30 сентября Орлов объявил в Сенате, где теперь настоит нужда: 1) имеющихся в здешнем городе мастеровых и ремесленных людей в необходимом случае пропитанием снабдить; 2) доставить в Москву уксусу в таком количестве, которым бы жителей без всякого недостатка продовольствовать было можно. Потом вывозчикам мертвых тел к 6 копейкам на день прибавили еще 2 копейки. 12 октября Орлов предложил в Сенате: известно ему учинилось, что некоторые находятся столь злостные люди, что, невзирая на бедственное состояние, в котором жители Москвы теперь состоят, забыв страх божий, дерзают входить в вымершие домы и грабить оставшиеся после несчастных пожитки, и для того объявить каждому и всем, ежели таковые безбожники и враги рода человеческого открыты будут в сем преступлении, то без пощады казнены будут смертию у того самого места, где сие преступление учинено будет, дабы смертию одного злодея отвратить смертоносный от зараженных вещей вред и гибель многих невинных, ибо в крайних зла обстоятельствах и меры к уврачеванию крайние принимаются. Через четыре дня после этого решения Полицеймейстерская канцелярия подала рапорт: ведомства Конюшенной канцелярии крестьянин Тимофей Матвеев, беглые солдаты Главного комиссариата Акутин, Денисов, лейб-гвардии неслужащий солдатский сын Еремин, собравшись партиею в числе 9 человек, пограбили три выморочных дома. Канцелярия на основании указа 12 октября приговорила повесить преступников, но Сенат на том основании, что преступление было совершено до публикования указа, приговорил виновных ко кнуту и определению в погребатели чумных. В то же время Орлов предложил, что умерших чумно провожают неосторожно, садятся в одни роспуски с телами, и потому объявить, что замеченные в такой неосторожности мущины будут взяты в погребатели, а женщины – в лазарет для ухаживания за больными.
Для детей-сирот, остающихся после умерших от чумы, был учрежден приют под ведомством вице-президента Мануфактур-коллегии Сукина. Но оказалось, что больше 100 детей поместить в этом доме нельзя, тогда как каждый почти день привозили сирот. Сенат приказал Сукину занять дом француза Лиона, который отстраивался для пикника на деньги составившегося для этого общества; Сенат объяснял свое распоряжение тем, что пропитание сирот установляется для общества и по освобождении дома от сирот он возвратится для пикника. Мы видели, что Орлов уже распорядился покупкою в казну ремесленных произведений, чтоб дать пропитание работникам. 25 октября он сделал Сенату новое предложение: находится в городе немалое число таких людей, которые, не имея никакого рукомесла, питались прежде самыми черными или грубыми работами, а по настоящим обстоятельствам лишились и их; чтобы доставить и этим людям благозаслуженное пропитание и истребить праздность, всяких зол виновницу, для этого надобно: 1) окружающий Москву Камер-коллежский вал увеличить, углубляя его ров, и к этой работе призываются все охочие люди из московских жителей; 2) платеж за работу будет производиться поденный – мущине по 15, а женщине по 10 копеек на день; 3) кто придет со своим инструментом, тому прибавляется по 3 копейки на день; 4) главный надзор за этою работою будет иметь генерал-поручик сенатор Алекс. Петр. Мельгунов.
Между тем исследовалось дело о бунтовщиках, захваченных в Кремле. Следствие было поручено особой комиссии из духовных и светских лиц под председательством прокурора синодальной конторы Рожнова. 4 октября Рожнов представил Сенату, что из взятых под караул мятежников Степан Иванов, от роду 16 лет, показал на бывшего своего хозяина-купца, который ему прежде мятежа за неделю или больше приказывал: если в городе забьют в набат, то он бы с дрекольем бежал в то место, в чем и хозяин признался. Рожнов спрашивал у Сената, не угодно ли будет мальчика освободить как малолетнего и показавшего правду. Сенат согласился.
