По выходе клипера в море в крюйт-камере началась работа по устранению замечаний. Первыми были уложены в чемоданные ящики ракеты. Затем во время вахты мичмана Кноринга с часу ночи до семи утра 18 августа было дано приказание перенести из крюйт-камеры в кают-компанию ящики с гранатами. На время переноски в целях безопасности на клипере погасили огни и на баке обрезали фитиль (место для курения). Старший офицер передал вахтенному начальнику ключи от крюйт-камеры, а тот в свою очередь передал их кондуктору Савельеву. При вскрытии крюйт-камеры, помимо Савельева, присутствовали старший офицер, ревизор и пять матросов. В три часа утра начались работы по переноске ящиков с гранатами и картечью. К четырем часам все ящики были перенесены. В начале пятого старший офицер, находившийся в это время в кают-компании, получил доклад, что работа завершена. После этого старший офицер приказал ревизору возглавить работу по помывке крюйт-камеры. До взрыва оставалось каких-то полчаса…
Оставшийся в живых лейтенант Литке показал, что он сменил барона Кноринга в четыре часа утра, менее чем за десять минут до взрыва. По заступлении он получил доклад, что старший офицер находится в крюйт-камере и наблюдает за проводимыми там работами.
Артиллерийский кондуктор Федоров, которого тоже удалось спасти, рассказал, что он участвовал вместе с другими матросами в переноске ящиков из крюйт-камеры в кают-компанию. Закончив работать, он пошел спросить, не нужно ли еще чего-нибудь перенести, и на входе в крюйт-камеру встретил содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. Тот сказал Федорову, что больше ничего не нужно и что он сам идет доложить ревизору о наведенном в крюйт-камере порядке. Едва Федоров спустился в машинное отделение, как раздался взрыв. Поэтому Федоров полагает, что в момент взрыва в крюйт-камере мог находиться только один Савельев.
По показанию нескольких матросов, незадолго до взрыва лейтенант Дистерло спросил старшего офицера: «Закончена ли работа в крюйт-камере?» И когда тот ответил отрицательно, мрачно заметил «Пора бы кончить!» После чего старший офицер спустился вниз, и почти сразу последовал взрыв. Однако другие утверждали, что старший офицер лейтенант Розенберг к этому времени находился уже на шканцах с командиром. Единства в этих показаниях не было. В одном все — и офицеры, и матросы — были единодушны: в течение всего кругосветного плавания в крюйт-камере поддерживался должный порядок, и никто не нарушал правил пребывания в ней: соблюдались переодевание в парусные сапоги, или пампуши, исправность фонаря и отсутствие открытого огня.
Внезапно особое внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить ракеты и гранаты в крюйт-камеру, Савельев воспротивился этому, сказав, что там хранить боеприпасы неположено. На что Дистерло топнул ногой и крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так, впрочем, Дистерло поступал всегда, когда выслушивал доклады своих матросов.
Кроме этого в ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера дополнительно доставили четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и другие матросы из числа спасенных.
Характер взрыва и матросы, и офицеры описывали по-разному, Одним он показался как очень сильный выстрел, другим же — как протяжный шум, третьим — просто оглушительный треск. Матрос Алексеев, кого взрыв застал подле фок-мачты, вообще охарактеризовал его как некий пронзительный визг. Юнга Миртов рассказал, что ему показалось, будто перед самым выстрелом начали лопаться ударные трубки. Такую же мысль высказал и лейтенант Литке, который выдвинул версию, что в процессе передвижения ящиков в крюйт-камере матросы могли случайно надавить ящиком на одну из трубок, а та могла лопнуть и воспламенить рассыпанный по палубе порох, затем последовали детонация и взрыв.
Чтобы разобраться до конца с версией Литке, комиссия была вынуждена провести несколько экспериментов. Однако после их проведения общее мнение всех сходилось на том, что подобный ход событий слишком маловероятен и почти невозможен, ибо случайно раздавить трубку ящиком было просто нереально.
