Главное управление церковью в эти годы находилось в руках рязанского архиерея Стефана Яворского, блюстителя патриаршего престола. Стефан Яворский, несмотря на высокий свой пост, тяготился своим положением, жаловался царю на неудобство жизни в Петербурге и просил милостивого отпуска, но не получил его. Ни Петр не чувствовал к Стефану большого расположения, ни Стефан к Петру, но Петр считал Стефана честным и полезным человеком, а потому и удерживал его, вопреки давнему желанию рязанского архиерея удалиться от дел и уехать на родину в Малороссию. При своей недоверчивости к великорусскому духовенству, Петр медлил постановкой архиереев; и в 1718 году Стефан доносил ему, что из епархий киевской, тобольской, новгородской, смоленской, коломенской к нему присылаются старые залежалые дела, которые он решить затрудняется; ставленников много, а ставить их некому: без архиереев быть невозможно. Государь приказал выбрать кандидатов и подать себе список их, а вперед для таких избраний присылать добрых монахов в Невский монастырь, чтобы "таких не наставить, как тамбовский и ростовский". Затем велено архиереям поочередно приезжать в Петербург и проживать там, "начиная свое бытье с января".
Им отводились места, на которых они сами могли себе выстроить подворья. Петр ввел эту меру, чтобы самому ближе и даже лично знать всех архиереев в своем государстве. Архиереи с этого времени уже не могли более вмешиваться в какие бы то ни было светские дела, если не получали на то особого царского повеления. Уже давно лишили их права управлять самим имениями. Они могли пользоваться только с них доходами, получая их из Монастырского приказа. Только по особенной милости право распоряжения своими вотчинами получил в 1713 году вологодский архиерей. Монастырские же вотчины, взятые прежде от монастырей в заведование Монастырского приказа, 16-го октября 1720 г. были возвращены вновь в управление архимандритам и игуменам.
Царь показал некоторую заботу об улучшении материального и духовного состояния белого духовенства. В феврале 1718 года указано готовить заранее кандидатов на священнические места для того, чтоб места не оставались праздными; а как по большей части духовное звание было наследственным, то велено поповских и причетнических детей заранее обучать, чтоб они были годны со временем получить сан священника. При церквах надлежало иметь старосту, который обязан был выстроить священнический дом, поступавший преемственно от одного священника к другому. Приходскому духовенству запрещалось иметь собственные дома в своем приходе, а если окажется у какого-нибудь священника собственный дом при церкви, то следовало выплатить ему из церковных денег стоимость дома, а после его смерти отдать этот дом его преемнику на священстве. Домовые церкви должны были быть все упразднены.
Забота о благочестии повлекла к целому ряду полицейских правил. В конце 1714 года указано, чтобы все люди обоего пола каждогодно исповедовались. Священники должны были доносить архиереям об уклоняющихся от исповеди, архиереи же отправляли список их к губернаторам и ландратам. Светские власти накладывали на виновных штрафы, сообразно их состоянию: такого рода штрафы составляли особую статью государственного дохода. По воскресным и праздничным дням запрещалось торговать. Посты до такой степени строго соблюдались, что сам царь, хотя и недолюбливал их, но не решался есть мясо в посты иначе, как испросивши на то разрешение константинопольского патриарха. В 1718 году, по ходатайству царя, константинопольский патриарх разрешил не только лично ему, но и всему православному российскому войску употреблять мясо в посты за границей, во время походов, кроме семи дней, предшествующих причащению Св. Тайн.
По отношению к инородцам, обитавшим в восточных пределах России, прилагались заботы о распространении христианской веры. В декабре 1714 г. указано сибирскому митрополиту ездить по инородческим землям, сжигать языческие мольбища и приводить жителей в христианскую веру, обещая новокрещенным льготу в ясаке и давая им в подарок холст на рубахи. Иезуитская пропаганда закидывала было свои сети в Россию, но неудачно. В одной из московских слобод иезуиты основали свой монастырь и успели совратить несколько поступивших к ним в обучение учеников; но в апреле 1719 года царь приказал майору Румянцеву выпроводить иезуитов за границу, а тех из них, у которых в письмах окажется что-нибудь подозрительное, не выпускать и арестовать. Многие из шведов, находившихся в плену, и иностранцы, поступавшие на русскую службу, принимали православие, и на разрешение константинопольского патриарха Иеремии предложен был 4 августа 1717 года вопрос: следует ли переходящих в православие лютеран и кальвинистов перекрещивать? Иеремия сослался на решение своего предшественника Киприяна, отвечавшего на такой вопрос, что их перекрещивать не следует, а надлежит только помазать миром. В феврале 1719 года состоялось подтверждение не перекрещивать лютеран.
