Наилучшую подготовку имели полки, которые до убытия на доукомплектование сохранили костяк летного состава с боевым опытом — не менее половины штатного состава. Как правило, в таких полках сохранялась преемственность традиций и опыта войны, качество подготовки к бою было значительно выше, да и сама подготовка проходила быстрее, поскольку отработкой техники пилотирования старые летчики почти не занимались. Выделяемые в запасном полку учебно-тренировочные самолеты УИл-2 использовались в основном только для подготовки молодых летчиков. Соответственно полковая молодежь быстрее приступала к освоению 2-го раздела курса боевой подготовки и к моменту убытия на фронт успевала получить значительный налет на боевое применение. На отработку «войны» в таких полках затрачивалось 40—50% выделяемого летного времени.
Особо тяжелое положение сложилось с укомплектованием полков воздушными стрелками. Дело в том, что запуск в массовое производство двухместного варианта Ил-2 не был обеспечен своевременным развертыванием учебных заведений по подготовке воздушных стрелков. Поэтому выпуски из авиационных школ воздушных стрелков отставали (примерно на 4 месяца) от поставок штурмовиков в действующую армию. В этой связи в частях имелась острая нехватка воздушных стрелков. Например, в 5-м ШАК РВГК некомплект воздушных стрелков на 21.04.43 г. составлял 44% штатного состава.
В то же время подготовка воздушных стрелков в авиационных учебных заведениях из-за спешки оставляла желать много лучшего. Прибывающие на укомплектование штурмовых полков воздушные стрелки не умели пользоваться парашютом, в воздухе ни разу не были, имели слабые знания как теории воздушной стрельбы, так и материальной части пулемета УБТ и прицела. Стрелять из пулемета в своем большинстве не умели: на земле — плохо, в воздухе — вообще не стреляли. Более того, как докладывал в конце марта 1943 г. помощник командующего 17 ВА по воздушно-стрелковой службе майор Скаржинский, прибывшие из 2-й Ленинградской школы техников авиавооружения 37 воздушных стрелков «самолет Ил-2 увидели только по прибытии на фронт…»
Анализ уровня боевой подготовки летного состава штурмовых авиаполков показывает, что, несмотря на увеличение среднего налета, некоторые группы пилотов выпуска весны-лета 1943 г. в боевом отношении оказались подготовленными даже хуже, чем летный состав выпуска 1942 г .
Дело в том, что в это время наблюдалась острая нехватка квалифицированных командных и преподавательских кадров в запасных авиачастях.
Например, текучесть командного состава 1-й запасной авиабригады была такова, что «командиры и их штабы в ЗАП обновлялись в течение года по одному-два раза», а «отдел боевой подготовки бригады в год обновлялся в полном составе три раза». Половина запасных полков бригады в мае 1943 г. имела вакантную должность помощника командира полка по воздушно-стрелковой службе. В результате ухода наиболее подготовленного инструкторского и преподавательского состава в действующую армию вчерашний молодой летчик без методического и летного опыта становился инструктором или преподавателем. Соответственно этому была и организация процесса учебно-боевой подготовки маршевых полков и одиночных экипажей как в практическом плане, так и в методическом отношении. Помимо постоянной нехватки горючего для производства полетов, отсутствовали в должном количестве и должным образом подготовленные инструкции, учебные и наглядные пособия, ощущался недостаток учебных классов и т.д. Между тем снижение общего уровня подготовки выпускников-курсантов летных школ требовало дополнительного времени по их доведению до уровня требований программ.
Управление бригады было загружено разного рода «руководящими делами» сверх всякой меры: получение матчасти с авиазаводов, передача ее фронтовым частям и военным округам, организация перелетов частей и отдельных групп самолетов на фронт и в округа, размещение маршевых полков, питание, частичное обеспечение их обмундированием, парашютами и другим имуществом и т.д. В итоге маршевые полки месяцами не летали и толково не обучались.
