Теперь от английских пиратов не были застрахованы ни корабли перуанских флотилий, ни филиппинские галионы, на которых доставлялись в Акапулько шелка и пряности Дальнего Востока.
Пиратский рейд Дрейка открыл для английских кораблей морские пути, известные ранее только испанцам и португальцам, и в то же время резко ухудшил англо-испанские отношения. Испанский посланник требовал примерного наказания пирата и возвращения награбленного добра, которое оценивалось в огромную сумму. Но английская королева вовсе не была намерена отказаться от такой добычи. Она осыпала милостями Дрейка и пожаловала ему титул баронета; она приняла от него драгоценные подарки и лично "осчастливила своим присутствием" блестящий банкет, устроенный на пиратском судне. Испанскому посланнику Елизавета приказала ответить, что все ценности будут храниться в королевской сокровищнице до тех пор, пока между Англией и Испанией не будут произведены расчеты по взаимным претензиям: ведь испанцы тоже грабили и топили английские суда и нередко конфисковывали в своих европейских владениях товары у английских купцов "еретиков".
Еще сильнее обострились англо-испанские отношения в 1586 году, после того как Дрейк, командуя уже целым флотом в двадцать пять судов, разграбил несколько портовых городов на острове Гаити и у юго-западных берегов Карибского моря.
В 1587 году Дрейк предпринял свой исключительный по дерзости набег на важнейший испанский порт Кадис: с четырьмя боевыми кораблями он ворвался в порт, потопил и сжег более тридцати испанских кораблей. По выражению самого Дрейка, он "подпалил бороду испанскому королю". А на обратном пути он уничтожил у португальских берегов около сотни неприятельских судов. Однако самую богатую добычу доставило Дрейку португальское судно, шедшее из Индии с грузом пряностей. Этот груз представлял такую ценность, что каждый матрос в эскадре Дрейка "считал свою судьбу устроенной". С этого времени английские предприниматели обратили сугубое внимание на Ост-Индию.
Испанский король Филипп II ответил на набег Дрейка мобилизацией всего испанского и португальского флота (с 1580 по 1640 год Португалия была объединена с Испанией). Создана была огромная флотилия из 130 кораблей, которая должна была перевезти армию в 19 тысяч солдат. Эта "Непобедимая армада" была отправлена в 1588 году из Лиссабона для завоевания Англии.
Во главе армады был поставлен человек, совершенно незнакомый с морским делом, зато самого знатного рода — герцог Медина Сидонья. Эскадра была скверно снабжена воинскими припасами, продуктами и водой. Английское правительство могло противопоставить испанцам только семьдесят сравнительно небольших кораблей, но оно спешно мобилизовало больше сотни частных судов. На английских судах не было солдат, в то время как на испанских кораблях солдаты только затрудняли действия своих моряков. И, кроме того, английскими морскими силами командовали не бездарные вельможи, а опытные моряки и видные пираты, в том числе Дрейк, Хокинс и Фробишер. К тому же англичанам помогали голландцы, выславшие много судов с опытными командами.
"Непобедимая армада" шла через Ла-Манш в Испанскую Фландрию (современную Бельгию). Там ждала ее другая испанская армия, состоявшая из 3000 пехотинцев и 4000 кавалеристов. Они должны были сесть на плоскодонные суда, специально выстроенные для этой цели, и под охраной армады плыть к Англии (менее 100 километров). Успех предприятия зависел от удачного плавания "Непобедимой армады", без охраны которой десантная операция была невозможна. Английские корабли пропустили испанскую эскадру в Ла-Манш, а затем зашли в тыл и напали на отставшие суда. Англичане, по выражению Дрейка, "вырывали из хвоста испанской птицы одно перо задругам".
Армада остановилась в самом узком месте пролива, у французского берега, ожидая десантный отряд из Фландрии. Но англичане не медлили. Как только поднялся ветер, они ночью пустили брандеры на неприятельскую эскадру. Началась паника. Армада рассеялась, корабли потеряли связь друг с другом. Воспользовавшись этим, англичане днем начали сражение.
Битва, или, скорее, охота, длилась до наступления темноты. Испанцы дрались храбро, но их неуклюжие корабли были непригодны для плавания в прибрежных водах и для маневренного боя. Испанцы потерпели полное поражение и понесли огромные потери.
Теперь испанцы стремились кружным путем — мимо северных берегов Шотландии и Ирландии — вернуться обратно на родину. Но буря у Оркнейских островов раскидала во все стороны испанские суда. Одни пошли ко дну, другие разбились о скалы западной Шотландии и Гебридских островов и у берегов Ирландии. Тысячи трупов были выброшены волнами на берег. Те из потерпевших крушение, которым удалось добраться до берега, были перебиты на месте или взяты в плен и казнены. Меньше половины судов "Непобедимой армады" вернулось в Испанию и меньше 10 000 истощенных и больных людей.
