Подготовка к путешествию в Испанию не заняла много времени, и когда де Сото и дель Барко вернулись из Куско, брат губернатора уже находился в пути. Их рассказы о потрясающих богатствах имперской столицы взбудоражили все испанское воинство настолько, что теперь оно просто мечтало о том дне, когда сможет захватить ожидавшую там богатую добычу. Жизнь Атауальпы, казалось, стала единственным препятствием в достижении столь вожделенной цели. Предлог для устранения этого препятствия не заставил себя ждать: в лагерь испанцев поступило ложное сообщение, потом опровергнутое, что по приказу Атауальпы против них на Кахамарку движется большая армия инков. Писарро, не раздумывая, отдал приказ о казни Атауальпы. Перед казнью императору предложили, и он согласился, принять христианство, и сожжение на костре было заменено виселицей. Его верный военачальник Чалькучима отказался креститься и погиб на костре.
Смерть Атауальпы означала исчезновение центральной власти, которая даже при его нахождении в плену, хотя и в ослабленном виде, сохранялась. Теперь в покоренных инками территориях, особенно в северных провинциях с центром в Кито, усилилось движение за освобождение от завоевателей. Казнь испанцами императора, опиравшегося на северные земли, помогла завоевателям привлечь на свою сторону жителей южных провинций с городом Куско.
Поэтому, когда около 500 воинов отряда Писарро во главе с ним двинулись к столице, на их пути лежали в основном дружественные территории, где их встречали как союзников. Именно в таком качестве к войску губернатора в дороге присоединился родной брат свергнутого законного правителя Уаскара Манко, которого пришельцы решили посадить до определенного времени на пустующий трон в качестве послушной марионетки. Однако там же от прежнего времени еще оставались армии во главе с северными военачальниками и, используя очень большие трудности испанцев, связанные с переходами через высокие горные перевалы, широкие реки, ущелья и прочие природные препятствия, они доставляли им немало хлопот неожиданными нападениями, разрушениями мостов, уничтожением запасов провианта, поджогами и другими формами преследования. В одной из таких схваток чуть было не погиб весь отряд во главе с Эрнандо де Сото. Но превосходство испанских сил взяло в итоге верх, и в последней битве недалеко от ворот Куско армия северян потерпела поражение и ушла. Вход в имперскую столицу был свободен. Когда затихло это сражение, был уже поздний вечер, и Писарро решил отложить вступление в заветный город до наступления утра.
Участники экспедиции были покорены красотой и богатством роскошных дворцов, храмов и зданий великолепной столицы, длиной и правильностью расположения ее приятных улиц и площадей, удивительным общим порядком и видимыми удобствами, а также очевидной состоятельностью ее жителей. Им никогда не приходилось видеть ничего столь впечатляющего до сих пор. Даже масштабы Куско не могли не вызывать удивления: это был просто огромный город, в котором без прилегающих к нему замечательных зеленых окраин насчитывалось, по ряду оценок, около 250 ООО человек.
Испанцы вошли в пригород столицы тремя подразделениями, впереди которых шествовал сам дон Писарро при бесчисленном множестве людей, собравшихся со всего города и близлежащих поселений, которые с жадным любопытством рассматривали возникшее перед ними невиданное зрелище марширующих белых бородатых пришельцев в металлических доспехах с блестящим загадочным оружием в сопровождении сотрясающих своими копытами землю диковинных животных. Для всех собравшихся вступление испанского отряда в город было неслыханным, потрясающим и воистину историческим событием.
Пришельцы остановились на просторной центральной площади, которую можно было относительно легко защищать в случае нападения и на которой на первое время были расставлены полевые шатры. Писарро сразу же отдал строгий приказ своим подчиненным не совершать грабежей и насилия. Но столица изобиловала дворцами и храмами, которые быстро подверглись разграблению. Испанцы не остановились даже перед осквернением императорских могил и мумий, а также других захоронений. Тут и там в пределах юрода и его окрестностях они выискивали богатые клады, порой вынуждая жителей указывать и открывать их настоящими пытками. Однако награбленные такими способами огромные богатства все равно казались завоевателям недостаточными, и они продолжали грабежи. Как и в Кахамарке, после отделения королевской пятой части, куда вошли наиболее великолепные и богатые изделия, все золото и серебро было переплавлено в слитки и разделено по условленным долям между всеми 480 участниками. По приблизительным оценкам, вся эта добыча значительно превысила собранный выкуп Атауальпы.
Неслыханное богатство, попавшее в руки беспечных и утомленных от безделья авантюристов, большинство которых никогда не имело даже небольших сумм денег, сразу же стало объектом бесконечных азартных игр. Люди за одну ночь проигрывали в карты или кости целые состояния, которые могли обеспечить ими их родственникам богатую жизнь на поколения вперед. Игроки за часы теряли все, ради чего они пустились в опасные авантюры в Новом Свете и для чего прошли страдания, лишения, голод и войны.
В дополнение к этому появление такой колоссальной массы золота и серебра тут же вызвало чудовищное обесценивание драгоценных металлов и невероятный скачок цен даже на самые элементарные вещи, когда десть бумаги стала стоить 10 песо золотом, бутылка вина продавалась за 60 золотых единиц, а хорошую лошадь нельзя было купить менее чем за 2500 песо золотом. Но были среди разбогатевших и такие, кто смог сохранить свои сокровища и привезти их с собой в Испанию.
Теперь, когда аппетиты войска были на время удовлетворены, Писарро, скрупулезно соблюдая древний ритуал инков, провел торжественную и помпезную церемонию возведения на престол своего ставленника Манко, чтобы создать в глазах населения иллюзию сохранения независимости и традиций империи. Вслед за этим в марте 1534 года губернатор образовал муниципальное правительство Куско, в котором главную роль играли его братья Гонсало и Хуан. Параллельно с этим в столице началось постепенное утверждение католической религии. Отец Вальверде был утвержден в качестве епископа Куско, великолепные и многочисленные храмы инков стали превращаться в католические храмы, соборы, церкви и монастыри, служители культа расширяли свою активную работу по обращению индейцев в христианство.