На востоке Россия покоряла своей власти и влиянию новые земли и области, в которых и Церковь Русская делала себе новые приобретения. На западе Россия только возвращала себе от Литвы и Ливонии свои прежние владения. Вслед за тем и Русская Церковь лишь воссоединяла с собою здесь то, что прежде ей принадлежало, и только по местам, где находила нужным, старалась вновь распространить или усилить святую православную веру.
Мы уже упоминали, что в 1464 г. Черниговский епископ Евфимий, не желая подчиняться Литовскому лжемитрополиту Григорию, оставил свою кафедру и удалился в Москву, где и получил в управление епархию Суздальскую. Но это было личное переселение епископа, а бывшая его епархия продолжала оставаться в ведении Литовской митрополии и до конца XV в. имела своих епископов. Уже в 1500 г., когда Чернигов, Брянск, Стародуб, Новгород-Северск перешли от Литвы к России, когда епископ Брянский и Черниговский был взят в плен и отправлен в Москву, значительная часть Черниговской епархии воссоединилась с Московскою митрополиею. Но, может быть, потому, что это была только часть, для нее не захотели назначать особого епископа, а причислили ее к другим епархиям, если не к одной Смоленской: по крайней мере, Брянск около половины XVI в. несомненно числился за Смоленскими иерархами, которые назывались и Брянскими.
Сама Смоленская епархия присоединилась к Московской митрополии в 1514 г. После того как Смоленск был взят русскими войсками и бывший там епископ Варсонофий подвергся справедливому гневу великого князя Василия Иоанновича и сослан на Кубенское озеро - о чем нами сказано было прежде, - в Смоленске начался ряд новых епископов, поставлявшихся в Москве, и этот ряд не прекращался до самого конца настоящего периода.
Таким же образом совершилось присоединение и Полоцкой епархии к Московской митрополии, хотя это было только на время. Взяв Полоцк (в 1563 г.), царь Иоанн Васильевич отправил тамошнего епископа Арсения как пленника в Москву, а на место его прислан был из Москвы бывший Суздальский епископ Трифон, возведенный в сан архиепископа. После Трифона управляли Полоцкою епархиею один за другим еще три архиепископа, приходившие из Москвы, пока польский король Стефан Баторий не отнял (в 1578 г.) Полоцка у России и не возвратил этой епархии Литовскому митрополиту. Достойно замечания, что в 1569 г., без сомнения по распоряжению Московского митрополита, отправлены были в Полоцк из Новгорода тридцать три священника и диакона соборных церквей - знак, что в Полоцке чувствовался недостаток образованных пастырей.
Одним из славных дел царствования Иоанна Васильевича IV было завоевание Ливонии, хотя конец этого дела далеко не соответствовал его началу. Решившись возвратить России эту древнюю ее область, отнятую некогда меченосцами, Иоанн желал вместе восстановить в ней православие, которое насаждено было там первоначально, но впоследствии подавлено латинством и лютеранством, так что едва ли не в одной Риге продолжала существовать русская церковь. Намерения Иоанновы осуществлялись в Ливонии весьма быстро и успешно. Взяв (в 1558 г.) Нарву, или Ругодив, государь повелел Новгородскому архиепископу послать туда из Новгорода юрьевского архимандрита и софийского протоиерея, а из Пскова - печерского игумена и троицкого протоиерея, чтобы они крестными ходами по городу и вокруг города "очистили его от веры латинской и Лютеровой", освятили во имя Пресвятой Троицы и соорудили в замке города церковь Воскресения Христова, а в самом городе церковь Пречистой Одигитрии и другие храмы. Вскоре за тем взяв другой город, или крепость, Нейшлос (Сыренск) царь приказал и там воздвигнуть православные храмы во имя Живоначальной Троицы, святителя Николая и преподобного Илариона Великого, в день памяти которого сдалась эта крепость. Так же поступал Иоанн и по взятии Дерпта, или Юрьева (в 1558 г.), и многих других ливонских городов, больших и малых: везде он приказывал устроять православные церкви с причтами и употреблял все меры для распространения православия между коренными жителями страны - эстами и латышами. Из участников в последнем деле остался нам известным один игумен псковского Печерского монастыря Корнилий: он обратил к православию и крестил соседних этому монастырю эстов нейгаузенских (ливонского Новогородка) и учредил у них на Агиреве Троицкую, а на Топине Рождественскую церкви и церковные причты. Чтобы упрочить то, что уже сделано было для православия в Ливонии и обеспечить его дальнейшие успехи, правительство наше, светское и духовное, признало за лучшее открыть в Юрьеве Ливонском епископскую кафедру и возвело на эту кафедру, по всей вероятности, только что упомянутого нами игумена Корнилия под названием епископа Юрьевского и Вельядского (т. е. Феллинского). В октябре 1570 г. он, вскоре по рукоположении своем, из Москвы прибыл в Новгород, может быть, проездом на свою епархию. А чрез два года снова посетил Новгород, чтобы представиться бывшему там государю и вслед за ним отправился в Москву. Больше мы не знаем ничего о епископе Корнилии, кроме того что он скончался или, вернее, умерщвлен по повелению Грозного царя в псковском Печерском монастыре, куда, вероятно, удалился было на покой как бывший в нем игуменом, и что в 1578 г. Юрьевскую кафедру занимал уже другой епископ Савва, присутствовавший в конце того года на одном Московском Соборе. Этому последнему епископу суждено было видеть и упразднение своей епархии. В 1582 г. вследствие договора с польским королем Стефаном Баторием Иоанн IV принужден был уступить полякам Ливонию со всеми городами и местами, им занятыми, и вывести из нее все православные церкви с их принадлежностями. Тогда же польский канцлер Ян Замойский, заняв (24 февраля) своими войсками Дерпт, выгнал из него в русские пределы православного епископа и всех русских и восстановил там веру латинскую.
