были сосланы в Азовскую и Таганрогскую крепости для определения в военную службу, причем Военной коллегии было предписано иметь за ними наикрепчайшее наблюдение, чтоб они между собою никакого сообщения не имели и прелести своей не рассевали. Но предписание не исполнялось. Воронежский губернатор донес Сенату, что один из таких сосланных, солдат Степан Кузнецов, часто отлучаясь от своей команды на прежнее свое место жительства, в Воронеж, распространял в этом городе раскол; особенно усердными его ученицами явились женщины, из которых две крестьянки, Варвара Ефимова и дочь сержанта Овчинникова девица Акулина, торжественно на площади проповедовали народу о необходимости двуперстного сложения. У раскольников нашли четыре псалма, которые они пели в своих собраниях, причем Акулина Овчинникова и мать ее Мавра показали, что петь эти псалмы научил их бог. Сенат наикрепчайше подтвердил, чтоб сосланные в крепости за отступление от благочестия отнюдь не были отпускаемы на прежние жилища, но прибавил распоряжение: из всех вступивших теперь о раскольниках в Сенат дел, сочиня экстракт, отослать в св. Синод на его примечание, с тем чтоб благоволил духовным властям дать наставление: при случае производства следствий о каких-нибудь суевериях подлежащие духовному суду люди требованы были в консисторию со всевозможным осмотрением и осторожностью, чтоб как-нибудь и таким, которые к суевериям непричастны, не могло быть причинено ни малейшего притеснения и чрез то «не произвесгь бы существительного вида инквизиции». Мы видели, что Синод указывал на построение раскольниками часовни с колоколами на реке Иргизе. Узнали, что на обеих реках Иргизах образовались раскольничьи скиты, служащие убежищем для беглых, вследствие чего Сенат предписал казанскому губернатору Бранту отправить туда команду и осмотреть все скиты вдруг, чтоб раскольники не могли укрыться из одного скита в другой; этим способом в них найдено беглых разного звания мужчин и женщин 44 человека.
Такого же рода щекотливые отношения продолжались по делам магометан. Синод жаловался, что в Казани вопреки прежним указам построены мечети подле православных церквей и что прежний губернатор Квашнин-Самарин, с позволения которого это сделано, объявил о получении им на это устного указа от императрицы. На доклад Сената об этом Екатерина велела отвечать: «Как всевышний бог на земле терпит все веры, языки и исповедания, то и она из тех же правил, сходствуя его святой воле, и в сем поступает, желая только, чтоб между подданными ее всегда любовь и согласие царствовали; а впрочем, ее в-ство приказать соизволили Сенату объявить, что бывший губернатор Квашнин-Самарин дозволение строить каменные мечети сделал в сходственность данного большого наказа 494, 495 и 496-й статей». Месяца через два Синод дал знать Сенату, что магометане, приезжая в Барабинскую степь, обращают в свою веру обращенных недавно в христианство идолопоклонников, и хотя сибирский губернатор въезд туда татарам и бухарцам запретил, однако все же происходят от них разные обольщения: так, разглашают, будто бы из Сената прислан указ, которым позволено им и мечети там строить, отчего новокрещенные, пришедши в соблазн, перестали ходить в церковь, особенно же к исповеди и причастию. Сенат приказал: тобольскому губернатору предписать, чтоб он не запрещал магометанам совершенно въезда к новокрещенным, ибо они могут приезжать для торговли, а приказал бы только накрепко смотреть, чтоб они не совращали новокрещен в свою веру. Что же касается наказания кнутом совратившихся из христианства, то от него совсем удержаться и стараться приводить их в благочестие посредством духовных лиц одним увещанием и ласкою, а не наказанием. Что же касается разглашения, будто бы дозволено строить мечети, даже и каменные, то губернатор должен их уверить, что это разглашение неосновательно.
Мы видели, что Екатерина при своем основном стремлении: действовать против безнравственных явлений средствами нравственными, а не жестокостию наказаний, обращалась за помощью к церкви, как то поступлено было в деле Жуковым. И в описываемое время она продолжала поступать таким же образом преимущественно в делах по убийствам крестьян своими помещиками. О дворянке Мориной, убившей свою крепостную, Екатерина написала: «Посадить на 6 недель на хлеб и на воду и сослать в женский монастырь на год в работу». По решению Екатерины белозерские помещики Савины за убийство крестьянина посажены в тюрьму на полгода и потом преданы церковному покаянию. Капитанша вдова Кашинцева за прижитие с человеком своим младенца и несносное телесное наказание служанки, от которого та повесилась, приговорена была на шесть недель в монастырь на покаяние. Жена унтер-шахмейстера Гордеева была присуждена к содержанию месяц в тюрьме и церковному покаянию за истязание своей дворовой, от которого та скоро умерла. Сенат при этом приказал взять с нее подписку, чтоб она вперед от таких наказаний удержалась; но императрица переменила сенатское решение и написала: отдать ее мужу, с тем чтоб он ее впредь до такой суровости под своим ответом не допускал.
Сенат подал доклад о наказании генерал-майорши Эттингер за побои крестьянину, от которых тот умер; императрица написала на докладе: «Вдова Эттингерша сама на себя показывает, что она человека своего секла за такие дела, кои исследовать не ей, но городской юстиции надлежит, и тако присвоивала себе судейской власти, ибо побеги, воровство и подобное не подлежит домашнему следствию и наказанию, чего приметить дать надлежит второму сенатскому департаменту, дабы сходственно законам власть судебная была охраняема от особенных вступлений в оной». Сенат отвечал: «Чтоб и другие владельцы в принадлежащие гражданской юстиции дела собою не вступали, как на то точного положения нет, собирать о сем в комиссии о сочинении проекта нового уложения для положения на сие закона». Но Екатерина написала на это: «Которой комиссии и о том положение сделать, что с такими чинить, кои суровость против человека употребляют». По известиям о дурном обращении со своими крепостными генерал-майорши Храповицкой Сенат получил именной указ определить опекуна, который бы, отобрав, от кого надлежит, о ее доходах сведение, принял дом ее в свое содержание и определил людям ее такое пропитание и одежду, которых бы без излишества довольно было, а достальное отдавать ей на содержание, и чтоб оные люди в случае их преступления наказанием зависели от него, сохраняя притом должное от них ей почтение и повиновение.