В 1916 году государь император Николай II наградил архимандрита Исаакия орденом святой Анны III степени.
В "Летописи скита" говорится о том, что преподобный Исаакий участвовал во Всероссийском Церковном Соборе 1917–1918 годов.
23 января 1918 года декретом СНК Оптина пустынь была упразднена, но монастырь еще держался под видом сельскохозяйственной артели.
Монахи постепенно стали изгоняться из обители и заменяться наемными рабочими, которые уносили все, что плохо лежало. Когда в 1919 году отец Исаакий выразил возмущение по поводу развала хорошо налаженного хозяйства, он был арестован ЧК вместе с другими отцами и провел в козельской тюрьме несколько недель.
В 1921–1922 годах в Оптину пустынь прислали беженок из Эстонии — их поселили прямо в келлии к монахам по нескольку человек.
Весной 1923 года закрыли и сельхозартель, обитель перешла в ведение "Главнауки" и как исторический памятник была названа "Музей Оптина пустынь", к которому отошли храмы, трапезная и скит. Заведовала музеем Лидия Васильевна Защук (преподобномученица схимонахиня Августа; †26 декабря 1937 /8 января 1938) — преданная старцу Нектарию бывшая петербургская журналистка, владевшая шестью иностранными языками. (Впервые она приехала в Оптину в 1917 году. В 1923 году ей удалось спасти некоторые монастырские здания.) Сотрудниками музея были М. М. Таубе (монах Агапит), духовная дочь преподобного Нектария Н. А. Павлович.
В том же 1923 году все храмы обители были закрыты — служить в храмах запретили. Но вскоре последовала просьба жителей села Стенино, и слово директора музея Лидии Защук оказалось решающим — разрешили продолжить богослужения (до 1924 года). Монастырские корпуса были переданы под общежитие служащим местного совхоза, лесозавода и музея, под контору музея и детский дом. Библиотека монастыря была передана музею, а при его закрытии в 1928 году редкие книги, экземпляры оптинских изданий, а также весь рукописный отдел были перевезены в Государственную библиотеку им. Ленина в Москве. Очевидцы вспоминают, что в дождливую, слякотную погоду книги монастырской библиотеки кидали на повозку и увозили. Многие из них погибли.
Настоятеля преподобного Исаакия власти отстранили от дел и поручили преподобному Никону передачу имущества монастыря музею. При этом отец Исаакий благословил отца Никона выкупить 50 комплектов облачений из монастырской ризницы, которые впоследствии распределились по приходам. Эту покупку власти припомнили отцу Никону как одно из многочисленных обвинений при его аресте.
В Вербное воскресенье 1923 года арестовали некоторых из братии монастыря — архимандрита Исаакия II, иеромонаха Пантелеимона (Аржаных), отца Макария (Чельцова), отца Петра (Швырева), а на следующий день и иеромонаха Никона. В качестве музейных рабочих и сторожей в монастыре оставили 15 человек братии, а остальным приказали убираться куда глаза глядят. Из окон своих "камер" (под тюрьму была приспособлена монастырская башня) отцы видели, как 300 монахов вышли из монастыря и уныло побрели в сторону Козельска…
На следующий день всех арестованных, кроме преподобного Нектария, отпустили, а Л. В. Защук перевели в городскую тюрьму. В монастыре оставались преподобный Никон с несколькими братиями. Изгоняемый из обители архимандрит Исаакий II благословил его служить в Казанском храме и принимать на исповедь народ.
Преподобный Исаакий и старшая братия, с великой скорбью покинув обитель, поселились на квартирах в Козельске.
В то время в Георгиевском храме Козельска освободилась вакансия священника, и чудесным образом устроилось так, что в храме этом все должности заняли оптинские иноки во главе с преподобным Исаакием.
Оптинцы были разбросаны по Козельску и другим местам, но при каждой возможности они старались поддерживать связь со своим отцом архимандритом и на все перемещения брать его благословение и всегда просить его святых молитв.
Монахиня Амвросия (Оберучева) вспоминала об отце Исаакии: "Это был замечательный человек и идеальный монах. Большого роста, мудрый, но в то же время простой, искренний, как дитя. Он обладал особыми способностями к пению и даже составлял ноты. И эта простота и искренность и, наконец, любовь к пению сблизили его с нашим батюшкой (преподобным Никоном). Придет, бывало, батюшка благословиться к отцу архимандриту и там задержится непременно: побеседуют и попоют где-нибудь в саду…".