Таким образом, к осьми, а вместе с митрополичьего к девяти епархиям Московской митрополии присоединилось в течение настоящего периода еще четыре: Смоленская, Казанская, Полоцкая и Юрьевская - две последние, впрочем, только на время. Четыре из этих епархий управлялись архиепископами: Новгородская, Казанская, Ростовская и Полоцкая. А восемь епископами: Суздальская, Рязанская, Тверская, Сарская, Коломенская, Смоленская, Пермская и Юрьевская. В ряду архиепископов Новгородский всегда считался первым. Казанский - вторым. Ростовский - третьим. Но между епископами порядок иногда изменялся: так, Пермский епископ, долго занимавший последнее место в ряду наших епископов, под конец периода занимал уже первое.
О степенях наших епархий в продолжение настоящего периода можем судить отчасти на основании летописей по тому порядку, в каком они исчисляют наших иерархов, собиравшихся на Соборы, а вернее - на основании соборных актов, в которых также перечисляются святители и под которыми иногда встречаются их подписи, хотя эти собрания святителей большею частию были неполные. Так, на Соборе 1459 г. находились: архиепископ Ростовский и епископы - Суздальский, Коломенский, Сарайский и Пермский - всего пять; на Соборе 1490 г.: архиепископ Ростовский и епископы - Суздальский, Рязанский, Тверской, Сарайский и Пермский - шесть; на Соборе 1503 г. кроме митрополита: архиепископ Новгородский и епископы - Суздальский, Рязанский, Тверской, Коломенский, Сарайский и Пермский - семь. При поставлении на митрополию Новгородского архиепископа Макария в 1542 г. находились: архиепископ Ростовский и епископы - Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Коломенский, Сарский и Вологодский; на Стоглавом Соборе в 1551 г.: митрополит, архиепископы - Новгородский и Ростовский, епископы Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Коломенский, Сарский и Пермский. На Соборе 1564 г.: архиепископы - Новгородский, Ростовский и Полоцкий, епископы - Суздальский, Смоленский, Рязанский, Коломенский, Сарский и Пермский; на Соборе 1572 г.: архиепископы - Новгородский, Ростовский и Полоцкий, епископы - Пермский, или Вологодский, Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Коломенский и Сарский; на Соборе 1580 г.: митрополит, архиепископы - Новгородский, Казанский и Ростовский, епископы Вологодский, Суздальский, Смоленский, Рязанский, Тверской, Юрьевский, Коломенский и Сарский. Наконец, сохранилась одна полная роспись всех восточнорусских епархий в последние годы царствования Иоанна IV, в которой перечисляются: митрополит Московский и всея России, архиепископы: Великого Новгорода и Пскова, Казанский и Астраханский и Свияжский, Ростовский и Ярославский, Полоцкий и Великолуцкий; епископы: Вологодский и Великопермский, Суздальский и Торусский, Смоленский и Брянский, Рязанский и Муромский, Тверской и Кашинский, Коломенский и Каширский, Сарский и Подонский, Юрьева Ливонского и всей земли Вифляндской.
Пределы наших тогдашних епархий с точностию нам не известны. Но главнейшие места, подлежавшие управлению каждого из иерархов, обозначались в самих их титулах, как показывает только что представленная нами роспись. Некоторые епархии были слишком обширны и растянуты. Например, к епархии митрополита, кроме Москвы, Владимира, Нижнего Новгорода, принадлежали еще, между прочим, Дмитров, Кострома, Галич, Грязовец, Пошехонь, даже Череповец и Вятка. Епархия Новгородского владыки обнимала собою не только все бывшие новгородские владения, но и Волоколамскую область и некоторые места Вологодского края. Духовная власть Ростовского архипастыря простиралась на Белозерский край с его многочисленными монастырями, на Устюг и Сольвычегодск. Пределы некоторых епархий иногда изменялись. Епископ Сарский и Подонский по свержении Россиею ига монгольского, когда самый Сарай был разрушен, переселился в Москву на Крутицы, получил в свое управление новые места, находившиеся в нынешних губерниях - Орловской, Тульской и Смоленской, и иногда назывался Крутицким и Подрельским, удерживая, впрочем, постоянно и свое прежнее, древнее название. К Пермской епархии по воле великого князя Иоанна Васильевича присоединены были в 1492 г. церкви, находившиеся в Вологде и ее уезде и дотоле принадлежавшие частию к митрополии, а частию к Новгородской архиепископии. С того времени Пермские епископы, жившие прежде постоянно в Усть-Выми, начали жить по временам и в Вологде и именоваться Пермскими или Великопермскими и Вологодскими, а иногда Вологодскими и Пермскими. В 1571 г. по воле царя Иоанна IV, прожившего пред тем около трех лет в Вологде, присоединены были к Пермской, или Вологодской, епархии от Новгородской еще Двина, Вага, Холмогоры и Каргополь со своими уездами. Но по смерти Иоанна все эти места вновь отданы (1584) Новгородскому архиепископу. Вятская страна, находившаяся под епархиальным управлением митрополита, вошла с 1555 г. в состав новой епархии - Казанской.