Интерес к христианству проявлялся не только при дворе римских императоров, но, пожалуй, даже в большей степени у правителей некоторых восточных областей. К середине III в. добилась независимости от Рима Пальмира – богатый торговый город в Сирии. Правительница Пальмиры Зиновия, хотя и не была христианкой, как уже упоминалось, покровительствовала христианам, в частности тому самому Павлу из Самосаты, против которого выступили епископы других общин, обвинив его в ереси. Не исключено, впрочем, что интерес Зинобии к христианам был продиктован не только идеологическими, но и политическими мотивами.
В период кризиса III в., сказавшегося на всех сторонах экономической и политической жизни империи, происходят изменения в отношении императоров к христианству. Этот кризис совпал с укреплением церковной организации христиан и в известной мере даже способствовал ей (организованные христианские общины могли лучше сохраниться и даже стать прибежищем для всех пострадавших во время смут и междоусобных войн); росло и богатство церкви. Эта организация стала казаться императорам, пришедшим к власти с помощью армии, не уверенным в прочности своей власти, опасавшимся непрерывных заговоров и выступлений, опасной. Христианство в III в. начинает распространяться и среди солдат; многие из них, приняв христианство, продолжали службу в армии, поскольку эта служба была единственным источником их существования, но сам факт появления таких солдат, собратья которых по вере часто не желали служить в армии, не мог не беспокоить императоров. Можно сказать, что церковь оказалась раньше подготовленной к союзу с государством, чем империя к союзу с христианской церковью. С середины III в. начинаются официальные гонения, направленные специально против христиан.
В 249 г. восставшие солдаты, которые незадолго перед тем объединились с варварами и открыли им границу империи по Дунаю, провозгласили императором полководца Деция, который был послан с армией для их же усмирения. Деций принял титул (правда, как сообщают источники, против собственного желания), повернул свою армию обратно в Италию и захватил верховную власть. Став таким путем правителем империи, Деций попытался восстановить в ней порядок, ввести некоторые староримекие обычаи, поощрял поклонение древним богам и начал, по существу, первое общеимперское гонение на христиан. Жители всей империи должны были доказать свою лояльность по отношению к властям совершением жертвоприношений в присутствии официальных лиц. Тем, кто выполнял эти требования, чиновники выдавали специальные удостоверения, в которых указывалось, что такой-то (или такая-то) регулярно совершал жертвоприношения; согласно эдикту, он (она) принес жертву, совершил возлияние и вкусил жертвенного мяса. Несколько таких «удостоверений» было найдено исследователями в Египте. Но многие христиане отказывались совершить то, что от них требовали императорские чиновники, и тогда им грозила смерть. Христиане бежали из городов, пытались (и не всегда безуспешно) подкупать чиновников, лишь бы не поклоняться чужим богам. Были, как уже говорилось, среди христиан и такие, кто под страхом смерти совершал то, что от них требовалось. Именно после гонений Деция возникла проблема «падших», т. е. тех, кто отрекся от христианства. Но гонения эти продолжались недолго – Деций правил всего два года; он погиб в битве с германским племенем готов. Борьба за императорскую власть после его смерти на время отвлекла внимание от христиан.
Новая полоса гонений наступила при императоре Валериане, занявшем престол спустя два года после смерти Деция. Валериан был в свое время приближенным Деция и, по-видимому, разделял его взгляды на христиан. Валериан прежде всего выступил против церковной организации. Эдиктом 257 г. епископам и другим христианским священнослужителям было запрещено совершать богослужение; им предписывалось публично принести жертвы римским богам; христианам запрещалось также устраивать собрания. На следующий год был издан еще один эдикт, угрожавший наказаниями христианам, входившим в высшие сословия. Сенаторы-христиане лишались своих званий, имущество христиан конфисковывалось, а сами они, прежде всего те, которые находились на государственной службе (гражданской и военной), ссылались на тяжелые работы в рудники и каменоломни (нехватка рабочих рук заставила императоров заменить казни принудительными работами). Преследования времен Валериана ставили своей целью укрепление имперского аппарата, вышедшего из повиновения в период кризиса, и пополнение государственной казны за счет конфискованного церковного имущества и имущества отдельных христиан. Ссылались не только мужчины; указ Валериана особо оговаривает наказание знатных женщин-христианок.
