Вечером, около пяти часов, в тот же день, прибыл к Троице Василий Васильевич Голицын с несколькими думными людьми 13. Царь не допустил их к себе. Им велено было ждать решения.
Начались допросы и пытки. Шакловитый сначала во всем запирался, но после первой пытки стал виниться наполовину, а когда его повели пытать в другой раз, то, не допустив до пытки, сознался, что разговаривал со стрельцами о том, как бы произвести пожар в Преображенском селе и убить царицу, однако упорно отрицал умысел на жизнь царя Петра. Шакловитый обвинял в соучастии и Василия Васильевича Голицына.
У Василия Голицына был двоюродный брат Борис, ревностнейший приверженец Петра, любимец его и главный распорядитель, как оказалось, по следствию над заговорщиками. Обвинение в измене ложилось пятном на весь род Голицыных. Заступлению Бориса обязан был Василий Голицын тем, что его хотя наказали, но за другие вины. 9 сентября он был призван во дворец вместе с сыном Алексеем. Думный дьяк прочитал ему приговор, по которому он лишался боярства и вместе с сыном и семьею ссылался в Каргополь: это постигало его за то, что он мимо царей подавал доклады царевне Софье и, сверх того, за дурные распоряжения во время крымского похода, причинившие разорение государству и отягощение народу 14. Боярина Неплюева осудили на ссылку в Пустозерск за дурное управление в Севске, где он прежде был наместником; Змеев удален в свои костромские вотчины; прочих простили. Напрасно Василий Голицын написал в свое оправдание длинное объяснение в семнадцати пунктах: царь не читал его.
11 сентября, в 10 часов вечера, против Лавры, у большой дороги, вывели преступников на смертную казнь при большом стечении народа. Шакловитому отрубили голову топором. То же сделали стрельцам: Обросиму Петрову и Кузьме Чермному. Полковнику Семену Рязанцеву велели положить голову на плаху, потом велели ему встать, дали несколько ударов кнутом и отрезали кусок языка. Такому же наказанию подвергли еще двоих 15.
Наконец Петр отправил к старшему брату письмо, в котором представлял, что им обоим, будучи в совершенном возрасте, пора править государством самим, а не дозволять третьему лицу, сестре, вмешиваться в правление. Со своей стороны Петр обещался почитать, как отца, старшего брата. Слабоумный Иван не прекословил.
Вслед за письмом Петра отправлен был в Москву боярин Троекуров с приказанием Софье переселиться в Новодевичий монастырь. Софья несколько дней упрямилась и успела еще переслать письмо и деньги своему другу, Василию Голицыну. Наконец в конце сентября она поневоле должна была ехать в монастырь. Ей дали просторное помещение окнами на Девичье поле, позволили держать при себе свою кормилицу, престарелую Вяземскую, двух казначей и девять постельниц. Из дворца отпускалось ей ежедневно определенное количество разной рыбы, пирогов, саек, караваев, хлеба, меду, пива, браги, водки и лакомств. Царицам и царевнам позволено было посещать ее во всякое время. Она могла свободно ходить внутри монастыря, участвовать в храмовых праздниках, но у ворот постоянно стояли караулы из солдат полков Семеновского и Преображенского. Вдова царя Федора, Марфа Матвеевна, и супруга царя Ивана, Прасковья Федоровна, очень редко посещали Софью, но сестры были с нею по-прежнему дружны и вместе втихомолку ругали Петра и жаловались на свою судьбу.
С падением Софьи началась самобытная деятельность Петра, и вместе с тем наступал и новый период в истории России. Внимание Петра, как известно, обратилось на юг: была построена корабельная верфь в Воронеже, и начаты походы на Азов. В январе 1696 года скончался болезненный, слабоумный Иван. Двоевластие кончилось. Азов был взят. Петр начал десятками отправлять своих подданных учиться за границу, а в начале 1697 года решился ехать туда сам инкогнито, под именем урядника Преображенского полка Петра Михайлова, т. е. в том чине, в каком он состоял тогда, начав, для примера другим, военную службу с низшего чина. Его неутомимая деятельность, его недовольство старыми порядками, посылка людей за границу и, наконец, неслыханное до того времени намерение самому ехать учиться у иноземцев, уже возбудили против него злые умыслы. 23 февраля, когда царь, готовясь к отъезду, веселился на прощании с боярами у своего любимца, иноземца Лефорта, ему дали знать, что пришел с доносом пятисотенный стрелец Ларион Елизарьев (тот самый, который предупредил Петра о замыслах Шакловитого) с десятником Силиным. Их позвали к царю, и они объявили, что Иван Циклер, уже пожалованный в думные дворяне, собирается убить царя. Циклер перед тем только получил от царя назначение построить Таганрог и был этим недоволен. Оказав важную услугу Петру в деле Шакловитого, он ожидал, что будет важным человеком у царя, и обманулся, так что он сделался врагом царя, которому так услужил в прежние годы.
