В Кассале пробыли 9 дней, а потом двинулись в Кедареф (Гедареф). Здесь Юнкер гостит у греческого торговца Аристида Петраки. Это может показаться странным, но во второй половине XIX века греки фактически прибрали к рукам почти всю городскую торговлю в Судане. Один из кедарефских греков даже говорил по-русски, поскольку бывал в Керчи и Таганроге. В Кедарефе большое впечатление на Юнкера производит рынок рабынь.
От Кедарефа до Хартума местность тянется пустынная (в наше время здесь проложено 500-километровое шоссе). В Хартуме — встреча с губернатором Исмаилом Эйюб-пашой. Начались нескончаемые празднества, на которых больше всего Юнкеру запомнилось меню: «За сладкими блюдами непосредственно следовали кислые и между двумя рагу, пересоленными пряностями, подавалось блюдо пересахаренного и ароматного крахмального желе». На весь город имелся только один столовый прибор — нож с вилкой.
В августе пароход «Сафия», наполненный чиновниками, офицерами, искателями приключений, крысами и тараканами увозит Юнкера вверх по Нилу. Корабль плывёт среди зарослей камыша; основную трудность для судоходства представляют «плавучие» камышовые островки — «седда». Иногда суда буквально застревают в них, будто скованные льдами. Пароход проходит не более сотни вёрст за сутки. Юнкер подхватывает лихорадку и страдает от её приступов почти всю дорогу.
Рождество справляют в Ладо, столице Экваториальной провинции. Места самые дикие. Вместо ёлки — ветка акации, украшенная восковым спичками. 22 января Юнкер вместе с торговым караваном отправляется в страну Макарака. Здесь опять застревает: ничего не поделаешь, таково передвижение в этих краях! Идёт караван с вооружённой охраной — идёшь с ним. Нет — ждёшь «оказии». Не хочешь ждать — садись на мула и езжай. Может быть, доберёшься. Если очень повезёт…
22 февраля Юнкер отправляется в Кабаенди, где совершает шестнадцатидневную поездку к племенам мунду и абукая. Для его спутника Коппа эта «экскурсия» оказалась роковой: он заболевает дизентерией. В Кабаенди Юнкер встречает караван торговцев слоновой костью из страны азанде, проникнуть куда мечтает уже давно, и, главное, знакомится с братом азандийского вождя Индиммы — Рингио.
Юнкер ищет гору Багинзе, которую хочет нанести на карту. Но Рингио — то ли по собственному незнанию, то ли по злому умыслу — указывает Юнкеру неправильную дорогу к горе. 290 километров пути пройдены зря. Начинаются дожди. Запасы провианта кончаются. Проводники разбежались, а оставшиеся клянчат водку, запасы которой тоже на исходе. Умирает Копп. Юнкер остаётся один в далёкой дикой стране.
В местечке Джур-Гаттас Юнкер получает предложение Рингио лично проводить к горе Багинзе. Вдвоём они добираются до неё, но к самой горе не подходят. Но Юнкер и так наносит её на карту, издали. После трёхмесячного отсутствия он возвращается в Ладо.
В ноябре 1877 года Юнкер участвует в военном походе в страну Калика. В качестве экспоната для антропологической коллекции ему перепадает череп одного из африканских вождей. Именно благодаря участию в этом походе Юнкер впервые пересекает водораздел Нила и Конго. Впервые он увидел реку Кибби — истоки Уэле. Первое путешествие в верховья Нила закончено. Юнкер возвращается в Хартум. Он уже знал цель своего следующего путешествия: нужно разрешить загадку, куда впадает Уэле. Разные исследователи выходили к этой реке, но все — в разных точках. Ко всему прочему, в разных местах африканцы из разных племён называют её по-своему, и поди догадайся, что эта река — та самая, которая в дневнике у другого путешественника названа совсем по-другому…
Подготовка к экспедиции занимает минимум времени. Юнкер выбирает в помощники немца Бондорфа, «большого знатока негрских стран». Встретив новый, 1879-й год, они отправляются на пароходе «Исмаилия» вверх по Нилу. Через восемь дней пароход доползает наконец до городка Мешре на притоке Нила Бахр-Эль-Газале. Далее Юнкер с Вондорфом плывут на лодке-«душегубке» вместе с неграми-динка в их страну, разорённую нубийцами. Отсюда путешественник хочет отправиться в землю мангбатту к югу от Уэле, потом в Дем-Солиман с тем, чтобы попасть оттуда прямиком в страну негров-азанде и к «людоедам» ням-ням. Он готовит для вождя ням-нямов Ндорумы подарки: барабан, бурнус, красные башмаки, ружьё и патроны.
Для встречи с вождём, не любившим нубийцев, Юнкер одел своих спутников в русские рубахи и шаровары. Ндоруме подарки пришлись по вкусу. Он разрешает Юнкеру построить в своей деревне «исследовательскую станцию» — базу для будущих экспедиций. Юнкер устраивается с комфортом: он привёз с собой складную железную кровать, 2 парижских стула, гамак на ножках, ванну, рабочий стол. Ням-нямам особенно нравились шарманка и музыкальная шкатулка, которую Юнкер использовал для весёлых розыгрышей.
В течение 1881 года Юнкер подробно исследует земли азанде и мангбалле, подолгу гостя у этих народов. Изучает обезьян-приматов, прежде всего шимпанзе. Отловил детёныша шимпанзе, которого выкармливала коза, но, видно, не пришлось ему по вкусу козье молоко — помер. В декабре 1881 года Юнкер в одиночку отправляется в земли племён абармбо — людоедов похлеще ням-нямов. Здесь он впервые знакомится с пигмеями. Для негров-абармбо они служат вместо дичи: их ловят, убивают и едят. Вождь Бакангаи даже подарил Юнкеру одного пигмея в качестве слуги.
Вождь Бакангаи — вообще добряк, шутник и весельчак. Когда Юнкер подарил ему «зажигательную» лупу, он стал прижигать через неё своих подданных, и это занятие доставляло ему море радости. У этого жизнерадостного человека Юнкер гостил две недели.
12 марта 1882 года Юнкер дошёл до стоянки Маджегбе — крайней юго-восточной точки своих странствий. Здесь, у племени момфу, он наблюдал примитивный футбол — игру каучуковым мячом. В конце апреля Юнкер решает идти на юг до реки Непоко. Этот поход даётся ему непросто. Шерстяная одежда, которую он менял на бумажную только во время сна, сыграла в жарком и влажном климате злую шутку: началась чесотка, тело покрылось язвами, в том числе руки и ноги. Путешественника несут на «ангаребе» — носилках-гамаке. Новая встреча с пигмеями: при приближении Юнкера они разбегаются, но его помощникам удаётся поймать одного из них.
Путь к реке Непоко лежит через болота. Вокруг — тучи крокодилов. Кажется, что они населяют каждую лужу. 6 мая 1882 года Юнкер выходит к Непоко. Его путешествие по Африке, кажется, закончено. Обследован и нанесён на карту обширный участок течения Уэле и её притоков, собрана богатейшая зоологическая коллекция. «Тяжело, но приходится сознаться, что Непоко является пределом моих странствований, — пишет Юнкер. — Я дошёл, даже с точки зрения африканского путешественника, до крайних пределов бедноты». По признанию Юнкера, кроме одной запасной рубахи у него уже ничего не было…