Упорный Фридрих в 1174 году снова пересек Альпы и осадил Алессандрию, но в следующем году он был вынужден распустить войско, т. к. ему нечем было платить солдатам. Барбаросса пытался договориться с итальянцами, но переговоры ни к чему не привели. Тогда, собрав небольшое войско, Фридрих встретился с войсками Лиги под Леньяно. Император сражался в самой гуще битвы и был выбит из седла. Слух о его мнимой смерти заставил бежать его воинов с поля боя.
Потерпев поражение, Фридрих признал папой Александра III, а тот снял с него отлучение. Но договориться с Лигой императору не удалось, в июле 1178 года они лишь заключили перемирие на шесть лет. Когда указанный срок истек, Фридрих признал некоторые старинные вольности за городами Лиги, а Ломбардская лига признала императора своим сюзереном, и был подписан мир.
Следующим шагом в этом направлении было признание титула Сицилийского короля за Вильгельмом Сицилийским, который выдал свою тетку Констанцию за сына Барбароссы Генриха.
Усмирив Италию, Фридрих начал готовиться к новому крестовому походу. Собрав войско и оставив управление в Германии Генриху, он отправился на Константинополь, опустошая все земли на своем пути Фридрих захватил Адрианополь и Конье, а 10 июня при переправе через речку Селиф конь Фридриха испугался и оступился, император упал в воду и утонул.
Генрих VI (1165–1197) характеризуется как умный, волевой и решительный человек, но крепостью телосложения он не отличался. В молодости он слагал стихи, являвшиеся образцом средневековой немецкой лирики, но забросил это увлечение. Из удовольствий он всегда оставался верен только охоте.
В первые годы правления ему пришлось заняться делом Генриха Льва, войну с которым начал еще Фридрих Барбаросса. Молодой Генрих быстро собрал войско и нанес герцогу тяжелое поражение. В июне 1190 года они заключили мир. После этого он привлек на свою сторону Ломбардию, был коронован папой Целестином III и начал войну в Южной Италии, истребляя всех сопротивлявшихся. Но вскоре южный зной привел к возникновению болезней, от которых умерли многие немецкие воины, заболел и сам Генрих.
Выступление сына Генриха Льва, Генриха Вельфа, заставило Генриха VI поспешить с возвращением в Германию. Борьба с ним растянулась на годы.
А в это время умер последний потомок норманнской династии, король Сицилии Танкред. Воспользовавшись малолетством его сына Вильгельма, Генрих переправился в Сицилию и, разбив войско королевы Сибиллы, торжественно вошел в Палермо. Пообещав Сибилле оставить за ней личные владения Танкреда, Генрих вырвал у нее отречение от престола и короновался сицилийским королем. Узнав, что среди норманнских баронов зреет заговор, он жестоко расправился со своими врагами. Сибилла и три ее дочери были заключены в замке Гоэнбург в Германии, Вильгельма ослепили и сослали в замок Гоэнемс, в темнице которого он и умер. Сицилианцев вешали, сжигали, зарывали живыми в землю, сажали на кол и ослепляли. Все имущество заговорщиков Генрих конфисковал в свою пользу, а земли раздал своим приближенным.
Поручив управление Сицилией своей жене Констанции, Генрих загорелся идеей сделать императорскую власть наследственной властью Гогенштауфенов. Но на Вормсском съезде немецкие князья отказались поддержать этот проект.
Тогда император обратил свой взор на Сардинию и другие приморские острова, строил планы нового крестового похода, мечтая покорить Палестину. Но этим планам не суждено было сбыться: Генрих VI в жаркий августовский день 1197 года напился холодной воды из ручья и семь недель спустя умер. Ему было всего 32 года.
Его сын Фридрих II с малых лет научился принимать государственные решения. Чуть ли не с рождения он стал королем Сицилии, а когда ему было 19 лет, немецкие князья пригласили его в Германию. Молодой и приветливый Фридрих смог привлечь к себе немцев и, победив города, верные его противнику Отгону IV, в 1215 году короновался в Ахене.
Фридрих был высокообразованным человеком: он знал греческий, латинский, французский, итальянский, немецкий и арабский языки, но больше всего любил естественные науки и медицину.
Всю жизнь собирая книги, он оставил после себя большую библиотеку. Выступал он как покровитель наук и искусств. Им был основан университет в Неаполе. Он обожал женщин, имел четырех жен и всегда был окружен любовницами. У него даже был собственный гарем с наложницами и одалисками.
При коронации императорской короной Фридрих дал обет папе Гонорию III, что отправится в крестовый поход. Но, занятый наведением порядка в Италии, он все время откладывал выступление.