В приведенном письме к Бибикову от 20 октября Екатерина уже писала: «Следствие теперь идет, из коего ясно открылось, что ни главы, ни хвоста нету, а дело вовсе случайное». Этот взгляд на случайность события, разумеется, стал руководящим в Москве, когда 1 ноября Сенат стал слушать доклад следственной комиссии, в докладе говорилось: «Из подсудимых не только те, кои в ответах своих показывали о повестках, чинимых им от полицейских служителей в самое время бывшего происшествия, дабы бежали в Кремль; а другие упоминали о том, что слышали прежде за несколько дней, что будут повестки или если услышат набатный колокол или пушечный выстрел, тогда б бежали в Кремль, но, от кого сие слышали, не показали. Увещания не подействовали, и больше не открылось, как только приходя в уныние крестились, а один малолетний обливался слезами. Следствие открыло убийц Амвросия, то были дворовый человек Раевского Василий Андреев, московский второй гильдии купец Иван Дмитриев, города Каширы, Пушкарской слободы, пахотный крестьянин Федот Парфенов; убийцы были введены в Сенат, причем Дмитриев от прежних своих показаний отрекся, сказал, что сделал их из страха. Главных зачинщиков по следствию не отыскалось. В заседании 4 ноября, когда кто-то из сенаторов предложил, что о подсудимых, о которых обстоятельного следствия не произвелено, надобно доследовать, то Орлов сказал: „Хотя по самой справедливости и должно стараться в изыскании истины доходить до самого источника, от чего преступление начало свое получило, дабы виноватые по существу их преступления наказаны были по точности их вин, но как при всем том по случаю нынешних несчастных в Москве приключений, от коих род человеческий подвергается гибели, нет ни времени, ни способов достигнуть до сего, а при всем том теперь нужда настоит, чтоб преступники, кои обличены или признались, как наискорее по винам своим были наказаны, хотя некоторые того и избегнут, но как всегда лучше виновного облегчить от наказания, нежели наказать невинного, то не соблаговолит ли собрание сей суд производить и виновных осуждать единственно уже по имеющимся ныне в деле окрестностям (обстоятельствам) и доказательствам“. Так как Сенат на основании полномочий, данных Орлову, соглашался всегда с его предложениями, то согласился и тут.
На другой же день, 5 ноября, Сенат собрался для постановления приговоров над подсудимыми. Первый начал говорить сенатор Волков: «Читанные сему собранию показания и признания взятых под стражу узников содержат в себе такие деяния, из которых всякое бесчеловечно, законопреступно и, следовательно, жестокого наказания достойно, но сие наказание божескими и гражданскими законами уже предопределено и не остается более, как токмо произнести и исполнить законами определенное. Но когда обращаем мы свой взор на наружные окрестности толико вдруг учинившихся злодеяний и в их наружностях хотим найти прямой того источник, то видим ясно, что каждое из сих преступлений становится несравненно величайшим и жесточайшего наказания требующим, видим, что первопрестольный град, самая средина оного, воззрелище священных мест и монарших чертогов, вместо того чтоб и самые буйственные сердца приводить в чувство и благоговение, были местом сего богомерзкого позорища, видим не разбойника и убийцу, по совершении своего злодеяния тотчас укрывающегося и в самом остервенении своем трепещущего от одного имени правосудия, но великое множество народа, на спасательные ему законы восстать дерзающего и, что злее, преступлениями своими, святотатством и священноубийством торжествующее. Видим свет в недоумении, каким образом народ, набожным всегда и государю. своему, и законам повиновением на толикую степень могущества и славы вознесенный и повсюду победоносный, мгновенно мог забыться и грозные неприятелям руки обратить на самоубийство. Видим отечество, требующее от законов неистовым своим сынам наказания. Видим церковь, пастырскою кровию обогренную и отмщения вопиющую. Со ужасом смотря на сии наружные окрестности, не меньшее предлежит нам соболезнование, когда разбираемый прямой толикого зла источник не потому, чтоб