Арнольд подал официальную жалобу Бонифацию, а затем лично явился к папскому двору. Его упорство вызвало строгости. Как рецидивист, он подлежал сожжению, но его заключили в тюрьму и заставили отречься вторично, что не помешало Филиппу Красивому в 1303 г. на собрании в Лувре при обвинении Бонифация в ереси поставить папе в вину одобрение книги Арнольда, сожженной перед этим по приказанию короля и Парижского университета. Но Бонифаций уважал в Арнольде врача и, выпустив его из тюрьмы, даже, сделал своим придворным медиком, но приказал полностью прекратить занятия богословием.
Однако Арнольд счел нужным предупредить Бонифация, что его постигнет гнев Божий, если он не проведет полной реформы Церкви. Вскоре после этого предсказания последовала катастрофа Ананьи, и Арнольд, покинувший папский двор, увидал в этом событии подтверждение своего пророчества. С этого времени он стал считать себя посланником Бога. Обличая пороки духовенства, он стал грозить Божьей карой Бенедикту XI, который наложил епитимью на пророка и арестовал все его апокрифические сочинения. Приблизительно через месяц Бенедикт умер.
Церковь тщетно пыталась уничтожить сочинения Арнольда. В 1305 г. инквизитор Валенсии отлучил от Церкви и выгнал служителя короля, виновного в том, что он имел эти сочинения и распространял их. Король потребовал от инквизитора объяснений причин, вызвавших эту меру; а так как инквизитор отказался дать какое-либо объяснение, то Иаков написал гневное письмо генералу доминиканцев Эмерику. Король писал, что сочинения Арнольда жадно читают королевская семья, архиепископы, епископы, духовенство и миряне. Он требовал отмены приговора; в противном случае грозил строго наказать инквизитора и предупреждал, что его недовольство тяжело отразится на всех доминиканцах в его владениях. Это расположение короля снова спасло Арнольда от костра, его только объявили некромантом и чародеем, еретиком и папой еретиков.
Во время преследования спиритуалов в Провансе Арнольд добился от графа Прованса, чтобы тот попросил генерала ордена смягчить преследование. В 1309 г. Арнольд был послан в Авиньон с поручением Иакова II Арагонского; его хорошо принял Климент V, высоко ценивший его как врача. Арнольд убедил тайно папу вызвать вождей спиритуалов, чтобы узнать от них, устно или письменно, что было предметом их жалоб и какие реформы хотели бы они для своего ордена. В октябре 1309 г. Арнольд перед папой и кардиналами предсказал конец мира в течение XIV в., и что Антихрист появится в первые сорок лет. Он принял во внимание нравственное падение духовенства и мирян и преследование, которому подвергаются люди, желающие жить в евангельской нищете. Кардинал де Порто и доминиканский провинциал Арагона советовали королю Арагона не отправлять посланником еретика Арнольда. Король Сицилии Фридрих предложил убежище своему бывшему советнику, а немного позднее снова послал его с поручениями в Авиньон. Арнольд умер в дороге зимой 1311 г.
Вмешательство Арнольда дало спиритуалам надежду на освобождение от преследования. Арнольд убеждал Климента прекратить раскол в ордене и запретить обвинения, возводимые конвентуалами на своих собратьев. Тем временем граждане Нарбонны подали папе жалобу, в которой утверждали, что книги Оливи были осуждены неправильно, что устав ордена в пренебрежении и людей, соблюдающих его, преследуют. Знаменитых спиритуалов — бывшего генерала Раймунда Гофриди, духовного вождя секты Убертино да Казале, бывшего провинциала Арагона и некоторых других вызвали в Авиньон и предложили составить список тех пунктов, в которых, по их мнению, необходима реформа ордена. Чтобы дать им возможность спокойно и безопасно вести эту работу, папа взял их под свое покровительство и защиту. Генерал Гонзальво принял в 1310 г. на капитуле в Падуе несколько постановлений, ограничивавших роскошь и злоупотребления, распространенные во всем ордене; но этот же генерал решил заставить спиритуалов повиноваться, так что вражда между двумя партиями еще более обострилась.
Тридцать пять статей, представленных спиритуалами Клименту V по его приказанию, были обвинительным актом против падения и испорченности ордена. Конвентуалы отрицали истинность этих обвинений и старались доказать, что устав. не имел смысла, приписываемого ему спиртуалами, и обвинили своих противников в ереси. Климент поручил комиссии из кардиналов и богословов выслушать обе партии. Два года шел горячий спор. Во время этих дебатов умерли Раймунд Гофриди и еще двое видных спиритуалов. Климент объявил делегатов спиритуалов не подсудными их противникам, которые 1 марта 1311 г. подали формальный протест против этой меры, ссылаясь на то, что спиритуалы были отлученными от Церкви еретиками и поэтому не имели права на покровительство.