Испано-португальскому господству над океанами был нанесен сокрушительный удар.
В 1589 году Дрейк предпринял военно-морскую экспедицию в Португалию, которая окончилась безуспешно. Основная ее цель — захват Лиссабона — не была достигнута. Из 16 тысяч человек, отправившихся в экспедицию, в живых осталось 6 тысяч. Шесть судов было потеряно; правда, ни один королевский корабль не пострадал. Фактические расходы королевы составили вместо 20 тысяч фунтов стерлингов 50, что для скупой Елизаветы было большой неприятностью.
Дрейк утратил не только благосклонность королевы, но и расположение купцов лондонского Сити. Они решили, что счастливая звезда Дрейка закатилась. Несколько лет он не выходил в море. В 1591 году он наконец осуществил свой давний проект улучшения водоснабжения Плимута, вложив в строительство водоотводного канала и собственные средства. Очень серьезно Дрейк занимался строительством оборонительных сооружений Плимута, опять-таки вкладывая в это дело личные средства.
В 1592 году отношение королевы к Дрейку как будто начало меняться к лучшему. Ходили даже разговоры, что Дрейк вскоре отправится в очередное плавание. В Новый год Дрейк послал Елизавете подробный доклад о своем плавании к Номбре-де-Дьосу в 1572 году. Королева одобрила план Дрейка, но включила в экспедицию Джона Хокинса в качестве напарника Дрейка. Она теперь не доверяла "своему пирату".
Дрейк хотел захватить Панаму, но королева в своей инструкции ограничивала его действия лишь уничтожением кораблей в испанских портах и нападением на "золотой флот". Корабли должны были вернуться в Плимут в мае 1596 года. Королева выделила экспедиции шесть кораблей военно-морского флота и 2500 пехотинцев под командованием опытного офицера Томаса Баскервиля, принимавшего участие в недавних сражениях с испанцами в Бретани, а также 30 тысяч фунтов стерлингов. Купцы лондонского Сити передали на организацию экспедиции 60 тысяч фунтов стерлингов и снарядили 21 корабль.
29 августа 1595 года корабли покинули Плимут. Флотилия была разделена на две эскадры, которыми командовали Дрейк и Хокинс. Еще до отплытия из Плимута выявились два обстоятельства, очень осложнявшие успешное осуществление предстоящих операций. Первое заключалось в отсутствии единоначалия.
Было два равноправных командующих — Дрейк и Хокинс, люди разных взглядов на ведение войны, резко отличавшиеся складом ума и темпераментом. Вторым было то, что сохранить в секрете это плавание не удалось.
К тому же, когда был назначен состав военного совета, в который кроме Дрейка и Хокинса вошли Томас Баскервиль и капитаны кораблей, Хокинс сообщил им план экспедиции — прежде всего, идти в Пуэрто-Рико, уничтожить там корабли, захватить драгоценности, а уж потом направиться в Панаму. Это стало известно и экипажам.
9 сентября Дрейк собрал военный совет. В это время английские суда находились на широте Лиссабона. Дрейк предложил, прежде чем отправиться в Вест-Индию, напасть на какой-либо испанский или португальский порт в Южной Атлантике, чтобы пополнить запасы воды и продовольствия, а также нанести возможно больший ущерб находившимся там военным укреплениям и кораблям. Хокинс возражал, настаивая на прямом пути в Пуэрто-Рико. Между командующими началась перепалка. Тактичному Баскервилю пришлось немало потрудиться, чтобы прекратить ссору. Вечером следующего дня заседание совета было продолжено и предложение Дрейка, к большому неудовольствию Хокинса, принято. Было решено идти к Канарским островам и атаковать Лас-Пальмас на острове Гран-Канария.
26 сентября эскадра встала на якорь в западной части гавани Лас-Пальмаса в виду форта, расположенного над городом. Дрейк попытался спустить шлюпки с солдатами для захвата плацдарма на берегу, необходимого для последующей высадки основных сил. Это была его обычная тактика. Но высокая волна, с большой силой бившая о берег, не позволила это сделать. Дрейк сам на лодке попытался подойти к берегу, но все было тщетно. Хотя Дрейк и не побывал на берегу, его опытный глаз заметил большие перемены, происшедшие с тех пор, как он беспрепятственно хозяйничал в этих местах. Дрейк понял, что ему не захватить Лас-Пальмас.