По объявлении войны, Петр двинул свое войско на осаду Нарвы, которым Петру хотелось прежде всего завладеть, чтоб иметь пункт на Балтийском море. Всего войска было у него до 35000; сам Петр под именем капитана бомбардирской роты Петра Михайлова шел с Преображенским полком. Начальство над войском Петр поручил герцогу фон Круи, приехавшему к нему на службу по рекомендации короля Августа. Петр надеялся на опытность и знания этого иноземца более, чем на способности своих русских. Прибывши под Нарву в конце сентября, царь при пособии саксонского инженера Галларта занялся укреплением русского лагеря и устройством осады. 20-го октября началось бомбардирование, но русские действовали неискусно, а назначение иноземца главнокомандующим возбуждало у них неудовольствие. Верность иноземцев казалась сомнительною, особливо когда один из них, Гуммерт, обласканный Петром, убежал к неприятелю в Нарву, а находясь там, вероятно, недовольный приемом шведского коменданта Нарвы Горна, завел снова тайные сношения с русским царем. 17-го ноября боярин Борис Петрович Шереметев, посланный к Везенбергу, неожиданно вернулся с известием, что шведский король идет отбивать Нарву. Петр в ту же ночь оставил свое войско, надеясь, вероятно, что дела пойдут лучше, когда герцог ФОн Круи останется полновластным распорядителем и не будет стесняться присутствием царя. Кроме того, царь досадовал, что войска собираются медленно, и думал, как он сам объяснял, побудить остальные полки скорее идти к Нарве, наконец, ему хотелось видеться с Августом и поторопить его к совместному действию против Карла. У Карла было около 8500 войска: силы очевидно неравномерные с русскими. Но укрепленный русский лагерь был растянут с лишком на семь верст, и солдаты, во время нападения, с трудом могли подкреплять друг друга; притом же значительная часть русских сил состояла из новобранцев. Вдобавок, когда Карл сделал нападение, сильный снег бил прямо в лицо русским. Шведы овладели русскими укреплениями, и русские пустились в бегство. Шереметев был из первых. Множество русских потонуло в воде при переправе. Главнокомандующий герцог фон Круи и другие иноземцы побежали в шведское войско и сдались. Только Преображенский и Семеновский полки, да генерал Адам Вейде, немец русской службы, защищались несколько времени. Тогда русские генералы: князь Яков Долгорукий, князь Иван Юрьевич Трубецкой, имеретийский царевич Александр, Автоном Михайлович Головин, оставшись почти без войска, сдались на условиях свободного выхода; но, под предлогом утайки и отправления вперед казны, они были объявлены военнопленными вместе с офицерами, которых число простиралось до 79 человек. Вся артиллерия досталась победителю. Русские гибли тогда не только от неприятельского оружия, но еще и от голода, и холода. Из числа бежавших до 6000 погибло на пути к Новгороду. Карл не понял Петра: он презирал русских, судил о них по нарвским беглецам и не пошел далее войной против России, как некоторые ему советовали, а составил план разделаться со своим главным врагом - Августом.
Петр, получив известие о поражении, не упал духом, а напротив, сознавал, что иначе быть не могло, приписывал несчастье недостатку обучения и порядка в войске и с большей кипучей деятельностью принялся за меры улучшений. В ожидании нападения неприятеля, в близких к границе городах: в Новгороде, Пскове, Псково-Печерском монастыре Петр приказал наскоро делать укрепления, высылал на работу не только солдат и жителей мужского пола, но даже женщин, священников и причетников, так что несколько времени в церквах, кроме соборов, не было богослужения. Приказано к весне набирать новые полки, а думному дьяку Виниусу, который прежде заведовал почтовым делом, приготовить новые орудия и при этом отбирать у церквей и монастырей колокола для переливки на пушки. Обычная русская лень много мешала скорому производству работы, зато Петр жестоко наказывал всякое неповиновение и уклонение от его воли: приказывал бить кнутом за неявку к работам, вешать взяточников и грозил смертью бурмистрам за медленное исполнение требований Виниуса - надзирателя артиллерии. При таких мерах, в течение года после нарвской битвы, царь имел уже более трехсот новых приготовленных орудий.
