С середины 1770-х годов Казаков начинает самостоятельную архитектурную деятельность, в процессе которой он впоследствии создаст целый ряд значительных в архитектурно-художественном отношении общественных и культурных сооружений, городских особняков и усадеб.
Знаменательно, что начало самостоятельной работы зодчего совпало со временем становления классицизма в русской архитектуре, с его обращением к новым градостроительным задачам, к проблемам архитектурного ансамбля, к разработке различных типов общественных сооружений, среди которых одним из первых было здание Сената в Московском Кремле (1776-1788) [В Государственном научно-исследовательском музее архитектуры имени А. В. Щусева находится акварель мастерской Ф. Я. Алексеева, созданная в начале 1800-х годов, – «Вид Сенатской площади со зданиями Сената и Арсенала»]. За год до начала строительства «Дома присутственных мест», как именовался Сенат в проекте, был утвержден генеральный план строительства Москвы, в котором получила осмысление и развитие исторически сложившаяся кольцевая планировочная структура города. Глубокое понимание градообразующих идей, заложенных в плане, позволило Казакову подойти к зданию Сената как связующему звену между древними сооружениями Кремля и новыми постройками за его стенами.
Это наиболее наглядно выразилось в ориентации завершения композиционного центра Сената – ротонды с куполом – на Красную площадь: он помещен по оси Сенатской башни, расположенной в середине выходящей на Красную площадь кремлевской стены.
Прекрасно понимая общественную роль возводимой им постройки, Казаков как истинный архитектор-классицист придал ей монументальный характер. Образуя в плане равнобедренный треугольник с тремя многогранными дворами внутри, протяженные корпуса здания имеют четко выраженные объемы. Гладь стен подчеркнута простым ритмом мощных лопаток, между которыми помещены высокие удлиненные окна. Ощущение торжественности создает и использование ордера как в колоннах портика главного фасада, так и в пилястрах боковых ризалитов. Казаков применяет ордерные элементы и в обработке срезов углов, благодаря чему убирается излишняя жесткость в местах соединения корпусов. Торжественно и строго решены Казаковым и интерьеры здания, из которых наиболее интересным является центральный круглый зал, украшенный коринфскими колоннами и барельефами на темы правосудия и просвещения.
В 1780-х годах Казаков построил второе свое крупное сооружение общественного характера – Московский университет. Несмотря на то что фасад горевшего в 1812 г. здания был значительно видоизменен архитектором Д. Жилярди во время восстановительных работ 1817-1819 гг., оно сохранило до наших дней свои первоначальные объемы и элементы декора. Об облике университета в первые годы его существования можно судить по прекрасной акварели неизвестного мастера, выполненной, вероятно, в конце XVIII века (Государственный Эрмитаж). По-новому использовав традиционную схему – большое здание с открытой к улице небольшой площадкой, архитектор возвел монументальное сооружение, П-образное в плане, неглубокий двор которого, образованный скругленными снаружи боковыми крыльями, был отделен от улицы ажурной оградой. Восьмиколонный портик ионического ордера с аттиком; купол в центре, венчающий большой круглый зал; рустовка нижней части здания, лопатки верхних этажей – все эти элементы говорят о развитии в творчестве Казакова классицистических принципов. Значительна градостроительная роль университета – одного из опорных сооружений в системе полукольца центральных площадей города по плану 1775 г. Участвуя, с одной стороны, в формировании облика площади перед Кремлем, он, с другой стороны, вместе с домом А. Пашкова (стоял на месте здания так называемого нового университета, построенного Тюрипым) оформлял парадный выход на площадь одной из главных улиц – Большой Никитской (современная улица Герцена), подчеркивая тем самым центральную ось площади.
Одновременно со строительством здания университета Казаков работал над домом Дворянского собрания (ныне Дом союзов), расположенным на Моховой улице (ныне проспект Маркса). И здесь зодчий выступил как мастер-классицист. Он придал своей постройке монументальный строгий облик, умело расположил ее на стыке двух центральных улиц. Дарование Казакова с особой силой раскрылось в Колонном зале Дворянского собрания, где он создал новый тип праздничного зала большого общественного значения. Вдоль степ прямоугольного в плане зала расставлены стройные белые колонны коринфского ордера. Крупные пропорции ордера, спокойные формы колонн, четкие очертания всех частей создают ощущение торжественности, что еще более подчеркивается полированной поверхностью белого искусственного мрамора, настенными зеркалами, прекрасными хрустальными люстрами [Реставрационные работы последних лет вернули залу его первоначальный вид, измененный переделками XIX – начала XX века].
