Участвуя в национально-революционной войне испанского народа, Эрнст Генрихович проявил себя как один из выдающихся авиационных командиров и новаторов в деле применения бомбардировочной авиации. Рассчитав, что бомбардировщик СБ даже с полной нагрузкой может уйти от любого вражеского самолета, Шахт предложил использовать эти скоростные качества и совершать налеты на вражеские аэродромы без сопровождения истребителей. Это являлось революционным новшеством в авиации того времени.
В первых же полетах выявился ряд существенных недостатков СБ, которые пришлось устранять на месте. Начали бронировать место пилота и стрелка, увеличивать бомбовую нагрузку. Особенно не устраивали поставленные на самолет вместо скорострельных ШКАСов устаревшие 7,62-мм пулеметы ДА, они не обеспечивали должной огневой защиты при нападении истребителей врага. Для исправления ситуации Шахту пришлось даже обменять выделенную ему легковую машину на 4 ШКАСа, использовавшихся где-то в качестве зенитных пулеметов. Он же и поднял вопрос о переоборудовании места стрелка-радиста, так как в полете при открытой кабине его голова, если он занимал боевое положение или следил за обстановкой в воздухе, обдувалась мощными потоками воздуха.
Чтобы замаскировать аэродром, на котором базировалась его эскадрилья, Эрнст Генрихович приказал сделать в середине его огород.
К концу 1936 года эскадрильей Шахта было совершено большое количество боевых вылетов: уничтожены самолеты на аэродроме Севилья, железнодорожные составы с живой силой и техникой франкистов на станциях Мерида, Бадахос. Почти ежедневной бомбардировке подвергались рвавшиеся к Мадриду войска мятежников. Самолетов в строю оставалось все меньше, на одной машине в течение дня совершали по несколько вылетов разные экипажи.
Несмотря на все трудности и потери, летчики 1-й бомбардировочной эскадрильи скоростных бомбардировщиков (СБ) были полны решимости продолжать борьбу с фашизмом.
Представляя майора Э.Г. Шахта к очередной награде, командование отмечало, что он «руководитель и участник всех боев и операций, выполненных эскадрильей СБ как непосредственно над полем боя, так и в глубоком тылу противника. Своими смелыми нападениями на аэродромы и метким огнем вывел из строя десятки самолетов противника, в том числе несколько тяжелых бомбардировщиков»{5}.
За образцовое выполнение специальных и труднейших заданий правительства по укреплению оборонной мощи Советского Союза и проявленный в этом деле героизм постановлением ЦИК СССР от 31 декабря 1936 года майору Эрнсту Генриховичу Шахту было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина.
По состоянию на 7 января 1937 года в эскадрилье Шахта из 30 самолетов в строю осталось 16. 3 находились в ремонте, 9 самолетов были сбиты в воздушных боях, 2 СБ разбились в авариях, но позже были восстановлены. 10 советских летчиков эскадрильи Шахта к тому моменту погибли или находились в плену. Среди испанских летчиков эскадрильи числилось погибшими 9 человек.
В феврале 1937 года майор Э.Г. Шахт передал командование 1-й бомбардировочной эскадрильей И.И. Проскурову и вернулся в Советский Союз. 27 февраля 1937 года в Кремле ему был вручен второй орден Ленина и Грамота Героя Советского Союза. Медали «Золотая Звезда» Героя Советского Союза тогда еще не было, она была учреждена 1 августа 1939 года. После ее учреждения Э. Шахт получил «Золотую Звезду» за № 15. Он стал первым иностранным гражданином, удостоенным такой высокой награды.
В апреле 1937 года состоялась беседа между летчиками, вернувшимися из Испании, и руководством РККА. Присутствовавший на встрече майор Шахт поделился своим опытом и высказал ряд замечаний по модернизации участвовавших в боях самолетов: «Большинство наших атак на южном участке фронта было со стороны солнца, всегда с тыла противника под 90°...За последнее время мы получили много заданий на разведку аэродромов, скоплений войск и т.д. Мое мнение что СБ как разведчик не годен. Мы летали впустую. Мы летали звеном, но это не годится, так как один самолет ведет, а ведомые должны за ним держаться. Если идет противник, то в бой вступить нельзя. Лучше всего производить разведку на 1500—1800 м, но скорость 170—180км — большая, ни летчик, ни летнаб не могут определить, что на земле — скопление войск, танки или что другое, даже замаскированные самолеты нельзя определить, а вниз не видно. С высоты 2000 м не разобрать — идет ли колонна или автомашина. Аэродром обнаружить можно, но тип самолетов на них нельзя. Разведка войск — простое отбытие номера. Фотоаппаратов нет. Только 3-го числа я получил из Валенсии фотоаппарат английский, очень маленький, небольшой вес, простой в обращении и очень хороший. Их купили во Франции и Англии и доставили нам, но при мне еще не установили, так как не нашли места — кому дать: стрелку, но он не видит вниз, а у штурмана и так много работы — стрельба, бомбометание.