Города Ломбардии, как при Фридрихе Барбароссе, объединились против императора в Лигу, но теперь они выдвигали требования полной независимости.
Фридрих оказался в затруднительном положении: на него давил папа, торопя с выступлением в крестовый поход, но его волновали восставшие города. В конце концов давление папы оказалось сильнее, и Фридрих послал большое войско в Сирию, вслед которому отправился и сам, но по пути он серьезно заболел и был вынужден остановиться. Раздосадованный новой задержкой, папа Григорий IX, сменивший Гонория III, отлучил Фридриха от церкви.
Воспитанный в Сицилии, Фридрих отличался очень своеобразной религиозностью: он пользовался верой только в случаях, когда ему это было выгодно, поэтому отлучение не сильно его расстроило. Но, обиженный несправедливыми нападками, Фридрих стал поддерживать противников папы, и Григорий вновь произнес отлучение, запретив отправляться в поход, не покаявшись перед церковью. Но Фридрих не обратил на его выпады внимания и в июне 1228 года отправился в Сирию.
Собственных сил для войны с мусульманами у Фридриха было маловато, поэтому он искусно пользовался средствами дипломатии: разжигал усобицы между мусульманами и заключил союз с египетским султаном Алькамилом, который в результате уступил ему Иерусалим. Но даже взятие Иерусалима вызвало неудовольствие у противником Фридриха, которые считали соглашение, заключенное Фридрихом, «ложным миром».
На Святой город был наложен интердикт. Святые отцы ополчились против Фридриха. Они объявили отлучение всем его спутникам, папа напал на города, покорившиеся Фридриху, и мечтал захватить Сицилию.
Вернувшись из Иерусалима, Фридрих счел полезным примириться с папой, но Григорий IX ответил новым отлучением и отправил по всей Европе легатов с грамотой, в которой доказывал, что Фридрих коварно действовал в Палестине.
Немецкие князья сохраняли верность Фридриху, и папа не имел у них успеха. Учтя это, Григорий пошел на уступки, снял с Фридриха отлучение и заключил с ним мир в Сан-Джермано. Фридрих, со своей стороны, обещал не предпринимать похода на Рим и вместе с папой бороться против еретиков.
Помирившись с папой, Фридрих занялся наведением порядка в своих владениях. Причем в Германии он лишь юридически закреплял сложившееся положение вещей, а в Сицилии ломал существовавшую систему, создавая централизованное государство.
Устроив все эти дела, Фридрих обратил свой взор на Ломбардскую лигу. Попытки дипломатическим путем решить конфликт не увенчались успехом, и он в 1237 году выступил против непокорных. 27 ноября в битве при Контенуове он нанес тяжелое поражение войскам Лиги. После этого ему сдались небольшие города, но Милан, Алессандрия, Болонья, Бреши и Пьяченца продолжали сопротивляться. После неудачной осады Бреши Фридрих вынужден был отступить к Кремону, после чего на сторону восставших перешла Венеция, а папа стал открыто поддерживать ломбардцев, в апреле 1239 года снова отлучив Фридриха от церкви.
Осенью 1239 года Фридрих осадил Милан, но не смог его взять и, опустошив окрестности, отправился на Рим. Римляне подготовились к встрече, и Фридрих, оценив ситуацию, повернул войска на Романью. Захватив несколько городов, он узнал о смерти Григория и снова двинулся на Рим. Осада города ни к чему не привела, а разграбление его окрестностей восстановило против Фридриха население и духовенство. Избранный папой Иннокентий IV продолжил политику Григория IX и в апреле 1245 года отлучил Фридриха от церкви. После этого собравшийся собор объявил низложенным императора Фридриха.
Папа не мог реально отобрать власть у Фридриха, но освобождение его подданных от присяги посеяло семена смуты, и князья начали совещаться, подыскивая новую кандидатуру.
Города, завоеванные Фридрихом, начали переходить на сторону восставших. Восстания вспыхнули и в Сицилии. Фридрих терял один город за Другим, терпел одно поражение за другим. Вельможи изменяли ему. Фридрих стал подозрителен и начал прислушиваться к доносам.
В мае 1249 года в битве у речки Фоссальты был взят в плен сын Фридриха Энцио, а в декабре 1250 года, готовясь к походу на Ломбардию, Фридрих внезапно умер.
Немецкие князья выбрали королем ландграфа Тюрингского Генриха Распе, войска которого разбили сына Фридриха Конрада, выступившего против мятежников. После смерти Генриха Распе королем избрали Вильгельма, графа Голландского. Конрад пошел против него войной, и вскоре вся Германия была охвачена огнем усобиц.