Через несколько дней после издания магистратского регламента, 25 января того же года, явилось другое, еще более важное преобразовательное законоположение - регламент духовной коллегии. После основания коллегий, обнимавших различные отрасли общественного строя, оставалось только ввести коллегиальный порядок и в церкви. В предисловии к духовному регламенту выражена мысль о логическом переходе идеи коллегиальности от мирской области в церковную. "Хотя, - говорится в нем, - власть монархов самодержавна, но ради лучшего взыскания истины и чтоб не клеветали непокорные люди, что монарх имеет своих советников, тем более это необходимо в церковном правлении, где правительство не монаршеское есть и правителем заповедуется да не господствуют клиру". Коллегиальный порядок признавался самым удобным и пристойным для церкви, и потому-то учреждалась для всех церковных дел духовная коллегия. Под духовными делами разумелись два рода дел: одни касались вообще всех принадлежащих к церкви лиц, как духовного, так и мирского чина, от мала до велика; ко второму разряду причислялись собственно дела, касавшиеся лиц духовного звания. Сообразно духу Петра, духовный регламент начинает с преследования того, что по невежеству боготворила старина, не допуская никакой здравой критики. В благочестивой письменности русского народа уже чересчур много накопилось историй и житий святых, из которых многие явно были вымышленными; о них сделал замечание регламент, указавши для примера только на подложность одного жития, именно жития Евфросина Псковского с его сугубою аллилуиею, послужившею старообрядству одним из нагляднейших пунктов отпадения от церкви. Разом с житиями, регламент зацепил акафисты и разные молитвословия, распространявшиеся из Малороссии. Регламент причислял к ним и те, которые, не заключая ничего противного церковной истине, все-таки могли быть не обязательны для всех и не должны были читаться в церкви, "дабы по времени не вошли в закон и совести человеческой не отягощали". Предполагалось искоренять разные суеверия, вошедшие в народ, например: не делать дела по пятницам, чтоб пятница не разгневалась; поститься 12 пятниц, надеясь оттого разных духовных и телесных приобретений; признавать богослужение некоторых дней в году святее прочих, напр., обедню Благовещения, утреню Пасхи и вечерню Пятидесятницы; верования, что будто погребенный в Киево-Печерской обители будет спасен, хотя бы умер без покаяния. Вера в чудотворные иконы вела к тому, что архиереи, желая оказать помощь убогим церквам, повелевали подыскивать явленные иконы в пустынях или при источниках, возводили их в чудотворные, и таким образом распространялись в народе суеверия, выгодные для духовенства. Регламент вооружился против этих злоупотреблений, как и против некоторых народных обрядов, которым потакали духовные особы вопреки правилам церкви. Например, дошел до составителей регламента слух, что в Малороссии водили с распущенными волосами женщину, называя ее пятницею, а духовенство позволяло такие церемонии в церковном ходе и раздачу этой пятнице даров от народа перед церковью. В другом же месте попы, потакая народным суевериям, молебствовали перед дубом и раздавали на благословенье присутствующим ветви от дуба. Замечалось в совершении церковного богослужения уклонение от благочиния: например, отправлялись разом в одно время два и три молебна различными певцами и чтецами. Все это были замечания такого же рода, какие делались еще при царе Иване, перед написанием Стоглава, но затем следовали указания, свойственные времени большего образования: "Бесконечная нужда иметь некоторые краткие и простым человекам вразумительные и ясные книжицы, в которых заключится все, что к народному наставлению довольно есть и тыя книжицы прочитать по частям в недельные и праздничные дни в церкви пред народом". Законодатели сознавали, что таких благочестивых книг существует довольно, но они написаны или переведены с греческого на славянский не просторечно "и с трудностью разумеются от человек и обученных, а простым невежам отнюдь непостизаемо". Предположено было сочинить три небольших книжицы: первая о догматах веры и божьих заповедях, вторая о собственных каждого чина должностях; обе эти книжицы должны доводы свои почерпнуть из самого Священного Писания кратко и всем понятно, третья книжица должна была заключать в себе собранные от разных святых учителей нравоучительные проповеди. Все три книжицы, которые удобно будет переплести в одну, должны быть читаны в церквах в течение трех месяцев раз, так что народ будет иметь возможность услышать их четыре раза в год. Архиереи поставлялись по указанию царя из двух представленных на его утверждение выбранных лиц. На случай болезни или временного своего удаления из епархии, епископ должен был иметь в виду заранее, для заступления своего места, надежного архимандрита или игумена. Для наблюдения за своей епархией епископ должен был установить законщиков, иначе благочинных, т. е. духовных фискалов, которые бы доводили до его сведения обо всем, что будет требовать исправления. В своем доме или в другом, по своему усмотрению, епископ должен содержать школу для первоначального обучения священнических детей. Здесь он будет в состоянии видеть, кто по способностям может со временем быть произведен в священники и кто должен быть заранее отпущен из школы, с отнятием надежды на получение священства когда бы то ни было. На содержание такой школы постановлено брать от знатнейших