В частях действующей армии положение было не лучше. Молодые летчики, оставшиеся в живых в первых боевых вылетах, волею судьбы ставшие «стариками» и назначенные командирами звеньев или эскадрилий, в методическом плане в своем большинстве оставались все теми же молодыми летчиками без должного инструкторско-методического опыта и навыка в руководстве подразделениями. По этим причинам, как следует из архивных документов, в ряде частей командиры эскадрилий самоустранялись от процесса подготовки подчиненных им рядовых летчиков, переложив эту работу на штабы. В свою очередь, штабы полков и дивизий были не в состоянии грамотно организовать учебно-боевую работу в частях, так как испытывали острую нужду в опытных и хорошо подготовленных командных кадрах, главным образом, по воздушно-стрелковой и штурманской службам. В некоторых дивизиях некомплект командного состава штабов доходил до 40% штата. Прибывающие же на пополнение полки в своем большинстве также не были укомплектованы до штата опять же помощниками командиров полков по воздушно-стрелковой службе и штурманами. В результате методическая основа боевой подготовки фронтовых частей находилась в неудовлетворительном состоянии.
Как показала практика, находясь «вне прочной основы личная подготовка штабного командира» легко «сводилась к простому натаскиванию в технике штабной работы». По мнению командира 1-го ШАК генерала Рязанова, именно таких офицеров штаба выпускали учебные заведения ВВС КА — «натасканных, но не подготовленных».
Проведенная в период с 16 по 23 июня проверка 266-й ШАД 1-го ШАК показала, что имеющийся в наличии командный состав штаба дивизии «не знает навыков в выполнении своих функциональных обязанностей, …мало уделяют внимания наставлениям по полевой службе штабов Красной Армии и по боевым действиям штурмовой авиации, …регулярные занятия командиров штабов частей отсутствуют».
Все это приводило к «низкому качеству организации занятий с офицерским и сержантским составом, неумению совместить боевую подготовку параллельно с боевыми действиями в сложных условиях боевой обстановки».
Как следствие, шаблон в тактике боевого применения штурмовой авиации, «при котором командиры не ищут новых тактических форм борьбы с противником, а действуют по раз установленной форме …независимо от воздушной и наземной обстановки, без учета характера цели, системы ПВО противника, условий местности и погоды».
Особенно неблагополучное положение в воздушных армиях сложилось с вопросами организации боевых действий и управления авиацией.
Первым звонком для командования ВВС КА и воздушных армий, предвещавшим большие потери в условиях массированного применения противником зенитной артиллерии и истребительной авиации, стали результаты ударов по немецким аэродромам в период 5—8 мая и 8—10 июня 1943-го. Тогда наши штурмовые авиачасти в ряде случаев понесли особенно большие потери, в основном по причинам совершенно неудовлетворительных групповой слетанности и организации взаимодействия истребителей и штурмовиков, а также управления ими в бою. Вследствие этих недостатков бесследно «терялись» целые группы штурмовиков.
Например, из вылетавших 6 мая на боевое задание 16 Ил-2 от 41-го ШАП 299-й ШАД на свой аэродром вернулся только один экипаж — капитан Федоров с воздушным стрелком Исаевым. Их штурмовик имел многочисленные пробоины, а сами воины были тяжело ранены. Розыск пропавших экипажей позволил установить местонахождение еще двух экипажей.
Федоров доложил, что на подходе к аэродрому Орел-Гражданский штурмовики были обстреляны сильным огнем зенитной артиллерии, расположенной на окраине города и в районе аэродрома. На выходе из атаки группы растянулись — ведомые, в основном молодые летчики, не смогли удержаться за ведущими. Пока ведущие сбрасывали газ, а ведомые экипажи подтягивались, обе группы были атакованы истребителями люфтваффе. В оборонительный круг штурмовики встать не сумели, так как были «расколоты» стремительной атакой немецких пилотов. Бой велся разрозненно и неорганизованно, отбивались кто как мог. Своих истребителей прикрытия в районе боя капитан Федоров не наблюдал.
Расследование причин невозвращения двух групп штурмовиков 41-го ШАП показало, что истребители сопровождения от 286-й ИАД вопреки инструкции на подлете к цели находились со значительным превышением над штурмовиками (на 1000—1200 м) и сзади на 800 м , а с началом атаки аэродрома и обстрела зенитной артиллерией поднялись еще выше. В результате, когда Ил-2 пошли в атаку, истребители потеряли их из виду и найти больше не смогли. Штурмовики над целью и на отходе от цели оказались без прикрытия своими истребителями. Позже ни один из летчиков-истребителей не смог сказать, куда делись обе группы Ил-2.