Во время этих гонений погиб епископ Киприан; его приговорили к казни за то, что он вел «безбожную жизнь» (с точки зрения римлян) и «побуждал других к злонравию». Согласно христианским преданиям, во время его казни собралась масса христиан, чтобы присутствовать при кончине своего мученика и собрать его кровь. Этот рассказ говорит о том, что преследования были направлены не столько против рядовых христиан, сколько против их руководителей, и наказывался не столько сам факт принадлежности к христианству, сколько христианская пропаганда, «побуждение к злонравию». Невозможность уничтожения всех христиан Валериан, вероятно, понимал. Ему важно было остановить распространение новой религии и очистить аппарат управления и армию от сомнительных элементов. Но эти меры не привели к сколько-нибудь ощутимым результатам. Более того, осуждение на каторжные работы сенаторов и знатных женщин вызывало недовольство не только среди христиан, но и среди всех тех, кто был так или иначе связан с этими людьми.
Император Валериан кончил печально: он попал в плен к персам, которые в это время начали вторжение в восточные провинции империи. Христианские авторы с удовлетворением рассказывали, что, находясь в плену, он влачил рабское существование: каждый раз, когда царь персов (В III в. на территории Ирана возникло новое персидское царство, во главе которого встала династия Сасанидов.) садился на коня, римский император должен был сгибать спину, чтобы его владыка оперся на нее ногой. Сын Валериана Галлиен, вынужденный непрерывно отбиваться от натиска варваров, отменил гонения, возвратил ссыльных. Галлиен был одним из первых императоров, который проявил по отношению к христианам веротерпимость.
Однако христианам предстояло пережить еще одно и, пожалуй, самое жестокое гонение. В 284 г. императором стал Диоклетиан, сын далматинского вольноотпущенника, выдающийся политический деятель, человек несгибаемой воли и энергии. Он провел целый ряд реформ по административному управлению и налоговому обложению империи и на время сумел справиться с восстаниями и сепаратистскими движениями. В частности, было жестоко подавлено восстание в Галлии багаудов (борцов), среди которых было много христиан. Диоклетиан требовал, чтобы ему оказывались божеские почести. Чувствуя свою силу, он решил расправиться с теми религиозными течениями, которые, по его мнению, могли составить оппозицию его личному культу. Он выступал не только против христиан: первые религиозные гонения Диоклетиана были направлены против приверженцев манихейства – учения, возникшего в III в. в Иране и начавшего распространяться в восточных провинциях империи. Манихейство впитало в себя элементы иранской религии зороастризма, христианства (в его гностической форме), философских учений поздней античности. Основатель этого учения Мани в качестве своих предшественников называл Будду, Заратуштру и Иисуса. В основе манихейства лежало представление о дуализме космоса; земной мир, мир зла, создан злым божеством, но существует и благое божество. Согласно учению Мани, в человеке заложена искра божественного света, но освободить ее можно только аскетизмом, отказом от всего мирского. Для манихейских общин была характерна замкнутость и обособленность. Манихейство интересовало образованных людей империи, поскольку оно содержало отдельные идеи античных философских учений, в частности неоплатонизма. В то же время это учение с его таинственными мистическими обрядами получило распространение и в сельских местностях, в глухих деревнях восточных провинций. Неприятие существующего общества сближало манихеев с теми группами христиан, которые сохраняли традиции первоначального иудеохристианства. Неудивительно, что Диоклетиан прежде всего начал борьбу с этим течением. Манихеи были объявлены вне закона. Вслед за этим Диоклетиан начал преследовать христиан. В эти преследования он вложил ту же неукротимую энергию, что и в другие свои начинания. В 303 г. он издал постановление, запрещавшее по всей империи христианские богослужения. Церковные здания сносились, имущество христиан конфисковывалось. Из армии и государственного аппарата были изгнаны все люди, подозревавшиеся в принадлежности к христианству, многие были казнены, христианские книги сжигались. Говорили, что даже жена Диоклетиана должна была совершить публичное жертвоприношение, чтобы не быть заподозренной в христианстве. В разгар гонений во дворце Диоклетиана в городе Никомедии (там была резиденция императора) вспыхнул пожар; в поджоге обвинили христиан.