оный рыгал всегда подобным ядом или чтоб таковых же бедствий паки ожидать надлежало, но единственно по размышлению, коль пагубны роду человеческому вообще слепота, суеверие и корыстолюбием частных и малых людей воспламененная ревность не к творцу и св. вере, но к обряду или месту, с явным почти истинной веры и богослужения забвением прилепленная, и коль насильственно, но неизбежно самому нежному и человеколюбивому сердцу употреблять строгость, когда под кроткою державою единая взаимная любовь друг ко другу видима быть имела б. Здесь видим солдата Бякова и фабричного Илью Афанасьева, каждого отвергнувшего свой крест, т. е. свое звание, предавшихся лицемерству и сребролюбию, сделавшихся собирателями стяжания божией матери, никогда благих наших не требующей, но только добрых наших ближнему делу взыскующей; видим сих самозванцев по мере приобретаемого стяжания обративших большее на себя внимание. Видим некоторых из духовенства, имени сего и своего, впрочем, весьма почитаемого сана недостойных, презирающих слепоту людскую с мерзкою пред всевидящим радостию, богослужение в торжище обративших и руки к приятию гнусной мзды простирающих. Видим, но с большим еще соболезнованием некоторых из начальников, кои, вместо того чтоб предписанный законами порядок тотчас восстановить, слабостью своею подтвердили сие неустройство и столько оному возраста допустили, что едва покойный преосвященный хотел токмо сие собранное мирское стяжание предохранить от неизбежного расхищения Бяковых и Афанасьевых, то собственное сих людей корыстолюбие обратило законный поступок в грабеж и святотатство и было единственным подвигом всех из того следовавших зол. Имея такое о судимом нами происшествии и его окрестностях понятие, заключение из того проистекает само собою, а именно надлежит сделать удовлетворение законам с твердостию и потом утешить и утешиться, и потому: 1) изобличенных и повинившихся в убийстве преосвященного Амвросия казнить смертию не токмо как убийц, но как злейших из всех мятежников; 2) все приличившиеся участниками того убийства, монастырского грабежа, осквернения священных мест, поругания св. икон, разбития карантинных домов и больниц как безумным паче стремлением в сие заведены, нежели в самом деле толь богомерзкое имели намерение, то наказать их на теле и сослать в каторжную работу; 3) солдата Бякова и фабричного Афанасьева как вредных обществу лицемеров, наказав на теле, послать в Соловецкий монастырь в заточение; 4) прочих пойманных, но в убийстве и грабеже не изобличенных, виновных в том, что к толпе злодеев приставали, наказав плетьми, определить в казенные работы; 5) остающихся освободить без наказания; хотя, несмотря на их непризнание и неимение в злодеянии доказательств, самое забрание их под стражу утверждает по крайней мере столько, что они подвели на себя подозрение, но для таковых и одно сидение под стражею довольным уже есть наказанием. Но напротиву того, удовлетворяя правосудию, надлежит удовлетворить и благодеянию законов. Г. генерал-поручик, сенатор и кавалер Петр Дмитр. Еропкин был един и первый, который верностию своею к ее и. в-ству, любовию к отечеству и мужеством, сана его достойным, унял сие стремительное буйство и восстановил первую тишину. Благородная его душа не требует за подвиг свой воздаяния, но наше признание тем не меньше ему принадлежит, так сделаем начало, чтоб признание добродетели было самым лучшим за добродетель воздаянием. Сим образом исполним мы наш долг, исполним ожидание отечества и света. Омоем кровии винных нанесенное на неповинный российский народ пятно! Но, зная чувствительное и человеколюбивое сердце ее и. в-ства и ведая, колико оно сострадательно несчастию самых горших преступников, срастворим кровь их нашими слезами и, отдав сей долг человечеству, утешимся наконец, что сие самое случившееся зло послужит к разгнанию слепоты, к расширению познания и просвещения и придаст новое всем и каждому поощрение с толикою ж ревностию трудиться о воспитании и благонравии, с каким твердым духом и премудрым предусмотрением августейшая наша монархиня неутомленные о том труды подъемлет».