В 1838 г. городище посетил Э. Робинсон. Он застал там только несколько арабских семейств, живших в шатрах. Робинсон интерпретировал руины большого общественного здания в центре города как синагогу. В 1866 г. английский археолог Чарльз Уилсон заложил на территории синагоги несколько шурфов и уточнил ее план. Поскольку синагога активно разрушалась местными бедуинами, в 1894 г. Францисканский орден собрал средства, чтобы выкупить у них эти руины и значительную часть территории древнего городища. Францисканцы огородили свою собственность стеной и засыпали развалины синагоги землей, чтобы предотвратить их дальнейшее разрушение. В 1905 г. синагогу обследовали немецкие ученые г. Коль и К. Ватцингер, в последующие годы (1906-1915) ее раскопки были продолжены францисканцем Венделином фон Менденом, который открыл также восьмиугольную церковь ранневизантийского времени к югу от синагоги. Планомерные раскопки Капернаума проводились с 1968 г. францисканцами Виргилио Корбо и Станислао Лоффереда.
Место это было заселено с эпохи ранней бронзы (около 2000 г. до Р.Х.). Сохранились следы домов и улиц раннего среднего и позднего бронзового века. Между 1200 и 500 гг. до Р.Х. следов обживания не найдено. Новое поселение было основано, вероятно, только в ахеменидское (персидское) время.
Капернаум римского времени был небольшим, но процветающим городом, стоявшим на важной торговой магистрали (Беф-Сан — Дамаск). Площадь его равна примерно 6 га (300 на 200 м), он вытянут с запада на восток вдоль берега озера. Население его в лучшие годы едва ли превышало полторы тысячи человек (для сравнения: население Магдалы в I в. от Р.Х. достигало 40 тысяч). Жители занимались рыболовством (озеро и по сей день изобилует рыбой), сельским хозяйством и торговлей. Императорская дорога на Дамаск проходила вдоль северного края поселения. Здесь был найден мильный камень с латинской надписью, поставленный в правление Адриана (117-138 гг.). В городе, последнем населенном пункте на границе с тетрархией Ирода Антипы, в I в. от Р.Х. имелась таможня — в Евангелии от Марка упоминается сборщик пошлин (Мк. 2:13-15). Примечательно, что, судя по находкам монет и предметов импорта, городская торговля была ориентирована в основном на северные районы: Галилею, Сирию, Малую Азию. Связи с центральной и южной Палестиной почти не прослеживаются.
Население Капернаума пользовалось определенным достатком, резкой имущественной дифференциации не было. Добротные одноэтажные дома строились из местного вулканического базальта, без фундамента и без раствора. Легкие плоские крыши представляли собой ряды деревянных балок, покрытых слоем смешанной с соломой глины (саманом). Из внутреннего двора, вокруг которого располагались жилые помещения, на крышу обычно вела каменная лестница. Все окна открывались во внутренний двор, из которого на улицу вела единственная дверь. Проложенные по линии север-юг главные улицы и перпендикулярные им переулки образовывали жилые кварталы, insulae.
До IV в., по словам св. Епифания, Капернаум был населен исключительно иудеями: «Обычай, запрещающий людям какой-либо другой расы жить среди них, особенно строго соблюдается в Тивериаде, в Диокесарии, в Назарете и в Капернауме». В «Мишне» есть упоминание о том, что в первые века от Р.Х. население Капернаума делилось на две четко различавшиеся антагонистические группы: правоверных иудеев и миним — еретиков, очевидно иудео-христиан. В начале II в. капернаумские миним обратили в свою веру посетившего их рабби Ханину, племянника известного рабби Иисуса (Midrash Qoh Rabba I:8). К началу IV в. иудео-христиане составляли в городе абсолютное большинство, в связи с чем кесарийский рабби Исси проклял «сынов Кефар Наума» как вероотступников. Трудно сказать точно, когда среди иудео-христианского населения Капернаума появились православные христиане. Несомненно только, что восьмиугольная церковь середины V в. была выстроена уже ими. Иудеи продолжали жить в городе и в византийское время, но христиане тогда уже составляли большинство населения (практически во всех раскопанных кварталах среди находок этого времени встречаются привозные керамические чаши с изображением креста).