Спиритуалам не удалось получить указ об отделении их ордена; но в других отношениях решение комиссаров было вполне им благоприятно, хотя конвентуалы и старались заставить забыть настоящий предмет тяжбы, обращая внимание на мнимые заблуждения Оливи. Климент приказал обеим партиям жить во взаимной любви и дружбе, предать прошлое забвению, перестать оскорблять и обвинять в ереси друг друга за бывшие разногласия во взглядах. Убертино ответил на это: «Святой отец, эти люди называют нас еретиками и зачинщиками ереси; в нашем архиве и в архиве ордена имеются целые книги, полные этих упреков. Нужно, чтобы они доказали эти обвинения и чтобы нам была предоставлена возможность защищаться, или пусть они отрекутся от них. Иначе между ними и нами не может быть мира». На это Климент возразил: «Мы, как папа, объявляем, что после того, что было сказано перед нами той и другой стороной, никто не должен называть вас еретиками или зачинщиками ереси. Если в архивах или еще где-либо существует по этому делу какой-либо документ, то мы уничтожаем его и объявляем, что он не имеет никакого значения против вас».
Вьеннский собор (1311–1312 гг.) принял канон с целью окончательно решить спор. Его сочли торжеством спиритуалов. Канон решил двадцать четыре вопроса, касающихся толкования устава; отныне те, кто служит Господу в скитах, если они послушны своим епископам, могут считать себя в безопасности от всяких гонений. Инквизиторы отданы под контроль епископам; это было особенно важно в Провансе и Тоскане, где инквизиция была францисканская и находилась в руках конвентуалов. Климент в 1314 г. умер, не успев обнародовать декреты собора. Выбранный в августе 1316 г. Иоанн XXII пожелал рассмотреть эти декреты, и каноны были обнародованы только в ноябре 1317 г.; они требовали строгого соблюдения устава, присваивали римской Церкви обладание всем, что пожертвовано ордену, оставляя за монахами только временное пользование, так как уставом не разрешена никакая — ни личная, ни общая — собственность. Это было полное оправдание жалоб спиритуалов и толкование устава согласно с их взглядами. Но декрет не только не позволял спиритуалам жить спокойно и независимо, но прямо подчинял их старшим, а это были конвентуалы, обладавшие в ордене значительным большинством.
Когда спиритуалы попросили Климента защитить их от их же собратий, он посоветовал им вернуться в монастыри, приказав обращаться с ними хорошо. Ссоры и жалобы продолжались, пока не предоставили спиритуалам трех монастырей в Нарбонне, Безье и Каркассоне; эти монастыри стали приютом для недовольных монахов из других монастырей. Со смертью Климента в 1314 г. ссоры возобновились. Спиритуалы жаловались, что их явно и тайно оскорбляли и бесчестили, что их лишили пищи и даже причастия; разгоняли по отдаленным монастырям и даже бросали в тюрьмы.
Итальянские спиритуалы решили обрадовать независимую общину. Они были отлучены от Церкви как «схизматики и мятежники, основатели суеверной секты, распространители ложных и вредоносных учений». Преследование их было яростно. В некоторых местностях, где их поддерживали миряне, они изгнали из своих монастырей конвентуалов и защищались оружием вопреки предписаниям Церкви. Другие бежали в Сицилию. Третьи незадолго до смерти Климента, послали папе письма, в которых уверяли его в своей покорности и послушании. Но их друзья не решились передать это послание. После избрания Иоанна XXII мятежники сделали новую попытку дойти до самого папы; но на этот раз конвентуалы, имевшие в руках всю власть, бросили посланных в тюрьму как еретиков, отлученных от Церкви. Те из узников, которым удалось бежать из тюрьмы, направились в Сицилию.
Король Фридрих милостиво принял этих беглецов и позволил им основаться на острове, несмотря на неоднократные предостережения Иоанна XXII. Под 1313 г. хроника упоминает о папе, избранном в Сицилии «бедными» и составлявшем вместе с коллегией своих кардиналов единственную истинную Церковь, которая имела право на послушание верных. Этого папу и его Церковь признавали и некоторые спиритуалы Прованса.
