Ахундова арестовали 17 декабря 1936 г. по требованию Багирова. В тот же день состоялось постановление Бюро ЦК АКП/б/ об исключении Ахундова из партии как «контрреволюционера, троцкиста». Это постановление подписал Багиров. Перед арестом Ахундов был директором Азербайджанского филиала Академии наук СССР и начальником Управления по делам искусств при СНК Азербайджанской ССР.
Как показал допрошенный по делу свидетель Нуриев, Ахундов был арестован вскоре после крупной ссоры с Багировым, которого Ахундов обвинил в деспотизме и в том, что Багиров хочет единолично управлять Азербайджаном, не считаясь ни с чьим мнением.
Установлено, что даже письма, обнаруженные при обыске у Ахундова, были посланы Багирову. После ознакомления с их содержанием Багиров направил наркому внутренних дел республики Сумбатову письмо такого содержания: «Из присланных сегодня […] на моё имя пачки писем, обнаруженных у Рухуллы Ахундова, посылаю вам обратно копии двух писем Талыблы на имя Рухуллы Ахундова, Этих писем достаточно для того, чтобы немедленно арестовать Талыблы и, в совокупности со всеми данными, которые до сих пор имелись, допрашивать его как махрового мусаватиста, в течение ряда лет ведшего в Азербайджане мусаватистскую работу.
О ваших мероприятиях прошу сообщить мне.
Секретарь ЦК и БК КП/б/ Багиров М.Д.».
Что это, как не указание первого партийного лица республики об аресте конкретного лица? Вот такая страшная система была сформирована к середине 30-х годов.
В течение длительного времени Ахундов категорически отрицал свою вину в приписывавшихся ему деяниях. К нему применялись изощренные методы принуждения к даче нужных следствию показаний, его жестоко избивали и пытали. В допросах Ахундова участвовал и Багиров.
О том, как велось «следствие» по делу Ахундова, свидетельствуют следующие факты, отраженные в нем. Из протокола допроса от 22 июня 1937 г. и двух актов, составленных следователями, видно, что «с вечера 21 июня и до 5 часов дня 22 июня 1937 г. от Ахундова добивались ответа о его принадлежности к контрреволюционной националистической организации». В течение двух суток 16 и 17 июля 1937 г. следователи добивались от Ахундова признания в том, что он вёл борьбу против политики партии и советской власти.
В июле 1937 г. воля Ахундова была сломлена, и он на допросах 24 и 27 июля дал пространные показания о своей враждебной деятельности, назвал многих лиц, якобы являвшихся членами националистических контрреволюционных организаций. Однако 29 июля 1937 г. он отказался от этих показаний и, как указано в составленном в связи с этим акте, его показания 24 и 27 июля 1937 г. не соответствуют действительности.
С целью изобличения названных Ахундовым лиц в совершении тяжких преступлений копии протоколов его допросов 24 и 27 июля 1937 г. были размножены и приобщены к делам соответствующих арестованных, акт же об отказе Ахундова от своих показаний скрыли.
В фальсификации дела по обвинению Ахундова участвовали Григорян и Атакишиев. Последний подписал постановление о предъявлении Ахундову дополнительного обвинения в подготовке восстания, во вредительстве и в подготовке террористических актов.
Дело Ахундова было рассмотрено Военной коллегией Верховного Суда СССР 21 апреля 1938 г. Его признали виновным в том, что он в 1920–1921 гг. был активным участником троцкистской оппозиции, вёл борьбу против единства Коммунистической партии. В 1929 г. являлся одним из организаторов, а впоследствии — и руководителем националистической организации в Азербайджане. Под его руководством, указывалось в приговоре, осуществлялось вредительство в сельском хозяйстве, проводились диверсии в нефтяной промышленности, создавались повстанческие вооружённые отряды во многих районах Азербайджана для борьбы против Советской власти, готовились террористические акты в отношении руководителей партии и правительства, насаждалась шпионская сеть для сбора и передачи шпионских сведений германской, турецкой и английской разведкам, создавались повстанческие ячейки в армейских частях, дислоцированных на территории Азербайджана, создан повстанческий центр в Азербайджане. Вот такой букет «преступлений» был вменён в вину Ахундову. По этому, от начала до конца сфальсифицированному делу, Ахундов был приговорён к расстрелу. Приговор был приведён в исполнение.
Дело Ахундова явилось исходным для фальсификации целой серии других дел. В подписанных и неподписанных Ахундовым протоколах его допросов значится, что он назвал 260 человек участников антисоветских организаций.
В результате применявшихся пыток Ахундова принудили назвать участниками контрреволюционных организаций Али Гейдара Караева, Султана Меджида Эфендиева, Гамида Султанова, Гасана Сафарова, Фараджа-Заде, Дадаша Буниатзаде, Гейдара Везирова, Усейна Рахманова и многих других.