С этих пор, сознавая важность войны и преследуя свою любимую мысль заведение флота, которая могла осуществиться только при успехе в войне со шведами, царь во внутренних делах обращал главнейшее внимание на достижение как можно более денежных средств для ведения войны. В этих видах Петр предпринимал коренные изменения в церковном и, главное - в монастырском быте. Патриарх Адриан скончался 16-го октября 1700 года. По заведенному порядку следовало избирать нового, но Петр рассчитал, что для его самодержавной власти неудобно допускать в церковном управлении существование такого высокого сановника, тем более что пример Никона показывал, как может высоко поднять голову энергический человек, облеченный саном патриарха. Петр решился не иметь более патриархов. 16-го декабря 1700 года он уничтожил Патриарший приказ, все производившиеся в нем мирские дела приказал распределить по другим ведомствам, а духовные дела поручил временно назначенному от государя блюстителю. Таким блюстителем Петр назначил митрополита рязанского, Стефана Яворского, давши ему титул - "экзарха патриаршего престола". Стефан был родом малоросс, из Волыни, киевский воспитанник, в этом же году приехавший в Москву и недавно посвященный в митрополиты. Это был человек замечательно ученый и вовсе не честолюбивый: он отбивался всеми силами не только от такого высокого положения, но даже и от архиерейства; любимым желанием его было вернуться в Малороссию и жить там в уединении, но Петр дорожил им. В январе 1701 г. дом патриарха, все архиерейские и монастырские дела переданы были боярину Ивану Алексеевичу Мусину-Пушкину и восстановлен был под его председательством Монастырский приказ, некогда учрежденный по уложению, но уничтоженный Федором Алексеевичем. Этот приказ должен был заведовать монастырскими вотчинами и творить в них суд. С марта занялись перепискою всех архиерейских и монастырских вотчин. Царь велел выгнать из монастырей всех непостриженных, и в женских монастырях келейницам быть только людям старого возраста; всех девиц, проживавших в монастырях, под именем родственниц, велено выдавать замуж, а вперед постригать в монахини не ранее сорока лет. Запрещено в монастырские имения посылать для дел монахов, а так как оказалось, что монахи возбуждали недовольство против царя, то монахам запретили в кельях писать и давать им чернила и бумагу, позволяя им только писать в трапезах, с разрешения начальства. В конце 1701 года состоялось решительное запрещение монахам и монахиням совершенно вмешиваться в управление монастырских вотчин; все доходы с этих вотчин должны были идти в Монастырский приказ, и на содержание монахов и монахинь - выдавать в год по 10 рублей, по десяти четвертей хлеба и доставлять им дрова. В беднейшие монастыри велено уделять доходы богатых монастырей, все лишнее из монастырских доходов отдавать на богадельни для призрения нищих. Еще ранее того, в июне, велено было устраивать богадельни с тем, чтобы на десять человек больных был один здоровый и смотрел за ними. Если мы примем во внимание, что во владении монастырей было 130000 дворов и один троицкий монастырь владел 58 000 душ, то ясным покажется, как важна была для финансовых целей Петра эта мера, передававшая в его руки столько доходов.
В феврале следующего 1702 года отняты были в вотчинах церковного ведомства и пустоши и розданы в потомственное владение разным лицам, с платежом вдвое и втрое против прежнего. Против своих преобразований Петр видел важнейшее противодействие в духовенстве и с этой целью положил замещать архиерейские места малороссами, которые, как люди несравненно более образованные, не имели тех предрассудков и той закоснелости, какой отличались великорусские духовные, и эта мера, как показали события, явилась одной из самых плодотворных для целей Петра. Таким образом, в 1701 году посвящен был ростовским митрополитом знаменитый Димитрий, а сибирским Филофей Лещинский. Из великорусских архиереев один только Митрофан воронежский действовал в духе преобразователя, находил планы Петра о заведении флота спасительными для русского государства и все деньги, какие у него накоплялись, жертвовал на дело кораблестроения. Зато и Петр любил его чрезвычайно, жаловал воронежскому архиерейскому дому крестьян не в пример другим и извинял Митрофану то, чего не извинил бы другому; так, когда Митрофан соблазнился поставленными у входа царского дома в Воронеже статуями и не хотел идти по этому поводу к государю, объявивши, что скорее примет смерть, царь приказал снять статуи. Когда же Митрофан умер, сам Петр со своими приближенными нес его гроб и опустил его в землю.