Именно тогда впервые возникло предположение о возможности преднамеренного подрыва корабля. При последующем опросе все члены экипажа «Пластуна», кроме одного, отвергли такую возможность. Этим одним был унтер-офицер Федоров. Он сказал, что после долгих раздумий пришел к выводу, что взрыв стал следствием умышленных действий содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. По словам Федорова, Савельев был очень озлоблен на командира. Обращение с командой со стороны командования клипера было вообще весьма плохим, но особенно доставалось именно Савельеву. Его буквально ненавидели и командир, и старший офицер. Дело доходило до того, что оба его даже часто били. Дальнейшие расспросы повергли следователей в изумление — как оказалось, на борту «Пластуна» издевательство над матросами носило постоянный и самый изуверский характер. По приказанию старшего офицера, того же Савельева привязывали на несколько часов к бушприту. В другой раз он был нещадно выпорот линьками только за то, что в кубрике, за который он отвечал, была обнаружена валявшаяся матросская шинель. По словам Федорова, и на этот раз он якобы слышал отданное старшим офицером приказание после окончания работ в крюйт-камере идти Савельеву на бак, где уже приготовлены линьки для его порки (факт подготовки к экзекуции подтвердил и матрос Алексеев). Вообще Савельев, по словам Федорова, был смирным и тихим, но, выпивши, становился дерзким и смелым. По выходе клипера из Николаевска Савельев якобы выкупил у матроса Макарова на несколько месяцев вперед ежедневную винную порцию и начал пить. Оставшийся в живых Макаров факт продажи своей винной порции подтвердил. По мнению Федорова, был Савельев нетрезв и в последний день своей жизни. Однако мичман Кноринг заявил, что Савельев не мог быть в день катастрофы пьян, иначе он это непременно заметил бы и ключей от крюйт-камеры кондуктору никогда не выдал бы.
В целом все спасшиеся матросы отзывались о Савельеве положительно, как о хорошем человеке, хотя и несколько медлительном, но не способном не только кого-либо обидеть, но даже ругаться. Тот факт, что кондуктор начал пить по две чарки, все единодушно относили на счет постоянных издевательств над содержателем крюйт-камеры.
Когда матросы поняли, что могут рассказать обо всем, что творилось на «Пластуне», без утайки, перед следователями предстала беспредельная картина самоуправства. За самые мелкие прегрешения давали по 50 линьков, а за плевок на палубу — сразу по 100. Матросы вспомнили случай, когда у баталера не оказалось уксуса. На вопрос старшею офицера: «Почему отсутствует уксус?» — тот ответил: «Когда я просился у вас съехать на берег и все закупить, вы меня не отпустили». Ответ был воспринят как дерзость, и несчастный баталер тут же получил ни много ни мало 328 линьков. С показаниями матросов о бесконечных избиениях на «Пластуне» был не согласен спасенный мичман Березин, утверждавший, что ничего подобного не было. Однако следователи отнеслись к показанию мичмана в этом случае с известным недоверием.
Сразу 18 человек показало, что командир со старшим офицером ежедневно били Савельева по лицу, ставили на ванты, сажали на бак, пороли линьками. Боцман Ларионов признал, что по приказанию командира он самолично не один раз бил содержателя крюйт-камеры линьками.
Впрочем, о всех иных офицерах, кроме командира и старшего офицера, матросы отзывались только положительно.
На этом комиссия свою работу и завершила. Дело о гибели клипера грозило перерасти в дело о порядках, царивших на кораблях российского флота и об унизительном и бесправном положении матросов. Подобное же разбирательство уже выходило за рамки компетенции комиссии. Думается, что и особого желания заниматься этой темой не было ни у членов комиссии, ни у ее председателя вице-адмирала Панфилова. В «Заключительном мнении», поданном генерал-адмиралу, комиссия констатировала примерный ход событий. Отметила возможность версии с раздавленными ударными трубками. Что касается версии сознательного подрыва крюйт-камеры кондуктором Савельевым, то комиссия записала по этому поводу следующее: «Савельев был человек ленивый, беспечный и не совсем трезвый. Строгость же командира и старшего офицера нередко доходила до того, что, кроме телесных наказаний, ставили его на ванты, привязывали к бушприту и били по лицу, так что редкий день мог пройти ему без обиды. Понятно, что такая жизнь в продолжении трех лет могла довести человека до отчаяния; перед самым же взрывом старший офицер приказал ему идти на бак для наказания по окончании работ. Савельев же с некоторого времени предавался излишнему употреблению вина и, как должно полагать, в утешение от испытываемого им взыскания в этот день также выпил двойную порцию рому; и хотя после этого прошло уже пять часов, но, работая в душной и тесной крюйт-камере, доведенный побоями и угрозами до крайности, он, под влиянием предстоявшего наказания, мог, при своей бесхарактерности и малодушии, в минуту досады решиться положить всему конец — лишить себя жизни вместе со всеми сослуживцами на клипере. Нельзя, однако же, не заметить, что большинство сослуживцев его отвергает возможность этого умысла, предполагаемого только кондуктором Федоровым».