Раскольники облагались двойным окладом против всех других подданных, а женщины - вполовину против мужчин. Но этот закон породил большие злоупотребления со стороны священников: они с корыстною целью записывали раскольников православными, взявши с них взятки, а раскольников избавляли этим способом от платежа двойного оклада. От царя не укрылись эти уловки: указом 16-го марта 1718 года он поручил произвести следствие одному архимандриту. За открывшуюся в первый раз вину объявлялось заранее прощение с угрозою ссылки в каторгу, если вперед будет делаться то же. Но трудно было уличить священников, потому что раскольники сами притворно обращались в православие для вида; поэтому издан был указ (14 марта 1720 года), объяснявший, что все раскольники могут чистосердечно придерживаться раскола, только платя двойной оклад, и затем не должны страшиться уже какого-либо другого наказания. Чтобы по возможности лишить раскольников старых книг, на которых держались их уклонения от господствующего строя церкви, царь приказал (17 мая 1721 г.) доставлять на печатный двор все харатейные и старопечатные книги, находившиеся в лавках для продажи и в частных домах для собственного употребления, и получать, вместо них, новопечатные в таком виде, в каком принимает их церковь. В 1721 году обнаружилось, что в Москве продавались разные изображения, иконы и молитвы, с чертами раскольническими. Велено было все это описать и забрать, а вперед ничего подобного не продавать. Петр обращал внимание не только на раскольничьи книги, но и на такие, в которых замечалось в ином смысле что-нибудь не сходное с признанным православною церковью учением. 31 октября 1720 года государь узнал, что такие книги выходили в Киеве и Чернигове. Так, в черниговской ильинской типографии издана книга "Богомыслие", где заметны были "лютерские противности". В месяцеслове, изданном в Киеве, Киево-Печерский монастырь назван ставропигией константинопольского вселенского патриарха, тогда как ему следовало называться ставропигией всероссийских патриархов, а не константинопольского. В этом виделось старое желание малороссиян не подчиняться московской церковной власти. Царь постановил правилом каждую духовную книгу, прежде напечатания, давать на просмотр высшего духовного начальства.
Не благоволя к раскольникам, Петр не оставлял в то же время гонения на русское платье и бороды и издал в конце декабря 1714 г. указ, угрожавший за торговлю русским платьем и за ношение русского платья и бороды ссылкою в каторгу и лишением всего движимого и недвижимого имущества. В сентябре 1715 года в Петербурге даже запрещено, под страхом лишения имущества и ссылки в каторгу, торговать скобами и гвоздями, которыми подбивались сапоги и башмаки старого образца.
По-прежнему Петр вел войну с суеверием, прикрывавшимся личиною религии, и в особенности не давал внедряться ему в новопостроенном городе Петербурге. 7 мая 1715 года объявлялось по всей России, что в церкви Исакия Далматского, во время литургии, плотничья жена Варвара Лонгинова кричала, что она испорчена, а когда ее потащили к допросу, созналась, что она это затеяла по злобе на плотника, который поколотил ее деверя. По этому поводу царь велел приводить в приказы всех кликуш, к которым в старой Руси чувствовали суеверный страх. В 1718 году в Петербурге один священник распространил слух, что у иконы, стоявшей у него в церкви, творятся чудеса. Петр призвал его во дворец с иконою и приказал сотворить чудо, а как чуда не случилось, то Петр приказал отправить обманщика в крепость, наказать кнутом, а потом лишить сана. Архиереям по всей России приказано смотреть, чтоб в их епархиях не было потачки кликушам и беснующимся, чтоб невежды не почитали за святые мощи неведомых и не освидетельствованных церковью умерших, не боготворили бы икон, а ханжи не вымышляли ложных чудес. Так же точно Петр в 1718 году приказал по всей России губернаторам и комендантам собирать родившихся уродов, вроде, например, двухголового животного или двух сросшихся животных 10. Мертвых уродов приказано класть в спирт или двойное вино, а народу внушать, что уроды родятся не от дьявольского наваждения, как думали в старой Руси, но от повреждений в организме матери, например, от испуга и т. п.