Однако, пожалуй, наиболее совершенным среди общественных сооружений Казакова является Голицынская больница, возведенная недалеко от Калужской заставы (ныне Ленинский проспект). Еще в начале 1790-х годов екатерининский вельможа и меценат князь Д. М. Голицын купил у барона Г. А. Строганова за 40 тысяч рублей ассигнациями усадьбу с «землей, строением, садом, прудами и в оных рыбою» и решил выстроить здесь больницу. Проект, заказанный М. Ф. Казакову, был составлен в 1794 г.; строительство же началось спустя два года и завершилось в 1801 г. Использовав принцип планировки городской усадьбы с отступающим внутрь двора главным домом, флигелями и садом и включив тем самым ансамбль в группу расположенных рядом старых усадеб, Казаков одновременно связал его с протяженностью пространства улицы. Вдоль нее, а не торцами, он расположил боковые корпуса, а также ввел такой элемент, как белокаменная лестница, подымающаяся к порталу центрального здания. Наружный облик построек очень прост и строг: здесь господствуют дорические формы, статичные объемы. На фоне гладких стен главного здания с вертикальными проемами окон четко выделяется величественный портик. В нем шесть дорических колонн, поставленных на мощный стилобат, прорезанный небольшими арками, несут массивный высокий фронтон. Гармоническую завершенность постройке придает большой купол, венчающий круглую ротонду центрального зала-церкви. Если снаружи постройка производит впечатление сдержанности, то парадные интерьеры ее отличаются исключительной торжественностью (при том, однако, что вся внутренняя планировка достаточно функционально обоснована). Особенно это относится к церкви-мавзолею (в пей по завещанию был захоронен Д. М. Голицын). Она украшена прекрасной ионической колоннадой, идущей вдоль стен. Между ионическими стоят меньшие по размеру коринфские колонны; стены расписаны гризайлью, еще больше подчеркивающей великолепную пластику интерьера.
Одновременно Казаков занимался устройством спускающегося к Москве-реке парка с дорожками и фигурным прудом. Помимо белокаменной набережной и двух беседок архитектор по желанию Голицына построил в парке здание картинной галереи (окончена в 1809 г.), которая явилась первой в Москве доступной художественной галереей [В 1818 г. перестроена Д. Жилярди в летний больничный корпус]. Сохранившийся до наших дней ансамбль больницы можно по праву отнести к тем постройкам, в которых с наибольшей полнотой отразились идейные основы общественного здания эпохи классицизма.
С середины 1770-х годов Казаков стал работать и в области дворцового и усадебного строительства. В последующие десятилетия по его проектам были созданы не сохранившийся до наших дней Пречистенский дворец, усадьба Н. А. Демидова в Петровском-Алабине, где зодчий разрабатывал новый по сравнению с серединой XVIII века тип усадебного ансамбля – строгого по композиционному решению, объединившего в себе группу разнохарактерных построек, отличающихся логикой и ясностью архитектурных объемов. Наконец, зодчий вел строительство дворцов (неоконченных) в царских подмосковных – Булатникове и Конькове.
Именно в дворцовых постройках нашли свое выражение романтические тенденции творчества архитектора, столь ярко проявившиеся и в творениях его учителя В. И. Баженова. Неразрывно связанные с новым истолкованием проблемы национального в русском зодчестве последних десятилетий XVIII века, эти сооружения говорят о своеобразном понимании Казаковым художественных форм архитектуры допетровской Руси [Долгое время это направление в архитектуре называлось в специальной литературе неоготикой].
В 1775 г. Казаков принял участие в создававшемся под руководством Баженова декоративном оформлении Ходынского луга, где происходило празднование Кучук-Кайнарджийского мира с Турцией. Благодаря прекрасным рисункам зодчего можно представить себе облик этого праздничного убранства, основной темой которого были победы русских в только что окончившейся войне. Постройки разнохарактерны; особенность их решения – в своеобразном сочетании мотивов древнерусского зодчества с элементами декора европейской готики. Однако казаковские Азовский замок и Керченскую галерею можно назвать «готическими» лишь по характеру наружного оформления. В основе же своей это ордерные постройки.