Циклер был схвачен и под пыткой показал на окольничьего Соковнина, заклятого старовера, брата боярыни Морозовой и княгини Урусовой (признаваемых раскольниками до сих пор за мучениц). Соковнин под пыткой сознался, что действительно говорил о возможности убить государя, так как государь ездит или один или с малым числом людей. Соковнин при этом оговорил зятя своего, Федора Пушкина, и сына его Василия. Вражда к Петру происходила, по их показанию, оттого, что царь начал посылать людей за море учиться неведомо чему. Обвиненные притянули к делу двух стрелецких пятидесятников. Всех их присудили к смертной казни. Циклер перед казнью объявил, что в прежние годы, во время правления Софьи, царевна и покойный боярин Иван Милославский уговаривали его убить царя Петра. Петр приказал вырыть из земли гроб Милославского и привезти в Преображенское село на свиньях. Гроб открыли: Соковнину и Циклеру рубили прежде руки и ноги, потом отрубили головы; кровь их лилась в гроб Милославского. Пушкину и другим отрубили головы. На Красной площади был поставлен столп с железными спицами, на которых были воткнуты головы казненных.
Вслед за тем Петр усилил караул у ворот Новодевичьего монастыря, а сам уехал за границу. В то время, как Петр в Голландии учился строить корабли, а потом ездил по Европе присматриваться к иноземным обычаям, в Москве управляли бояре, согласно начертаниям царя. Московским стрельцам пришла тяжелая пора. Прежде они спокойно проживали себе в столице, занимаясь промыслами, величались значением царских охранителей, всегда готовые, как мы видели, обратиться в мятежников. Теперь их выслали в отдаленные города на тяжелую службу и притом на скудном содержании. Четыре полка (Чубарова, Колзакова, Чернаго и Гундертмерка) были отправлены в Азов. Через несколько времени, на смену им, послали другие шесть полков. Прежние четыре полка думали было, что им позволят из Азова возвратиться в Москву, как вдруг им приказали идти в Великие Луки, на Литовскую границу, в войско князя Ромодановского. Они повиновались, но в марте 1698 года многим стало невыносимо: сто пятьдесят пять человек самовольно ушли из Великих Лук в Москву бить челом от лица всех товарищей, чтобы их отпустили по домам. В прежние времена случаи самовольного побега со службы были не редкостью и сходили с рук, но на этот раз начальник Стрелецкого приказа, боярин Троекуров, велел им немедленно идти назад, а четырех выборных, которые к нему пришли объясняться, за дерзкие слова приказал сейчас же засадить в тюрьму. Стрельцы отбили своих товарищей, буянили и не хотели идти из Москвы. Бояре двинули на них солдат Семеновского полка и выгнали из Москвы силой.
Стрельцы воротились к пославшим их товарищам. Ромодановский в это время, по указу, пришедшему из Москвы, должен был распустить всех своих служилых людей, но такое распоряжение не простиралось на стрельцов; их четыре полка велено было расставить по западным пограничным городам, а тех, которые самовольно ходили с челобитной в Москву, сослать в Малороссию на вечные времена. Стрельцы заволновались и не выдали Ромодановскому своих товарищей, ходивших в Москву: Ромодановский, распустив перед тем служилых, не имел возможности схватить виновных стрельцов. Стрельцы, пошумев, ушли, как будто повинуясь приказанию идти в назначенные им города, и на дороге, на берегу Двины, 16 июня устроили круг. Тут один из ходивших в Москву, стрелец Маслов, стоя на телеге, начал читать письмо от царевны Софьи, в котором она убеждала стрельцов прийти к Москве, стать табором под Новодевичьим монастырем и просить ее снова на державство, а если солдаты станут не пускать их в Москву, то биться с ними.
Стрельцы порешили идти на Москву. Раздавались голоса о том, что надобно перебить всех немцев, бояр, самого царя не пускать в Москву и даже убить его за то, что "сложился с немцами". Впрочем, это были только одни толки, а не приговор всего круга.
Когда в Москве заслышали, что идут к столице стрельцы, то на многих жителей напал такой страх, что они с имуществом разъезжались по деревням. Бояре, не допуская стрельцов до столицы, выслали против них навстречу войско в числе 3700 человек с 25 пушками. Начальство над этим войском взял боярин Шеин с двумя генералами: Гордоном и князем Кольцо-Мосальским. Высланное боярами московское войско встретилось со стрельцами 17 июня близ Воскресенского монастыря. Сначала Шеин отправил к ним в стан генерала Гордона. Гордон потребовал, чтобы стрельцы немедленно ушли в назначенные им места и выдали бы сто сорок человек из тех, которые ходили перед тем только в Москву: их считали главными зачинщиками бунта.