По части бомбометания и оборудования. 6 бомб — очень мало, да еще фугасных, так как осколочных у нас нет крупного калибра. А если брать 25 кг и лететь в тыл противника — этого не достаточно. От фугасного огня больше дыма, толку мало. От 100 кг фугасной бомбы воронка 4 х 5 м получается, а сверху висели провода и столбы стояли, и все осталось цело...
От 100 и 50 кг бомб впечатление не важное. Мы очень много бросали, но зря. Воронки глубокие получаются, а все стоит на месте.
Я дал задание инженеру по вооружению Лещинскому установить бомбодержатели еще для 4 бомб. В конце декабря мне привезли один экземпляр этого бомбодержателя. Я испытал его, летая на фронт. Действовал по земным войскам и аэродромам. Эти 4 бомбы 10 кг сделали больше дела, чем все остальные. Очень простое управление, но эффекта больше...
Вопрос связи самолета с землей. Связь, как правило, на скорости свыше 240 км отказывает... СПУ свыше 240 км очень плохо слышно, остаются одни сигналы маневрированием на любой высоте. Настолько большой шум, что ничего не разобрать. На боевом курсе, когда атакуют истребители, связь хоть и работает, но ничего не слышно. Еще хуже связь с задним стрелком. Приходилось применять кустарный способ, сигнальные огни, но он себя не оправдывал...
Я с первого же полета поставил вопрос о том, что стрелок не может защищать только свою шкуру. Для этого я ввел перекрестный огонь — правый пеленг обстреливает истребителей, которые идут с левой стороны, а левый пеленг — обстреливает правую сторону. Это в том случае, если идут клином. Испанцы этого не выдерживали, и нашим приходилось защищать и себя и других, поэтому попаданий мы имели очень много от истребителей противника...
Единственная машина, которая показала себя с хорошей стороны, — это СБ. У них таких самолетов нет. Если сделать лучше бензобаки и снять ленты, то это будет очень хорошая машина, даже в том случае, что атака вперед недостаточна, так как передняя атака очень короткая.
Связь нужна лучше. Бомбовую нагрузку нужно пересмотреть»{6}.
4 июля 1937 года народный комиссар обороны СССР приказом по личному составу армии за 0667/п присвоил Э.Г. Шахту воинское звание «комбриг». Ранее, в июне 1937 года, он был назначен начальником 13-й Высшей летно-тактической школы, расположенной в Липецке. Здесь проходили обучение в основном командиры отрядов, которым предстояло возглавить эскадрильи. Система обучения была построена продуманно. Школа давала знания, необходимые будущим комэскам. Дважды Герой Советского Союза генерал-майор авиации В.И. Раков вспоминает: «Когда потом, во время боевых действий, приходилось готовить и проводить операции различных авиационных групп, мне всегда с благодарностью вспоминалась наша школа, вырастившая много хороших боевых командиров.
Возглавлял Высшую летно-тактическую школу комбриг Э.Г. Шахт, Герой Советского Союза, участник войны в Испании. Он располагал к себе удивительной простотой в обращении. Несмотря на относительную молодость, Шахт пользовался большим авторитетом у слушателей и у преподавателей»{7}.
В 1938 году школа под руководством комбрига Шахта была преобразована в Высшие авиационные курсы усовершенствования.
В 1940 году Э.Г. Шахт окончил курсы высшего начальствующего состава при Военной академии Генерального штаба. Он получает под свое командование расквартированный в Рязани 167-й резервный авиаполк, где отрабатывает методику «слепых» полетов.
4 июня 1940 года постановлением Совета Народных Комиссаров СССР Э.Г. Шахту было присвоено воинское звание «генерал-майор авиации». В ноябре 1940 года он назначается на должность помощника командующего Военно-воздушными силами Орловского военного округа по военно-учебным заведениям.
Весной 1941 года руководство страны во главе с И.В. Сталиным уделяло повышенное внимание состоянию дел в Военно-воздушных силах РККА. Основанием для этого было как резко возросшее количество аварий и авиапроисшествий, так и наметившееся техническое отставание используемых самолетов. Этому были посвящены несколько заседаний Политбюро и Военного совета. В результате были сняты со своих постов и арестованы ряд прославленных генералов: А.Д. Локтионов, Я.В. Смушкевич, П.В. Рычагов (все трое в разное время возглавляли ВВС РККА), П.И. Пумпур и другие. Органы НКВД готовили новое громкое разоблачение очередной военно-шпионской организации.