В Козельске архимандрит Исаакий II проживал вместе со своим келейником отцом Дионисием. Вероятно, в это время Лидия Защук приняла схиму с именем Августа.
…Наступил 1929 год. По всей стране прокатилась волна новых арестов. В августе, после праздника Преображения Господня, были арестованы и заключены в козельскую тюрьму все оптинские иеромонахи вместе с преподобным Исаакием. Из Козельска арестованные были отправлены в сухиническую тюрьму, а оттуда в Смоленск. В январе 1930 года после окончания следствия заключенные были сосланы. Преподобный Исаакий переехал в город Белёв Тульской области, где у него было много духовных чад.
В 1932 году архимандрит Исаакий был в Брянске и там купил икону в ценном окладе. Там же его вновь арестовали, перевезли в белёвскую тюрьму и судили за "незаконную валютную операцию". Через пять месяцев его выпустили, но потребовали уехать из Белёва куда-нибудь подальше. "От креста своего не побегу", — ответил священномученик Исаакий и остался в Белёве.
В 1937 году в Белёве было арестовано сто человек, и они все были расстреляны, а 3/16 декабря 1937 года было арестовано еще двадцать человек, среди которых был преподобный Исаакий. Он был обвинен в связи с делом Белевского епископа Никиты (Прибыткова), которому вменялось в вину, что он, "являясь организатором и руководителем подпольного монастыря при храме святителя Николая в Казачьей слободе, систематически давал установку монашествующему элементу и духовенству о проведении контрреволюционной деятельности среди населения и в распространении явно провокационных слухов о сошествии на землю антихриста". Все арестованные подверглись жестоким и бесчеловечным испытаниям: их заставляли стоять и не спать несколько суток при беспрерывном допросе сменяющихся следователей. Нельзя было сесть, и если человек падал, то его обливали холодной водой. Все обвинения они отрицали. Преподобный Исаакий был тверд в своей правоте, отрицал все наветы и дал ответ краткий и ясный: "В состав подпольного монастыря я не входил…." Свидетелями обвинения были какие-то крестьяне, которые после признались, что давали свои лжепоказания из страха. Схимонахиня Августа [32], 70-летняя преподобномученица, перенесла 16 суток допроса [33], во время которого ей не давали не только спать, но и садиться. Когда она падала, ее обливали холодной водой.
Обвинительный акт всем арестованным был вынесен 12/25 декабря 1937 года Белевским НКВД. Затем они были переведены в Тулу, где после жестоких пыток над мучениками заседавшая тройка 17/30 декабря 1937 года вынесла приговор — расстрел:
"Выписка из протокола тройки при Управлении НКВД СССР по Тульской области от 30 декабря 1937 года.
Слушали: Дело № 9582 по обвинению Бобракова [34] Ивана Николаевича, 1865 г рожд, гр СССР, урож д Остров, Малоархангельского уезда, б Орловской губ. В 1932 г арестовывался органами ОГНП по валютной операции. До ареста — без определенных занятий. Обвиняется в том, что состоит в подпольном монастыре, вел среди населения контрреволюционную деятельность.
Постановили: Бобракова Ивана Николаевича расстрелять".
Приговор привели в исполнение 26 декабря 1937 /8 января 1938 года, на второй день Рождества Христова, когда Святая Церковь празднует Собор Пресвятой Богородицы. Расстрелянных мучеников тайно захоронили в братской могиле Тесницких лагерей в лесу на 162-м километре Симферопольского шоссе.
Так прервалась земная жизнь священномученика Исаакия. Тихая, истинно монашеская безмолвная жизнь его, чистая и твердая в своих православных устоях, была увенчана страданием за Христа, верностью Ему до самой смерти. Подобно древним мученикам, не боясь жестокости врагов Христовых, твердо стоял священномученик Исаакий в своем исповедании. И кровью своей засвидетельствовал верность Господу нашему Иисусу Христу.
Священномученик Исаакий II Оптинский был посмертно реабилитирован 25 июня /8 июля 1957 года.
Преподобне отче наш Исаакие, моли Бога о нас!
Глава III. Подвижники благочестия оптиной пустыни
После одного из паломнических путешествий в Оптину пустынь великий русский писатель Николай Васильевич Гоголь заметил:
"…Нигде я не видел таких монахов, с каждым из них, мне казалось, беседует все небесное. Я не расспрашивал, кто из них как живет: их лица сказывали сами все. Самые служки меня поразили светлой ласковостью Ангелов, лучезарною простотою обхождения; самые работники в монастыре, самые крестьяне и жители окрестностей …"