В связи с делом Ахундова были арестованы 32 секретаря райкомов партии, 28 председателей райисполкомов, 16 наркомов республики и их заместителей.
В суде оглашался составленный Емельяновым и направленный Багирову «Краткий обзор о ликвидации и разгроме к. р. формирований и антисоветского элемента в Азербайджанской ССР за период с 1 января 1934 года по 1 января 1939 года». В этом обзоре указывалось: «В числе репрессированных участников контрреволюционной, националистической организации изъято:
а/ бывших секретарей РК КП/б/Аз — 52;
б/ председателей РИКов — 34;
в/ директоров заводов и промыслов — 7;
г/ инженеров — 66;
д/ бывших наркомов и зам. наркомов — 20;
е/ профессоров — 8;
ж/ зав. отделами ЦК — 3;
з/ военнослужащих — 88;
и/ совпрофработников — 106».
Это данные только по одной республике. А если взять в масштабе всего СССР?
Фактически по указанию Багирова 24 июня 1937 г. Атакишиевым был арестован председатель ЦИК Азербайджанской ССР С.М. Эфендиев, член партии большевиков с 1904 г. Родился он в 1887 г. в семье священника. Эфендиев основал мусульманскую группу «Гуммет» («Энергия») при Бакинском комитете РСДРП и являлся её председателем. Эта группа была создана для работы среди трудящихся мусульман. Позже группы и отделения «Гуммет» были созданы и в других городах Азербайджана. Группа «Гуммет» была представлена вместе с Бакинской партийной организацией на VI съезде РСДРП/б/ в 1917 г. Как отмечалось в приветствии ЦК РСДРП/б/, «Гуммет» являлась первой социал-демократической организацией большевистского направления среди трудящихся мусульман.
Эфендиев — участник революции 1905–1907 гг., за революционную деятельность арестовывался органами царской власти.
Был выслан с Кавказа в Казанскую губернию. В 1909 г. участвовал в революционном студенческом движении. В 1915 г. вёл подпольную работу среди судоремонтных рабочих в Астраханской губернии. Эфендиев — один из руководителей борьбы за Советскую власть в Азербайджане. Он был делегатом VI съезда РСДРП /б/ от Бакинской партийной организации. В 1919 г. был назначен заместителем председателя Бюро коммунистических организаций народов Востока при ЦК РКП/б/. Одновременно являлся комиссаром по делам мусульман Закавказья при Народном комиссариате по делам национальностей. С 1924 г. — председатель ЦКК КП/б/ Азербайджана, с 1927 г. — заместитель, а с 1931 г. — председатель ЦИК республики. Эфендиев являлся также членом ЦИК СССР.
Как это следует из данных, полученных в результате судебного разбирательства, Эфендиев обвинял Багирова в диктаторстве, зажиме критики, преследовании старых коммунистов. Пройти мимо этого Багиров, естественно, не мог.
Эфендиева арестовали после выступления Багирова на XIII съезде Компартии Азербайджана в июне 1937 г. Обращаясь к Эфендиеву, Багиров заявил: «Вы послали в Москву так называемых своих родственников в кавычках, дав им заявление на руководство ЦК КП/б/ Азербайджана, на травлю нас […]. Эфендиев хочет, чтобы мы позволили ему открыто с оружием выступить. Ты сдохнешь, но мы не допустим, мы покончим с тобой во-время и расправимся […]».
Во время процесса Багиров признал, что Эфендиева арестовали по его указанию, до этого он писал в Москву и просил разрешение на арест Эфендиева. Как видим, такое разрешение он получил. Багиров также заявил в суде, что его «выступления фактически являлись указанием для руководства АзНКВД».
После ареста Эфендиеву предъявили обвинение в том, что он являлся «членом центра контрреволюционной националистической организации», созданной Р. Ахундовым.
Как и многих других арестованных, Эфендиева жестоко истязали. Его избивал Мусатов — боксёр, привлечённый для ведения следствия в органах АзНКВД и дослужившийся впоследствии до подполковника. Он избивал арестованных, надев боксёрские перчатки.
Каким цинизмом надо было обладать, чтобы 25 сентября 1937 г. составить акт, подписанный следователем Гвоздевым и по принуждению — Эфендиевым. Вот его текст: «Эфендиев заявляет, что, несмотря на то, что он никогда членом контрреволюционной националистической организации не был, он вынужден будет дать вымышленные показания о своём участии в этой организации, для чего просит дать несколько дней срока». Стоит ли особо комментировать этот акт? В фальсификации дела в отношении Эфендиева участвовал и Григорян. Эфендиев вынужден был оговорить себя.