монастырей и церковных земель известную долю хлеба. Епископ не должен держать у себя лишней прислуги, строить для своей прихоти лишние здания, заказывать лишнее облачение и домашнее платье ради роскоши. У архиерея при трапезе должны читаться церковные законоположения. Хотя у него в руках дело великое, но в Священном Писании не определено ему никакой чести, и регламент не дозволял, ради почета, водить его под руки и кланяться ему в ноги. Не должен он злоупотреблять своим правом отлучения от церкви, но следует ему употреблять прежде легкие меры наставления, для приведения грешников в покаяние, а потом уже, когда такие средства не будут действовать, - отлучать их временно от святого причащения; предавать анафеме можно было только явно нераскаивающихся грешников, либо таких, которые станут открыто хулить имя Божие, Священное Писание или церковь, но и то приступать к анафеме не иначе как с разрешения духовной коллегии. Самая анафема могла налагаться только на одно согрешившее лицо, а не распространяться на его семейных без их сознательного участия в вине. Епископ должен был объезжать свою епархию всего удобнее в летнее время, но, приезжая в убогие места жительства, он, чтобы не затруднить священнослужителей и обывателей, мог устраивать себе временное пребывание на поле. По приезде в город или село, епископ должен служить литургию и соборное молебствие, а потом говорить слово, обращенное к духовенству и народу. Затем епископ должен был наводить справки об образе жизни и поведении духовенства и творить надлежащую по этому поводу управу; не покончивши всей управы в месте, куда приехал, он не должен был ни сам звать к себе гостей, не идти к кому-нибудь по приглашению в гости. Между прочим, епископу вменялось в обязанность особенно наводить справки: нет ли каких суеверий, не шатаются ли беспутно монахи, не являются ли кликуши, не расходится ли весть о ложных чудесах, мощах, иконах, колодцах и т. п. Епископские служители не должны домогаться от монахов и священников кушанья, питья и лишнего конского корма, "ибо слуги архиерейские, - гласит регламент, - обычно бывают лакомые и где видят власть святого владыки, там с великою гордостью и бесстудием, как татары, на похищение устремляются". На суд епископский предоставлялось подавать апелляцию в духовную коллегию.
По предмету учения и заведения школ, регламент распространяется сначала о вреде от невежества, потом о вреде от лжеучения, наконец вменяет в обязанность духовному начальству допускать в звание учителей не иначе как по экзамену и выбирать хорошие руководства к преподаванию по всяким предметам. При школах надлежало быть открытой во все дни и часы библиотеке, какую полагалось возможным в то время купить за две тысячи рублей. Предполагалось завести академии и при них семинариумы: последними назывались собственно помещения для жилья учеников. Преподавались: 1) грамматика, разом с географией и историей; 2) арифметика и геометрия; 3) логика; 4) риторика и стихотворное учение; 5) физика с краткой метафизикой; 6) политика Пуффендорфова; 7) богословие. Всех лет учения полагалось восемь, и два года из них отделялись на богословие. Языки греческий и еврейский следовало преподавать в таком только случае, если найдутся учители и свободное для преподавания время. Начальствовать над академией должны были: ректор и префекты. В их заведовании находились низшие школы, которые они обязаны были посещать в неделю по два раза. Все протопопы и богатейшие священники должны были присылать детей в академию. Для заведения академий следовало выбирать места не в средине города, а в стороне. Семинариум предполагалось устроить наподобие монастыря, где бы жилье, одеяние и содержание давалось известному числу воспитанников от 50 до 70 и более. Принимать в семинариум можно было детей от 10 до 15-летнего возраста и помещать по восьми и по девяти особ в одном покое, под присмотром префекта или надсмотрщика, имевшего право наказывать малых розгами, а средних и больших выговором. Ректор мог всякого наказывать по своему рассуждению, но удалять вовсе из заведения - только с ведома духовной коллегии. Семинаристы в течение дня должны были все делать по звонку, "как солдаты по барабанному бою". По поступлении в семинариум первые три года позволялось ученикам ходить в гости к родителям или родным, не более как на 7 дней и под наблюдением инспектора, который должен быть при семинаристе везде. Родственников и гостей, посещающих семинариумы, можно было принимать с ведома ректора в трапезе или в саду, а в присутствии ректора дозволялось угощать гостей кушаньем и питьем. Каждый день давалось семинаристам два часа на прогулки и развлечение; однажды или дважды в месяц они отправлялись на острова, поля и вообще веселые места. В трапезе происходило чтение из военной и церковной истории, а в начале каждого месяца, в продолжение двух-трех дней, читались повествования о мужах, прославившихся наукою, о церковных великих учителях, о древних и новейших философах, астрономах, риторах, историках и проч. В большие праздники допускалась в трапезе при столе музыка, а по два раза в год или более можно было устраивать "некие акции, диспуты, комедии и риторские экзерциции". Убогим семинаристам предоставлялись пропитание и одежда от щедрот царского величества, а дети богатых отцов должны были платить за свое содержание по установленной один раз цене. Но предполагалось за пределами семинариума построить еще жилья и отдавать внаем студентам.