Синагога, в которой проповедовал Иисус (Ин. 6:22-71), была построена римским центурионом (Лук. 7:5). Это единственное общественное здание Капернаума, упомянутое в Евангелии. Та «Белая синагога», руины которой можно видеть в настоящее время, была построена местной еврейской общиной в конце IV в. (ее упоминает в своих записках паломница IV в. монахиня Этерия), остатки первоначальной синагоги, построенной в I в., находятся под ней. Это было установлено в 1969 г., когда археологи-францисканцы заложили несколько траншей рядом с синагогой IV в. и несколько шурфов внутри нее и обнаружили, что основания стен прежней синагоги послужили фундаментом для здания IV в.
Открытый археологами в 1968 «дом апостола Петра», в котором, согласно Евангелию, останавливался Иисус, находился в 30 м к югу от синагоги и выходил на одну из главных улиц города. Позднее его перекрыл фундамент восьмиугольной церкви V в. Этот одноэтажный дом был построен в конце эллинистического периода (во II—I вв. до Р.Х.). Он состоял из нескольких комнат, расположенных вокруг просторного внутреннего дворика — типичная для жилых зданий того времени планировка (археологи-францисканцы именуют этот архитектурный комплекс insula sacra — «священный квартал»). В конце I в. его превратили в «молитвенный дом» (domus ecclesia). В конце IV в. дом был расширен (соседние постройки при этом были снесены) и обнесен каменной стеной. Стены помещений были покрыты цветной штукатуркой и расписаны (в росписи — геометрические узоры, растительный орнамент, изображения людей или животных отсутствуют). В середине V в. над ним была воздвигнута восьмиугольная церковь, которая функционировала до VII в.
Археологи предполагают, что дом св. Петра использовался как место собраний христианской общины уже со второй трети I в. — керамика того времени представлена в основном многочисленными фрагментами светильников, втоптанными в обмазки пола; столовая и кухонная керамика отсутствует, что необычно для жилого дома.
Стены дома покрыты многочисленными граффити, процарапанными по штукатурке. Самые ранние из них можно датировать началом III в., наиболее поздние — V в. Надписи сделаны на нескольких языках: греческом (151), сирийском (13), арамейском (9) и латинском (2). Христианское их содержание несомненно — присутствуют имя Иисуса, который назван Господом, Христом, Богом, Высочайшим, а также христограмма, литургические обороты. Довольно длинная сирийская надпись (палео-эстрангело) содержит упоминание евхаристии. Встречается также и имя Петра. Очевидно, что дом посещался не только местными христианами, но и паломниками из дальних стран.
В выдержках из записок Эгерии, сохраненных автором XII в. Петром Диаконом, содержится описание дома Петра, каким он был в IV в.: «In Capharnaum autem ex domo apostolorum principis ecclesia facta est, cuius parietes usque hodie ita stant, sicut fuerunt» — «В Капернауме же из дома принцепса апостолов сделана церковь, чьи стены и сейчас стоят так, как они были [87]». Это свидетельство важно тем, что в нем говорится не просто о церкви, но о доме, превращенном в церковь, причем это событие имело место в прошлом (facta est), задолго до паломничества Эгерии. «Принцепс апостолов» — несомненно, Петр.
В середине V в. стены дома Петра были аккуратно засыпаны, и прямо над ним воздвигнута восьмиугольная церковь. Примечательно, что связь ее с домом сохранилась в сознании посещавших Святую Землю паломников. Один из них, итальянец, посетивший Капернаум около 570 г., пишет: «Item venimus in Capharnaum in domo beati Petri, quae est modo basilica» — «И вот мы пришли в Капернаум в дом блаженного Петра, который нынче базилика».
Во второй трети I в. от Р.Х. в Капернауме еще могли жить люди, помнившие апостола Петра и, возможно, видевшие Иисуса, когда он гостил в его доме. Поэтому выбор именно этого дома для устройства церкви, скорее всего, был не случайным и определялся не только его близостью к центру города. Дом в Капернауме, по-видимому, был не единственным жилым домом, превращенным в церковь или синагогу. Археологи-францисканцы, работающие в Кане Галилейской, обнаружили под основанием церкви византийского времени остатки жилого дома, превращенного в синагогу. По их предположению, это могла быть синагога иудео-христиан [88].
Предполагалось, что и другие обнаруженные в Галилее синагоги, помимо капернаумской, могли существовать при жизни Христа. Однако современные исследования показали, что ни одна из синагог, развалины которых сохранились до нашего времени, не может датироваться более ранним периодом, чем конец II века от Р.Х [89].. Причина, по которой в Палестине не были найдены синагоги I столетия, заключается в том, что все они были разрушены при подавлении римлянами двух еврейских восстаний в 66-70 и 132-135 гг. Археологические находки свидетельствуют о том, что вследствие первого восстания страна оказалась на грани полного уничтожения.