Островные испанцы предложили Каботу перевести его флотилию в более защищенную гавань под названием Залив Уток, и двое из них вызвались быть лоцманами, на что он согласился. Но лоцманы-любители посадили флагманский парусник на рифы, где он застрял и потом развалился, хотя все остальные суда успешно встали на якорь в новом месте. Потеряв капитана, Кабот, уже некоторое время склонявшийся к идее отказаться от длительного и опасного перехода через пролив, а затем и Тихий океан, нашел теперь благовидный предлог для оправдания своего шага и принял окончательное решение отправиться в поисках земель, богатых серебром, которые должны были находиться где-то в верховьях ближайших рек. Однако, когда он объявил о своем решении экипажам, некоторые из его подчиненных выступили против него с серьезными возражениями. Крутой по нраву Кабот тогда высадил на Катарине самых резких своих критиков и взял курс к устью Ла-Платы. Некоторые из этих несчастных потом умерли, а остальные смогли перебраться на материк, где они смогли построить судно, на котором в конечном счете им удалось добраться до Испании и подать в суд на бросившего их на произвол судьбы капитана.
Кабот покинул Катарину в феврале 1527 года, предварительно построив плоскодонную галеоту для плавания по мелководью в реках, и через неделю вошел в удобную бухту устья Ла-Платы, которая была названа Сан-Ласаро. В этом месте флотилия пробыла целый месяц, готовясь к трудному плаванию вверх по реке, и за это время узнала от индейцев, что среди них жил один пленный испанец, оставшийся в живых, как выяснилось потом, после смерти Солиса. Этот человек по имени Франсиско дель Пуэрто вскоре появился перед соотечественниками и сообщил Каботу много сведений о тех землях, подтвердив при этом наличие в них большого количества драгоценных металлов, и объяснил, как достичь проживающих на них племен. Следуя его совету, глава экспедиции оставил в надежной бухте два самых крупных корабля с 30 моряками и десятком вооруженной охраны, разделив остальных людей между одной каравеллой и галеотом. 5 мая экспедиция покинула Сан-Ласаро и направилась в устье реки Парана, которая впадает в Ла-Плату немного севернее Буэнос-Айреса.
Испанцы тогда не имели опыта плавания по большим рекам, и это делало продвижение по ним в совершенно незнакомых условиях нелегкой задачей. Но она еще больше усложнялась тем, что в своем нижнем течении Парана представляет собой невероятно запутанное переплетение многочисленных рукавов и каналов. Однако при сопровождении дель Пуэрто суда смогли подняться по ней на более чем 170 морских миль и дошли до впадения в нее притока Каркаранья. Как в Сан-Ласаро, так и на медленно продвигавшихся кораблях быстро наступили тяжелые дни голода, так как в окружавшей их местности никаких продуктов они найти не могли. По записям участника плавания Луиса Рамиреса, чтобы не умереть с голоду «мы ловили и отваривали ядовитых змей и поглощали их с таким наслаждением, будто мы ели каплунов., мы ели вываренную в воде траву- мы отламывали от деревьев ветки с листьями, мелко разрубали их ножами и готовили».
Здесь Кабот построил деревянный форт Санкти- Спиритус, а вскоре встретился с большим скоплением местных индейцев гуарани, с которыми удалось завязать добрые отношения, а это помогло получить от них продовольствие и сведения о том, как достичь Белого Короля, правившего в земле обильного серебра. В Санкти-Спиритус экспедиция пробыла семь месяцев, укрепляя фортификации, занимаясь строительством еще одной бригантины, которая отличалась легкостью и небольшой осадкой, а также заготавливали провиант. Оставив гарнизон в 30 человек для защиты крепости, в конце декабря 1527 года Кабот возобновил подъем вверх по Паране. В течение нескольких недель трудного путешествия отряд прибыл к тому месту, где Парана делает крутой поворот вправо, уходя к своим бразильским истокам, и где в нее впадает река Парагвай, берущая свое начало в сегодняшнем штате Бразилии Мату-Гроссу.
На этой развилке двух больших рек Кабот, видимо, не без участия дель Пуэрто, решил теперь плыть по Парагваю. Они прошли по нему вверх около 40 миль примерно до впадения реки Пилкомайо, где позднее возникает город Асунсьон. Пилкомайо — это та река, которая могла вывести экспедицию кратчайшим путем до самого богатого серебром края Потоси в империи инков, но у нее было слишком сильное течение, а о существовании серебряной горы в ее верховьях испанцы пока еще не знали. Оттуда Кабот вернулся в Парану и продолжил продвижение по руслу. На этой реке, как и на Парагвае, плавание против сильного течения и при нередком встречном ветре доставляло командам много очень тяжелой работы. В таких случаях суда приходилось тащить на веревках по берегу. Недоедание усиливало недовольство измученных людей, они роптали и однажды попытались даже захватить галеон, чтобы вернуться в Испанию. Кабот решительно подавил эту попытку, арестовал главу мятежников и казнил.
Пройдя примерно 40 миль дальше по Паране, в местечке, названном ими Санта-Ана, испанцы встретили удивительно дружественного индейского вождя Язарона, который устроил для них самый настоящий пир из кукурузы, касавы и рыбы, что было для измотанных голодом путешественников редким лакомством. Кабот пробыл в Санта-Ане целый месяц, подкармливая людей за счет гостеприимного касике и ожидая возвращения бригантины, направленной вверх по реке в поисках серебра. Бригантина вернулась с пустыми руками и без нескольких членов экипажа, погибших в схватках с индейцами племени агасес, которые подверглись нападению со стороны испанцев за отказ отдать им свои продукты.
Во время пребывания в этом месте до Кабота дошли слухи от индейцев о появлении в низовьях реки какой-то группы европейцев, что вызвало у него немалое беспокойство и заставило повернуть экспедицию назад. Обе группы встретились на Паране где-то между ее притоками Парагваем и Каркараной. Соперниками оказались тоже испанцы под командованием опытного капитана Гарсиа, который участвовал в экспедиции Солиса, а на этот раз организовал собственный поход на берега Ла-Платы в поисках того же серебра, Гарсиа был невероятно удивлен встречей с Каботом, который должен был находиться на островах Пряностей, а не промышлять в землях, как он утверждал, бывших в его ведении по королевскому распоряжению. Никто из них не собирался уступать первенство другому. Тогда по указанию Кабота его люди, оставшиеся в Сан-Ласаро с двумя парусниками, имея превосходство в силе, ворвались на единственное судно Гарсии в той же гавани и унесли с него все паруса, что сделало невозможным его передвижение. После проведенных переговоров стороны договорились послать свои претензии для разбирательства в суды Испании, а пока продолжать исследование Параны в качестве партнеров, но напряженность в отношениях между двумя группами сохранялась постоянно.
